BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-193K12
Chromosome16 (Build37)
Map Location 96,234,499 - 96,302,750
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBrwd1, LOC100041318
Upstream geneLOC666201, Kcnj15, Erg, Ets2, LOC625548, LOC100040997, Dscr2
Downstream geneHmgn1, Wrb, 4921526F01Rik, Sh3bgr, B3galt5, Jam4, Itgb2l, Pcp4, Dscam
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-193K12.bB6Ng01-193K12.g
ACCGA016568GA016569
length2621,045
definitionB6Ng01-193K12.b B6Ng01-193K12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,234,499 - 96,234,745)(96,301,702 - 96,302,750)
sequence
gaattcactatgcatcaactctattcttcagggctgcagagaggatgctc
tcccagaggacccacatggcagatcacaaccctctgtaaccctaggccca
ggggatctgatgccattctagtttccaagggcaggagataccaacagata
cacatatatatatgcaggcaaaaccactatacatatatatatatatatat
atatatatatatatatatatatgtatatatatatatatatatatatatat
atatatatatat
gaattcatttcctgcttctgagagctcggactaagctctcagaagcagtt
gtgtgtgcctgtcttaacatttccgaggagtggtaacttgcggattacat
ttattttcctttgccttattttccctacttgcttagaggttcttgtgtat
agttgagttttatccaggtaacagaggctttgggtgtttatcgttaacga
agcacaaatgttgcaggagaatatcttcgacaattttaagataaaagact
cacactgagcatattggttacagaaggttgagatgagtgtgtgctgttga
tgtttggctgcacagccccgtttggcttggacttgcagtcctgcttcact
catcctctgctgggtcgggattacaggagagctcactgacttcaccatgt
gtccaagaccagtagtgaacaaaaagtcagccagggcgtcagtcatgcat
gtgggcagttcattctctataccttgttttccagggctaaggagttaact
ggataactagagggctcagcagaacagggcaggagtgctaaagcagcggt
tctcaacccacgggacccaccctttgggggggttgcatgtcagatatcga
cattgcagttcataacagtagtaaaattacagttaagtagcaacgagaat
aactatggttgggggtcaccccaacatgaactgtgcagggctgcagggcc
gcggcgttaggaaggctgaggaccactggtctagagcctctaccattgtc
ctttccacagccaggtgttggccgtgacaggtgcagttgctgagtaaaac
ggggttgctggtttgttgtttaatttgacttttgagagttatttttaaga
agcaaatgttcagtgggtaagatgacttatctataaactactttcctgtt
accccttaacgatgtgagtttacctcctggggaccccgagtgaggaggga
agagatccttactttccacagtggccttctgcattccacccttcaagcca
tgccacatgtacagcatgccaatgcccttctttgctttttgtttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_96234499_96234745
seq2: B6Ng01-193K12.b_44_290

seq1  GAATTCACTATGCATCAACTCTATTCTTCAGGGCTGCAGAGAGGATGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGCATCAACTCTATTCTTCAGGGCTGCAGAGAGGATGCTC  50

seq1  TCCCAGAGGACCCACATGGCAGATCACAACCCTCTGTAACCCTAGGCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAGGACCCACATGGCAGATCACAACCCTCTGTAACCCTAGGCCCA  100

seq1  GGGGATCTGATGCCATTCTAGTTTCCAAGGGCAGGAGATACCAACAGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATCTGATGCCATTCTAGTTTCCAAGGGCAGGAGATACCAACAGATA  150

seq1  CACATATATATATGCAGGCAAAACCACTATACATATATATATATATATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATATATATGCAGGCAAAACCACTATACATATATATATATATATAT  200

seq1  ATATATATATATATATATATATGTATATATATATATATATATATATA  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATGTATATATATATATATATATATATA  247

seq1: chr16_96301702_96302750
seq2: B6Ng01-193K12.g_66_1110 (reverse)

seq1  AAAACAAAAAAGACAAAAGAAAAGGGCATT-GCATGCCTGTACATGTGTG  49
      ||||||||||   |||   | ||||||||| ||||| |||||||  ||||
seq2  AAAACAAAAA--GCAA---AGAAGGGCATTGGCATG-CTGTACA--TGTG  42

seq1  CCATGGCTTG-AGGGTGGAATGCAGAGGCCCACTTGTGG-AAGT-AGGAT  96
       ||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||||| |||| |||||
seq2  GCATGGCTTGAAGGGTGGAATGCAGAAGGCCAC-TGTGGAAAGTAAGGAT  91

seq1  CTC-TCCCTCCTCCACTCGGGGTCCCCAGGA-GTAAACTCACATCGTT-A  143
      ||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  CTCTTCCCTCCT-CACTCGGGGTCCCCAGGAGGTAAACTCACATCGTTAA  140

seq1  GGGGTAACA-GAAAGTAGTTTTATAGATAAGTCATCTTACCCACCTGAAC  192
      ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGGGTAACAGGAAAGTAG-TTTATAGATAAGTCATCTTACCCA-CTGAAC  188

seq1  ATTTGCTTCTTAAAAATAACTCTCAAAAGTCAAATTAAACAACAAACCAG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTTCTTAAAAATAACTCTCAAAAGTCAAATTAAACAACAAACCAG  238

seq1  CAACCCCGTTTTACTCAGCAACTGCACCTGTCACGGCCAACACCTGGCTG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCCGTTTTACTCAGCAACTGCACCTGTCACGGCCAACACCTGGCTG  288

seq1  TGGAAAGGACAATGGTAGAGGCTCTAGACCAGTGGTCCTCAGCCTTCCTA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGGACAATGGTAGAGGCTCTAGACCAGTGGTCCTCAGCCTTCCTA  338

seq1  ACGCCGCGGCCCTGCAGCCCTGCACAGTTCATGTTGGGGTGACCCCCAAC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCGCGGCCCTGCAGCCCTGCACAGTTCATGTTGGGGTGACCCCCAAC  388

seq1  CATAGTTATTCTCGTTGCTACTTAACTGTAATTTTACTACTGTTATGAAC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTATTCTCGTTGCTACTTAACTGTAATTTTACTACTGTTATGAAC  438

seq1  TGCAATGTCGATATCTGACATGCAACCCCCCCAAAGGGTGGGTCCCGTGG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATGTCGATATCTGACATGCAACCCCCCCAAAGGGTGGGTCCCGTGG  488

seq1  GTTGAGAACCGCTGCTTTAGCACTCCTGCCCTGTTCTGCTGAGCCCTCTA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGAACCGCTGCTTTAGCACTCCTGCCCTGTTCTGCTGAGCCCTCTA  538

seq1  GTTATCCAGTTAACTCCTTAGCCCTGGAAAACAAGGTATAGAGAATGAAC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCCAGTTAACTCCTTAGCCCTGGAAAACAAGGTATAGAGAATGAAC  588

seq1  TGCCCACATGCATGACTGACGCCCTGGCTGACTTTTTGTTCACTACTGGT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCACATGCATGACTGACGCCCTGGCTGACTTTTTGTTCACTACTGGT  638

seq1  CTTGGACACATGGTGAAGTCAGTGAGCTCTCCTGTAATCCCGACCCAGCA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGACACATGGTGAAGTCAGTGAGCTCTCCTGTAATCCCGACCCAGCA  688

seq1  GAGGATGAGTGAAGCAGGACTGCAAGTCCAAGCCAAACGGGGCTGTGCAG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGAGTGAAGCAGGACTGCAAGTCCAAGCCAAACGGGGCTGTGCAG  738

seq1  CCAAACATCAACAGCACACACTCATCTCAACCTTCTGTAACCAATATGCT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACATCAACAGCACACACTCATCTCAACCTTCTGTAACCAATATGCT  788

seq1  CAGTGTGAGTCTTTTATCTTAAAATTGTCGAAGATATTCTCCTGCAACAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGAGTCTTTTATCTTAAAATTGTCGAAGATATTCTCCTGCAACAT  838

seq1  TTGTGCTTCGTTAACGATAAACACCCAAAGCCTCTGTTACCTGGATAAAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTTCGTTAACGATAAACACCCAAAGCCTCTGTTACCTGGATAAAA  888

seq1  CTCAACTATACACAAGAACCTCTAAGCAAGTAGGGAAAATAAGGCAAAGG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTATACACAAGAACCTCTAAGCAAGTAGGGAAAATAAGGCAAAGG  938

seq1  AAAATAAATGTAATCCGCAAGTTACCACTCCTCGGAAATGTTAAGACAGG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATGTAATCCGCAAGTTACCACTCCTCGGAAATGTTAAGACAGG  988

seq1  CACACACAACTGCTTCTGAGAGCTTAGTCCGAGCTCTCAGAAGCAGGAAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACAACTGCTTCTGAGAGCTTAGTCCGAGCTCTCAGAAGCAGGAAA  1038

seq1  TGAATTC  1049
      |||||||
seq2  TGAATTC  1045