BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201G08
Chromosome16 (Build37)
Map Location 75,934,587 - 76,145,955
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930578N18Rik
Upstream geneLOC665042, D930038D03Rik, Rbm11, Stch, LOC546667, Samsn1
Downstream geneLOC100039457, Nrip1, LOC100039316, 1700063K16Rik, LOC665120, Usp25
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201G08.bB6Ng01-201G08.g
ACCGA022185GA022186
length1,0761,185
definitionB6Ng01-201G08.b B6Ng01-201G08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,144,886 - 76,145,955)(75,934,587 - 75,935,790)
sequence
gaattcccctttcagggtctctagtgatgtacgcttcatgtgacactttg
gagatcattgtattttctacctttctccagccagcatgtcatacccataa
aaaacatattagtggcaggaatgtgaaaactcatgccagtgaactttgca
ttcttagaggaatgaccttcctaaagggaatgcctatggtcttccctatg
aaggtctatggcagtcataaaaatgctgaagttgtcacacagggtgttgg
ccagtggggcctgatagttgatggtacaagaagctgtgctggtgatattt
attagtggtttacacccatcacaaacataggggtatcaggagaagataca
gagaggatgagccacttggctccacccctcaagtggaccctggccttctc
catggtggtgaagatattggtagaatctacaatatactcagtagcacccc
ttttgttgatggtaagatatcaccccctatgttgatggtgagatatcact
cttggaagatggatatgaccttcctatttatgatacctcttagtctcagc
attgtctgtaccattggtcctgctgtggaggaaatcagagtggaacatgt
aaatcatggcattgaagttaatgaagaggtcactgattggaacgctatcc
actttgcagcctagtgatgaagacatcaataagaacaaatgtatcagacc
acaccagtcctcatgtaggagactgacacaacagagaaagtttgtctctg
gcacaaggaggagcagcacaaggagggtaccacctttacacaacatttta
ggtcctacctattgctctgttacttacattttgtctttttgtctacaaat
ccatgtatgggtttcagccctacatttttctgagggggcattggtagttg
aggctgtgggtagaatgagagtcagttttcctgaggatgtgttctgagag
aggccacatatgtttttagtagatggtcataccacctatgcctacacagc
agcactaaattactcattgggtttaaaaccaagaacatgaaagttatgca
aaaaaagtgtttaggtaactgaagag

gaattccatctgagttctgtttttctaacttacattatgagggttttgtg
gttgagaagtgccaaacttcaaccccccaaattagactggcttgatggct
ctattgttatgtctcaaaagtttatgttagaatatctctatttaccttgg
actttgagactattacttcaaacagagcaattaccctttctcactttatc
tggatttcatactgtaaaatattttatttggaatgacatttaaacatttt
atatgcatttagaaattactttcctcaaattcaacctaaagaatttccca
taaacctgacaatatataatgttacatttcttggcattttaaatatttct
ttcaaaggcttattttttaagaatataaaatatgtttacatgtctggtta
gatgttccccaggatacttgatatgtatacagataatgcaggatctttgt
agtctagtgggtgtttacacaaaggaatgtacttacatattttctgtttt
aaacacttccattaaataagatagcacagactatccactataaatatgaa
atagtagctcatttgcctaccactcctcccaaacctactcgtatccccct
agcctctcagggtcatacactgagtggctcaggcacttggtaagaatttg
ttatataaggaaataatgaatggatgaatatgttgtctttaaattcttct
cttgggtagatgctgattctccctccatgaagcactatattgacaataat
taaaagtgtgtcatgaagatattcataattaatgctttgttcatgttcat
ttaaaagtatatttagatttatttttgaggttcattcctttcagtgctga
gtgcaggaagtgtaactgtccttttgaatcatgcattctgtttttccttt
caaatgtttcaggtcataatagttatttgcaatgactttagttttcactt
cttcaaatctctcagtaaatctgctcatcctatcacatcataataccagc
atagacaaagtttacactcaagcacagtgattctaatgactagagtgaac
atgaactattaacatgtgttagtacacattgatcaaaaaaaaaaaaaact
cttttcattgagactctgacatttttaatagaaacctacctctacgtaga
aggacaacctgtgagctggattcatcctttatatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_76144886_76145955
seq2: B6Ng01-201G08.b_45_1120 (reverse)

seq1  CTCTTCTATTTACCT-AACACTTTTTCTGCATAAC-TTCATGTTCTTCGT  48
      |||||| | |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
seq2  CTCTTC-AGTTACCTAAACACTTTTTTTGCATAACTTTCATGTTCTTGGT  49

seq1  TTTAAAACCCATTGAGTAATTTAGTGCTGCTGTGTAGGCATAGGT-GTAT  97
      ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTT-AAACCCAATGAGTAATTTAGTGCTGCTGTGTAGGCATAGGTGGTAT  98

seq1  GACCATCTACT-AAAACATATGTGGCCTCTCTCAGAACACATCCTCAGGA  146
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GACCATCTACTAAAAACATATGTGGCCTCTCTCAGAACACATCCTCAGG-  147

seq1  AAAACTGACTCTCATTCTACCAACAGCCTCAACTACCAATGCCCCCTCAG  196
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGACTCTCATTCTACCCACAGCCTCAACTACCAATGCCCCCTCAG  197

seq1  AAAAATGTAGGGCTG-AACCCATACATGGATTTGTAGACAAAAAGAC-AA  244
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAAAATGTAGGGCTGAAACCCATACATGGATTTGTAGACAAAAAGACAAA  247

seq1  ATGTAAGTAACAGAGCAATAGGTAGGACCT-AAATGTTGTGT-AAGGTGG  292
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  ATGTAAGTAACAGAGCAATAGGTAGGACCTAAAATGTTGTGTAAAGGTGG  297

seq1  TACCCTCCTTGTGCTGCTCCTCCTTGTGCCAGAGAC-AACTTTCTCTGTT  341
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TACCCTCCTTGTGCTGCTCCTCCTTGTGCCAGAGACAAACTTTCTCTGTT  347

seq1  GTGTCAGTCTCCTACATGAGGACTGGTGTGGTCTGATACATTTGTTCTTA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGTCTCCTACATGAGGACTGGTGTGGTCTGATACATTTGTTCTTA  397

seq1  TTGATGTCTTCATCACTAGGCTGCAAAGTGGATAGCGTTCCAATCAGTGA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTCTTCATCACTAGGCTGCAAAGTGGATAGCGTTCCAATCAGTGA  447

seq1  CCTCTTCATTAACTTCAATGCCATGATTTACATGTTCCACTCTGATTTCC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCATTAACTTCAATGCCATGATTTACATGTTCCACTCTGATTTCC  497

seq1  TCCACAGCAGGACCAATGGTACAGACAATGCTGAGACTAAGAGGTATCAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGCAGGACCAATGGTACAGACAATGCTGAGACTAAGAGGTATCAT  547

seq1  AAATAGGAAGGTCATATCCATCTTCCAAGAGTGATATCTCACCATCAACA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGAAGGTCATATCCATCTTCCAAGAGTGATATCTCACCATCAACA  597

seq1  TAGGGGGTGATATCTTACCATCAACAAAAGGGGTGCTACTGAGTATATTG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGTGATATCTTACCATCAACAAAAGGGGTGCTACTGAGTATATTG  647

seq1  TAGATTCTACCAATATCTTCACCACCATGGAGAAGGCCAGGGTCCACTTG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTCTACCAATATCTTCACCACCATGGAGAAGGCCAGGGTCCACTTG  697

seq1  AGGGGTGGAGCCAAGTGGCTCATCCTCTCTGTATCTTCTCCTGATACCCC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGGAGCCAAGTGGCTCATCCTCTCTGTATCTTCTCCTGATACCCC  747

seq1  TATGTTTGTGATGGGTGTAAACCACTAATAAATATCACCAGCACAGCTTC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTGTGATGGGTGTAAACCACTAATAAATATCACCAGCACAGCTTC  797

seq1  TTGTACCATCAACTATCAGGCCCCACTGGCCAACACCCTGTGTGACAACT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACCATCAACTATCAGGCCCCACTGGCCAACACCCTGTGTGACAACT  847

seq1  TCAGCATTTTTATGACTGCCATAGACCTTCATAGGGAAGACCATAGGCAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATTTTTATGACTGCCATAGACCTTCATAGGGAAGACCATAGGCAT  897

seq1  TCCCTTTAGGAAGGTCATTCCTCTAAGAATGCAAAGTTCACTGGCATGAG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTAGGAAGGTCATTCCTCTAAGAATGCAAAGTTCACTGGCATGAG  947

seq1  TTTTCACATTCCTGCCACTAATATGTTTTTTATGGGTATGACATGCTGGC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACATTCCTGCCACTAATATGTTTTTTATGGGTATGACATGCTGGC  997

seq1  TGGAGAAAGGTAGAAAATACAATGATCTCCAAAGTGTCACATGAAGCGTA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAAGGTAGAAAATACAATGATCTCCAAAGTGTCACATGAAGCGTA  1047

seq1  CATCACTAGAGACCCTGAAAGGGGAATTC  1070
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTAGAGACCCTGAAAGGGGAATTC  1076


seq1: chr16_75934587_75935790
seq2: B6Ng01-201G08.g_68_1252

seq1  GAATTCCATCTGAGTTCTGTTTTTCTAACTTACATTATGAGGGTTTTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCTGAGTTCTGTTTTTCTAACTTACATTATGAGGGTTTTGTG  50

seq1  GTTGAGAAGTGCCAAACTTCAACCCCCCAAATTAGACTGGCTTGATGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGAAGTGCCAAACTTCAACCCCCCAAATTAGACTGGCTTGATGGCT  100

seq1  CTATTGTTATGTCTCAAAAGTTTATGTTAGAATATCTCTATTTACCTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGTTATGTCTCAAAAGTTTATGTTAGAATATCTCTATTTACCTTGG  150

seq1  ACTTTGAGACTATTACTTCAAACAGAGCAATTACCCTTTCTCACTTTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGAGACTATTACTTCAAACAGAGCAATTACCCTTTCTCACTTTATC  200

seq1  TGGATTTCATACTGTAAAATATTTTATTTGGAATGACATTTAAACATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTCATACTGTAAAATATTTTATTTGGAATGACATTTAAACATTTT  250

seq1  ATATGCATTTAGAAATTACTTTCCTCAAATTCAACCTAAAGAATTTCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCATTTAGAAATTACTTTCCTCAAATTCAACCTAAAGAATTTCCCA  300

seq1  TAAACCTGACAATATATAATGTTACATTTCTTGGCATTTTAAATATTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTGACAATATATAATGTTACATTTCTTGGCATTTTAAATATTTCT  350

seq1  TTCAAAGGCTTATTTTTTAAGAATATAAAATATGTTTACATGTCTGGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGGCTTATTTTTTAAGAATATAAAATATGTTTACATGTCTGGTTA  400

seq1  GATGTTCCCCAGGATACTTGATATGTATACAGATAATGCAGGATCTTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTCCCCAGGATACTTGATATGTATACAGATAATGCAGGATCTTTGT  450

seq1  AGTCTAGTGGGTGTTTACACAAAGGAATGTACTTACATATTTTCTGTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAGTGGGTGTTTACACAAAGGAATGTACTTACATATTTTCTGTTTT  500

seq1  AAACACTTCCATTAAATAAGATAGCACAGACTATCCACTATAAATATGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTTCCATTAAATAAGATAGCACAGACTATCCACTATAAATATGAA  550

seq1  ATAGTAGCTCATTTGCCTACCACTCCTCCCAAACCTACTCGTATCCCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAGCTCATTTGCCTACCACTCCTCCCAAACCTACTCGTATCCCCCT  600

seq1  AGCCTCTCAGGGTCATACACTGAGTGGCTCAGGCACTTGGTAAGAATTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTCAGGGTCATACACTGAGTGGCTCAGGCACTTGGTAAGAATTTG  650

seq1  TTATATAAGGAAATAATGAATGGATGAATATGTTGTCTTTAAATTCTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAAGGAAATAATGAATGGATGAATATGTTGTCTTTAAATTCTTCT  700

seq1  CTTGGGTAGATGCTGATTCTCCCTCCATGAAGCACTATATTGACAATAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTAGATGCTGATTCTCCCTCCATGAAGCACTATATTGACAATAAT  750

seq1  TAAAAGTGTGTCATGAAGATTATTCATAATTAATGCTTTGTTCATGTTCA  800
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTGTGTCATGAAGA-TATTCATAATTAATGCTTTGTTCATGTTCA  799

seq1  TTTAAAAGTATATTTAGATTTATTTTTGAGGTTCATTCCTTTCAGTGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGTATATTTAGATTTATTTTTGAGGTTCATTCCTTTCAGTGCTG  849

seq1  AGTGCAGGAAGTGTAACTGTCTTTTTGAATCATGCATTCTGTTTTTCCTT  900
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAGGAAGTGTAACTGTCCTTTTGAATCATGCATTCTGTTTTTCCTT  899

seq1  TCAAATGTTTCAGTTCAT-ATAGTTATTTGCAATGACTTTAGTTTTTCAC  949
      ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCAAATGTTTCAGGTCATAATAGTTATTTGCAATGACTTTAG-TTTTCAC  948

seq1  TTTCTTCAAATCTCTCAGTAAATCTGCTCATCCTATCACATCATAATACC  999
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTCTTCAAATCTCTCAGTAAATCTGCTCATCCTATCACATCATAATACC  997

seq1  AGCATAGACAAAGTTTACAACTCAAGCAACAAGTGATTCTTAATGACTTA  1049
      |||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||||| ||
seq2  AGCATAGACAAAGTTTAC-ACTCAAGCA--CAGTGATTC-TAATGAC-TA  1042

seq1  GAGTTGGAACATGACATATTAAACATGTGTTAGTACACATTGGATCAAAA  1099
      ||||  ||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||  ||
seq2  GAGT--GAACATGAACTATT-AACATGTGTTAGTACACATT-GATC--AA  1086

seq1  AAAAAAAAAAAACTCTTTTCAATGAGACCACAGACATTTTTTATAAGAAC  1149
      ||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||| |||  |||
seq2  AAAAAAAAAAAACTCTTTTCATTGAGA-CTCTGACATTTTTAATAGAAAC  1135

seq1  CTAACATCATCATTTAAGAAGACAAAATCTGTGAAGTTAGATTCATCCTT  1199
      || || ||  | |   |||||  | || ||||| || | |||||||||||
seq2  CT-ACCTCTACGT---AGAAG-GACAACCTGTG-AGCTGGATTCATCCTT  1179

seq1  T-TATC  1204
      | ||||
seq2  TATATC  1185


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |