BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197P14
Chromosome16 (Build37)
Map Location 38,033,996 - 38,232,643
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043713, Gsk3b
Upstream genePolq, Stxbp5l, Gtf2e1, Rabl3, Hgd, Ndufb4, LOC100043709, Fstl1, LOC100043264, Lrrc58, Gpr156, LOC100043271
Downstream geneNr1i2, 4932425I24Rik, Cox17, LOC100043715, Popdc2, Pla1a, Adprh, Cd80, LOC667353, Ck-ps3, 4930455C21Rik, 9630046K23Rik, Tmem39a, Cdgap, B4galt4, LOC100043289, Upk1b, 4930435E12Rik, Igsf11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197P14.bB6Ng01-197P14.g
ACCGA019694GA019695
length1,109656
definitionB6Ng01-197P14.b B6Ng01-197P14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,231,532 - 38,232,643)(38,033,996 - 38,034,649)
sequence
gaattcataaagatctaggactagtttttggccatcagtccgtttcctag
cagtcagtataatcatggccttgtcttgcttgtctgcttctgcacttaat
actgagctctgctctcaggcctaaaggaaagcaggaaaaccccaatcttt
cttctagctggctacgaacagggccacttctgaggcagccagcagaagcc
tctgcatcccaacaagcttgctccagacaaagacagctgtgctgtgtgga
gcgcgtgcagacatgatgctttaatacagctgtgctgtgtggagcgcgtg
cagacatgatgctttaatacagctgtgctgtgtggagcgcgtgcagacat
gatgctttaatacagctgtgctgtgtggagcgcatgcagacatgatgctt
taatacagctgtgctgtgtggagcgcatgcagacatgatgctttaataca
gctgtgctgtgtggagcgtgtgcagacatgatgctttaacaggtcagatg
ctaattctaggattatgccttagttctgaattcactgacaggctgctaaa
gacaagtatttgcttcttcgtgactcattctctaaattgctaaattattt
tcgatactgaattttctgttaaagggacttaaatcaagaagtccagcgac
tgtgtagcgtggaagttcacactctaattcactaaccccatgttgggtta
ttatacgctgcatcacttaggttgaaggattagaaattctgaccttgaac
atttaatatttaaaatatttttaggttcagatatcattcaagtctagagc
ttttcagattaactgtctatttctttgaagcatgaagcagactcagaaat
ggcttacaagggaaagctttgtctatgtggaaatggagatctcacttata
gagaagacagactctgtcttccatatgtgtggatgttacactgctttgtt
ggagatcaagtcttgcttgtaagtgttggtggccaggtgctcacggagtt
cattctagccctggaactcatatagatctctgcctcagccttccactgct
agattacagtggtgtgcaaccaatgtcagggccatctaaaacatgcctag
acggttttt
gaattccctcatgcagactaggctgcccttggcttgatctccaactcaga
gttccaaccgtttccacctcctaagtgctgggatttaaagggtgagtcac
catcacccacaacccacccactcccccctcagttttagttagttttcttt
ttcaagaccgtttctgtaggcaaccctggctgtcctagtactcatgtagc
ccaggctggcctcgaactctgagattcatctgcctctgcctcctgagtgc
tgggattaaaggtgtgtgccaccaatacccagtttatttttatctttgaa
tgtatgtgtatatacatatgtctgtgcactgtgtgctgtgtatacaggtg
cccatagaggccagagagagtatcagatctgaagctgcagttactggcag
ttgtaagctgtcccacatgggtgctgggaaccaaatttgggtcttctaga
gtagtcgaaagtcctcagcccttgagaagctcaccatcccctcttctatc
ttggtgaacaagaagagacacttcatcttcctttttttctcaacaggtcc
taatagcacctcccaccaccaccaccccacccctccccccatctccagat
acactggtccttactgccagactatcataagtccagcacttactcacata
gaagcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_38231532_38232643
seq2: B6Ng01-197P14.b_46_1154 (reverse)

seq1  AAAAACAGGTCTGGGCATGTTTTAAGATGCCCTGGACA-TGGTGGCACA-  48
      ||||||  |||| |||||||||| ||||| ||  |||| |||| ||||| 
seq2  AAAAAC-CGTCTAGGCATGTTTT-AGATGGCCCTGACATTGGTTGCACAC  48

seq1  CACTGTTAATTCTAGCAGTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCTATATGAG  98
      ||||||  | |||||||| ||| ||||||||||||   ||||||||||||
seq2  CACTGT--AATCTAGCAG-TGGAAGGCTGAGGCAG--AGATCTATATGAG  93

seq1  TT-CAAGGCTAGAATGAACTCCGTGAGCACCTGGCCACCAACACTTACAA  147
      || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGGCTAGAATGAACTCCGTGAGCACCTGGCCACCAACACTTACAA  143

seq1  GCAAGACTTGATCTCCAACAAAGCAGTGTAACATCCACACATATGGAAGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACTTGATCTCCAACAAAGCAGTGTAACATCCACACATATGGAAGA  193

seq1  CAGAGTCTGTCTTCTCTATAAGTGAGATCTCCATTTCCACATAGACAAAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCTGTCTTCTCTATAAGTGAGATCTCCATTTCCACATAGACAAAG  243

seq1  CTTT-CCTTGTAAGCCATTTCTGAGTCTGCTTCATGCTTCAAAGAAATAG  296
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCTTGTAAGCCATTTCTGAGTCTGCTTCATGCTTCAAAGAAATAG  293

seq1  ACAGTTAATCTGAAAAGCTCTAGACTTGAATGATATCTGAACCTAAAAAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTAATCTGAAAAGCTCTAGACTTGAATGATATCTGAACCTAAAAAT  343

seq1  ATTTTAAATATTAAATGTTCAAGGTCAGAATTTCTAATCCTTCAACCTAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAATATTAAATGTTCAAGGTCAGAATTTCTAATCCTTCAACCTAA  393

seq1  GTGATGCAGCGTATAATAACCCAACATGGGGTTAGTGAATTAGAGTGTGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGCAGCGTATAATAACCCAACATGGGGTTAGTGAATTAGAGTGTGA  443

seq1  ACTTCCACGCTACACAGTCGCTGGACTTCTTGATTTAAGTCCCTTTAACA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCACGCTACACAGTCGCTGGACTTCTTGATTTAAGTCCCTTTAACA  493

seq1  GAAAATTCAGTATCGAAAATAATTTAGCAATTTAGAGAATGAGTCACGAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTCAGTATCGAAAATAATTTAGCAATTTAGAGAATGAGTCACGAA  543

seq1  GAAGCAAATACTTGTCTTTAGCAGCCTGTCAGTGAATTCAGAACTAAGGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAATACTTGTCTTTAGCAGCCTGTCAGTGAATTCAGAACTAAGGC  593

seq1  ATAATCCTAGAATTAGCATCTGACCTGTTAAAGCATCATGTCTGCACACG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCCTAGAATTAGCATCTGACCTGTTAAAGCATCATGTCTGCACACG  643

seq1  CTCCACACAGCACAGCTGTATTAAAGCATCATGTCTGCATGCGCTCCACA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACACAGCACAGCTGTATTAAAGCATCATGTCTGCATGCGCTCCACA  693

seq1  CAGCACAGCTGTATTAAAGCATCATGTCTGCATGCGCTCCACACAGCACA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACAGCTGTATTAAAGCATCATGTCTGCATGCGCTCCACACAGCACA  743

seq1  GCTGTATTAAAGCATCATGTCTGCACGCGCTCCACACAGCACAGCTGTAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATTAAAGCATCATGTCTGCACGCGCTCCACACAGCACAGCTGTAT  793

seq1  TAAAGCATCATGTCTGCACGCGCTCCACACAGCACAGCTGTATTAAAGCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCATCATGTCTGCACGCGCTCCACACAGCACAGCTGTATTAAAGCA  843

seq1  TCATGTCTGCACGCGCTCCACACAGCACAGCTGTCTTTGTCTGGAGCAAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCTGCACGCGCTCCACACAGCACAGCTGTCTTTGTCTGGAGCAAG  893

seq1  CTTGTTGGGATGCAGAGGCTTCTGCTGGCTGCCTCAGAAGTGGCCCTGTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGGGATGCAGAGGCTTCTGCTGGCTGCCTCAGAAGTGGCCCTGTT  943

seq1  CGTAGCCAGCTAGAAGAAAGATTGGGGTTTTCCTGCTTTCCTTTAGGCCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAGCCAGCTAGAAGAAAGATTGGGGTTTTCCTGCTTTCCTTTAGGCCT  993

seq1  GAGAGCAGAGCTCAGTATTAAGTGCAGAAGCAGACAAGCAAGACAAGGCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCAGAGCTCAGTATTAAGTGCAGAAGCAGACAAGCAAGACAAGGCC  1043

seq1  ATGATTATACTGACTGCTAGGAAACGGACTGATGGCCAAAAACTAGTCCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTATACTGACTGCTAGGAAACGGACTGATGGCCAAAAACTAGTCCT  1093

seq1  AGATCTTTATGAATTC  1112
      ||||||||||||||||
seq2  AGATCTTTATGAATTC  1109

seq1: chr16_38033996_38034649
seq2: B6Ng01-197P14.g_67_722

seq1  GAATTCCCTCATGCAGACTAGGCTGCCCTTGGCTTGATCTCCAACTCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCATGCAGACTAGGCTGCCCTTGGCTTGATCTCCAACTCAGA  50

seq1  GTTCCAACCGTTTCCACCTCCTAAGTGCTGGGATTTAAAGGGTGAGTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAACCGTTTCCACCTCCTAAGTGCTGGGATTTAAAGGGTGAGTCAC  100

seq1  CATCACCCACAACCCACCCACTCCCCCCTCAGTTTTAGTTAGTTTTCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCCACAACCCACCCACTCCCCCCTCAGTTTTAGTTAGTTTTCTTT  150

seq1  TTCAAGACCGTTTCTGTAGGCAACCCTGGCTGTCCTAGTACTCATGTAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGACCGTTTCTGTAGGCAACCCTGGCTGTCCTAGTACTCATGTAGC  200

seq1  CCAGGCTGGCCTCGAACTCTGAGATTCATCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTGGCCTCGAACTCTGAGATTCATCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGC  250

seq1  TGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCAATACCCAGTTTATTTTTATCTTTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCAATACCCAGTTTATTTTTATCTTTGAA  300

seq1  TGTATGTGTATATACATATGTCTGTGCACTGTGTGCTGTGTATACAGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGTATATACATATGTCTGTGCACTGTGTGCTGTGTATACAGGTG  350

seq1  CCCATAGAGGCCAGAGAGAGTATCAGATCTGAAGCTGCAGTTACTGGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAGAGGCCAGAGAGAGTATCAGATCTGAAGCTGCAGTTACTGGCAG  400

seq1  TTGTAAGCTGTCCCACATGGGTGCTGGGAACCAAATTTGGGTCTTCTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGCTGTCCCACATGGGTGCTGGGAACCAAATTTGGGTCTTCTAGA  450

seq1  GTAGTCGAAAGTCCTCAGCCCTTGAGAAGCTCACCATCCCCTCTTCTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCGAAAGTCCTCAGCCCTTGAGAAGCTCACCATCCCCTCTTCTATC  500

seq1  TTGGTGAACAAGAAGAGACACTTCATC-TCCTTTTTTTCTCAACAGGTCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGAACAAGAAGAGACACTTCATCTTCCTTTTTTTCTCAACAGGTCC  550

seq1  TAATAGCACCTCCCACCACCACCACCCCACCCCT-CCCCCATCTCCAGAT  598
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TAATAGCACCTCCCACCACCACCACCCCACCCCTCCCCCCATCTCCAGAT  600

seq1  ACACTGGTCCTTACTGCCAGACTATCAGAAGTCCAGCACTTACTCACATA  648
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGTCCTTACTGCCAGACTATCATAAGTCCAGCACTTACTCACATA  650

seq1  GAAGCC  654
      ||||||
seq2  GAAGCC  656