BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-195C02
Chromosome16 (Build37)
Map Location 66,625,777 - 66,782,289
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCadm2
Upstream geneEG383186, Vgll3, LOC664846, LOC100039035
Downstream gene9330155M09Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-195C02.bB6Ng01-195C02.g
ACCGA017635GA017636
length1,1851,141
definitionB6Ng01-195C02.b B6Ng01-195C02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,781,098 - 66,782,289)(66,625,777 - 66,626,916)
sequence
gaattcttattagagtagtaaatatttcagcttagctgttagtttcaaat
gtttactgccaagctcgtttttacttccttcgaaattcagaatggtgcta
aaataaccctagccacttattgttcttttttatatgttccatattaatat
gtactgtttgcaaaactacatggatggtagtaactgagttctttaacttt
tacaaagttttacacgaaagtgttcatactcatattgactgatgaattaa
aaacaccttttcattttattgtggattaatttataagtgtccagaagcag
aaactagatcaatctaaattatctttcttagaatctaatataccatcatt
caaatatatggagtaactaaaaccagctgacagtgatgtgcaatgttcct
ttaaggatgcagaatgttccccagagatgaaataagtccagtaatgagag
agagctacagtcaatattaaaattagagcaatgacgtcagctaattcagt
cttcataaactccaaagggctatgccaaaatgtctatatatttcacatag
aaactcaagatactcaccccacacaggtgttcatgtataattgatgtgat
gtattgagtcactacattttcaaatagtgaaagaaagaaaacagttttgg
caaaggggagaaatatagtgattagtaaattaaggatattccagtgctat
actaatattctcataatggatgaccacaggaatggttcaaatagagaaac
acttagaagagctatcagtattttctgtagtgcatgaaaagagaacatat
gcattttaaaataatgtatataataataactgcacaaggcaaaaatatat
cctgttgccagatttgtaggaaattggagagcacatacacacacaaagga
acataatgaaaaaaaacatcgtaaaataggttacaaagaggagcttcaac
tctgtatcctcacgatgcacaatttaaaagtgattattcctatgaactat
atcagagcacatttagttttatgagtattatcattaattaaatactgcat
ttgaataaaaagataatctttttacctgcaatttagatagagacggattt
tttatctgtcaccataatgcttcaagttgatgtatcaaggtaaagagaag
tactttcttccactgggaaggagtataaagggcag

gaattcatcttttctggtagaagacatgcatgcttttagagacccagtaa
cagaatatgccttaaaccagaaagttaaataactataattaaatttttgt
agacatatgccatcaaatgttaattctaaattagttggaaatattaagat
taagatgggttgagtgacctagccaaccacacaccactgcttagcaatac
tgtatactgtagagtgctggttagatgctctcaggatcccatggatggct
gggaactatggctcactgctcacaattagaattacaccagagcactattt
cctatgaccagtccgggaaaatataaaaattcagaaaacgacttgtagtt
ttactgtatgtgtgtggcttttaaaatactggaaagtcaaaatgctagaa
agatattggaaattgagcaggcttgtgctctaaaactttaattcattcat
gttttatttaatccgcaagcattgcctggcttctaccatatgctggcctg
taaaatagatactaggaattaaaatgtcttttctgtttatcacaaagttc
ttttctttcctctgttataggcagagattcagtacatttattgtgctaac
agttcctatttgtccataaaagagagcaagataaacacagtgcagacatc
tcctgaggtgattaaatagcactcaagcaaaccgtgtatctgagctccgt
ttgctctctcaggtatacagatccaaacagcctggatgacctgtgatgtc
agtttactattgcctccagtcctgatttctgctttgttaaacagcatgat
gagccagctattcaatttcttcccctcaactccaaaggtactactttgtg
cttccaattgtgtaatagattctactgttgtggtaactgctgctccttct
tttactatgtatagctgggctttgtatcatgcaatcacgtttaaataaga
atccagccgttcagttcagccaaagactggcaaataagccagtctagatg
acaaagcattctatttcaagctagatttaaactatggctaattagtttct
ggggaagaaaaagaccactccctgtatagccattgaatgcatttaatatg
tgctatgtacaatggtgcaccttcacaaggaattccatgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_66781098_66782289
seq2: B6Ng01-195C02.b_45_1229 (reverse)

seq1  CTGCCCTTTATACTCTT---CAGTTGA--GAAGTAC-TCTC-TTACC-TG  42
      ||||||||||||||| |   |||| ||   |||||| |||| ||||| ||
seq2  CTGCCCTTTATACTCCTTCCCAGTGGAAGAAAGTACTTCTCTTTACCTTG  50

seq1  ATACATACAACTTGAAAGCATTTATGGTTGACAGGAATTAAAAATCTGTC  92
      |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||  || ||||||| |||
seq2  ATACAT-CAACTTG-AAGCA-TTATGG-TGACAG--ATAAAAAATCCGTC  94

seq1  TTTCTATTCTTAAATTGCAGGTAAAAAGATTATC-TTTTATCAAAATGGC  141
        |||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||
seq2  --TCTAT--CTAAATTGCAGGTAAAAAGATTATCTTTTTATTCAAAT-GC  139

seq1  AGTATTTAAATTAATGATTAATACTTCATAAAAACTAAATGTTGCTCTGA  191
      ||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||||||| ||||||||
seq2  AGTATTT-AATTAATGA-TAATAC-TCAT-AAAACTAAATG-TGCTCTGA  184

seq1  TATAGTTCATAGGAATAATCACTTTTAAATTGTGCATCGTGAGGATACAG  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTCATAGGAATAATCACTTTTAAATTGTGCATCGTGAGGATACAG  234

seq1  AGTTGAAGCTCCTCTTTGTAACCTATTTTACGATGTTTTTTTTCATTATG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAAGCTCCTCTTTGTAACCTATTTTACGATGTTTTTTTTCATTATG  284

seq1  TTCCTTTGTGTGTGTATGTGCTCTCCAATTTCCTACAAATCTGGCAACAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTGTGTGTGTATGTGCTCTCCAATTTCCTACAAATCTGGCAACAG  334

seq1  GATATATTTTTGCCTTGTGCAGTTATTATTATATACATTATTTTAAAATG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATTTTTGCCTTGTGCAGTTATTATTATATACATTATTTTAAAATG  384

seq1  CATATGTTCTCTTTTCATGCACTACAGAAAATACTGATAGCTCTTCTAAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTTCTCTTTTCATGCACTACAGAAAATACTGATAGCTCTTCTAAG  434

seq1  TGTTTCTCTATTTGAACCATTCCTGTGGTCATCCATTATGAGAATATTAG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTCTATTTGAACCATTCCTGTGGTCATCCATTATGAGAATATTAG  484

seq1  TATAGCACTGGAATATCCTTAATTTACTAATCACTATATTTCTCCCCTTT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCACTGGAATATCCTTAATTTACTAATCACTATATTTCTCCCCTTT  534

seq1  GCCAAAACTGTTTTCTTTCTTTCACTATTTGAAAATGTAGTGACTCAATA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAACTGTTTTCTTTCTTTCACTATTTGAAAATGTAGTGACTCAATA  584

seq1  CATCACATCAATTATACATGAACACCTGTGTGGGGTGAGTATCTTGAGTT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACATCAATTATACATGAACACCTGTGTGGGGTGAGTATCTTGAGTT  634

seq1  TCTATGTGAAATATATAGACATTTTGGCATAGCCCTTTGGAGTTTATGAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTGAAATATATAGACATTTTGGCATAGCCCTTTGGAGTTTATGAA  684

seq1  GACTGAATTAGCTGACGTCATTGCTCTAATTTTAATATTGACTGTAGCTC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAATTAGCTGACGTCATTGCTCTAATTTTAATATTGACTGTAGCTC  734

seq1  TCTCTCATTACTGGACTTATTTCATCTCTGGGGAACATTCTGCATCCTTA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCATTACTGGACTTATTTCATCTCTGGGGAACATTCTGCATCCTTA  784

seq1  AAGGAACATTGCACATCACTGTCAGCTGGTTTTAGTTACTCCATATATTT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACATTGCACATCACTGTCAGCTGGTTTTAGTTACTCCATATATTT  834

seq1  GAATGATGGTATATTAGATTCTAAGAAAGATAATTTAGATTGATCTAGTT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGATGGTATATTAGATTCTAAGAAAGATAATTTAGATTGATCTAGTT  884

seq1  TCTGCTTCTGGACACTTATAAATTAATCCACAATAAAATGAAAAGGTGTT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCTGGACACTTATAAATTAATCCACAATAAAATGAAAAGGTGTT  934

seq1  TTTAATTCATCAGTCAATATGAGTATGAACACTTTCGTGTAAAACTTTGT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTCATCAGTCAATATGAGTATGAACACTTTCGTGTAAAACTTTGT  984

seq1  AAAAGTTAAAGAACTCAGTTACTACCATCCATGTAGTTTTGCAAACAGTA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTAAAGAACTCAGTTACTACCATCCATGTAGTTTTGCAAACAGTA  1034

seq1  CATATTAATATGGAACATATAAAAAAGAACAATAAGTGGCTAGGGTTATT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTAATATGGAACATATAAAAAAGAACAATAAGTGGCTAGGGTTATT  1084

seq1  TTAGCACCATTCTGAATTTCGAAGGAAGTAAAAACGAGCTTGGCAGTAAA  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCACCATTCTGAATTTCGAAGGAAGTAAAAACGAGCTTGGCAGTAAA  1134

seq1  CATTTGAAACTAACAGCTAAGCTGAAATATTTACTACTCTAATAAGAATT  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAAACTAACAGCTAAGCTGAAATATTTACTACTCTAATAAGAATT  1184

seq1  C  1192
      |
seq2  C  1185


seq1: chr16_66625777_66626916
seq2: B6Ng01-195C02.g_56_1196

seq1  GAATTCATCTTTTCTGGTAGAAGACATGCATGCTTTTAGAGACCCAGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTTTTCTGGTAGAAGACATGCATGCTTTTAGAGACCCAGTAA  50

seq1  CAGAATATGCCTTAAACCAGAAAGTTAAATAACTATAATTAAATTTTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATATGCCTTAAACCAGAAAGTTAAATAACTATAATTAAATTTTTGT  100

seq1  AGACATATGCCATCAAATGTTAATTCTAAATTAGTTGGAAATATTAAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATATGCCATCAAATGTTAATTCTAAATTAGTTGGAAATATTAAGAT  150

seq1  TAAGATGGGTTGAGTGACCTAGCCAACCACACACCACTGCTTAGCAATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATGGGTTGAGTGACCTAGCCAACCACACACCACTGCTTAGCAATAC  200

seq1  TGTATACTGTAGAGTGCTGGTTAGATGCTCTCAGGATCCCATGGATGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACTGTAGAGTGCTGGTTAGATGCTCTCAGGATCCCATGGATGGCT  250

seq1  GGGAACTATGGCTCACTGCTCACAATTAGAATTACACCAGAGCACTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTATGGCTCACTGCTCACAATTAGAATTACACCAGAGCACTATTT  300

seq1  CCTATGACCAGTCCGGGAAAATATAAAAATTCAGAAAACGACTTGTAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGACCAGTCCGGGAAAATATAAAAATTCAGAAAACGACTTGTAGTT  350

seq1  TTACTGTATGTGTGTGGCTTTTAAAATACTGGAAAGTCAAAATGCTAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTATGTGTGTGGCTTTTAAAATACTGGAAAGTCAAAATGCTAGAA  400

seq1  AGATATTGGAAATTGAGCAGGCTTGTGCTCTAAAACTTTAATTCATTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTGGAAATTGAGCAGGCTTGTGCTCTAAAACTTTAATTCATTCAT  450

seq1  GTTTTATTTAATCCGCAAGCATTGCCTGGCTTCTACCATATGCTGGCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATTTAATCCGCAAGCATTGCCTGGCTTCTACCATATGCTGGCCTG  500

seq1  TAAAATAGATACTAGGAATTAAAATGTCTTTTCTGTTTATCACAAAGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAGATACTAGGAATTAAAATGTCTTTTCTGTTTATCACAAAGTTC  550

seq1  TTTTCTTTCCTCTGTTATAGGCAGAGATTCAGTACATTTATTGTGCTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTCCTCTGTTATAGGCAGAGATTCAGTACATTTATTGTGCTAAC  600

seq1  AGTTCCTATTTGTCCATAAAAGAGAGCAAGATAAACACAGTGCAGACATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTATTTGTCCATAAAAGAGAGCAAGATAAACACAGTGCAGACATC  650

seq1  TCCTGAGGTGATTAAATAGCACTCAAGCAAACCGTGTATCTGAGCTCCGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGGTGATTAAATAGCACTCAAGCAAACCGTGTATCTGAGCTCCGT  700

seq1  TTGCTCTCTCAGGTATACAGATCCAAACAGCCTGGATGACCTGTGATGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTCTCAGGTATACAGATCCAAACAGCCTGGATGACCTGTGATGTC  750

seq1  AGTTTACTATTGCCTCCAGTCCTGATTTCTGCTTTGTTAAACAGCATGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTACTATTGCCTCCAGTCCTGATTTCTGCTTTGTTAAACAGCATGAT  800

seq1  GAGCCAGCTATTCAATTTCTTCCCCTCAACTCCAAAGGTACTACTTTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGCTATTCAATTTCTTCCCCTCAACTCCAAAGGTACTACTTTGTG  850

seq1  CTTCCAATTGTGTAATAGATTCTACTGTTGTGGTAACTGCTGCTCCTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAATTGTGTAATAGATTCTACTGTTGTGGTAACTGCTGCTCCTTCT  900

seq1  TTTACTATGTATAGCTGGGCTTTGTATCATGCAATCACG-TTAAATAAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTACTATGTATAGCTGGGCTTTGTATCATGCAATCACGTTTAAATAAGA  950

seq1  ATCCAGCCGTTCAGTTCAGCCAAAGACTGGCAAATAAGCCAGTCTAGATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGCCGTTCAGTTCAGCCAAAGACTGGCAAATAAGCCAGTCTAGATG  1000

seq1  ACAAAGCATTCTATTTCAAGCTAGATTTTAAACTATGGGCTAATTAAGTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||
seq2  ACAAAGCATTCTATTTCAAGCTAGA-TTTAAACTAT-GGCTAATT-AGTT  1047

seq1  TCTGGGGAAG-AAAAGA-CACTCCCTGTATAGGCCAATTTGATGGCATTT  1097
      |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||  ||||  ||||||
seq2  TCTGGGGAAGAAAAAGACCACTCCCTGTATA-GCCA--TTGAATGCATTT  1094

seq1  -ATATGTTGCTATGTACAAT-GTGCACC-TCACA--GGATTCCATGAG  1140
       ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||  | ||||||||||
seq2  AATATG-TGCTATGTACAATGGTGCACCTTCACAAGGAATTCCATGAG  1141


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |