BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223E02
Chromosome16 (Build37)
Map Location 21,818,938 - 21,969,260
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC546659, Map3k13, LOC624037, Tmem41a, Liph
Upstream geneLOC671504, EG666274, EG625060, LOC625123, LOC676915, 2310042E22Rik, Ephb3, 6430590I03Rik, Vps8, 2510009E07Rik, Ehhadh, LOC100043489
Downstream geneSenp2, EG239760, Igf2bp2, EG545152, EG666421, Sfrs10, LOC100043507, Etv5, Dgkg, LOC671242, LOC666459, Crygs, Tbccd1, Dnajb11, Ahsg, Fetub, Hrg
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223E02.bB6Ng01-223E02.g
ACCGA038053GA038054
length3291,060
definitionB6Ng01-223E02.b B6Ng01-223E02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,818,938 - 21,819,266)(21,968,211 - 21,969,260)
sequence
cagcaaggtcattcaaccgttcaaaccttaaaggcgaacacaattgggaa
aagctgcctctgtgtaaacattaacccctctggtttcaagtggctccttt
tatcctgtttggtttaatataaaagggagacctggaactcgatatcttta
tacttagattaaaaataagtttaaggaacttggaagcatattcttccatg
atttattatttcttttaaacttagaagaaaaaaaaagctgctctccccag
ctagctatgggagggttgttgttgttgttgttgtttttaaccactgtgtg
tgcacatgtgtgtgtgttggggggtgggg
gaattcagtggtcaacctgagtagcggacacagtagttacttagtttgtg
aagcaaccttaccaattagaccagggctttgaagttcttcagattcacag
gtgtgttgagagcaaggtgtggtcccaactcctgagcctcctctaagtca
gcaatatttggggttggtcctgaatgttgctcaaacattggatggtacta
taggaatctatgtgcatgggtgggagtgacttccccacgcatccatgtgc
ccatgtgtgtatgtgtagaggccagcggatggtttctttggtcatttccc
catggttttttgaggtagagtctcttgttgaacacagagctccctgtcta
agctagcctggctgtccagcaaacccccgggagccacttgtctctgcatc
tccaggccagggtcacagacccatggtgctggcttttacatgtgcggtga
tgatccaaacccgggtgttcacgcttgtatggagccatctctgcagcctt
cccttttagtgatgctggagactgaatttagagtcttgtgcatactaagc
aagcactgtcagccctccacacctcctttttaaagtaaacgtgcttgtgt
gagcatttgtgcatgagtgtctgtggaggctaaaataggacattggatcc
cctggagctagagttacaggcagttgtgagctgccagcgtatgtgctgaa
actgaactggggttatggaagagcagcaagcaccctgaagcatcctctcc
agccccgcacccccagctttgccttttgttcttacagccaccattatatg
atttactctgcaccgtgcacgggccatagtgaatccgtctgtgggttctt
agaggattaagtggagctgagtacattgggaagcttggcagggaattctg
tgcagggaatttctgtgcagggaattctgtgcagtgcgtggcattcaagg
aaggttgtggtcaaacgtggtggtgtttgtataaaatgtgaaatgtgctt
ttctagttaaacgctgcaactgctcttggttcctttaaaatcaaagaata
aagtacttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_21818938_21819266
seq2: B6Ng01-223E02.b_46_374

seq1  CAGCAAGGTCATTCAACCGTTCAAACCTTAAAGGCGAACACAATTGGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGGTCATTCAACCGTTCAAACCTTAAAGGCGAACACAATTGGGAA  50

seq1  AAGCTGCCTCTGTGTAAACATTAACCCCTCTGGTTTCAAGTGGCTCCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCCTCTGTGTAAACATTAACCCCTCTGGTTTCAAGTGGCTCCTTT  100

seq1  TATCCTGTTTGGTTTAATATAAAAGGGAGACCTGGAACTCGATATCTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGTTTGGTTTAATATAAAAGGGAGACCTGGAACTCGATATCTTTA  150

seq1  TACTTAGATTAAAAATAAGTTTAAGGAACTTGGAAGCATATTCTTCCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAGATTAAAAATAAGTTTAAGGAACTTGGAAGCATATTCTTCCATG  200

seq1  ATTTATTATTTCTTTTAAACTTAGAAGAAAAAAAAAGCTGCTCTCCCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTATTTCTTTTAAACTTAGAAGAAAAAAAAAGCTGCTCTCCCCAG  250

seq1  CTAGCTATGGGAGGGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTAACCACTGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTATGGGAGGGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTAACCACTGTGTG  300

seq1  TGCACATGTGTGTGTGTTGGGGGGTGGGG  329
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATGTGTGTGTGTTGGGGGGTGGGG  329

seq1: chr16_21968211_21969260
seq2: B6Ng01-223E02.g_66_1125 (reverse)

seq1  TGAAGTACTTTATACCTTGATTATAAAGGAACCAAGAGCAGTTGCAGCGT  50
      ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTACTTTATTCTTTGATTTTAAAGGAACCAAGAGCAGTTGCAGCGT  50

seq1  TT-ACCAGAAAAGCACATTTCACATTTTATACAAACACCACCACGTTTGA  99
      || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTAGAAAAGCACATTTCACATTTTATACAAACACCACCACGTTTGA  100

seq1  CCAC-ACCT--CCTGAATGCCACGCACTGCACAGAATTCCCTGCACAG-A  145
      |||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCACAACCTTCCTTGAATGCCACGCACTGCACAGAATTCCCTGCACAGAA  150

seq1  ATTCCCTGCACAGAATTCCCTG-CAAGCTTCC--ATGTACTCAGCTCCAC  192
      |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||
seq2  ATTCCCTGCACAGAATTCCCTGCCAAGCTTCCCAATGTACTCAGCTCCAC  200

seq1  TTAATCCTCTAAGAA-CCACAGACGGATTCACTATGGCCCGTGCACGGTG  241
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCTCTAAGAACCCACAGACGGATTCACTATGGCCCGTGCACGGTG  250

seq1  CAGAGTAAATCATATAATGGTGGCTGTAAGAAC-AAAGGCAAAGCTGGGG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGAGTAAATCATATAATGGTGGCTGTAAGAACAAAAGGCAAAGCTGGGG  300

seq1  GTGCGGGGCTGGAGAGGATGCTTCAGGGTGCTTGCTGCTCTTCCATAACC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGGGGCTGGAGAGGATGCTTCAGGGTGCTTGCTGCTCTTCCATAACC  350

seq1  CCAGTTCAGTTTCAGCACATACGCTGGCAGCTCACAACTGCCTGTAACTC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTCAGTTTCAGCACATACGCTGGCAGCTCACAACTGCCTGTAACTC  400

seq1  TAGCTCCAGGGGATCCAATGTCCTATTTTAGCCTCCACAGACACTCATGC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCCAGGGGATCCAATGTCCTATTTTAGCCTCCACAGACACTCATGC  450

seq1  ACAAATGCTCACACAAGCACGTTTACTTTAAAAAGGAGGTGTGGAGGGCT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGCTCACACAAGCACGTTTACTTTAAAAAGGAGGTGTGGAGGGCT  500

seq1  GACAGTGCTTGCTTAGTATGCACAAGACTCTAAATTCAGTCTCCAGCATC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGCTTGCTTAGTATGCACAAGACTCTAAATTCAGTCTCCAGCATC  550

seq1  ACTAAAAGGGAAGGCTGCAGAGATGGCTCCATACAAGCGTGAACACCCGG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAGGGAAGGCTGCAGAGATGGCTCCATACAAGCGTGAACACCCGG  600

seq1  GTTTGGATCATCACCGCACATGTAAAAGCCAGCACCATGGGTCTGTGACC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGATCATCACCGCACATGTAAAAGCCAGCACCATGGGTCTGTGACC  650

seq1  CTGGCCTGGAGATGCAGAGACAAGTGGCTCCCGGGGGTTTGCTGGACAGC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTGGAGATGCAGAGACAAGTGGCTCCCGGGGGTTTGCTGGACAGC  700

seq1  CAGGCTAGCTTAGACAGGGAGCTCTGTGTTCAACAAGAGACTCTACCTCA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTAGCTTAGACAGGGAGCTCTGTGTTCAACAAGAGACTCTACCTCA  750

seq1  AAAAACCATGGGGAAATGACCAAAGAAACCATCCGCTGGCCTCTACACAT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCATGGGGAAATGACCAAAGAAACCATCCGCTGGCCTCTACACAT  800

seq1  ACACACATGGGCACATGGATGCGTGGGGAAGTCACTCCCACCCATGCACA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATGGGCACATGGATGCGTGGGGAAGTCACTCCCACCCATGCACA  850

seq1  TAGATTCCTATAGTACCATCCAATGTTTGAGCAACATTCAGGACCAACCC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTCCTATAGTACCATCCAATGTTTGAGCAACATTCAGGACCAACCC  900

seq1  CAAATATTGCTGACTTAGAGGAGGCTCAGGAGTTGGGACCACACCTTGCT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATTGCTGACTTAGAGGAGGCTCAGGAGTTGGGACCACACCTTGCT  950

seq1  CTCAACACACCTGTGAATCTGAAGAACTTCAAAGCCCTGGTCTAATTGGT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACACACCTGTGAATCTGAAGAACTTCAAAGCCCTGGTCTAATTGGT  1000

seq1  AAGGTTGCTTCACAAACTAAGTAACTACTGTGTCCGCTACTCAGGTTGAC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTGCTTCACAAACTAAGTAACTACTGTGTCCGCTACTCAGGTTGAC  1050

seq1  CACTGAATTC  1050
      ||||||||||
seq2  CACTGAATTC  1060