BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238F05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 34,265,285 - 34,438,079
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKalrn
Upstream geneSnx4, Zfp148, Slc12a8, 4632417D23Rik, Heg1, Muc13, Itgb5, Umps, LOC100043670
Downstream geneRopn1, Ccdc14, Mylk, Ptplb, Adcy5, Sec22a, Pdia5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238F05.bB6Ng01-238F05.g
ACCGA049051GA049052
length9581,032
definitionB6Ng01-238F05.b B6Ng01-238F05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,437,121 - 34,438,079)(34,265,285 - 34,266,298)
sequence
gaattctttagagaaaacattcccaaatgcatctctgtgtatccttcctt
aggccatggcttcctttgtcagatcctctgtcacagcagtcactgcacac
actgaccaggacgaggctgcactctagtgtggggaggttgcatctatcac
tgcttagcttcatagctgcagcaagctccgcagggctcttctatttcttc
ccttttgtttggaaggagagccctggttttttctctttctactgtagttc
tcaaaccagtgtctccaggcctctagattctaccttgaaggctactgagt
tttccacagtgtttgtctcagtagtgtctgccagtttacccatgtgcttt
tgtatcactgtccccaattcccaaagaaactaaagaatctgtgccccctt
ttcccaaaacctaggaaaaaaagagtaggtttacagggaatgacaagaag
gtctttctggctttgcatagaggctcaagttggaatttttgcctcatgtg
cttagcagttatgtgacctctggctgacctagatcattccatttaactag
tccccttctctgtaaaatgaaagatggcctcctgtgataggtgcagattc
catagaatagtatacagaacctccagctctgtgcctcacaatagcatgtc
tacacttctccaccccaactcttctttcctgtggctcacctcactctgtt
gtcccgtctgttaggtctctctttccccactggctgtaaacaacaacaca
gctctcattctgtgcatatctatgaccacaggttatagggtggtttgtct
aaagatagactgctacatcagtgtccatactgtgtttgtctaaatatcta
gactttctatggtggttaatcatgcccaggttaacaaaagaaaatctgac
tcaccacatatcatattatttgtgaagaagaaggagaaggggaaggggaa
ggggatgg
gaattccagcaacacagacattgcttcagatgtcttaggatggaaagaag
gtcagggacacgccttttaaagcaaagcgggtggggaggcagtgaatgaa
gcctctctgtagccgagagtcagtttccacggtgagatggaattagtcct
ttggctttatattctgggaggatggggaagaagcctagagtagctcttat
tattccgcaagtgccagctcatcctggaaagcaggctttatggaggaccc
gtaggggctcctctcctgacacctaataactattttcaaagccccatggt
tagaagcaacatgatttgaaggacgagaagcaaaggagtacatgcattga
ggtgaaaggagccatggaaacagggcactcggagaatggacttgttgtga
aacttaatcatgagcggcaacaatcaaagtccagaaccttaccctgggtt
agcgttttataacttctgttccttccttgccctttctgaggcagagttac
agaagatccacctatatgaagctacctgaggctagaccaccaaaaagagt
tagataatggtgcccaggactcacacaaggctagcaatagtgtctattcc
cacctctcagccccacaccccatgaggttcattaggtactggtacagtac
agcaggggctaggcctttaacaggtaaactacatactgctttgtttcttg
cctatcacattttaagactggaaaggactgaacttttcccaagtcactca
actgtatcccagagaacttcagatatttatagaactaaaactactcagca
atggtcaaggcaaatttcaatgacgagcatagaaaaagaaagaaaaaagt
ccactggcacacacacaaaaaagtggaaaacaatccatgtgaagagaaac
ataagtcaatcaagacaaacacagaaaaaaaatatataaatatatgttta
atataaaatattaatatattatatatatataatatatatataaatttatg
catatgttaaaaaaagtagaacaatgatttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_34437121_34438079
seq2: B6Ng01-238F05.b_45_1002 (reverse)

seq1  CCTTCCCCTTCCCCTTCCCCTTCTCCTTCTTCTTCACAAAT-ATATGATA  49
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCATCCCCTTCCCCTTCCCCTTCTCCTTCTTCTTCACAAATAATATGATA  50

seq1  TGTGGTGAGTCAGATTTTCTTTTGGTTAACCTGGGCATGATTAACCACCA  99
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGAGTCAGATTTTCTTTT-GTTAACCTGGGCATGATTAACCACCA  99

seq1  TAGAAAGTCTAGATATTTAGACAAACACAGTATGGACACCTGATGTAGCA  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAGAAAGTCTAGATATTTAGACAAACACAGTATGGACA-CTGATGTAGCA  148

seq1  GTCTATCTTTAGACAAACCACCCTATAACCTGTGGTCATAGATATGCACA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATCTTTAGACAAACCACCCTATAACCTGTGGTCATAGATATGCACA  198

seq1  GAATGAGAGCTGTGTTGTTGTTTACAGCCAGTGGGGAAAGAGAGACCTAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGAGCTGTGTTGTTGTTTACAGCCAGTGGGGAAAGAGAGACCTAA  248

seq1  CAGACGGGACAACAGAGTGAGGTGAGCCACAGGAAAGAAGAGTTGGGGTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACGGGACAACAGAGTGAGGTGAGCCACAGGAAAGAAGAGTTGGGGTG  298

seq1  GAGAAGTGTAGACATGCTATTGTGAGGCACAGAGCTGGAGGTTCTGTATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTGTAGACATGCTATTGTGAGGCACAGAGCTGGAGGTTCTGTATA  348

seq1  CTATTCTATGGAATCTGCACCTATCACAGGAGGCCATCTTTCATTTTACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCTATGGAATCTGCACCTATCACAGGAGGCCATCTTTCATTTTACA  398

seq1  GAGAAGGGGACTAGTTAAATGGAATGATCTAGGTCAGCCAGAGGTCACAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGGGACTAGTTAAATGGAATGATCTAGGTCAGCCAGAGGTCACAT  448

seq1  AACTGCTAAGCACATGAGGCAAAAATTCCAACTTGAGCCTCTATGCAAAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTAAGCACATGAGGCAAAAATTCCAACTTGAGCCTCTATGCAAAG  498

seq1  CCAGAAAGACCTTCTTGTCATTCCCTGTAAACCTACTCTTTTTTTCCTAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAAGACCTTCTTGTCATTCCCTGTAAACCTACTCTTTTTTTCCTAG  548

seq1  GTTTTGGGAAAAGGGGGCACAGATTCTTTAGTTTCTTTGGGAATTGGGGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGGGAAAAGGGGGCACAGATTCTTTAGTTTCTTTGGGAATTGGGGA  598

seq1  CAGTGATACAAAAGCACATGGGTAAACTGGCAGACACTACTGAGACAAAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATACAAAAGCACATGGGTAAACTGGCAGACACTACTGAGACAAAC  648

seq1  ACTGTGGAAAACTCAGTAGCCTTCAAGGTAGAATCTAGAGGCCTGGAGAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGAAAACTCAGTAGCCTTCAAGGTAGAATCTAGAGGCCTGGAGAC  698

seq1  ACTGGTTTGAGAACTACAGTAGAAAGAGAAAAAACCAGGGCTCTCCTTCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTTGAGAACTACAGTAGAAAGAGAAAAAACCAGGGCTCTCCTTCC  748

seq1  AAACAAAAGGGAAGAAATAGAAGAGCCCTGCGGAGCTTGCTGCAGCTATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAGGGAAGAAATAGAAGAGCCCTGCGGAGCTTGCTGCAGCTATG  798

seq1  AAGCTAAGCAGTGATAGATGCAACCTCCCCACACTAGAGTGCAGCCTCGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAAGCAGTGATAGATGCAACCTCCCCACACTAGAGTGCAGCCTCGT  848

seq1  CCTGGTCAGTGTGTGCAGTGACTGCTGTGACAGAGGATCTGACAAAGGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTCAGTGTGTGCAGTGACTGCTGTGACAGAGGATCTGACAAAGGAA  898

seq1  GCCATGGCCTAAGGAAGGATACACAGAGATGCATTTGGGAATGTTTTCTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGCCTAAGGAAGGATACACAGAGATGCATTTGGGAATGTTTTCTC  948

seq1  TAAAGAATTC  959
      ||||||||||
seq2  TAAAGAATTC  958

seq1: chr16_34265285_34266298
seq2: B6Ng01-238F05.g_69_1085

seq1  GAATTCCAGCAACACAGACATTGCTTCAGATGTCTTAGGATGGAAAGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCAACACAGACATTGCTTCAGATGTCTTAGGATGGAAAGAAG  50

seq1  GTCAGGGACACGCCTTTTAAAGCAAAGCGGGTGGGGAGGCAGTGAATGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGGACACGCCTTTTAAAGCAAAGCGGGTGGGGAGGCAGTGAATGAA  100

seq1  GCCTCTCTGTAGCCGAGAGTCAGTTTCCACGGTGAGATGGAATTAGTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCTGTAGCCGAGAGTCAGTTTCCACGGTGAGATGGAATTAGTCCT  150

seq1  TTGGCTTTATATTCTGGGAGGATGGGGAAGAAGCCTAGAGTAGCTCTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTTATATTCTGGGAGGATGGGGAAGAAGCCTAGAGTAGCTCTTAT  200

seq1  TATTCCGCAAGTGCCAGCTCATCCTGGAAAGCAGGCTTTATGGAGGACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCGCAAGTGCCAGCTCATCCTGGAAAGCAGGCTTTATGGAGGACCC  250

seq1  GTAGGGGCTCCTCTCCTGACACCTAATAACTATTTTCAAAGCCCCATGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGGCTCCTCTCCTGACACCTAATAACTATTTTCAAAGCCCCATGGT  300

seq1  TAGAAGCAACATGATTTGAAGGACGAGAAGCAAAGGAGTACATGCATTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCAACATGATTTGAAGGACGAGAAGCAAAGGAGTACATGCATTGA  350

seq1  GGTGAAAGGAGCCATGGAAACAGGGCACTCGGAGAATGGACTTGTTGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAAGGAGCCATGGAAACAGGGCACTCGGAGAATGGACTTGTTGTGA  400

seq1  AACTTAATCATGAGCGGCAACAATCAAAGTCCAGAACCTTACCCTGGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAATCATGAGCGGCAACAATCAAAGTCCAGAACCTTACCCTGGGTT  450

seq1  AGCGTTTTATAACTTCTGTTCCTTCCTTGCCCTTTCTGAGGCAGAGTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTTTTATAACTTCTGTTCCTTCCTTGCCCTTTCTGAGGCAGAGTTAC  500

seq1  AGAAGATCCACCTATATGAAGCTACCTGAGGCTAGACCACCAAAAAGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATCCACCTATATGAAGCTACCTGAGGCTAGACCACCAAAAAGAGT  550

seq1  TAGATAATGGTGCCCAGGACTCACACAAGGCTAGCAATAGTGTCTATTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAATGGTGCCCAGGACTCACACAAGGCTAGCAATAGTGTCTATTCC  600

seq1  CACCTCTCAGCCCCACACCCCATGAGGTTCATTAGGTACTGGTACAGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTCAGCCCCACACCCCATGAGGTTCATTAGGTACTGGTACAGTAC  650

seq1  AGCAGGGGCTAGGCCTTTAACAGGTAAACTACATACTGCTTTGTTTCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGGCTAGGCCTTTAACAGGTAAACTACATACTGCTTTGTTTCTTG  700

seq1  CCTATCACATTTTAAGACTGGAAAGGACTGAACTTTTCCCAAGTCACTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCACATTTTAAGACTGGAAAGGACTGAACTTTTCCCAAGTCACTCA  750

seq1  ACTGTATCCCAGAGAACTTCAGATATTTATAGAACTAAAACTACTCAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATCCCAGAGAACTTCAGATATTTATAGAACTAAAACTACTCAGCA  800

seq1  ATGGTCAAGGCAAATTTCAATGACGAGCATAG-AAAAGAAAGAAAAAAGT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGGTCAAGGCAAATTTCAATGACGAGCATAGAAAAAGAAAGAAAAAAGT  850

seq1  CCACTGGCACACACACAAAAAAGTGGAAAACAATCCATGTGAAGAGAAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGCACACACACAAAAAAGTGGAAAACAATCCATGTGAAGAGAAAC  900

seq1  ATAAGTCAATCAAGACAAACACAGAAAAAAAATATATAAATATATG-TTA  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATAAGTCAATCAAGACAAACACAGAAAAAAAATATATAAATATATGTTTA  950

seq1  ATATAAAATATT-ATATATTATATATTATATAATATATATATAAA-TTAT  996
      |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATATAAAATATTAATATATTATATA-TATATAATATATATATAAATTTAT  999

seq1  GCATATGTTAAAAACAGT  1014
      |||||||||||||| |||
seq2  GCATATGTTAAAAAAAGT  1017