BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202B03
Chromosome16 (Build37)
Map Location 52,086,728 - 52,269,347
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCblb, Alcam
Upstream geneLOC627543
Downstream geneLOC100043430, LOC667895
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202B03.bB6Ng01-202B03.g
ACCGA022665GA022666
length1,1591,117
definitionB6Ng01-202B03.b B6Ng01-202B03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,268,187 - 52,269,347)(52,086,728 - 52,087,859)
sequence
gaattcttctaaatagaggcaggaaaagttgagcacaggtgagaaacagt
attgtagatttaataggggccactttcctcctaaaaaagacattctagtg
aaagatacagacagtcggaaattaatatagatcttagataaatactgcag
ctcattggttataaattttctccaatacattaaaacatttgtatttttca
ctcctctccttaaaataacattagttcctctgtacaaaccttgtagggaa
gtttttgctctataaagtgttatttttctttacccttagagctttagaat
agctgttttatctaggtatttattacatcatactataatggtaaaggtga
ctttcatttatcaacagattttgtttttaatttcatattaacatttttca
tttcagtaagtattccagagcacgatgaggcagacgatataagtggtagg
tactacgctgcagactcttcttccttgcctatcagctcaagatttatgaa
gtgtccttgtctgagtgactttcttagctgtccaaaatttgacttaaatt
tcaataccaaatgagacaagatagtcaaaattctaaaaactttccccttc
aaaaatcacgtttgcatgtaatccacagtagtgatctcttagccatcatt
aacaatatgtcataacaacgccaccttccttttcaacgctttagcactgg
ctatagccgcatggtctttttcttctttgttgtagatgaaaacagagaaa
aggtgaatgaccaggcaaaactgattgtgggaattgtcgttggtctcctc
ctcgctgccctcgttgctggtgtcgtctactggctgtacatgaagaagtc
caagtgagttgtacagaaaggttctcgctcttcacggcctccgccttgaa
tcaacccagcatgccgagtgtgcttactcctgctagggatgtcatttcca
gaatagacaaacacttcaccaaattgaacacacggaggtttgtctcactt
catagtgaggacgggaccaacgtcaagaatgtggccctgggtgtgctcat
gtctctttatcatgttagtcacgtccaaggccagttatttttgttcctgt
gcttcctacctaggtagaaattttctaaagccacacatggctagaaatat
aaaatattt

gaattcagcatttaggtctggtctttcctttggcccttggcgctctgact
taggtgtcagtcggcagcccagggggagaggccactgttcaacctctctt
caggcagatacttaaaaagtctcctagagatgtatgggatttctctacta
gaaagatacggcatgagtaattttgctaaggtcaaagatgaatttttgaa
attaaaaagccaagggtgggctgttccagctgggtatgacaggatgtggg
aagatacccttgtgcccgaagcagcatcactgttcaaagtgccgagagcc
tgggtgtgaaccttgcagccatgcatgcgggttggggcagggtggggccg
gggcactggaggtagggccggggcactggaggtagggacaagcagaggaa
gctcccatcatgtatgacgcccacttaagtggggattcaagtgtctcttg
agtatttcaaacttacatcaccttagaggcatgttatgagactctcaaat
tattaaggtagttcagctattttttgatgactttgcattgttgacttctt
gccaaaaatcatattttcacacacatgctcagagcactctccttttctcc
ctccagcatcccttggatctttgagaaccttttctatgctcaggctccag
gcgattgtgactagaggtggagtcctggccttggcaccatttctgaggca
tgtggttgatcaagcactatatatataaaatctgtgcccacttctgagag
cttttaaccagcgtaactctgctgctgtgtgaaacaggttagcgtagaat
gtgctcttgagaaaagtgatgatggcaggttagctgaggagtcctaaagg
tgggcagtgggaagggcaagcatgctgtgggactccttgctggtccctgt
accatacagaaagcagcacattcaaagcatgtggtgatgttgcagaacaa
ttcagagttcttcagaaaatgaaaatggtagactttcaaacctgtctcat
gttatgctttacttaaaaggtccagtgactagttgactaactctgtaaag
attctcattaccttggatacaattaatacttatagctgcctcacataaaa
aagttttaatgcattga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_52268187_52269347
seq2: B6Ng01-202B03.b_46_1204 (reverse)

seq1  AAATATTTTATA--TCTAGGCCCTGTGT-GCTTTAGAAAA-ATCTACCTA  46
      ||||||||||||  |||| ||| ||||| |||||||||||  ||||||||
seq2  AAATATTTTATATTTCTA-GCCATGTGTGGCTTTAGAAAATTTCTACCTA  49

seq1  GGTAGGAAGCAACAAGAACAAAAATAACTGGCCTTGGAACGTTGACTAAC  96
      |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  GGTAGGAAGC-ACAGGAACAAAAATAACTGGCCTTGG-ACG-TGACTAAC  96

seq1  AATGATAAAGAGACATGAGCACACCCAGGGCCACATTCTTGACGTTGGTC  146
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -ATGATAAAGAGACATGAGCACACCCAGGGCCACATTCTTGACGTTGGTC  145

seq1  CCGTCCTCACTATGAAGTGAGACAAACCTCCGTGTGTTCAATTTGGTGAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCCTCACTATGAAGTGAGACAAACCTCCGTGTGTTCAATTTGGTGAA  195

seq1  GTGTTTGTCTTATTCTGGAAATGACATCCCTAGCAGGAGTAAGCACACTC  246
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGTC-TATTCTGGAAATGACATCCCTAGCAGGAGTAAGCACACTC  244

seq1  GGCATGCTGGGTTGATTCAAGGCGGAGGCCGTGAAGAGCGAGAACCTTTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGCTGGGTTGATTCAAGGCGGAGGCCGTGAAGAGCGAGAACCTTTC  294

seq1  TGTACAACTCACTTGGACTTCTTCATGTACAGCCAGTAGACGACACCAGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAACTCACTTGGACTTCTTCATGTACAGCCAGTAGACGACACCAGC  344

seq1  AACGAGGGCAGCGAGGAGGAGACCAACGACAATTCCCACAATCAGTTTTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAGGGCAGCGAGGAGGAGACCAACGACAATTCCCACAATCAGTTTTG  394

seq1  CCTGGTCATTCACCTTTTCTCTGTTTTCATCTACAACAAAGAAGAAAAAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTCATTCACCTTTTCTCTGTTTTCATCTACAACAAAGAAGAAAAAG  444

seq1  ACCATGCGGCTATAGCCAGTGCTAAAGCGTTGAAAAGGAAGGTGGCGTTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCGGCTATAGCCAGTGCTAAAGCGTTGAAAAGGAAGGTGGCGTTG  494

seq1  TTATGACATATTGTTAATGATGGCTAAGAGATCACTACTGTGGATTACAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGACATATTGTTAATGATGGCTAAGAGATCACTACTGTGGATTACAT  544

seq1  GCAAACGTGATTTTTGAAGGGGAAAGTTTTTAGAATTTTGACTATCTTGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACGTGATTTTTGAAGGGGAAAGTTTTTAGAATTTTGACTATCTTGT  594

seq1  CTCATTTGGTATTGAAATTTAAGTCAAATTTTGGACAGCTAAGAAAGTCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTGGTATTGAAATTTAAGTCAAATTTTGGACAGCTAAGAAAGTCA  644

seq1  CTCAGACAAGGACACTTCATAAATCTTGAGCTGATAGGCAAGGAAGAAGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACAAGGACACTTCATAAATCTTGAGCTGATAGGCAAGGAAGAAGA  694

seq1  GTCTGCAGCGTAGTACCTACCACTTATATCGTCTGCCTCATCGTGCTCTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCAGCGTAGTACCTACCACTTATATCGTCTGCCTCATCGTGCTCTG  744

seq1  GAATACTTACTGAAATGAAAAATGTTAATATGAAATTAAAAACAAAATCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACTTACTGAAATGAAAAATGTTAATATGAAATTAAAAACAAAATCT  794

seq1  GTTGATAAATGAAAGTCACCTTTACCATTATAGTATGATGTAATAAATAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATAAATGAAAGTCACCTTTACCATTATAGTATGATGTAATAAATAC  844

seq1  CTAGATAAAACAGCTATTCTAAAGCTCTAAGGGTAAAGAAAAATAACACT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATAAAACAGCTATTCTAAAGCTCTAAGGGTAAAGAAAAATAACACT  894

seq1  TTATAGAGCAAAAACTTCCCTACAAGGTTTGTACAGAGGAACTAATGTTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGAGCAAAAACTTCCCTACAAGGTTTGTACAGAGGAACTAATGTTA  944

seq1  TTTTAAGGAGAGGAGTGAAAAATACAAATGTTTTAATGTATTGGAGAAAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGGAGAGGAGTGAAAAATACAAATGTTTTAATGTATTGGAGAAAA  994

seq1  TTTATAACCAATGAGCTGCAGTATTTATCTAAGATCTATATTAATTTCCG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAACCAATGAGCTGCAGTATTTATCTAAGATCTATATTAATTTCCG  1044

seq1  ACTGTCTGTATCTTTCACTAGAATGTCTTTTTTAGGAGGAAAGTGGCCCC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTGTATCTTTCACTAGAATGTCTTTTTTAGGAGGAAAGTGGCCCC  1094

seq1  TATTAAATCTACAATACTGTTTCTCACCTGTGCTCAACTTTTCCTGCCTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAATCTACAATACTGTTTCTCACCTGTGCTCAACTTTTCCTGCCTC  1144

seq1  TATTTAGAAGAATTC  1161
      |||||||||||||||
seq2  TATTTAGAAGAATTC  1159


seq1: chr16_52086728_52087859
seq2: B6Ng01-202B03.g_66_1182

seq1  GAATTCAGCATTTAGGTCTGGTCTTTCCTTTGGCCCTTGGCGCTCTGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCATTTAGGTCTGGTCTTTCCTTTGGCCCTTGGCGCTCTGACT  50

seq1  TAGGTGTCAGTCGGCAGCCCAGGGGGAGAGGCCACTGTTCAACCTCTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGTCAGTCGGCAGCCCAGGGGGAGAGGCCACTGTTCAACCTCTCTT  100

seq1  CAGGCAGATACTTAAAAAGTCTCCTAGAGATGTATGGGATTTCTCTACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGATACTTAAAAAGTCTCCTAGAGATGTATGGGATTTCTCTACTA  150

seq1  GAAAGATACGGCATGAGTAATTTTGCTAAGGTCAAAGATGAATTTTTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATACGGCATGAGTAATTTTGCTAAGGTCAAAGATGAATTTTTGAA  200

seq1  ATTAAAAAGCCAAGGGTGGGCTGTTCCAGCTGGGTATGACAGGATGTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAAGCCAAGGGTGGGCTGTTCCAGCTGGGTATGACAGGATGTGGG  250

seq1  AAGATACCCTTGTGCCCGAAGCAGCATCACTGTTCAAAGTGCCGAGAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATACCCTTGTGCCCGAAGCAGCATCACTGTTCAAAGTGCCGAGAGCC  300

seq1  TGGGTGTGAACCTTGCAGCCATGCATGCGGGTTGGGGCAGGGTGGGGCCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTGAACCTTGCAGCCATGCATGCGGGTTGGGGCAGGGTGGGGCCG  350

seq1  GGGCACTGGAGGTAGGGCCGGGGCACTGGAGGTAGGGACAAGCAGAGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACTGGAGGTAGGGCCGGGGCACTGGAGGTAGGGACAAGCAGAGGAA  400

seq1  GCTCCCATCATGTATGACGCCCACTTAAGTGGGGATTCAAGTGTCTCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCATCATGTATGACGCCCACTTAAGTGGGGATTCAAGTGTCTCTTG  450

seq1  AGTATTTCAAACTTACATCACCTTAGAGGCATGTTATGAGACTCTCAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTCAAACTTACATCACCTTAGAGGCATGTTATGAGACTCTCAAAT  500

seq1  TATTAAGGTAGTTCAGCTATTTTTTGATGACTTTGCATTGTTGACTTCTT  550
      |||||||||||||||||||                 ||||||||||||||
seq2  TATTAAGGTAGTTCAGCTANNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTTGACTTCTT  550

seq1  GCCAAAAATCATATTTTCACACACATGCTCAGAGCACTCTCCTTTTCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAAATCATATTTTCACACACATGCTCAGAGCACTCTCCTTTTCTCC  600

seq1  CTCCAGCATCCCTTGGATCTTTGAGAACCTTTTCTATGCTCAGGCTCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCATCCCTTGGATCTTTGAGAACCTTTTCTATGCTCAGGCTCCAG  650

seq1  GCGATTGTGACTAGAGGTGGAGTCCTGGCCTTGGCACCATTTCTGAGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGATTGTGACTAGAGGTGGAGTCCTGGCCTTGGCACCATTTCTGAGGCA  700

seq1  TGTGGTTGATCAAGCACTATATATATAAAATCTGTGCCCACTTCTGAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTGATCAAGCACTATATATATAAAATCTGTGCCCACTTCTGAGAG  750

seq1  CTTTTAACCAGCGTAACTCTGCTGCTGTGTGAAACAGGTTAGCGTAGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAACCAGCGTAACTCTGCTGCTGTGTGAAACAGGTTAGCGTAGAAT  800

seq1  GTGCTCTTGAGAAAAGTGATGATGGCAGGTTAGCTGAGGAGTCCTAAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCTTGAGAAAAGTGATGATGGCAGGTTAGCTGAGGAGTCCTAAAGG  850

seq1  TGGGCAGTGGGAAGGGCAAGCATGCTGTGGGACTCCTTGCTGGTCCCTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGTGGGAAGGGCAAGCATGCTGTGGGACTCCTTGCTGGTCCCTGT  900

seq1  ACCATACAGAAAGCAGCACATTTCAAAGGCATGTGGTGATGTTGCAGAAC  950
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACAGAAAGCAGCACA-TTCAAA-GCATGTGGTGATGTTGCAGAAC  948

seq1  AATTCAGAGTTCTTCAGAAAATGAAAATGGTAGACTTTCAAACCTGTCTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATTCAGAGTTCTTCAGAAAATGAAAATGGTAGACTTTCAAACCTGTC-T  997

seq1  CATGTTAATGC-TTACTTAAAAGGCCCAGTGACTAATTTGACTAACTCCT  1049
      |||||| |||| |||||||||||| ||||||||| | |||||||||||  
seq2  CATGTT-ATGCTTTACTTAAAAGGTCCAGTGACT-AGTTGACTAACTC--  1043

seq1  TGTTAAAAGATTTCTCATTTTAACTTTGGATACAATT-ATACTTTAATAG  1098
      |||  ||||| ||||||||   || |||||||||||| ||||||  ||||
seq2  TGT--AAAGA-TTCTCATT---ACCTTGGATACAATTAATACTT--ATAG  1085

seq1  CTG-CTCACATTTAAAATAGTTTTTAATGCATTGA  1132
      ||| ||||||  ||||| || ||||||||||||||
seq2  CTGCCTCACA--TAAAAAAG-TTTTAATGCATTGA  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |