BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-205D20
Chromosome16 (Build37)
Map Location 42,408,678 - 42,541,234
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG667450, Lsamp, Gap43
Downstream geneBC002163, LOC667484, Zbtb20
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-205D20.bB6Ng01-205D20.g
ACCGA024974GA024975
length1,0511,140
definitionB6Ng01-205D20.b B6Ng01-205D20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,540,178 - 42,541,234)(42,408,678 - 42,409,828)
sequence
gaattctcctaatgagtaattggcaaagtttgttgccaacaccatatgag
tgttacttatttgatttctcattcattcaatttattgaatagttttattt
cttagagtccatgctctataagccaagtattgtaaaaatgaatgaatgaa
tgaataaacaaataagtaaatacaagaggtgagagagcttgagtaaatgg
cctttacaaagtgattctagaggaaaagagacaggcagccttgtggctat
ctgacggagaacattccaggcagagagaacaattgttgtgtccctgaaat
aaagatattgccacatatgtcttgattagtgcgtatagtaataccataca
ctgagaaatttaaagacatagaactttacttcttttaattttgagaccag
aagttaagttaaagaattggcaacatcagggtctggggaatctgcttttc
tcccaggactgaccatcctttggggtccttcagaggagatggatgccaca
tccaaacgtggacactacagggcttgtagtagagttttacttctgtgagc
aggcaccatgactaaggcattgcttatatgaacaacattcaattggggct
ggcttacaggttcagaagttcagtccattatcatcaaggtgggatcatgg
cagtatccagacaggcatggtacaggcagagctgagagttatacttcttc
atctgaagcctgctagaagaagaatgttttcatgcaggtggggggggggg
tcctcaaaactcacccctacagtgacacacttccaccaccaaggtcacat
ctactccaactatgccctcaactcttaatagagtcactccctgggccaag
catgttcaaaccaccacaaggtttatttatctcctgggtcctttcataaa
gcaattaacataattataagcattctattctaatgatttagtcagcttct
aagtttctacctctttatgcctttacagtgggtttctaagtctatctttg
attttggagtacacattcattatgtcatcccactgtgtttgagtagtagt
a

gaattcagctaattagccatgggagacagtgatgccagaggtcttttgaa
aaagattagatgtagtaaagacagggaactgggatgaacttaaagatgga
agcaagagtgtggttacagaattaggccaagacaagccaattccaagaga
aactatatcggctatcacttttagtaagaaatgatgaggaagagaaaagg
gaccttagagtaaatgccatggagcacacatatgtgagcactcactaaat
gagaaaaaaacaaaatacatgcacttgaatgtaaacacagaccctgttac
acttaatgatgtgtctaggggtgatttaacccttagaaaattttctgagg
ttgtgttttaatgtatttctagtatttctttattgtttatacatatcttg
actaatacagaaaacctctttcctgagtggagattgaagtttgctttaat
tttttttcaaaagattgtgtgggagaatgtaagtctaaatttccctttga
aatgttatagcatgttcttaaagcttccacacagcatgtgtgaaacatca
aactgttagaaacttgctaataacacagtactaatcaaagttaattgtgt
gttgaatgaataatggtatgttagataaataatatacattcatttgaaat
cactatctattaatgaaagtatgtcaaacatggcctgtgtgttaattagt
ggagataagagaaaagtgaaatctgatcttacccaatgggccttatactt
tacatcgtgattcttgaagtttaatgtttataaaaattactttaggtaag
ctaaaattaacaggagtctctggcttcattaaaagacatcctgattcatt
cattacaggagtaacccaggaatccatactttaaataaaatattagagga
ttctaatgcttctggtcctatcgtcatactgtcagatgacacagataaag
gacacatggatatttgtgaggagcgggtgtggcggcagcccaaaggcgca
gggactgcagctgagtcttatgacttgcacctgacttctcatataagcac
aaacatctccagagctgcgcaagtgtacaggataccggtgatcatttgat
ggaaaattgccctgcttgcctgatactgaagctgcgtgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_42540178_42541234
seq2: B6Ng01-205D20.b_41_1091 (reverse)

seq1  TACTACTACTCAAACACAGTGGGATGACATAATGTATGTGTTACTCCAAA  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  TACTACTACTCAAACACAGTGGGATGACATAATGAATGTG-TACTCCAAA  49

seq1  ATTCAAAGATTAGAACTTAGAAACCCACTGTAAAGGCATAAAGAGGTAGA  100
      | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TCAAAGA-TAG-ACTTAGAAACCCACTGTAAAGGCATAAAGAGGTAGA  96

seq1  AACTTTAGAAGCTGACTAAATCATTAGAATAGAATGCTTATAAATTATGT  150
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAC-TTAGAAGCTGACTAAATCATTAGAATAGAATGCTTAT-AATTATGT  144

seq1  TAATTGCTTTATGAAAGGACCCAGGAGATAAATTAAACCTTGTGGTGGTT  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TAATTGCTTTATGAAAGGACCCAGGAGATAAA-TAAACCTTGTGGTGGTT  193

seq1  TGAACATGCTTGGCCCAGGGAGTGACTCTATTAAGAGTTGA-GGCATAGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGAACATGCTTGGCCCAGGGAGTGACTCTATTAAGAGTTGAGGGCATAGT  243

seq1  TGGAGTAGATGTGACCTTGGTGGTGGAAGTGTGTCACTGTAGGGGTGAGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTAGATGTGACCTTGGTGGTGGAAGTGTGTCACTGTAGGGGTGAGT  293

seq1  TTTGAGGACCCCCCCCCCCACCTGCATGAAAACATTCTTCTTCTAGCAGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGGACCCCCCCCCCCACCTGCATGAAAACATTCTTCTTCTAGCAGG  343

seq1  CTTCAGATGAAGAAGTATAACTCTCAGCTCTGCCTGTACCATGCCTGTCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGATGAAGAAGTATAACTCTCAGCTCTGCCTGTACCATGCCTGTCT  393

seq1  GGATACTGCCATGATCCCACCTTGATGATAATGGACTGAACTTCTGAACC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACTGCCATGATCCCACCTTGATGATAATGGACTGAACTTCTGAACC  443

seq1  TGTAAGCCAGCCCCAATTGAATGTTGTTCATATAAGCAATGCCTTAGTCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCCAGCCCCAATTGAATGTTGTTCATATAAGCAATGCCTTAGTCA  493

seq1  TGGTGCCTGCTCACAGAAGTAAAACTCTACTACAAGCCCTGTAGTGTCCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCCTGCTCACAGAAGTAAAACTCTACTACAAGCCCTGTAGTGTCCA  543

seq1  CGTTTGGATGTGGCATCCATCTCCTCTGAAGGACCCCAAAGGATGGTCAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGGATGTGGCATCCATCTCCTCTGAAGGACCCCAAAGGATGGTCAG  593

seq1  TCCTGGGAGAAAAGCAGATTCCCCAGACCCTGATGTTGCCAATTCTTTAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGAGAAAAGCAGATTCCCCAGACCCTGATGTTGCCAATTCTTTAA  643

seq1  CTTAACTTCTGGTCTCAAAATTAAAAGAAGTAAAGTTCTATGTCTTTAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACTTCTGGTCTCAAAATTAAAAGAAGTAAAGTTCTATGTCTTTAAA  693

seq1  TTTCTCAGTGTATGGTATTACTATACGCACTAATCAAGACATATGTGGCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAGTGTATGGTATTACTATACGCACTAATCAAGACATATGTGGCA  743

seq1  ATATCTTTATTTCAGGGACACAACAATTGTTCTCTCTGCCTGGAATGTTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTTATTTCAGGGACACAACAATTGTTCTCTCTGCCTGGAATGTTC  793

seq1  TCCGTCAGATAGCCACAAGGCTGCCTGTCTCTTTTCCTCTAGAATCACTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTCAGATAGCCACAAGGCTGCCTGTCTCTTTTCCTCTAGAATCACTT  843

seq1  TGTAAAGGCCATTTACTCAAGCTCTCTCACCTCTTGTATTTACTTATTTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGGCCATTTACTCAAGCTCTCTCACCTCTTGTATTTACTTATTTG  893

seq1  TTTATTCATTCATTCATTCATTTTTACAATACTTGGCTTATAGAGCATGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCATTCATTCATTCATTTTTACAATACTTGGCTTATAGAGCATGG  943

seq1  ACTCTAAGAAATAAAACTATTCAATAAATTGAATGAATGAGAAATCAAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAAGAAATAAAACTATTCAATAAATTGAATGAATGAGAAATCAAAT  993

seq1  AAGTAACACTCATATGGTGTTGGCAACAAACTTTGCCAATTACTCATTAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAACACTCATATGGTGTTGGCAACAAACTTTGCCAATTACTCATTAG  1043

seq1  GAGAATTC  1057
      ||||||||
seq2  GAGAATTC  1051


seq1: chr16_42408678_42409828
seq2: B6Ng01-205D20.g_69_1208

seq1  GAATTCAGCTAATTAGCCATGGGAGACAGTGATGCCAGAGGTCTTTTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTAATTAGCCATGGGAGACAGTGATGCCAGAGGTCTTTTGAA  50

seq1  AAAGATTAGATGTAGTAAAGACAGGGAACTGGGATGAACTTAAAGATGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTAGATGTAGTAAAGACAGGGAACTGGGATGAACTTAAAGATGGA  100

seq1  AGCAAGAGTGTGGTTACAGAATTAGGCCAAGACAAGCCAATTCCAAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAGTGTGGTTACAGAATTAGGCCAAGACAAGCCAATTCCAAGAGA  150

seq1  AACTATATCGGCTATCACTTTTAGTAAGAAATGATGAGGAAGAGAAAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATATCGGCTATCACTTTTAGTAAGAAATGATGAGGAAGAGAAAAGG  200

seq1  GACCTTAGAGTAAATGCCATGGAGCACACATATGTGAGCACTCACTAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTAGAGTAAATGCCATGGAGCACACATATGTGAGCACTCACTAAAT  250

seq1  GAGAAAAAAACAAAATACATGCACTTGAATGTAAACACAGACCCTGTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAAAACAAAATACATGCACTTGAATGTAAACACAGACCCTGTTAC  300

seq1  ACTTAATGATGTGTCTAGGGGTGATTTAACCCTTAGAAAATTTTCTGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAATGATGTGTCTAGGGGTGATTTAACCCTTAGAAAATTTTCTGAGG  350

seq1  TTGTGTTTTAATGTATTTCTAGTATTTCTTTATTGTTTATACATATCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTTTAATGTATTTCTAGTATTTCTTTATTGTTTATACATATCTTG  400

seq1  ACTAATACAGAAAACCTCTTTCCTGAGTGGAGATTGAAGTTTGCTTTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATACAGAAAACCTCTTTCCTGAGTGGAGATTGAAGTTTGCTTTAAT  450

seq1  TTTTTTTCAAAAGATTGTGTGGGAGAATGTAAGTCTAAATTTCCCTTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCAAAAGATTGTGTGGGAGAATGTAAGTCTAAATTTCCCTTTGA  500

seq1  AATGTTATAGCATGTTCTTAAAGCTTCCACACAGCATGTGTGAAACATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTATAGCATGTTCTTAAAGCTTCCACACAGCATGTGTGAAACATCA  550

seq1  AACTGTTAGAAACTTGCTAATAACACAGTACTAATCAAAGTTAATTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTAGAAACTTGCTAATAACACAGTACTAATCAAAGTTAATTGTGT  600

seq1  GTTGAATGAATAATGGTATGTTAGATAAATAATATACATTCATTTGAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAATGAATAATGGTATGTTAGATAAATAATATACATTCATTTGAAAT  650

seq1  CACTATCTATTAATGAAAGTATGTCAAACATGGCCTGTGTGTTAATTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATCTATTAATGAAAGTATGTCAAACATGGCCTGTGTGTTAATTAGT  700

seq1  GGAGATAAGAGAAAAGTGAAATCTGATCTTACCCAATGGGCCTTATACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATAAGAGAAAAGTGAAATCTGATCTTACCCAATGGGCCTTATACTT  750

seq1  TACATCGTGATTCTTGAAGTTTAATGTTTATAAAAATTACTTTAGGTAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCGTGATTCTTGAAGTTTAATGTTTATAAAAATTACTTTAGGTAAG  800

seq1  CTAAAATTAACAGGAGTCTCTGGCTTCATTAAAAGACATCCTGATTCATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATTAACAGGAGTCTCTGGCTTCATTAAAAGACATCCTGATTCATT  850

seq1  CATTACAGGAGTAACCCAGGAATCCATACTTTAAATAAAATATTAGAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACAGGAGTAACCCAGGAATCCATACTTTAAATAAAATATTAGAGGA  900

seq1  TTCTAATGCTTCTGGTCCTATCGTCATACTGTCAGATGACACAGATAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATGCTTCTGGTCCTATCGTCATACTGTCAGATGACACAGATAAAG  950

seq1  GACACATGGATATTTGTGAGGAGCGGGTGTGGCGGCAGCCCCAAAGGCGC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  GACACATGGATATTTGTGAGGAGCGGGTGTGGCGGCAG-CCCAAAGGCG-  998

seq1  CAGGGACTGCAGCTGAGTCTTATGACTTGCACCTGACTTCCTCATATAAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAGGGACTGCAGCTGAGTCTTATGACTTGCACCTGACTT-CTCATATAAG  1047

seq1  CCACAAACATCTTCAGAGCTGCGCAGGTGTACCAGGATACCGGTGAATCC  1100
       ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| 
seq2  -CACAAACATCTCCAGAGCTGCGCAAGTGTA-CAGGATACCGGTG-ATC-  1093

seq1  ATTTTGATGGAGATATGCCCCTGCTGCCCTGATTAGCTGAAGCTGCGTGC  1150
        ||||||||| | ||  |||||||  ||||||   ||||||||||||||
seq2  -ATTTGATGGA-AAATTGCCCTGCTTGCCTGAT--ACTGAAGCTGCGTGC  1139

seq1  C  1151
      |
seq2  C  1140


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |