BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227M21
Chromosome16 (Build37)
Map Location 96,543,308 - 96,691,329
singlet/doubletdoublet
Overlap geneJam4, Itgb2l, Pcp4
Upstream geneErg, Ets2, LOC625548, LOC100040997, Dscr2, Brwd1, LOC100041318, Hmgn1, Wrb, 4921526F01Rik, Sh3bgr, B3galt5
Downstream geneDscam, Bace2, Mx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227M21.bB6Ng01-227M21.g
ACCGA041380GA041381
length8781,196
definitionB6Ng01-227M21.b B6Ng01-227M21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,543,308 - 96,544,185)(96,690,147 - 96,691,329)
sequence
gaattcagattatggttaaatgtgtgtatcttaaaagaggcctggcaggg
ttagatcacattaactctgcaagcttgcttatcactcattttatagcctc
ctagagctctctccctctctccttccctccctctactcctcccccctcta
tccctccttccctctctccctctctttccataactctcttcttctctccc
ttcctccatcccttcctctattcctccttctatccctcccttcttctctt
ccctcctcactatatccctccctccctccctgcctctttccctctctctt
tccctctttccctctctccctggtgatggtgatgggcccagaggggacca
agggtgcatctgatgctggcagctgaactgcagaatggagggggtcatgg
aaggcagctgagtctttgcacagggggaggcctggagaggacactgatga
agaaacagtctcagtaacagtgaaaatcccaggactgtagggttatggag
aacagacgaggcttgggctgtgtggcaaagtgggagtccctgaagagagg
ccaggaagccatttatgaaggtgcagcccgtggagaccctaggacaatgg
agatgtcagatgcccatcaagtatggcagaagatatgtagtggaactaca
cactcggctgagcttagaaggaagccacatgtgcagatggcagagtgaga
cagaggagaacccagtagatcctgggttctcatgatcaaggagcctcaga
caccagaagacactaaggtatttatgctgctccatttggttttgccttgg
tccttcctttctggaatgagaaacatgtaacttaattgtgtgcatgtgtg
catgtgtgtgttctcatgcgtgtgtgtg
gaattcacactctgattgtgatactaagtcatggacagctggaacattgt
agggagtttgaggctgccctagttacagggtcaacagaaaggaggttgtg
accctaactgtgggttgaactctgggacaaggctcttccctggagaccca
cacagtcatctgctcagctgggtgaccaaggaggcactggaggacttctc
tatacatgagcctcagcatagaatgagggatagggcactgtcgcatgtcg
ctgactggacacaggagagggtccctgttgtgaggtcagtctgcagagcc
tgccgtttctaggctccttcttgatgagaatctgttgagttctgaatggg
aaaagctgtccacacagccatcccttcttcctgcaagcaaggtgaggtgt
ccataaaccttgcgcttctgaaagattaacgaacccagagggaagcccct
cccccaacatgtaaaggaaaagagaccttgtcctcaatgcccttggtctt
cagagccctgcttgctttccctggattctctacctccttctgccccaccc
tttccagctgttccagagccccacactcatttatttggacagagccaggc
accaggtaccaactacttcagtgtgacaaggctagccccagatctagctg
gcggtcttgaatcggttggtccacttccctgtgcctcagtttcctcctct
gtcaccgactgcccaggatatggagaggctcacagaaggggacacatgtg
ggagtgcttggcactgctctcagcatttacaccatgaggcaaccaatggc
tgtcactgtggcttctgttcccaggggttgccaggagactcccatctccc
agcccagatccaccctcctcctcccccaagctcttggctctctcccaagt
cctgtgcctgggtgctgcaccaccttgcccttctgcctgttgtttggatc
caaagctgtccatagaggagagaggagctgcgaggagacaatttgaattt
ctgaagtgttaatctacctctaggacttccaaaaaaaggatccactcaat
ctgtcaaacatttttttaaataaataccaaggaagataacggatcctttc
acagtattagtatcaagtgtgagagaaactggaaaccgaacttggcctgg
acatctagctgaagaggatgccacctgtgtgtaatccctcaaatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_96543308_96544185
seq2: B6Ng01-227M21.b_48_925

seq1  GAATTCAGATTATGGTTAAATGTGTGTATCTTAAAAGAGGCCTGGCAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATTATGGTTAAATGTGTGTATCTTAAAAGAGGCCTGGCAGGG  50

seq1  TTAGATCACATTAACTCTGCAAGCTTGCTTATCACTCATTTTATAGCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCACATTAACTCTGCAAGCTTGCTTATCACTCATTTTATAGCCTC  100

seq1  CTAGAGCTCTCTCCCTCTCTCCTTCCCTCCCTCTACTCCTCCCCCCTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGCTCTCTCCCTCTCTCCTTCCCTCCCTCTACTCCTCCCCCCTCTA  150

seq1  TCCCTCCTTCCCTCTCTCCCTCTCTTTCCATAACTCTCTTCTTCTCTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCTTCCCTCTCTCCCTCTCTTTCCATAACTCTCTTCTTCTCTCCC  200

seq1  TTCCTCCATCCCTTCCTCTATTCCTCCTTCTATCCCTCCCTTCTTCTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCATCCCTTCCTCTATTCCTCCTTCTATCCCTCCCTTCTTCTCTT  250

seq1  CCCTCCTCACTATATCCCTCCCTCCCTCCCTGCCTCTTTCCCTCTCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTCACTATATCCCTCCCTCCCTCCCTGCCTCTTTCCCTCTCTCTT  300

seq1  TCCCTCTTTCCCTCTCTCCCTGGTGATGGTGATGGGCCCAGAGGGGACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTTTCCCTCTCTCCCTGGTGATGGTGATGGGCCCAGAGGGGACCA  350

seq1  AGGGTGCATCTGATGCTGGCAGCTGAACTGCAGAATGGAGGGGGTCATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGCATCTGATGCTGGCAGCTGAACTGCAGAATGGAGGGGGTCATGG  400

seq1  AAGGCAGCTGAGTCTTTGCACAGGGGGAGGCCTGGAGAGGACACTGATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGCTGAGTCTTTGCACAGGGGGAGGCCTGGAGAGGACACTGATGA  450

seq1  AGAAACAGTCTCAGTAACAGTGAAAATCCCAGGACTGTAGGGTTATGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAGTCTCAGTAACAGTGAAAATCCCAGGACTGTAGGGTTATGGAG  500

seq1  AACAGACGAGGCTTGGGCTGTGTGGCAAAGTGGGAGTCCCTGAAGAGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACGAGGCTTGGGCTGTGTGGCAAAGTGGGAGTCCCTGAAGAGAGG  550

seq1  CCAGGAAGCCATTTATGAAGGTGCAGCCCGTGGAGACCCTAGGACAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGCCATTTATGAAGGTGCAGCCCGTGGAGACCCTAGGACAATGG  600

seq1  AGATGTCAGATGCCCATCAAGTATGGCAGAAGATATGTAGTGGAACTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTCAGATGCCCATCAAGTATGGCAGAAGATATGTAGTGGAACTACA  650

seq1  CACTCGGCTGAGCTTAGAAGGAAGCCACATGTGCAGATGGCAGAGTGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCGGCTGAGCTTAGAAGGAAGCCACATGTGCAGATGGCAGAGTGAGA  700

seq1  CAGAGGAGAACCCAGTAGATCCTGGGTTCTCATGATCAAGGAGCCTCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAGAACCCAGTAGATCCTGGGTTCTCATGATCAAGGAGCCTCAGA  750

seq1  CACCAGAAGACACTAAGGTATTTATGCTGCTCCATTTGGTTTTGCCTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAAGACACTAAGGTATTTATGCTGCTCCATTTGGTTTTGCCTTGG  800

seq1  TCCTTCCTTTCTGGAATGAGAAACATGTAACTTAATTGTGTGCATGTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCTTTCTGGAATGAGAAACATGTAACTTAATTGTGTGCATGTGTG  850

seq1  CATGTGTGTGTTCTCATGCGTGTGTGTG  878
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGTGTTCTCATGCGTGTGTGTG  878

seq1: chr16_96690147_96691329
seq2: B6Ng01-227M21.g_69_1264 (reverse)

seq1  AGATTT--GGGGTTACACA---GTGCTATCCTCTTCAACTAGATGCCCA-  44
      ||||||  ||| |||||||   |||  |||||||||| ||||||| ||| 
seq2  AGATTTGAGGGATTACACACAGGTGGCATCCTCTTCAGCTAGATGTCCAG  50

seq1  GCCAAG-TCTGTTTTCATTTCCTCT--CACTTGATACTTAATTACTGTGA  91
      |||||| || |||| || || ||||  |||||||||||  | ||||||||
seq2  GCCAAGTTCGGTTTCCAGTTTCTCTCACACTTGATACT--AATACTGTGA  98

seq1  AA-GATCTGTTATCTTCTTTGTATTTTATTTAAAAAAAATGTTTGACAGA  140
      || |||| ||||||||| |||   ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAGGATCCGTTATCTTCCTTGGTATTTATTT-AAAAAAATGTTTGACAGA  147

seq1  -TGGGT-GAT-CTTTTTTTGGAAGT-CTAGA-GTAGAATTAACAACTTCA  185
       || || ||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||
seq2  TTGAGTGGATCCTTTTTTTGGAAGTCCTAGAGGTAG-ATTAAC-ACTTCA  195

seq1  GAAA-TCAAA-TGTCTCCTCGCAGCTCCTCTCTCCTCTATGGACAGCTTT  233
      |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCAAATTGTCTCCTCGCAGCTCCTCTCTCCTCTATGGACAGCTTT  245

seq1  GGATCCAAACAACAGGCAGAAGGGCAAGGTGGTGCAGCACCCAGGCACAG  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCAAACAACAGGCAGAAGGGCAAGGTGGTGCAGCACCCAGGCACAG  295

seq1  GACTTGGGAGAGAGCCAAGAGCTTGGGGGAGGAGGAGGGTGGATCTGGGC  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGGAGAGAGCCAAGAGCTTGGGGGAGGAGGAGGGTGGATCTGGGC  345

seq1  TGGGAGATGGGAGTCTCCTGGCAA-CCCTGGGAACAGAAGCCACAGTGAC  382
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGATGGGAGTCTCCTGGCAACCCCTGGGAACAGAAGCCACAGTGAC  395

seq1  AGCCATTGGTTGCCTCATGGTGTAAATGCTGAGAGCAGTGCCAAGCACTC  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTGGTTGCCTCATGGTGTAAATGCTGAGAGCAGTGCCAAGCACTC  445

seq1  CCACATGTGTCCCCTTCTGTGAGCCTCTCCATATCCTGGGCAGTCGGTGA  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGTGTCCCCTTCTGTGAGCCTCTCCATATCCTGGGCAGTCGGTGA  495

seq1  CAGAGGAGGAAACTGAGGCACAGGGAAGTGGACCAACCGATTCAAGACCG  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAGGAAACTGAGGCACAGGGAAGTGGACCAACCGATTCAAGACCG  545

seq1  CCAGCTAGATCTGGGGCTAGCCTTGTCACACTGAAGTAGTTGGTACCTGG  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTAGATCTGGGGCTAGCCTTGTCACACTGAAGTAGTTGGTACCTGG  595

seq1  TGCCTGGCTCTGTCCAAATAAATGAGTGTGGGGCTCTGGAACAGCTGGAA  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGGCTCTGTCCAAATAAATGAGTGTGGGGCTCTGGAACAGCTGGAA  645

seq1  AGGGTGGGGCAGAAGGAGGTAGAGAATCCAGGGAAAGCAAGCAGGGCTCT  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGGGGCAGAAGGAGGTAGAGAATCCAGGGAAAGCAAGCAGGGCTCT  695

seq1  GAAGACCAAGGGCATTGAGGACAAGGTCTCTTTTCCTTTACATGTTGGGG  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACCAAGGGCATTGAGGACAAGGTCTCTTTTCCTTTACATGTTGGGG  745

seq1  GAGGGGCTTCCCTCTGGGTTCGTTAATCTTTCAGAAGCGCAAGGTTTATG  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGCTTCCCTCTGGGTTCGTTAATCTTTCAGAAGCGCAAGGTTTATG  795

seq1  GACACCTCACCTTGCTTGCAGGAAGAAGGGATGGCTGTGTGGACAGCTTT  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCTCACCTTGCTTGCAGGAAGAAGGGATGGCTGTGTGGACAGCTTT  845

seq1  TCCCATTCAGAACTCAACAGATTCTCATCAAGAAGGAGCCTAGAAACGGC  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTCAGAACTCAACAGATTCTCATCAAGAAGGAGCCTAGAAACGGC  895

seq1  AGGCTCTGCAGACTGACCTCACAACAGGGACCCTCTCCTGTGTCCAGTCA  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCTGCAGACTGACCTCACAACAGGGACCCTCTCCTGTGTCCAGTCA  945

seq1  GCGACATGCGACAGTGCCCTATCCCTCATTCTATGCTGAGGCTCATGTAT  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGACATGCGACAGTGCCCTATCCCTCATTCTATGCTGAGGCTCATGTAT  995

seq1  AGAGAAGTCCTCCAGTGCCTCCTTGGTCACCCAGCTGAGCAGATGACTGT  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTCCTCCAGTGCCTCCTTGGTCACCCAGCTGAGCAGATGACTGT  1045

seq1  GTGGGTCTCCAGGGAAGAGCCTTGTCCCAGAGTTCAACCCACAGTTAGGG  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTCTCCAGGGAAGAGCCTTGTCCCAGAGTTCAACCCACAGTTAGGG  1095

seq1  TCACAACCTCCTTTCTGTTGACCCTGTAACTAGGGCAGCCTCAAACTCCC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACCTCCTTTCTGTTGACCCTGTAACTAGGGCAGCCTCAAACTCCC  1145

seq1  TACAATGTTCCAGCTGTCCATGACTTAGTATCACAATCAGAGTGTGAATT  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGTTCCAGCTGTCCATGACTTAGTATCACAATCAGAGTGTGAATT  1195

seq1  C  1183
      |
seq2  C  1196