BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236E03
Chromosome16 (Build37)
Map Location 5,482,332 - 5,622,644
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSrl, Tcfap4, Glis2, Magmas, Coro7, Vasn, Dnaja3, Nmral1, Hmox2, 5730403B10Rik, 4930562C15Rik, 1500031H01Rik, Mgrn1, Nudt16l1, Anks3, 4930451G09Rik, Sept12, EG432995, Rogdi, 3930401K13Rik, Ubn1, Ppl, Sec14l5, Nagpa, AU021092, Alg1, 5730409G15Rik
Downstream geneLOC100042436, A2bp1, LOC100042445
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236E03.bB6Ng01-236E03.g
ACCGA047520GA047521
length1,1471,115
definitionB6Ng01-236E03.b B6Ng01-236E03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,482,332 - 5,483,493)(5,621,533 - 5,622,644)
sequence
gaattcatagtgtttaccacagggagcagcaatggctacattttatataa
cggcctgtgtagaacaacagtgggtgtctaagcattggaaacgtgggttg
gagctgcatagaaggctgagaggaaccaaggcctccctgactcttgactg
tgtgtactccagaggagattctgggggactgatcccttcttccacggaaa
cggcttctctttgagttttatgttttgttaatctttcctcattggatcaa
gggaggccatgacaatatatattgcttattcagcaccaggcatcatcagg
aacaaggccaaacactataagcagcatcaattatctctttccttcctttc
ttcctgcccccatcctgtcttacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacactggctttgctaacaaagttccaattttactc
ccattgactttattttttccgtttgtgtgtgttgtgcattgatgtgtatg
tgtgttagcatgtatgtggttttgagtgcatgggtggcctgaggttaatt
ttggggatcatccgcaacctctctttctactttgttcactggagcaggtt
ctagccagatgtggctagtctctctggccagcttgctttgcggatctcct
ctctctgcattctgaagctagaattagagtcagtgctaacatggacttac
atgggttctctataagctacagtctcatgttttcacagtgaatactctaa
ccaccgagccgtctctctagcctttatctccagaagtagctgaggaccag
ggaggtaaagcagccagcctggaactgcacaactaaaacaccaagacagc
aagcaggacctgaaaccccaggctctaattccagccttcaacctcccatc
caccttgtgatgccttatcaaggtgaatctgtgtcccccagagtgccaga
cctgtagggtgggggacagagaaaacggacgactcatcccccccctccac
ctgtgccaagcacaccatgaagagcataaagcacagtatatgttatgagg
ctattaatccgcgcttgagtataaagtttctctatgatgataaaccttcc
taattaacgttgagggagggagaataaatctcgaatttcaaggaccc
gaattctctaactcacaaaaattagaaactgaaattcttcaagctcagtg
ttgaaacccaagtacctgggcctcttcagatagcctgttcttcagagtgc
catgagccatccgtgtgacacagaaaggtaagtatatcagttacattttc
cattgctggaaccaaacacctgccaagcagcaacttctgggataaatggc
ttatttgagcacatagctttaggaaacatcatccaaaatgaccgggaaaa
tgtggcagcaggaatgggaggtggaggaacacactgggtccagcaaggaa
gaagaaagtgaacaggaaatagggtcatgctacaaatctcagggcctgtt
ctactgacccacttcctatcacagggctccacctcctaaccctccacaaa
acagtgctgctgcttctggggaaacaagtgctccaagcatatacgcctgt
tggttacagtttgagttcagaccacaacactgagtttttatgttctctgc
aaacagacctttaagataaatttcaggcatgtctttgttttctcccatga
agctctttagttctagagtgtagcatccttctatcatgcttcctttcaca
tgtataagcagatatttgcagcccaggctctgcacaatgcactctgccct
actttcagctcaaagcctgaaggaattgtgtttgatgctgagaacgcacg
agctggcagaggaggcaaacaattagtcagtaatgtggaagagagaagac
gcacacagacccaaggttgattcacttggtctagcatcttccataataac
tggaagtttgctggggtgggtggagtcaggagaaatggaagagaataaga
ggccatggagaggataaaaatataagtcaaataaaagcatacatgcaatc
aacagctcctgatttttgccaatgaagcgctgcatcatgcagagctgcgt
tcttcgatgctctagggaaaaatcatgctttgtttgtctgccttcacata
ttccagtctcaaccaaagctcccctcaagtcacgaagaggagatgtgatc
tatattgactgacactgattgctttgcctctctggctgcctggggcaacg
tcaatagccatacgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_5482332_5483493
seq2: B6Ng01-236E03.b_42_1188

seq1  GAATTCATAGTGTTTACCACAGGGAGCAGCAATGGCTACATTTTATATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGTGTTTACCACAGGGAGCAGCAATGGCTACATTTTATATAA  50

seq1  CGGCCTGTGTAGAACAACAGTGGGTGTCTAAGCATTGGAAACGTGGGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCTGTGTAGAACAACAGTGGGTGTCTAAGCATTGGAAACGTGGGTTG  100

seq1  GAGCTGCATAGAAGGCTGAGAGGAACCAAGGCCTCCCTGACTCTTGACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCATAGAAGGCTGAGAGGAACCAAGGCCTCCCTGACTCTTGACTG  150

seq1  TGTGTACTCCAGAGGAGATTCTGGGGGACTGATCCCTTCTTCCACGGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACTCCAGAGGAGATTCTGGGGGACTGATCCCTTCTTCCACGGAAA  200

seq1  CGGCTTCTCTTTGAGTTTTATGTTTTGTTAATCTTTCCTCATTGGATCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTTCTCTTTGAGTTTTATGTTTTGTTAATCTTTCCTCATTGGATCAA  250

seq1  GGGAGGCCATGACAATATATATTGCTTATTCAGCACCAGGCATCATCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCCATGACAATATATATTGCTTATTCAGCACCAGGCATCATCAGG  300

seq1  AACAAGGCCAAACACTATAAGCAGCATCAATTATCTCTTTCCTTCCTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGGCCAAACACTATAAGCAGCATCAATTATCTCTTTCCTTCCTTTC  350

seq1  TTCCTGCCCCCATCCTGTCTTACACACACACACACACACACACACACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCCCCCATCCTGTCTTACACACACACACACACACACACACACACA  400

seq1  CACACACACACACACACACTGGCTTTGCTAACAAAGTTCCAATTTTACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACTGGCTTTGCTAACAAAGTTCCAATTTTACTC  450

seq1  CCATTGACTTTATTTTTTCCGTTTGTGTGTGTTGTGCATTGATGTGTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGACTTTATTTTTTCCGTTTGTGTGTGTTGTGCATTGATGTGTATG  500

seq1  TGTGTTAGCATGTATGTGGTTTTGAGTGCATGGGTGGCCTGAGGTTAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTAGCATGTATGTGGTTTTGAGTGCATGGGTGGCCTGAGGTTAATT  550

seq1  TTGGGGATCATCCGCAACCTCTCTTTCTACTTTGTTCACTGGAGCAGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGATCATCCGCAACCTCTCTTTCTACTTTGTTCACTGGAGCAGGTT  600

seq1  CTAGCCAGATGTGGCTAGTCTCTCTGGCCAGCTTGCTTTGCGGATCTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCAGATGTGGCTAGTCTCTCTGGCCAGCTTGCTTTGCGGATCTCCT  650

seq1  CTCTCTGCATTCTGAAGCTAGAATTAGAGTCAGTGCTAACATGGACTTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGCATTCTGAAGCTAGAATTAGAGTCAGTGCTAACATGGACTTAC  700

seq1  ATGGGTTCTCTATAAGCTACAGTCTCATGTTTTCACAGTGAATACTCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTCTCTATAAGCTACAGTCTCATGTTTTCACAGTGAATACTCTAA  750

seq1  CCACCGAGCCGTCTCTCTAGCCTTTATCTCCAGAAGTAGCTGAGGACCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCGAGCCGTCTCTCTAGCCTTTATCTCCAGAAGTAGCTGAGGACCAG  800

seq1  GGAGGTAAAGCAGCCAGCCTGGAACTGCACAACTAAAACACCAAGACAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTAAAGCAGCCAGCCTGGAACTGCACAACTAAAACACCAAGACAGC  850

seq1  AAGCAGGACCTGAAACCCCAGGCTCTAATTCCAGCCTTCAACCTCCCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGACCTGAAACCCCAGGCTCTAATTCCAGCCTTCAACCTCCCATC  900

seq1  CACCTTGTGATGCCTTATCAAGGTGAATCTGTGTCCCCCAGAGTGCCAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTGTGATGCCTTATCAAGGTGAATCTGTGTCCCCCAGAGTGCCAGA  950

seq1  CCTGTAGGGTGGGGGACAGAGGAAAACGGAACGGACTCATCCCCCCCCTC  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGGGTGGGGGACAGA-GAAAACGGA--CGACTCATCCCCCCCCTC  997

seq1  CACCTGTGCCAAGCACACCATGAAGAGCATAAAGCACAGGTATTAAGGTT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | | |
seq2  CACCTGTGCCAAGCACACCATGAAGAGCATAAAGCACA-GTAT--ATG-T  1043

seq1  TATGAGGCTATTAATCCGCGGCTTTGGAGGTATTAAAGTTTCATATTGAT  1100
      ||||||||||||||||||| ||||  || ||| |||||||||    ||||
seq2  TATGAGGCTATTAATCCGC-GCTT--GA-GTA-TAAAGTTTCTCTATGAT  1088

seq1  GATAAACCTCCCCTAATAAAACGTGAGGGAAGGAGGAATAAATCTCCGAT  1150
      |||||||||  |||||| ||   ||||||| ||| |||||||||||  ||
seq2  GATAAACCT-TCCTAATTAACGTTGAGGGAGGGA-GAATAAATCTCGAAT  1136

seq1  TTCAAAGGACCC  1162
      ||| ||||||||
seq2  TTC-AAGGACCC  1147

seq1: chr16_5621533_5622644
seq2: B6Ng01-236E03.g_67_1181 (reverse)

seq1  GCGTATGGCTA-TGGCGTTTCCCCCAGCAG-CAGAGAGGCAAACCATCAA  48
      ||||||||||| || |||| ||||  |||| |||||||||||| ||   |
seq2  GCGTATGGCTATTGACGTTGCCCCAGGCAGCCAGAGAGGCAAAGCAATCA  50

seq1  GTTGTCAGTC-ATATAGATCACATCTCCTCTTCGTGACTTGA-GGGAGCT  96
      | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  G-TGTCAGTCAATATAGATCACATCTCCTCTTCGTGACTTGAGGGGAGCT  99

seq1  TTGGTTGAGACTGGAATATGTGAAGGCAGACAAACAAAGCATGATTTTTC  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGAGACTGGAATATGTGAAGGCAGACAAACAAAGCATGATTTTTC  149

seq1  CCTAGAGCATCGAAGAACGCAGCTCTGCATGATGCAGCGCTTCATTGGCA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGCATCGAAGAACGCAGCTCTGCATGATGCAGCGCTTCATTGGCA  199

seq1  AAAATCAGGAGCTGTTGATTGCATGTATGCTTTTATTTGACTTATATTTT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAGGAGCTGTTGATTGCATGTATGCTTTTATTTGACTTATATTTT  249

seq1  TATCCTCTCCATGGCCTCTTATTCTCTTCCATTTCTCCTGACTCCACCCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTCTCCATGGCCTCTTATTCTCTTCCATTTCTCCTGACTCCACCCA  299

seq1  CCCCAGCAAACTTCCAGTTATTATGGAAGATGCTAGACCAAGTGAATCAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCAAACTTCCAGTTATTATGGAAGATGCTAGACCAAGTGAATCAA  349

seq1  CCTTGGGTCTGTGTGCGTCTTCTCTCTTCCACATTACTGACTAATTGTTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGTCTGTGTGCGTCTTCTCTCTTCCACATTACTGACTAATTGTTT  399

seq1  GCCTCCTCTGCCAGCTCGTGCGTTCTCAGCATCAAACACAATTCCTTCAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTCTGCCAGCTCGTGCGTTCTCAGCATCAAACACAATTCCTTCAG  449

seq1  GCTTTGAGCTGAAAGTAGGGCAGAGTGCATTGTGCAGAGCCTGGGCTGCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGAGCTGAAAGTAGGGCAGAGTGCATTGTGCAGAGCCTGGGCTGCA  499

seq1  AATATCTGCTTATACATGTGAAAGGAAGCATGATAGAAGGATGCTACACT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTGCTTATACATGTGAAAGGAAGCATGATAGAAGGATGCTACACT  549

seq1  CTAGAACTAAAGAGCTTCATGGGAGAAAACAAAGACATGCCTGAAATTTA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACTAAAGAGCTTCATGGGAGAAAACAAAGACATGCCTGAAATTTA  599

seq1  TCTTAAAGGTCTGTTTGCAGAGAACATAAAAACTCAGTGTTGTGGTCTGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAGGTCTGTTTGCAGAGAACATAAAAACTCAGTGTTGTGGTCTGA  649

seq1  ACTCAAACTGTAACCAACAGGCGTATATGCTTGGAGCACTTGTTTCCCCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAACTGTAACCAACAGGCGTATATGCTTGGAGCACTTGTTTCCCCA  699

seq1  GAAGCAGCAGCACTGTTTTGTGGAGGGTTAGGAGGTGGAGCCCTGTGATA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGCAGCACTGTTTTGTGGAGGGTTAGGAGGTGGAGCCCTGTGATA  749

seq1  GGAAGTGGGTCAGTAGAACAGGCCCTGAGATTTGTAGCATGACCCTATTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGGGTCAGTAGAACAGGCCCTGAGATTTGTAGCATGACCCTATTT  799

seq1  CCTGTTCACTTTCTTCTTCCTTGCTGGACCCAGTGTGTTCCTCCACCTCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCACTTTCTTCTTCCTTGCTGGACCCAGTGTGTTCCTCCACCTCC  849

seq1  CATTCCTGCTGCCACATTTTCCCGGTCATTTTGGATGATGTTTCCTAAAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTGCTGCCACATTTTCCCGGTCATTTTGGATGATGTTTCCTAAAG  899

seq1  CTATGTGCTCAAATAAGCCATTTATCCCAGAAGTTGCTGCTTGGCAGGTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGCTCAAATAAGCCATTTATCCCAGAAGTTGCTGCTTGGCAGGTG  949

seq1  TTTGGTTCCAGCAATGGAAAATGTAACTGATATACTTACCTTTCTGTGTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTCCAGCAATGGAAAATGTAACTGATATACTTACCTTTCTGTGTC  999

seq1  ACACGGATGGCTCATGGCACTCTGAAGAACAGGCTATCTGAAGAGGCCCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGGATGGCTCATGGCACTCTGAAGAACAGGCTATCTGAAGAGGCCCA  1049

seq1  GGTACTTGGGTTTCAACACTGAGCTTGAAGAATTTCAGTTTCTAATTTTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTTGGGTTTCAACACTGAGCTTGAAGAATTTCAGTTTCTAATTTTT  1099

seq1  GTGAGTTAGAGAATTC  1112
      ||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTAGAGAATTC  1115