BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-217H02
Chromosome16 (Build37)
Map Location 40,073,955 - 40,145,066
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667400
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-217H02.bB6Ng01-217H02.g
ACCGA033854GA033855
length1,136805
definitionB6Ng01-217H02.b B6Ng01-217H02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,073,955 - 40,075,079)(40,144,263 - 40,145,066)
sequence
gaattctctttggacttatactggtgaatttttttccctcatagaatagt
cagggtggatgggatgagaccagagagtttcatagacattttcaagcacg
gcaaagaagataaatgtcaatacgattacagagtggcactttctccattc
attctccctgcaagaatttcaacttaaaaatctccactataaaaatacat
aaggcatgactggtactgtcacagactagatgggagtgaattggaaatat
aataataataataaaaaacaaaactgagggagtctttatagatcatttga
tgacaaatgtttcaaatctttagtttgtaatattaagaaactcttttagc
aaaacatgtgttgaatgcataattctccaaagaatttgtgtgctcacatg
gacatgagaacatagtagaaccaaaagattttaatcaaaactttaaaaaa
tgaaacatacatggatcaagttaaaaaatacacaggcaaaacatacatcc
aaaatacagaaaaccaagtagacaagtaagtgttcaaaatacacaccaca
cacacacacacacacacacacacacacacacagatacacacacgcccacc
ccccccacacacacacagagagagagagagagagagagagagagagagag
agagagagagagaatgagcacaattgtaacttagcacactacattcttaa
gatgatgggaaatgattaaactttagtagtaggtcacatgtacaattctt
agaaaggaatttcttgtattttacatatctccctcgagctaaaagcactc
agaagacctataggtggtttaactcttttggcagctctttcaaccaacct
aggtgacccaatcagtaaatggggaaccctcacatcctcctagtcctctc
aagcttagtaccctcacaaaaagggacttttatgaaaaaaacatactgca
cggtatccaaatatgaacacgtgtttatttttgatgaattggagatattg
aaccgtttaaacaaatggaaaaatcaaaggtcttgtgcaaaattaagcac
ctaacaacataaacatatgaaattttctattattgtaattcactgtccac
atcaatatatgaaaattctgtttatgtaaaattcac
gaattcactcattcccttgtagcactatacattaatttagagtgtgcttt
gttctattacgtgggtttcaaattacttccaagccacagaaatactgttt
ttgggttttttttttttttttttttggtaattgataaagtaactttctat
tcatttttttgctactttgccaaataaatttagcaacattatttcttggt
catatataatgatagctctatttgtgaaaaataattaactgataccacag
ctactatttaattatactggcttcctgggcttgctaagattaagttactt
ggtttcttttatacaattcacttttgtattccagttattaattccatcac
ttcatttcaacccctgctccacacagctcttgatagcgtaccattttgtt
tatgccctgcaagtaaagtatatgaccaaggtggacgcccagtttatagg
agtttcagatggaagatataatgggacgaaacgctctgatttcaaccatt
cgctctcagtcccctttaccgatgctgatgattgagggaattctattgac
ttagcaagggaaagaggaaaaacatttttcatctctatttagcacttgtt
ctctctgtcatgacatgcatgcatgcatgttagtcattctgagcaactaa
cagaaagccttctcctctcaagatccctgatcaagatcaaggacaaagga
taaatccacatgtcaaagtttaatgtcaagttgccctttcttttaaaacc
cattgggatttctcttagagaaatttggttggtgggtggttgttttgtgg
agttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_40073955_40075079
seq2: B6Ng01-217H02.b_46_1181

seq1  GAATTCTCTTTGGACTTATACTGGTGAATTTTTTTCCCTCATAGAATAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTGGACTTATACTGGTGAATTTTTTTCCCTCATAGAATAGT  50

seq1  CAGGGTGGATGGGATGAGACCAGAGAGTTTCATAGACATTTTCAAGCACG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTGGATGGGATGAGACCAGAGAGTTTCATAGACATTTTCAAGCACG  100

seq1  GCAAAGAAGATAAATGTCAATACGATTACAGAGTGGCACTTTCTCCATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGAAGATAAATGTCAATACGATTACAGAGTGGCACTTTCTCCATTC  150

seq1  ATTCTCCCTGCAAGAATTTCAACTTAAAAATCTCCACTATAAAAATACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCCCTGCAAGAATTTCAACTTAAAAATCTCCACTATAAAAATACAT  200

seq1  AAGGCATGACTGGTACTGTCACAGACTAGATGGGAGTGAATTGGAAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATGACTGGTACTGTCACAGACTAGATGGGAGTGAATTGGAAATAT  250

seq1  AATAATAATAATAAAAAACAAAACTGAGGGAGTCTTTATAGATCATTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAATAATAAAAAACAAAACTGAGGGAGTCTTTATAGATCATTTGA  300

seq1  TGACAAATGTTTCAAATCTTTAGTTTGTAATATTAAGAAACTCTTTTAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAATGTTTCAAATCTTTAGTTTGTAATATTAAGAAACTCTTTTAGC  350

seq1  AAAACATGTGTTGAATGCATAATTCTCCAAAGAATTTGTGTGCTCACATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATGTGTTGAATGCATAATTCTCCAAAGAATTTGTGTGCTCACATG  400

seq1  GACATGAGAACATAGTAGAACCAAAAGATTTTAATCAAAACTTTAAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGAGAACATAGTAGAACCAAAAGATTTTAATCAAAACTTTAAAAAA  450

seq1  TGAAACATACATGGATCAAGTTAAAAAATACACAGGCAAAACATACATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACATACATGGATCAAGTTAAAAAATACACAGGCAAAACATACATCC  500

seq1  AAAATACAGAAAACCAAGTAGACAAGTAAGTGTTCAAAATACACACCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAGAAAACCAAGTAGACAAGTAAGTGTTCAAAATACACACCACA  550

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACAGATACACACACGCCCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACAGATACACACACGCCCACC  600

seq1  CCCCCCACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  650

seq1  AGAGAGAGAGAGAATGAGCACAATTGTAACTTAGCACACTACATTCTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAATGAGCACAATTGTAACTTAGCACACTACATTCTTAA  700

seq1  GATGATGGGAAATGATTAAACTTTAGTAGTAGGTCACATGTACAATTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATGGGAAATGATTAAACTTTAGTAGTAGGTCACATGTACAATTCTT  750

seq1  AGAAAGGAATTTCTTGTATTTTACATATCTCCCTCGAGCTAAAAGCACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGAATTTCTTGTATTTTACATATCTCCCTCGAGCTAAAAGCACTC  800

seq1  AGAAGACCTATAGGTGGTTTAACTCTTTTGGCAGCTCTTTCAACCAACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACCTATAGGTGGTTTAACTCTTTTGGCAGCTCTTTCAACCAACCT  850

seq1  AGGTGACCCAATCAGTAAATGGGGAACCCTCACATCCTCCTAGTCCTCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACCCAATCAGTAAATGGGGAACCCTCACATCCTCCTAGTCCTCTC  900

seq1  AAGCTTAGTACCCTCACAAAAAGGGACTTTTATG-AAAAAACATACTGCA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGCTTAGTACCCTCACAAAAAGGGACTTTTATGAAAAAAACATACTGCA  950

seq1  CGGTATCC-AATATGAACACGTGTTTATTTTTGATGATTTGGAGATATTG  998
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CGGTATCCAAATATGAACACGTGTTTATTTTTGATGAATTGGAGATATTG  1000

seq1  AACCGTTTAA--CAATGGAAAAATCAAA-GTCTTGTGCAAAATTAAGCAC  1045
      ||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AACCGTTTAAACAAATGGAAAAATCAAAGGTCTTGTGCAAAATTAAGCAC  1050

seq1  CTAAC-ACATAAACATATGAA--TTTCTATTATGTAAATTCACTGTCCAC  1092
      ||||| |||||||||||||||  ||||||||||   ||||||||||||||
seq2  CTAACAACATAAACATATGAAATTTTCTATTATTGTAATTCACTGTCCAC  1100

seq1  ATCAATATATGAAAA-TCTG-TTATGT-AAATTCAC  1125
      ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||
seq2  ATCAATATATGAAAATTCTGTTTATGTAAAATTCAC  1136

seq1: chr16_40144263_40145066
seq2: B6Ng01-217H02.g_66_870 (reverse)

seq1  CAACTCCACAAAACAACCA-CCACCAACCAAATTTCTCTAAGAGAAATCC  49
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCCACAAAACAACCACCCACCAACCAAATTTCTCTAAGAGAAATCC  50

seq1  CAATGGGTTTTAAAAGAAAGGGCAACTTGACATTAAACTTTGACATGTGG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGGTTTTAAAAGAAAGGGCAACTTGACATTAAACTTTGACATGTGG  100

seq1  ATTTATCCTTTGTCCTTGATCTTGATCAGGGATCTTGAGAGGAGAAGGCT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCCTTTGTCCTTGATCTTGATCAGGGATCTTGAGAGGAGAAGGCT  150

seq1  TTCTGTTAGTTGCTCAGAATGACTAACATGCATGCATGCATGTCATGACA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTAGTTGCTCAGAATGACTAACATGCATGCATGCATGTCATGACA  200

seq1  GAGAGAACAAGTGCTAAATAGAGATGAAAAATGTTTTTCCTCTTTCCCTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAACAAGTGCTAAATAGAGATGAAAAATGTTTTTCCTCTTTCCCTT  250

seq1  GCTAAGTCAATAGAATTCCCTCAATCATCAGCATCGGTAAAGGGGACTGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGTCAATAGAATTCCCTCAATCATCAGCATCGGTAAAGGGGACTGA  300

seq1  GAGCGAATGGTTGAAATCAGAGCGTTTCGTCCCATTATATCTTCCATCTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGAATGGTTGAAATCAGAGCGTTTCGTCCCATTATATCTTCCATCTG  350

seq1  AAACTCCTATAAACTGGGCGTCCACCTTGGTCATATACTTTACTTGCAGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCCTATAAACTGGGCGTCCACCTTGGTCATATACTTTACTTGCAGG  400

seq1  GCATAAACAAAATGGTACGCTATCAAGAGCTGTGTGGAGCAGGGGTTGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAACAAAATGGTACGCTATCAAGAGCTGTGTGGAGCAGGGGTTGAA  450

seq1  ATGAAGTGATGGAATTAATAACTGGAATACAAAAGTGAATTGTATAAAAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTGATGGAATTAATAACTGGAATACAAAAGTGAATTGTATAAAAG  500

seq1  AAACCAAGTAACTTAATCTTAGCAAGCCCAGGAAGCCAGTATAATTAAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAGTAACTTAATCTTAGCAAGCCCAGGAAGCCAGTATAATTAAAT  550

seq1  AGTAGCTGTGGTATCAGTTAATTATTTTTCACAAATAGAGCTATCATTAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTGTGGTATCAGTTAATTATTTTTCACAAATAGAGCTATCATTAT  600

seq1  ATATGACCAAGAAATAATGTTGCTAAATTTATTTGGCAAAGTAGCAAAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGACCAAGAAATAATGTTGCTAAATTTATTTGGCAAAGTAGCAAAAA  650

seq1  AATGAATAGAAAGTTACTTTATCAATTACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATAGAAAGTTACTTTATCAATTACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  700

seq1  CCCAAAAACAGTATTTCTGTGGCTTGGAAGTAATTTGAAACCCACGTAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAAACAGTATTTCTGTGGCTTGGAAGTAATTTGAAACCCACGTAAT  750

seq1  AGAACAAAGCACACTCTAAATTAATGTATAGTGCTACAAGGGAATGAGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAAGCACACTCTAAATTAATGTATAGTGCTACAAGGGAATGAGTG  800

seq1  AATTC  804
      |||||
seq2  AATTC  805