BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-208K10
Chromosome16 (Build37)
Map Location 73,809,224 - 73,956,813
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRobo2
Upstream geneRobo1, LOC100039310, LOC100039318, LOC100039326
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-208K10.bB6Ng01-208K10.g
ACCGA027476GA027477
length9791,147
definitionB6Ng01-208K10.b B6Ng01-208K10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,809,224 - 73,810,199)(73,955,678 - 73,956,813)
sequence
gaattcactttggtatttttcaggcactggcggagcctctcagtagacag
ctataccagactcctgtcagcaggtacttgttggcatccacaataatgtt
tgggtttgatgactgtatatgggatggatccccaggttgggcagtctctg
aatggtcttttcttcagtctccgttccacaatttgtctttgtatctcctc
ccatgggtattttgttcctccttctaagaaggactgaagcatccatactt
tggtctttcttcttcttaagctttatttggtctgtgaattgtatcttggg
tattcctagtttctagactaacatccacttatcagtgagtgtataccatg
tgatgctatctttcttaatttacagcaagcaatgaaaaaaaaaacaagta
atctcaaacttatgattttctggactcatggtccttatctaagtaggtat
agcatattctggcaggtggtagtcgaaaaataatcatagggaatcatctt
taatttgatgaatcacatattggctcttaaaaatattttcaacccaatct
tactatcatagtctctcttaaataccaatattccataaataacaaacaag
caaaaagacctccaaatttagataaggtgtcagtaatctatccacaatat
taagtttgtagacaaataagttataattaaatttcacagttgactagaat
ctgaagacaaaagttaatcaaggctaatatcaatgttgggaaataaaaag
ggggccctggggaagagggggaagggaaatcccacaccccaccagagttt
cacttattctctcgtctgtcaggcgtgagaggactgctatccaccttcca
ctcatgcctgggtgggcatctaagcttctgaactactctttggggggcgg
gaggtggtggcaagtcctacctggaattcctggagctactttgctaaagc
cactggggttatgggaagagaagggatgg

gaattcagtaccgggtagaagtggcagctagcacaagtgcaggggttgga
gtaaaaagtgaaccacagccgataataattggtgagtatcagtccacgga
ggctgaacttagcctctttccttgggcattacggcagattgtggttttga
gtattcatcttgatcatggtcaaatatttgtgagaattgtttgtcagcta
tagtacaccatacaggcctgtaggttaattggcatgagttcataatatga
ttcatacagttgtttgcatatgtgtcctataatcttacagctaccaccat
agaattttatttttaaaggttgactaacaacttacttattttcaattgat
ccacaagtaattgtggttcaatgaaaagacagaacaacaagggaatcatt
agagagtatattttgactcaaagctgtatgcttcctctgggccagtgtat
gtcaaaatgagaaggtcccaaaaaggactttgtaattcaaatatacatat
gagaagaaaacttcacgctccatctattcaaattcttgaatgaaagtgtt
cccccttcactcttggcaatgtttatttgttcttgataagaatatgagtg
aatttatctagaccgtggcaatgtgtgcctgccctttgacgcaaacaatg
ctttgggggagtctttcatgtatttttcaaacagtttcaatgcatgttta
ctgaatgatgttgagtctatgaatatgttctatttggtttatctaatttt
ctatttagaaaatgtacacttgtgtgaggctttgcaagaacacatgtatt
catttccttgaggaaatccttagaggtagaacttacagataatatggtta
tatattttttatgttacttgacatgtctaaaaccaatttccaagttctaa
aatttgaaattctcagaagccagaaaaagaactttaagttttctgcacca
tcaccaacattttgatattgtcattctaataacaggaggcattccaggtg
gaatgtaaagtgtgcattcttttattgaatttagctttcaaattggttgc
atttctaattggtggtgtaaacaaccttacctatgctaatttcttcttct
ttgaaatggaattgaagtctagtcatctcaaacataacacataggca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_73809224_73810199
seq2: B6Ng01-208K10.b_49_1026

seq1  GAATTCACTTTGGTATTTTTCAGGCACTGGCGGAGCCTCTCAGTAGACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGGTATTTTTCAGGCACTGGCGGAGCCTCTCAGTAGACAG  50

seq1  CTATACCAGACTCCTGTCAGCAGGTACTTGTTGGCATCCACAATAATGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACCAGACTCCTGTCAGCAGGTACTTGTTGGCATCCACAATAATGTT  100

seq1  TGGGTTTGATGACTGTATATGGGATGGATCCCCAGGTTGGGCAGTCTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTGATGACTGTATATGGGATGGATCCCCAGGTTGGGCAGTCTCTG  150

seq1  AATGGTCTTTTCTTCAGTCTCCGTTCCACAATTTGTCTTTGTATCTCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTCTTTTCTTCAGTCTCCGTTCCACAATTTGTCTTTGTATCTCCTC  200

seq1  CCATGGGTATTTTGTTCCTCCTTCTAAGAAGGACTGAAGCATCCATACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGTATTTTGTTCCTCCTTCTAAGAAGGACTGAAGCATCCATACTT  250

seq1  TGGTCTTTCTTCTTCTTAAGCTTTATTTGGTCTGTGAATTGTATCTTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTTTCTTCTTCTTAAGCTTTATTTGGTCTGTGAATTGTATCTTGGG  300

seq1  TATTCCTAGTTTCTAGACTAACATCCACTTATCAGTGAGTGTATACCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTAGTTTCTAGACTAACATCCACTTATCAGTGAGTGTATACCATG  350

seq1  TGATGCTATCTTTCTTAATTTACAGCAAGCAATGAAAAAAAAAACAAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTATCTTTCTTAATTTACAGCAAGCAATGAAAAAAAAAACAAGTA  400

seq1  ATCTCAAACTTATGATTTTCTGGACTCATGGTCCTTATCTAAGTAGGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAAACTTATGATTTTCTGGACTCATGGTCCTTATCTAAGTAGGTAT  450

seq1  AGCATATTCTGGCAGGTGGTAGTCGAAAAATAATCATAGGGAATCATCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATTCTGGCAGGTGGTAGTCGAAAAATAATCATAGGGAATCATCTT  500

seq1  TAATTTGATGAATCACATATTGGCTCTTAAAAATATTTTCAACCCAATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGATGAATCACATATTGGCTCTTAAAAATATTTTCAACCCAATCT  550

seq1  TACTATCATAGTCTCTCTTAAATACCAATATTCCATAAATAACAAACAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATCATAGTCTCTCTTAAATACCAATATTCCATAAATAACAAACAAG  600

seq1  CAAAAAGACCTCCAAATTTAGATAAGGTGTCAGTAATCTATCCACAATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGACCTCCAAATTTAGATAAGGTGTCAGTAATCTATCCACAATAT  650

seq1  TAAGTTTGTAGACAAATAAGTTATAATTAAATTTCACAGTTGACTAGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTGTAGACAAATAAGTTATAATTAAATTTCACAGTTGACTAGAAT  700

seq1  CTGAAGACAAAAGTTAATCAAGGCTAATATCAATGTTGGGAAATAAAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGACAAAAGTTAATCAAGGCTAATATCAATGTTGGGAAATAAAAAG  750

seq1  GGGGCCCTGGGGAAGAGGGGGAAGGGAAATCCCACACCCCACCAGAGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCCTGGGGAAGAGGGGGAAGGGAAATCCCACACCCCACCAGAGTTT  800

seq1  CACTTATTCTCTCGTCTGTCAGGCGTGGGAGGACTGCTATCCACCTTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATTCTCTCGTCTGTCAGGCGTGAGAGGACTGCTATCCACCTTCCA  850

seq1  CTCATGCCTGGGTGGGCATCTAAGCTTCTGAACTACTCTTTGGGGGGCGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGCCTGGGTGGGCATCTAAGCTTCTGAACTACTCTTTGGGGGGCGG  900

seq1  GAGGTGGTGGCAAGTCCTACCTGGAATTCCTGGAGCTACTTTGCTAAAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGGTGGCAAGTCCTACCTGGAATTCCTGGAGCTACTTTGCTAAAGC  950

seq1  CACTGGGGTTATGGG-AGAG-AGGGATG  976
      ||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  CACTGGGGTTATGGGAAGAGAAGGGATG  978


seq1: chr16_73955678_73956813
seq2: B6Ng01-208K10.g_66_1212 (reverse)

seq1  TGCCTATGTG-TATGTTTGAGATGACTAAGAACTTCA--TCCAATATTCA  47
      |||||||||| |||||||||||||||||   ||||||  |||   |||  
seq2  TGCCTATGTGTTATGTTTGAGATGACTA--GACTTCAATTCC---ATTTC  45

seq1  AAAGAAGAAGAAATTAGCATAGGTAAGGTTG-TTACA-CACC-ATTAG-A  93
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| |
seq2  AAAGAAGAAGAAATTAGCATAGGTAAGGTTGTTTACACCACCAATTAGAA  95

seq1  ATGCAAACAATTTG-AAGCTAAA-TCCATAAA--GATGCACACTTTACAT  139
      |||||| ||||||| |||||||| || |||||   |||||||||||||||
seq2  ATGCAACCAATTTGAAAGCTAAATTCAATAAAAGAATGCACACTTTACAT  145

seq1  TC--ACTGGAATGCCTCCTGTTA-TAGAATGACAATATC-AAATGTTGGT  185
      ||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCCACCTGGAATGCCTCCTGTTATTAGAATGACAATATCAAAATGTTGGT  195

seq1  GATGGTGCAGAAAAACTAAAGTTCTTTTTCTGGCTTCTGAGAATTTCAAA  235
      ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTGCAGAAAACTTAAAGTTCTTTTTCTGGCTTCTGAGAATTTCAAA  245

seq1  TTTTAGAACTTGGAAATT-GTTTTAGACATGTCAAGTAACATAAAAAATA  284
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAACTTGGAAATTGGTTTTAGACATGTCAAGTAACATAAAAAATA  295

seq1  TATAACCATATTATCTGTAAGTTCTACCTCTAAGGATTTCCTCAAGGAAA  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACCATATTATCTGTAAGTTCTACCTCTAAGGATTTCCTCAAGGAAA  345

seq1  TGAATACATGTGTTCTTGCAAAGCCTCACACAAGTGTACATTTTCTAAAT  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATACATGTGTTCTTGCAAAGCCTCACACAAGTGTACATTTTCTAAAT  395

seq1  AGAAAATTAGATAAACCAAATAGAACATATTCATAGACTCAACATCATTC  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATTAGATAAACCAAATAGAACATATTCATAGACTCAACATCATTC  445

seq1  AGTAAACATGCATTGAAACTGTTTGAAAAATACATGAAAGACTCCCCCAA  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAACATGCATTGAAACTGTTTGAAAAATACATGAAAGACTCCCCCAA  495

seq1  AGCATTGTTTGCGTCAAAGGGCAGGCACACATTGCCACGGTCTAGATAAA  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTGTTTGCGTCAAAGGGCAGGCACACATTGCCACGGTCTAGATAAA  545

seq1  TTCACTCATATTCTTATCAAGAACAAATAAACATTGCCAAGAGTGAAGGG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCATATTCTTATCAAGAACAAATAAACATTGCCAAGAGTGAAGGG  595

seq1  GGAACACTTTCATTCAAGAATTTGAATAGATGGAGCGTGAAGTTTTCTTC  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACACTTTCATTCAAGAATTTGAATAGATGGAGCGTGAAGTTTTCTTC  645

seq1  TCATATGTATATTTGAATTACAAAGTCCTTTTTGGGACCTTCTCATTTTG  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGTATATTTGAATTACAAAGTCCTTTTTGGGACCTTCTCATTTTG  695

seq1  ACATACACTGGCCCAGAGGAAGCATACAGCTTTGAGTCAAAATATACTCT  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACACTGGCCCAGAGGAAGCATACAGCTTTGAGTCAAAATATACTCT  745

seq1  CTAATGATTCCCTTGTTGTTCTGTCTTTTCATTGAACCACAATTACTTGT  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGATTCCCTTGTTGTTCTGTCTTTTCATTGAACCACAATTACTTGT  795

seq1  GGATCAATTGAAAATAAGTAAGTTGTTAGTCAACCTTTAAAAATAAAATT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAATTGAAAATAAGTAAGTTGTTAGTCAACCTTTAAAAATAAAATT  845

seq1  CTATGGTGGTAGCTGTAAGATTATAGGACACATATGCAAACAACTGTATG  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGTGGTAGCTGTAAGATTATAGGACACATATGCAAACAACTGTATG  895

seq1  AATCATATTATGAACTCATGCCAATTAACCTACAGGCCTGTATGGTGTAC  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATATTATGAACTCATGCCAATTAACCTACAGGCCTGTATGGTGTAC  945

seq1  TATAGCTGACAAACAATTCTCACAAATATTTGACCATGATCAAGATGAAT  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCTGACAAACAATTCTCACAAATATTTGACCATGATCAAGATGAAT  995

seq1  ACTCAAAACCACAATCTGCCGTAATGCCCAAGGAAAGAGGCTAAGTTCAG  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAAACCACAATCTGCCGTAATGCCCAAGGAAAGAGGCTAAGTTCAG  1045

seq1  CCTCCGTGGACTGATACTCACCAATTATTATCGGCTGTGGTTCACTTTTT  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCGTGGACTGATACTCACCAATTATTATCGGCTGTGGTTCACTTTTT  1095

seq1  ACTCCAACCCCTGCACTTGTGCTAGCTGCCACTTCTACCCGGTACTGAAT  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAACCCCTGCACTTGTGCTAGCTGCCACTTCTACCCGGTACTGAAT  1145

seq1  TC  1136
      ||
seq2  TC  1147


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |