BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188I16
Chromosome16 (Build37)
Map Location 97,566,594 - 97,727,267
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBace2, Mx1, ORF9, EG668559, LOC100041436
Upstream geneJam4, Itgb2l, Pcp4, Dscam
Downstream geneMx2, Tmprss2, Ripk4, Prdm15, 5830404H04Rik, Zfp295, LOC100041502, A630089N07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188I16.bB6Ng01-188I16.g
ACCGA012816GA012817
length1,1251,044
definitionB6Ng01-188I16.b B6Ng01-188I16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,566,594 - 97,567,725)(97,726,223 - 97,727,267)
sequence
gaattctcggtttctggaacttttccagtagacaacaacgaagagagttt
ggtgggttccagccctagcagggttctgaacccaaggggaggatgtgtgg
aataggtttgtgtgaaacagggaaaagaagactttagctcacaggtgcgg
ttcacacactctggcattgagacaactcaggtcacctttatttatacatc
tatttttttttcaccgctgaagatgttttatattcattttctcatgtaca
atctcttttaagaacttcctatgtttaataataatgtgctccctgtagag
aggtgatagactacatacccaggaaattctgatttaattattggcctcta
gcatgtccccatgtcctgatcaggaggtttaattcctttaatgcctagga
ctctcaataaattagtaacctgaatcagttcttcgtccttgcttgcctcg
cctctgaatgttcccattaggtcttgcaaccaaccaatgatccagaaaga
cctttctaacctttcgataatcaactaacttgtctggaacaggttggtgg
gaaaattgatgttagaactaagttcctattggaaaagaacatctggacac
tagctgatgtgcctagactggggccttgtgttgactcaaccacatcacca
tcattaacaaacagaggagtggcaatctatttcactcccatgatcctcag
agacaaacaagaataaatcatagtcccggctttccttttctgattctggg
gaaatgtctgtcaaagacaacctgagagtaaagatttccaatagcaaggc
aaggcaaaagtgaaccaagcattccctcaggaaaagccaggagattctgt
gtgaacatccccacaggtctttgcacctggggacctaacacctcaagcct
tgtcgcaagggaatgaagtctgcattatactcatgcgcttttcccagcag
aggcatggtcatctccatttaagtttaatttctcagaatagaagaccctg
gaactacacactggcatttcgaatcaatcaagactccagttgaccatttg
catcctcatttctccaggtttaatcctccttcaccagtttggtttggtat
ctaacagtgcctcccgcagaaccac
gaattcctacagctggactggagtctcagcttgccttagttacttaagac
cactgtgactctaatgagctaaaaagttctgtgaaaacctgaaccctgga
gattgagagggtactgtgcctactcaggtggaagggtgggtaaacctagg
aagccttcacccattcacttgacaccatttctgagtcccatgtccttgta
tatacatatcccaagggacctggagctctttctcacctcatttccctaaa
ataatcatcccatcagtaaagaaggaaggggttggcaccacactgggtca
catgtcagcaagggggcagtgtgacgactttggacacaatgtagagcctt
ggcatttggagcaggagctttgctctaggattctgtgttcatgaggcttg
agccagtctatactttactgccatttcttgtgaaactaaggtcgggaata
ctattgttaggggcgccttaaagtaaactcttggtgttctttctctgatt
acattagctctagcctttggccgtctgtagccccaggtgaacaggacaga
aagtgcctcctgcttcttaggtgaccctggagctccagggtgctaccagc
tgtgcagccccacccatacctgttagcctgccagtctgccagctactctg
aaccttcctgctttatggatcctcccatttgctgggaattggtccaccct
tttctgcctgccccaagggcggtcataatctatgtgcagctcaagcaggt
aggccagctttcataggtccctggggattgcagccaagagctgagtagaa
agagagcagtttctggaagatgcgtccagttgctacaggtgagtaccagt
acaagctagacttgcttctgtgtgggtggaggtggcagcatccctctgcc
tccttaactgccaagctgaaacagaaggtgaaggctctggacagccacct
cttgtgagacctaggatccttgtgggaccaaatcttgggaggttaagggt
gagagctgagatttctgagaggctaccccctctctctcatctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_97566594_97567725
seq2: B6Ng01-188I16.b_44_1168

seq1  GAATTCTCGGTTTCTGGAACTTTTCCAGTAGACAACAACGAAGAGAGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCGGTTTCTGGAACTTTTCCAGTAGACAACAACGAAGAGAGTTT  50

seq1  GGTGGGTTCCAGCCCTAGCAGGGTTCTGAACCCAAGGGGAGGATGTGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTTCCAGCCCTAGCAGGGTTCTGAACCCAAGGGGAGGATGTGTGG  100

seq1  AATAGGTTTGTGTGAAACAGGGAAAAGAAGACTTTAGCTCACAGGTGCGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGTTTGTGTGAAACAGGGAAAAGAAGACTTTAGCTCACAGGTGCGG  150

seq1  TTCACACACTCTGGCATTGAGACAACTCAGGTCACCTTTATTTATACATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACACTCTGGCATTGAGACAACTCAGGTCACCTTTATTTATACATC  200

seq1  TATTTTTTTTTCACCGCTGAAGATGTTTTATATTCATTTTCTCATGTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTTTTTCACCGCTGAAGATGTTTTATATTCATTTTCTCATGTACA  250

seq1  ATCTCTTTTAAGAACTTCCTATGTTTAATAATAATGTGCTCCCTGTAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTTTAAGAACTTCCTATGTTTAATAATAATGTGCTCCCTGTAGAG  300

seq1  AGGTGATAGACTACATACCCAGGAAATTCTGATTTAATTATTGGCCTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATAGACTACATACCCAGGAAATTCTGATTTAATTATTGGCCTCTA  350

seq1  GCATGTCCCCATGTCCTGATCAGGAGGTTTAATTCCTTTAATGCCTAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTCCCCATGTCCTGATCAGGAGGTTTAATTCCTTTAATGCCTAGGA  400

seq1  CTCTCAATAAATTAGTAACCTGAATCAGTTCTTCGTCCTTGCTTGCCTCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAATAAATTAGTAACCTGAATCAGTTCTTCGTCCTTGCTTGCCTCG  450

seq1  CCTCTGAATGTTCCCATTAGGTCTTGCAACCAACCAATGATCCAGAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGAATGTTCCCATTAGGTCTTGCAACCAACCAATGATCCAGAAAGA  500

seq1  CCTTTCTAACCTTTCGATAATCAACTAACTTGTCTGGAACAGGTTGGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTAACCTTTCGATAATCAACTAACTTGTCTGGAACAGGTTGGTGG  550

seq1  GAAAATTGATGTTAGAACTAAGTTCCTATTGGAAAAGAACATCTGGACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTGATGTTAGAACTAAGTTCCTATTGGAAAAGAACATCTGGACAC  600

seq1  TAGCTGATGTGCCTAGACTGGGGCCTTGTGTTGACTCAACCACATCACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGATGTGCCTAGACTGGGGCCTTGTGTTGACTCAACCACATCACCA  650

seq1  TCATTAACAAACAGAGGAGTGGCAATCTATTTCACTCCCATGATCCTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAACAAACAGAGGAGTGGCAATCTATTTCACTCCCATGATCCTCAG  700

seq1  AGACAAACAAGAATAAATCATAGTCCCGGCTTTCCTTTTCTGATTCTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAACAAGAATAAATCATAGTCCCGGCTTTCCTTTTCTGATTCTGGG  750

seq1  GAAATGTCTGTCAAAGACAACCTGAGAGTAAAGATTTCCAATAGCAAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTCTGTCAAAGACAACCTGAGAGTAAAGATTTCCAATAGCAAGGC  800

seq1  AAGGCAAAAGTGAACCAAGCATTCCCTCAGGAAAAGCCAGGAGATTCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAAAGTGAACCAAGCATTCCCTCAGGAAAAGCCAGGAGATTCTGT  850

seq1  GTGAACATCCCCACAGGTCTTTGCAACCTGGGGACCTAACACCTCAAGCC  900
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACATCCCCACAGGTCTTTGC-ACCTGGGGACCTAACACCTCAAGCC  899

seq1  TTGTCGCAA-GGAATGAAGTCTGCATTATACTCATGCGCTTTTCCCAGCA  949
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCGCAAGGGAATGAAGTCTGCATTATACTCATGCGCTTTTCCCAGCA  949

seq1  GAGGCATGGTCATCTCCATTTAAGTTTTATTTTCTCAGAATAGAAGACCC  999
      |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATGGTCATCTCCATTTAAG-TTTAATTTCTCAGAATAGAAGACCC  998

seq1  TGGGACTACACACTGGAATTTCGAATCAATCCAAGACTCCAGTTGA-CAT  1048
      ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  TGGAACTACACACTGGCATTTCGAATCAAT-CAAGACTCCAGTTGACCAT  1047

seq1  TTGCAT-CTCATTTCTTCCAGGTTTAAATCTCCCTTTCAACCAGTTTTGT  1097
      |||||| |||||||| |||||||||||  ||||  ||| |||||||| ||
seq2  TTGCATCCTCATTTC-TCCAGGTTTAATCCTCC--TTC-ACCAGTTTGGT  1093

seq1  TTTGTTTAATTCTAACAGTGCCTCCCCCAG-ACCAC  1132
      || ||     |||||||||||||||| ||| |||||
seq2  TTGGT----ATCTAACAGTGCCTCCCGCAGAACCAC  1125

seq1: chr16_97726223_97727267
seq2: B6Ng01-188I16.g_68_1111 (reverse)

seq1  AGAGATG-GAGAGA-GGGGTAGCCCTCTCAGAAATCTCAGCTCTCACCCC  48
      ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGAGATGAGAGAGAGGGGGTAG-CCTCTCAGAAATCTCAGCTCTCA-CCC  48

seq1  TTAACCTCCCAGATTTTGGTTCCCACAAGGATCCTAGGTCTCACAAGAGG  98
      |||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTCCCAAGATTTGG-TCCCACAAGGATCCTAGGTCTCACAAGAGG  97

seq1  TGGCTTGTCCAGAGCCTTCACCTTCTGTTTCAGCTTGGCAGTTAAGGAGG  148
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGC-TGTCCAGAGCCTTCACCTTCTGTTTCAGCTTGGCAGTTAAGGAGG  146

seq1  CAGAGGGATGCTGCCACCTCCACCCACACAGAAGCAAGTCTAGC-TGTAC  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGAGGGATGCTGCCACCTCCACCCACACAGAAGCAAGTCTAGCTTGTAC  196

seq1  TGGTACTCACCTGTAGCAACTGGACGCATCTTCCAGAAACTGCTCTCTTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACTCACCTGTAGCAACTGGACGCATCTTCCAGAAACTGCTCTCTTT  246

seq1  CTACTCAGCTCTTGGCTGCAATCCCCAGGGACCTATGAAAGCTGGCCTAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCAGCTCTTGGCTGCAATCCCCAGGGACCTATGAAAGCTGGCCTAC  296

seq1  CTGCTTGAGCTGCACATAGATTATGACCGCCCTTGGGGCAGGCAGAAAAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGAGCTGCACATAGATTATGACCGCCCTTGGGGCAGGCAGAAAAG  346

seq1  GGTGGACCAATTCCCAGCAAATGGGAGGATCCATAAAGCAGGAAGGTTCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGACCAATTCCCAGCAAATGGGAGGATCCATAAAGCAGGAAGGTTCA  396

seq1  GAGTAGCTGGCAGACTGGCAGGCTAACAGGTATGGGTGGGGCTGCACAGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGCTGGCAGACTGGCAGGCTAACAGGTATGGGTGGGGCTGCACAGC  446

seq1  TGGTAGCACCCTGGAGCTCCAGGGTCACCTAAGAAGCAGGAGGCACTTTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGCACCCTGGAGCTCCAGGGTCACCTAAGAAGCAGGAGGCACTTTC  496

seq1  TGTCCTGTTCACCTGGGGCTACAGACGGCCAAAGGCTAGAGCTAATGTAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGTTCACCTGGGGCTACAGACGGCCAAAGGCTAGAGCTAATGTAA  546

seq1  TCAGAGAAAGAACACCAAGAGTTTACTTTAAGGCGCCCCTAACAATAGTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAAAGAACACCAAGAGTTTACTTTAAGGCGCCCCTAACAATAGTA  596

seq1  TTCCCGACCTTAGTTTCACAAGAAATGGCAGTAAAGTATAGACTGGCTCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGACCTTAGTTTCACAAGAAATGGCAGTAAAGTATAGACTGGCTCA  646

seq1  AGCCTCATGAACACAGAATCCTAGAGCAAAGCTCCTGCTCCAAATGCCAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCATGAACACAGAATCCTAGAGCAAAGCTCCTGCTCCAAATGCCAA  696

seq1  GGCTCTACATTGTGTCCAAAGTCGTCACACTGCCCCCTTGCTGACATGTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTACATTGTGTCCAAAGTCGTCACACTGCCCCCTTGCTGACATGTG  746

seq1  ACCCAGTGTGGTGCCAACCCCTTCCTTCTTTACTGATGGGATGATTATTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGTGTGGTGCCAACCCCTTCCTTCTTTACTGATGGGATGATTATTT  796

seq1  TAGGGAAATGAGGTGAGAAAGAGCTCCAGGTCCCTTGGGATATGTATATA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAAATGAGGTGAGAAAGAGCTCCAGGTCCCTTGGGATATGTATATA  846

seq1  CAAGGACATGGGACTCAGAAATGGTGTCAAGTGAATGGGTGAAGGCTTCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGACATGGGACTCAGAAATGGTGTCAAGTGAATGGGTGAAGGCTTCC  896

seq1  TAGGTTTACCCACCCTTCCACCTGAGTAGGCACAGTACCCTCTCAATCTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTACCCACCCTTCCACCTGAGTAGGCACAGTACCCTCTCAATCTC  946

seq1  CAGGGTTCAGGTTTTCACAGAACTTTTTAGCTCATTAGAGTCACAGTGGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTCAGGTTTTCACAGAACTTTTTAGCTCATTAGAGTCACAGTGGT  996

seq1  CTTAAGTAACTAAGGCAAGCTGAGACTCCAGTCCAGCTGTAGGAATTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTAACTAAGGCAAGCTGAGACTCCAGTCCAGCTGTAGGAATTC  1044