BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-194O02
Chromosome16 (Build37)
Map Location 6,359,045 - 6,477,236
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA2bp1
Upstream geneLOC100042436, LOC100042445
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-194O02.bB6Ng01-194O02.g
ACCGA017454GA017455
length1,137570
definitionB6Ng01-194O02.b B6Ng01-194O02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,476,104 - 6,477,236)(6,359,045 - 6,359,619)
sequence
gaattctgtcattccccaaagcactacattctcagttgccctccattgtc
tctggctctgacaatgatcccaccgcctcttccaagctaatgctgctacg
caataaaggggcattggccttgaattcattctcacttagaagtgtgcaac
attcttttgacgactgctgacatgccttcatccctgcagcttgcaatcct
gtctggtgattgttagagagcagcctctctaaggatcatttgctaaaaga
gaaaaaggcatttccttagaagcccgagagcaatatcacctcagaagcaa
ccacaaatttatacatgaccatcagaatcacgcttgactttgtgactcta
aatctatactcatgccccagtgtgcacactgctattctcctgttacagac
atgcttaaatctatgtcaaagtctttccttattaaatcccagacctttcc
ccaccagctcatcctgaaattctttcctgtagcccagttaagactctcac
ttcactggcgtggactctacagtgaactcctccagctactgtagctggca
gcgtgaggctctgtctttctctcttgctccaactgaaatcaggtttctgc
tttgagacaactcaaaaggaggctagacaggaaaggcgctggctccatgt
gatgctgtagttcaaggacagtgacaggagaagttgaaacaggatccttc
tggcagcccaagcatgtgggctgggtcttctacatcatataactttgtgt
agacttaccattcatgttggctacagtaagcactcatgtgcaggggaaac
acataagcctaccaaccccttgaggaaacttggcacaagaaatactgtga
gcacatattctatagtatacatatagtatgtatgctatacatgctattct
atatgagcactattctatagtatacatataaacaccgtgagcacatatat
tctatagtatacatgcattaagtgttctaatgcatattaagaatttacaa
tttgttaatgaatgtacattattttgtgtatgttcacacacccacacttt
gtatttgtagaggccatttctgctctttattcatcttctacctccggtcc
ctgagatagacctggggctgcaggttgcaatacccac

aaactcaggcccctgacattattcagcattcttgcccatggaatcatctc
cccaagcaaagtggaaatttctctgtaatttttatacatccatgaatatt
ctcggagcatgtaatggtgtgcggtcacatctatgtgaacatgtttatat
gtatggggggtatgtttgtcagaggtcatagatgtcagaggtcaatctta
gatgctgttccttaggagccattttccatggtggtggttttgtaaaaaat
tttaaattttatcaattttaaaacatttgtatgtcacctgtgcatgcttg
tgtaatgccatggtgcacatgcatgggtcaaaggacaacagagggaactg
gttctcttctttcatcttgatggactcagcttatcagacttgatggcaag
tccctttgcttgtaaataatctcaccaacccctgccatgttttggagatg
agtaactcattgggaataggcctctccaactaggcctgccagtgaagtcc
agggataaactcatctctagccccacagtgtaggggttaaaagcacacaa
ctaatagtgcttgggttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_6476104_6477236
seq2: B6Ng01-194O02.b_45_1181 (reverse)

seq1  GTGGGTATTGCAAACTGCCAGCCCCAGGTCCTATCTCAAGGGAAC-GAGG  49
      ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||| | ||||
seq2  GTGGGTATTGCAACCTG-CAGCCCCAGGT-CTATCTC-AGGGACCGGAGG  47

seq1  TAG-AGATGGAT-AAGAGCAG-AATGGCCTCTACAAATAC-AAGTGTGGG  95
      ||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TAGAAGATGAATAAAGAGCAGAAATGGCCTCTACAAATACAAAGTGTGGG  97

seq1  TGTGTGAACATACACAAA--TATGTACATTCATT-ACAAATTGTAAATTC  142
      ||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGTGTGAACATACACAAAATAATGTACATTCATTAACAAATTGTAAATTC  147

seq1  TTTAATATGCATTAGAACACTTAATGCATGTATACTATAGAATATATGTG  192
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTAATATGCATTAGAACACTTAATGCATGTATACTATAGAATATATGTG  196

seq1  CTCACGGTGTTTATATGTATACTATAGAATAGTGCTCATATAGAATAGCA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACGGTGTTTATATGTATACTATAGAATAGTGCTCATATAGAATAGCA  246

seq1  TGTATAGCATACATACTATATGTATACTATAGAATATGTGCTCACAGTAT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGCATACATACTATATGTATACTATAGAATATGTGCTCACAGTAT  296

seq1  TTCTTGTGCCAAGTTTCCTCAAGGGGTTGGTAGGCTTATGTGTTTCCCCT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTGCCAAGTTTCCTCAAGGGGTTGGTAGGCTTATGTGTTTCCCCT  346

seq1  GCACATGAGTGCTTACTGTAGCCAACATGAATGGTAAGTCTACACAAAGT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGAGTGCTTACTGTAGCCAACATGAATGGTAAGTCTACACAAAGT  396

seq1  TATATGATGTAGAAGACCCAGCCCACATGCTTGGGCTGCCAGAAGGATCC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGATGTAGAAGACCCAGCCCACATGCTTGGGCTGCCAGAAGGATCC  446

seq1  TGTTTCAACTTCTCCTGTCACTGTCCTTGAACTACAGCATCACATGGAGC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAACTTCTCCTGTCACTGTCCTTGAACTACAGCATCACATGGAGC  496

seq1  CAGCGCCTTTCCTGTCTAGCCTCCTTTTGAGTTGTCTCAAAGCAGAAACC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGCCTTTCCTGTCTAGCCTCCTTTTGAGTTGTCTCAAAGCAGAAACC  546

seq1  TGATTTCAGTTGGAGCAAGAGAGAAAGACAGAGCCTCACGCTGCCAGCTA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCAGTTGGAGCAAGAGAGAAAGACAGAGCCTCACGCTGCCAGCTA  596

seq1  CAGTAGCTGGAGGAGTTCACTGTAGAGTCCACGCCAGTGAAGTGAGAGTC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGCTGGAGGAGTTCACTGTAGAGTCCACGCCAGTGAAGTGAGAGTC  646

seq1  TTAACTGGGCTACAGGAAAGAATTTCAGGATGAGCTGGTGGGGAAAGGTC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGGGCTACAGGAAAGAATTTCAGGATGAGCTGGTGGGGAAAGGTC  696

seq1  TGGGATTTAATAAGGAAAGACTTTGACATAGATTTAAGCATGTCTGTAAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTTAATAAGGAAAGACTTTGACATAGATTTAAGCATGTCTGTAAC  746

seq1  AGGAGAATAGCAGTGTGCACACTGGGGCATGAGTATAGATTTAGAGTCAC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAATAGCAGTGTGCACACTGGGGCATGAGTATAGATTTAGAGTCAC  796

seq1  AAAGTCAAGCGTGATTCTGATGGTCATGTATAAATTTGTGGTTGCTTCTG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAAGCGTGATTCTGATGGTCATGTATAAATTTGTGGTTGCTTCTG  846

seq1  AGGTGATATTGCTCTCGGGCTTCTAAGGAAATGCCTTTTTCTCTTTTAGC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATATTGCTCTCGGGCTTCTAAGGAAATGCCTTTTTCTCTTTTAGC  896

seq1  AAATGATCCTTAGAGAGGCTGCTCTCTAACAATCACCAGACAGGATTGCA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATCCTTAGAGAGGCTGCTCTCTAACAATCACCAGACAGGATTGCA  946

seq1  AGCTGCAGGGATGAAGGCATGTCAGCAGTCGTCAAAAGAATGTTGCACAC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAGGGATGAAGGCATGTCAGCAGTCGTCAAAAGAATGTTGCACAC  996

seq1  TTCTAAGTGAGAATGAATTCAAGGCCAATGCCCCTTTATTGCGTAGCAGC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGTGAGAATGAATTCAAGGCCAATGCCCCTTTATTGCGTAGCAGC  1046

seq1  ATTAGCTTGGAAGAGGCGGTGGGATCATTGTCAGAGCCAGAGACAATGGA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCTTGGAAGAGGCGGTGGGATCATTGTCAGAGCCAGAGACAATGGA  1096

seq1  GGGCAACTGAGAATGTAGTGCTTTGGGGAATGACAGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAACTGAGAATGTAGTGCTTTGGGGAATGACAGAATTC  1137


seq1: chr16_6359045_6359619
seq2: B6Ng01-194O02.g_64_639

seq1  GAATTCAAACTCAGGCCCCTGACATTATTCAGCATTCTTGCCCATGGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACTCAGGCCCCTGACATTATTCAGCATTCTTGCCCATGGAAT  50

seq1  CATCTCCCCAAGCAAAGTGGAAATTTCTCTGTAATTTTTATACATCCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCCCAAGCAAAGTGGAAATTTCTCTGTAATTTTTATACATCCATG  100

seq1  AATATTCTCGGAGCATGTAATGGTGTGCGGTCACATCTATGTGAACATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCTCGGAGCATGTAATGGTGTGCGGTCACATCTATGTGAACATGT  150

seq1  TTATATGTATGGGGGGTATGTTTGTCAGAGGTCATAGATGTCAGAGGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGTATGGGGGGTATGTTTGTCAGAGGTCATAGATGTCAGAGGTCA  200

seq1  ATCTTAGATGCTGTTCCTTAGGAGCCATTTTCCATGGTGGTGGTTTTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGATGCTGTTCCTTAGGAGCCATTTTCCATGGTGGTGGTTTTGTA  250

seq1  AAAAATTTTAAATTTTATCAATTTTAAAACATTTGTATGTCACCTGTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTTTAAATTTTATCAATTTTAAAACATTTGTATGTCACCTGTGCA  300

seq1  TGCTTGTGTAATGCCATGGTGCACATGCATGGGTCAAAGGACAACAGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTGTAATGCCATGGTGCACATGCATGGGTCAAAGGACAACAGAGG  350

seq1  GAACTGGTTCTCTTCTTTCATCTTGATGGACTCAGCTTATCAGACTTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGTTCTCTTCTTTCATCTTGATGGACTCAGCTTATCAGACTTGAT  400

seq1  GGCAAGTCCCTTTGCTTGTAAATAATCTCACCAACCCCTGCCATGTTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGTCCCTTTGCTTGTAAATAATCTCACCAACCCCTGCCATGTTTTG  450

seq1  GAGATGAGTAACTCATTGGGAATAGGCCTCTCCAACTAGGCCTGCCAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGAGTAACTCATTGGGAATAGGCCTCTCCAACTAGGCCTGCCAGTG  500

seq1  AAGTCCAGGGATAAACTCATCTCTAGCCCCACAGTGTAGGGGTTAAAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCAGGGATAAACTCATCTCTAGCCCCACAGTGTAGGGGTTAAAAGC  550

seq1  ACAC-ACTAATAGTGCTTGGGTTTTT  575
      |||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACTAATAGTGCTTGGGTTTTT  576


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |