BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206O05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 87,709,132 - 87,890,291
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBach1, LOC100039901
Upstream geneN6amt1, Zfp294, ORF5, LOC100040088, Usp16, Cct8, B130034C11Rik, LOC435486, ORF63
Downstream geneGrik1, EG622373, Cldn17, Cldn8, Gm312, 2310079G19Rik, 2310002B14Rik, EG665513, 2310061N02Rik, Krtap13-1, Krtap13, 2310034C09Rik, 2310057N15Rik, EG546672, EG433047, 4930553J12Rik, Krtap14, Krtap15, Krtap16-9, Krtap16-1, Krtap16-5, Krtap16-4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206O05.bB6Ng01-206O05.g
ACCGA026186GA026187
length994922
definitionB6Ng01-206O05.b B6Ng01-206O05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,709,132 - 87,710,131)(87,889,378 - 87,890,291)
sequence
gaattctgtgtagtcactccaccacccccactcctctactgtattttccc
accttctcttaattcctgatttggtcaaaatctaagattttagtttaaaa
tggatttttctcttttggatgcctttcctatttgagaaatctttagaggt
tttactcaaagccagattaccagcaatttatacttaactgaatctgactg
gcttttgtcacaatttctgtgaatgcctttcagtttgctgttagtgtaat
caatatgatgttgtttggagtgtgaaaaggtagagggaacagcctggttc
actgcatcctaactgcggagacgtggtatttagtcagatctggcgttgaa
cgttttggagaccacctctgtgtctgtaggatgtttgtgtatcagtctga
gactggttgacttcctgtctgcctcttccctccccttatacttgtgttga
ttttgtttctcctgttaagagcctgcctcactcaattctaaatagttttt
attgtatgcttggccgccttaagataggacaggatcttttgaaccctgca
ttgtagtaactaaagctgtgccacatgggaggtgagctgtggaagtccct
ggtaagggactgtggcaggtcctctactgtcacatgaccagtcactgcac
caagggaagaaatggagaggaaggaaggaaggaagtaaaaccctgtgctt
ttagaaggtgtgatgtgcatgttaaacaagaatttacaaggaagctgcca
caatcaatgagttagttaaggttgaagggttctggttcatatctcagaaa
tacgttgcaattatgtagttaacttggacagttagctcaagagctcaaat
atattcacagtgctacagaaaccacaaaatgtataggattaaattccata
gagatgcacaaaccaccttcttctctagacatcatcataacataagagac
atgaagagtccttaaacctggagaggcagccatattgtgagccg
gaattccacacccctaagccccttaccccataaaaacccctagcttctga
gcctcatggctgacatccgttatctcctgtgtgggatgcatgtcagtcca
gagttccatcattaaacgacctcgtgtaattacatcaaggccttttcgtg
attctttgggtgcacgccgaatcgggaattgagtgggggtttccccacta
ggttctatcaaaaccataagatatatttctcactgaccctctaatgtcct
ctttgtatcaactacaatgttgaaataattgagttcaaacctatcctgtt
gattaaataggataggtgacctggaccagtagttcttcctgtgtttatac
tgggactctgaaggggagtgccagaaataaggaaagtagtcaaaagctgg
tgtcagatgggccgtgagggctgatgagccaagccagctagcttttagta
cctcagctcctaacatacccctcaatgaggaagtaggaaacaagtcagta
atgagaatcagatggcagaatttcagggcactcagagtgcctctaggtcc
tcttctgcaaggtgcacattgctccaagtacacaaagtatctcacatctc
agtgtctggaacatgtcaccacaactttacaggaaaattgtaaagtttca
ggacccagctcaagcccctcacagccctggcaccagtccattgctggcat
tgccacgcacgacacagctgaacactcccttgttatatctacagtacccc
aaagagcctttggccctaccctactcccaacaaaacaaggaatgcctaca
gttcagtatgagccagggttatcaagaaccaaacatcaaagtaatcttga
catttcatctgaacattaaaaggaaacttatggcataatacctattaatg
catgcgttatgggggggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_87709132_87710131
seq2: B6Ng01-206O05.b_46_1039

seq1  GAATTCTGTGTAGTCACTCCACCACCCCCACTCCTCTACTGTATTTTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGTAGTCACTCCACCACCCCCACTCCTCTACTGTATTTTCCC  50

seq1  ACCTTCTCTTAATTCCTGATTTGGTCAAAATCTAAGATTTTAGTTTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTCTTAATTCCTGATTTGGTCAAAATCTAAGATTTTAGTTTAAAA  100

seq1  TGGATTTTTCTCTTTTGGATGCCTTTCCTATTTGAGAAATCTTTAGAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTTTCTCTTTTGGATGCCTTTCCTATTTGAGAAATCTTTAGAGGT  150

seq1  TTTACTCAAAGCCAGATTACCAGCAATTTATACTTAACTGAATCTGACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTCAAAGCCAGATTACCAGCAATTTATACTTAACTGAATCTGACTG  200

seq1  GCTTTTGTCACAATTTCTGTGAATGCCTTTCAGTTTGCTGTTAGTGTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGTCACAATTTCTGTGAATGCCTTTCAGTTTGCTGTTAGTGTAAT  250

seq1  CAATATGATGTTGTTTGGAGTGTGAAAAGGTAGAGGGAACAGCCTGGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATGATGTTGTTTGGAGTGTGAAAAGGTAGAGGGAACAGCCTGGTTC  300

seq1  ACTGCATCCTAACTGCGGAGACGTGGTATTTAGTCAGATCTGGCGTTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCATCCTAACTGCGGAGACGTGGTATTTAGTCAGATCTGGCGTTGAA  350

seq1  CGTTTTGGAGACCACCTCTGTGTCTGTAGGATGTTTGTGTATCAGTCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTTGGAGACCACCTCTGTGTCTGTAGGATGTTTGTGTATCAGTCTGA  400

seq1  GACTGGTTGACTTCCTGTCTGCCTCTTCCCTCCCCTTATACTTGTGTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGTTGACTTCCTGTCTGCCTCTTCCCTCCCCTTATACTTGTGTTGA  450

seq1  TTTTGTTTCTCCTGTTAAGAGCCTGCCTCACTCAATTCTAAATAGTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTCTCCTGTTAAGAGCCTGCCTCACTCAATTCTAAATAGTTTTT  500

seq1  ATTGTATGCTTGGCCGCCTTAAGATAGGACAGGATCTTTTGAACCCTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTATGCTTGGCCGCCTTAAGATAGGACAGGATCTTTTGAACCCTGCA  550

seq1  TTGTAGTAACTAAAGCTGTGCCACATGGGAGGTGAGCTGTGGAAGTCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTAACTAAAGCTGTGCCACATGGGAGGTGAGCTGTGGAAGTCCCT  600

seq1  GGTAAGGGACTGTGGCAGGTCCTCTACTGTCACATGACCAGTCACTGCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGGGACTGTGGCAGGTCCTCTACTGTCACATGACCAGTCACTGCAC  650

seq1  CAAGGGAAGAAATGGAGAGGAAGGAAGGAAGGAAGTAAAACCCTGTGCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGAAGAAATGGAGAGGAAGGAAGGAAGGAAGTAAAACCCTGTGCTT  700

seq1  TTAGAAGGTGTGATGTGCATGTTAAACAAGAATTTACAAGGAAGCTGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGGTGTGATGTGCATGTTAAACAAGAATTTACAAGGAAGCTGCCA  750

seq1  CAATCAATGAGTTAGTTAAGGTTGAAGGGTTCTGGTTCATATCTCAGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAATGAGTTAGTTAAGGTTGAAGGGTTCTGGTTCATATCTCAGAAA  800

seq1  TACGTTGCAATTATGTAGTAAACTTGGACAGTTAAGCTCAAGAGCTCAAA  850
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TACGTTGCAATTATGTAGTTAACTTGGACAGTT-AGCTCAAGAGCTCAAA  849

seq1  TATATTCACAGTGCTACAGAAACCACAAAATGTATAGGAATAAATTCCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TATATTCACAGTGCTACAGAAACCACAAAATGTATAGGATTAAATTCCAT  899

seq1  AGAAGATGCACAAACCACC-TCTTCTCTAGACATCATCATAACATTAAGA  949
      || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AG-AGATGCACAAACCACCTTCTTCTCTAGACATCATCATAACA-TAAGA  947

seq1  GACATTGAAGAAGTCCTTAAACATGGAGAGGCAAGCCATATTTGTGAGCC  999
      |||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  GACA-TGAAG-AGTCCTTAAACCTGGAGAGGC-AGCCATA-TTGTGAGCC  993

seq1  G  1000
      |
seq2  G  994

seq1: chr16_87889378_87890291
seq2: B6Ng01-206O05.g_66_987 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCCCAT-ACGCATGCATT-ATA-GTATTATG-CAT-AGTTTT  45
      |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||| ||||| 
seq2  CCCCCCCCCCCCATAACGCATGCATTAATAGGTATTATGCCATAAGTTTC  50

seq1  CTTTTAATGTTCAGATGAAATGTCAAGATTACTTTGATG-TTGGTTCTTG  94
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTTTAATGTTCAGATGAAATGTCAAGATTACTTTGATGTTTGGTTCTTG  100

seq1  ATAACCCTGGCTCATACTGAACTGTAGGCATTCCTTG-TTTGTTGGGAGT  143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATAACCCTGGCTCATACTGAACTGTAGGCATTCCTTGTTTTGTTGGGAGT  150

seq1  AGGGTAGGGCCAAAGGCTCTTTGGGGTACTGTAGATATAACAA-GGAGTG  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGGGTAGGGCCAAAGGCTCTTTGGGGTACTGTAGATATAACAAGGGAGTG  200

seq1  TTCAGCTGTGTCGTGCGTGGCAATGCCAGCAATGGACTGGTGCCAGGGCT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTGTGTCGTGCGTGGCAATGCCAGCAATGGACTGGTGCCAGGGCT  250

seq1  GTGAGGGGCTTGAGCTGGGTCCTGAAACTTTACAATTTTCCTGTAAAGTT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGGCTTGAGCTGGGTCCTGAAACTTTACAATTTTCCTGTAAAGTT  300

seq1  GTGGTGACATGTTCCAGACACTGAGATGTGAGATACTTTGTGTACTTGGA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGACATGTTCCAGACACTGAGATGTGAGATACTTTGTGTACTTGGA  350

seq1  GCAATGTGCACCTTGCAGAAGAGGACCTAGAGGCACTCTGAGTGCCCTGA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGTGCACCTTGCAGAAGAGGACCTAGAGGCACTCTGAGTGCCCTGA  400

seq1  AATTCTGCCATCTGATTCTCATTACTGACTTGTTTCCTACTTCCTCATTG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGCCATCTGATTCTCATTACTGACTTGTTTCCTACTTCCTCATTG  450

seq1  AGGGGTATGTTAGGAGCTGAGGTACTAAAAGCTAGCTGGCTTGGCTCATC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTATGTTAGGAGCTGAGGTACTAAAAGCTAGCTGGCTTGGCTCATC  500

seq1  AGCCCTCACGGCCCATCTGACACCAGCTTTTGACTACTTTCCTTATTTCT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCACGGCCCATCTGACACCAGCTTTTGACTACTTTCCTTATTTCT  550

seq1  GGCACTCCCCTTCAGAGTCCCAGTATAAACACAGGAAGAACTACTGGTCC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTCCCCTTCAGAGTCCCAGTATAAACACAGGAAGAACTACTGGTCC  600

seq1  AGGTCACCTATCCTATTTAATCAACAGGATAGGTTTGAACTCAATTATTT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACCTATCCTATTTAATCAACAGGATAGGTTTGAACTCAATTATTT  650

seq1  CAACATTGTAGTTGATACAAAGAGGACATTAGAGGGTCAGTGAGAAATAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTGTAGTTGATACAAAGAGGACATTAGAGGGTCAGTGAGAAATAT  700

seq1  ATCTTATGGTTTTGATAGAACCTAGTGGGGAAACCCCCACTCAATTCCCG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATGGTTTTGATAGAACCTAGTGGGGAAACCCCCACTCAATTCCCG  750

seq1  ATTCGGCGTGCACCCAAAGAATCACGAAAAGGCCTTGATGTAATTACACG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGGCGTGCACCCAAAGAATCACGAAAAGGCCTTGATGTAATTACACG  800

seq1  AGGTCGTTTAATGATGGAACTCTGGACTGACATGCATCCCACACAGGAGA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCGTTTAATGATGGAACTCTGGACTGACATGCATCCCACACAGGAGA  850

seq1  TAACGGATGTCAGCCATGAGGCTCAGAAGCTAGGGGTTTTTATGGGGTAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGGATGTCAGCCATGAGGCTCAGAAGCTAGGGGTTTTTATGGGGTAA  900

seq1  GGGGCTTAGGGGTGTGGAATTC  914
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTTAGGGGTGTGGAATTC  922