BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233B20
Chromosome16 (Build37)
Map Location 96,355,254 - 96,403,023
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWrb, 4921526F01Rik
Upstream geneKcnj15, Erg, Ets2, LOC625548, LOC100040997, Dscr2, Brwd1, LOC100041318, Hmgn1
Downstream geneSh3bgr, B3galt5, Jam4, Itgb2l, Pcp4, Dscam
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233B20.bB6Ng01-233B20.g
ACCGA045266GA045267
length402702
definitionB6Ng01-233B20.b B6Ng01-233B20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,402,616 - 96,403,023)(96,355,254 - 96,355,951)
sequence
tttatttaacagtattagtcggaaagacttgtttccctttacagaattgc
ggggctctcgaatgctagctaagcatgtgctcacgtgctcaaggccactg
agctgcgtcccaagcacagagcctctttaaagagtgctgtaaattagggg
aactttttcttctctgagaaggaggagggcaggcagagggcaggcaggca
gacagacagacactctgtaccccgggccagtctagatatcactatgaaac
ccctattagccttaagctcagagcagtcttcctgcctcggcttccttcgg
ggaagaggcagttgcaagcacaggacaccatgcccggtcagagaggagct
tcagttgaagggaccagcagggacaactggccaaactcgaggccgggggg
gg
cgcggaattctctctctctctgcaggatgtcccaccttctagtctctgcc
ttagctcattggccacaagcttttttagtgacgggtgatgcttataagag
attctctctccagtattggatcccctggagttggaattacaggtggttgt
aagccaccccacgtggatgctgggaacaagattctggacctccacaagaa
cagcacgtattctttaactgccaatccatcttcacaatccccacagaata
gagctgaacgtgtgaagtgcacttaccacaaaatcacccatgaggagatg
attcagagcaggaggtgatggaatgtcatggccttggtggtgattttcgt
ccacaactctgagattgagtgtactgggtgagatgaattgtgtctttggg
ggagctggtgtgcaagaagatcaggtacccaaacagtagtagcatggtac
ttagagcagtatagcctttggtgtctgaagagtgtagaggcaacgatgag
ttgcttgtggtagtgatgcccagtgtatgtggacagcaaagaggcaagga
agggtcacgtgaggtttgtgtcatgaggtttacatcatgggtagggttcc
tgagtacagctcagcctacaagataggtgtgagagtttgactgccaggtt
aatgtaggcaaagagcaacacaggtattgcctggcgggggtggggtgggg
tg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_96402616_96403023
seq2: B6Ng01-233B20.b_46_453 (reverse)

seq1  CCCCCCCCGGCCTCGAGTTTGGCCAGTTGTCCCTGCTGGTCCCTTCAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCGGCCTCGAGTTTGGCCAGTTGTCCCTGCTGGTCCCTTCAACT  50

seq1  GAAGCTCCTCTCTGACCGGGCATGGTGTCCTGTGCTTGCAACTGCCTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCCTCTCTGACCGGGCATGGTGTCCTGTGCTTGCAACTGCCTCTT  100

seq1  CCCCGAAGGAAGCCGAGGCAGGAAGACTGCTCTGAGCTTAAGGCTAATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGAAGGAAGCCGAGGCAGGAAGACTGCTCTGAGCTTAAGGCTAATAG  150

seq1  GGGTTTCATAGTGATATCTAGACTGGCCCGGGGTACAGAGTGTCTGTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCATAGTGATATCTAGACTGGCCCGGGGTACAGAGTGTCTGTCTG  200

seq1  TCTGCCTGCCTGCCCTCTGCCTGCCCTCCTCCTTCTCAGAGAAGAAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTGCCTGCCCTCTGCCTGCCCTCCTCCTTCTCAGAGAAGAAAAAG  250

seq1  TTCCCCTAATTTACAGCACTCTTTAAAGAGGCTCTGTGCTTGGGACGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTAATTTACAGCACTCTTTAAAGAGGCTCTGTGCTTGGGACGCAG  300

seq1  CTCAGTGGCCTTGAGCACGTGAGCACATGCTTAGCTAGCATTCGAGAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGGCCTTGAGCACGTGAGCACATGCTTAGCTAGCATTCGAGAGCC  350

seq1  CCGCAATTCTGTAAAGGGAAACAAGTCTTTCCGACTAATACTGTTAAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAATTCTGTAAAGGGAAACAAGTCTTTCCGACTAATACTGTTAAATA  400

seq1  AAGAATTC  408
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  408

seq1: chr16_96355254_96355951
seq2: B6Ng01-233B20.g_64_761

seq1  GAATTCTCTCTCTCTCTGCAGGATGTCCCACCTTCTAGTCTCTGCCTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTCTCTCTGCAGGATGTCCCACCTTCTAGTCTCTGCCTTAG  50

seq1  CTCATTGGCCACAAGCTTTTTTAGTGACGGGTGATGCTTATAAGAGATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGGCCACAAGCTTTTTTAGTGACGGGTGATGCTTATAAGAGATTC  100

seq1  TCTCTCCAGTATTGGATCCCCTGGAGTTGGAATTACAGGTGGTTGTAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCAGTATTGGATCCCCTGGAGTTGGAATTACAGGTGGTTGTAAGC  150

seq1  CACCCCACGTGGATGCTGGGAACAAGATTCTGGACCTCCACAAGAACAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCACGTGGATGCTGGGAACAAGATTCTGGACCTCCACAAGAACAGC  200

seq1  ACGTATTCTTTAACTGCCAATCCATCTTCACAATCCCCACAGAATAGAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTATTCTTTAACTGCCAATCCATCTTCACAATCCCCACAGAATAGAGC  250

seq1  TGAACGTGTGAAGTGCACTTACCACAAAATCACCCATGAGGAGATGATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACGTGTGAAGTGCACTTACCACAAAATCACCCATGAGGAGATGATTC  300

seq1  AGAGCAGGAGGTGATGGAATGTCATGGCCTTGGTGGTGATTTTCGTCCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGGAGGTGATGGAATGTCATGGCCTTGGTGGTGATTTTCGTCCAC  350

seq1  AACTCTGAGATTGAGTGTACTGGGTGAGATGAATTGTGTCTTTGGGGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGAGATTGAGTGTACTGGGTGAGATGAATTGTGTCTTTGGGGGAG  400

seq1  CTGGTGTGCAAGAAGATCAGGTACCCAAACAGTAGTAGCATGGTACTTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGTGCAAGAAGATCAGGTACCCAAACAGTAGTAGCATGGTACTTAG  450

seq1  AGCAGTATAGCCTTTGGTGTCTGAAGAGTGTAGAGGCAACGATGAGTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTATAGCCTTTGGTGTCTGAAGAGTGTAGAGGCAACGATGAGTTGC  500

seq1  TTGTGGTAGTGATGCCCAGTGTATGTGGACAGCAAAGAGGCAAGGAAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTAGTGATGCCCAGTGTATGTGGACAGCAAAGAGGCAAGGAAGGG  550

seq1  TCACGTGAGGTTTGTGTCATGAGGTTTACATCATGGGTAGGGTTCCTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGTGAGGTTTGTGTCATGAGGTTTACATCATGGGTAGGGTTCCTGAG  600

seq1  TACAGCTCAGCCTACAAGATAGGTGTGAGAGTTTGACTGCCAGGTTAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTCAGCCTACAAGATAGGTGTGAGAGTTTGACTGCCAGGTTAATG  650

seq1  TAGGCAAAGAGCAACACAGGTATTGCCTGGCGGGGGTGGGGTGGGGTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAAAGAGCAACACAGGTATTGCCTGGCGGGGGTGGGGTGGGGTG  698