BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239E23
Chromosome16 (Build37)
Map Location 57,354,001 - 57,509,214
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2610528E23Rik, 4631422O05Rik
Upstream geneAbi3bp, Tfg, Gpr128, Tmem45a, LOC668026, LOC668036, 2310005G13Rik, Tomm70a, Nit2, Tbc1d23, Tmem30c
Downstream geneCol8a1, LOC435480, LOC629342, LOC100043477, Dcbld2, St3gal6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239E23.bB6Ng01-239E23.g
ACCGA049770GA049771
length1,1471,133
definitionB6Ng01-239E23.b B6Ng01-239E23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,508,067 - 57,509,214)(57,354,001 - 57,355,133)
sequence
gaattcttgttagaactccctattactttctggatgtctcttctcatcta
ttacctactaaatagaggagctatgtaagtagttaagtgggcttcaggaa
actgataaccaaggacaaaaatctagaagggtgaagtagaaaccatgaaa
gagaaaaattgacagaacatggaggtggcaccgtgtgagagattgtgcgt
gactgttggtaggtagagggatagatgtagaagtggccatcaaagaatgt
tggattggtaaagcaagaagagactaggagtaacattcagggacacgtta
cagggacaggactgccagttgatgcgtcctgttcagcgtgtttacaccaa
ccatggatttgcattgtacctcatgtagtgggggtgtttgtcaagcctgg
cagacgcatattgggagccaggatagtttcagtgttgttgacttgcatgc
agcctcagttccttttgtttaaaatttggattaaggcataaatcaacaga
ctttgggtggtcttatcctcaccacttagaaaagtacattcacatgacca
aactacttcagaatttggcaagatggtagccttctctcatgagattccca
agacaagagcattagaggtcagtcctgagctagattgccagagcaagggg
gaggggataatttgtccaaaacttgctttcattctcccagccttaactca
tattcttagctgtttccttttataaaaatgaaaatttccatttaggtctc
tgaggaaaatagaagaataagaaaggatgtcagagttttagaaacttcaa
caaagaaaaaaaggagcaagaatcatcttatgtgtaggcagcgagggcca
tgtttgtgccccttacccctgccaccacaggatgcagtgggtaggagaaa
ggtcttcttcactgttagggtttgaagaacagaggtatcccatcatctac
aactctgctttttggatagtttagaataatttctttaaatgatcaaactt
gtatgacatatacctcactttttttacctgataattgaactgatctggct
ttttaattaatagtctggatagctgttcaagcccaataacatacccttgc
agacttgtgcctaatgtgaagtcttccatcttaagtttcagtttgat
gaattcccttttcatgagaaacagtagaagggattagcattttcagatga
caactagaacgtattcttttttcctatgttcacatttatttctgtgatgt
taggatttgattgggggccagagaacagagcaggttttggaatttacggt
ttaaaaggtctccagtgatacgtggtatgggcttgttctgcagttcacca
cacagagcaccggatggatatccacaggcacgacatgccccagtgtaaag
gagagtgattccaggctgctgcagagaacactgtgtcagctctgctctgt
gtactcaatgggagtaccatgtgatgtgctgggaggctgggaaatgttgt
ataaagaataggagtccatctaaccgaatggatgctaacttaagatgttc
aggagtttttatgcaccctctgttcccttcatagtgaccaatgatcacat
ctttaaaataaaagtgtcaggaaatattagaactggtacaatgcaaatac
tgccaaactacagtcctatgttccatggtaaacgagacctgctgtgtaat
gctgttgcagataaagtgtctttttgtcaaccccttagaaacaaacgtcc
caagtaactagttacttctgtagtcatcagttgacactcaggaaactttc
ctcatgcttaactttaaaactcagacatcagcaagatgagagcttccctc
ccgcccccaagaagcgtcaataattttaacttgctatttccactttctaa
aaacaaatatgcagtgtaattaacacatatgtcctccgaggagactttcc
tgtgtaatttcccaaagtgatgtggggtttggatactgattacagccaat
agaaaccactcaaaaaataccagggccaagagaagcaagcactagttatg
aagcaagaactctgatttatccccagacttcagcatctactaaagcgcat
ggatactgtctcttttaaactttactcaactagaatttcagtcaagaact
agcctcgggctgaagcaactgtaactagatatatttattgtgcttcagaa
tgatgatgttatttggagagactggagagtatgacttgccaagagttggc
caggtctaacgaatgccgaaaatcccgaaataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_57508067_57509214
seq2: B6Ng01-239E23.b_44_1190 (reverse)

seq1  ATCACACTGAAACATAAGATGGAAGAGCTCACATAAGGCACAAGTCCTGC  50
      |||| |||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||| ||||
seq2  ATCAAACTGAAACTTAAGATGGAAGACTTCACATTAGGCACAAGT-CTGC  49

seq1  AAGGGTATGTATTGGGGCTTG-ACAGCTATCCAGACTAT--AATAAAAAG  97
      ||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||  | |||||||
seq2  AAGGGTATGTTATTGGGCTTGAACAGCTATCCAGACTATTAATTAAAAAG  99

seq1  -CAGATCCAGTTCAATTATCAAGGTTAAAAAAGTGAGGTATTATGTCATA  146
       ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  CCAGAT-CAGTTCAATTATC-AGGTAAAAAAAGTGAGGTA-TATGTCATA  146

seq1  CAAAGTTTGATCATTTAAAAGAAATTA-TCTAAACTATCCAAAAAGCAGA  195
      | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  C-AAGTTTGATCATTT-AAAGAAATTATTCTAAACTATCCAAAAAGCAGA  194

seq1  GTTGTAGATGATGGGATACCTCTGTTCTTCAAACCCTAACAGTGAAGAAG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTAGATGATGGGATACCTCTGTTCTTCAAACCCTAACAGTGAAGAAG  244

seq1  ACCTTTCTCCTACCCACTGCATCCTGTGGTGGCAGGGGTAAGGGGCACAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTCTCCTACCCACTGCATCCTGTGGTGGCAGGGGTAAGGGGCACAA  294

seq1  ACATGGCCCTCGCTGCCTACACATAAGATGATTCTTGCTCCTTTTTTTCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCCCTCGCTGCCTACACATAAGATGATTCTTGCTCCTTTTTTTCT  344

seq1  TTGTTGAAGTTTCTAAAACTCTGACATCCTTTCTTATTCTTCTATTTTCC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGAAGTTTCTAAAACTCTGACATCCTTTCTTATTCTTCTATTTTCC  394

seq1  TCAGAGACCTAAATGGAAATTTTCATTTTTATAAAAGGAAACAGCTAAGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGACCTAAATGGAAATTTTCATTTTTATAAAAGGAAACAGCTAAGA  444

seq1  ATATGAGTTAAGGCTGGGAGAATGAAAGCAAGTTTTGGACAAATTATCCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGTTAAGGCTGGGAGAATGAAAGCAAGTTTTGGACAAATTATCCC  494

seq1  CTCCCCCTTGCTCTGGCAATCTAGCTCAGGACTGACCTCTAATGCTCTTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCTTGCTCTGGCAATCTAGCTCAGGACTGACCTCTAATGCTCTTG  544

seq1  TCTTGGGAATCTCATGAGAGAAGGCTACCATCTTGCCAAATTCTGAAGTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGAATCTCATGAGAGAAGGCTACCATCTTGCCAAATTCTGAAGTA  594

seq1  GTTTGGTCATGTGAATGTACTTTTCTAAGTGGTGAGGATAAGACCACCCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGTCATGTGAATGTACTTTTCTAAGTGGTGAGGATAAGACCACCCA  644

seq1  AAGTCTGTTGATTTATGCCTTAATCCAAATTTTAAACAAAAGGAACTGAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGTTGATTTATGCCTTAATCCAAATTTTAAACAAAAGGAACTGAG  694

seq1  GCTGCATGCAAGTCAACAACACTGAAACTATCCTGGCTCCCAATATGCGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATGCAAGTCAACAACACTGAAACTATCCTGGCTCCCAATATGCGT  744

seq1  CTGCCAGGCTTGACAAACACCCCCACTACATGAGGTACAATGCAAATCCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGGCTTGACAAACACCCCCACTACATGAGGTACAATGCAAATCCA  794

seq1  TGGTTGGTGTAAACACGCTGAACAGGACGCATCAACTGGCAGTCCTGTCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGTGTAAACACGCTGAACAGGACGCATCAACTGGCAGTCCTGTCC  844

seq1  CTGTAACGTGTCCCTGAATGTTACTCCTAGTCTCTTCTTGCTTTACCAAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACGTGTCCCTGAATGTTACTCCTAGTCTCTTCTTGCTTTACCAAT  894

seq1  CCAACATTCTTTGATGGCCACTTCTACATCTATCCCTCTACCTACCAACA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACATTCTTTGATGGCCACTTCTACATCTATCCCTCTACCTACCAACA  944

seq1  GTCACGCACAATCTCTCACACGGTGCCACCTCCATGTTCTGTCAATTTTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACGCACAATCTCTCACACGGTGCCACCTCCATGTTCTGTCAATTTTT  994

seq1  CTCTTTCATGGTTTCTACTTCACCCTTCTAGATTTTTGTCCTTGGTTATC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCATGGTTTCTACTTCACCCTTCTAGATTTTTGTCCTTGGTTATC  1044

seq1  AGTTTCCTGAAGCCCACTTAACTACTTACATAGCTCCTCTATTTAGTAGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCTGAAGCCCACTTAACTACTTACATAGCTCCTCTATTTAGTAGG  1094

seq1  TAATAGATGAGAAGAGACATCCAGAAAGTAATAGGGAGTTCTAACAAGAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGATGAGAAGAGACATCCAGAAAGTAATAGGGAGTTCTAACAAGAA  1144

seq1  TTC  1148
      |||
seq2  TTC  1147

seq1: chr16_57354001_57355133
seq2: B6Ng01-239E23.g_68_1200

seq1  GAATTCCCTTTTCATGAGAAACAGTAGAAGGGATTAGCATTTTCAGATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTTTCATGAGAAACAGTAGAAGGGATTAGCATTTTCAGATGA  50

seq1  CAACTAGAACGTATTCTTTTTTCCTATGTTCACATTTATTTCTGTGATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAGAACGTATTCTTTTTTCCTATGTTCACATTTATTTCTGTGATGT  100

seq1  TAGGATTTGATTGGGGGCCAGAGAACAGAGCAGGTTTTGGAATTTACGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTTGATTGGGGGCCAGAGAACAGAGCAGGTTTTGGAATTTACGGT  150

seq1  TTAAAAGGTCTCCAGTGATACGTGGTATGGGCTTGTTCTGCAGTTCACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGGTCTCCAGTGATACGTGGTATGGGCTTGTTCTGCAGTTCACCA  200

seq1  CACAGAGCACCGGATGGATATCCACAGGCACGACATGCCCCAGTGTAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGCACCGGATGGATATCCACAGGCACGACATGCCCCAGTGTAAAG  250

seq1  GAGAGTGATTCCAGGCTGCTGCAGAGAACACTGTGTCAGCTCTGCTCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTGATTCCAGGCTGCTGCAGAGAACACTGTGTCAGCTCTGCTCTGT  300

seq1  GTACTCAATGGGAGTACCATGTGATGTGCTGGGAGGCTGGGAAATGTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCAATGGGAGTACCATGTGATGTGCTGGGAGGCTGGGAAATGTTGT  350

seq1  ATAAAGAATAGGAGTCCATCTAACCGAATGGATGCTAACTTAAGATGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGAATAGGAGTCCATCTAACCGAATGGATGCTAACTTAAGATGTTC  400

seq1  AGGAGTTTTTATGCACCCTCTGTTCCCTTCATAGTGACCAATGATCACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTTTTATGCACCCTCTGTTCCCTTCATAGTGACCAATGATCACAT  450

seq1  CTTTAAAATAAAAGTGTCAGGAAATATTAGAACTGGTACAATGCAAATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAATAAAAGTGTCAGGAAATATTAGAACTGGTACAATGCAAATAC  500

seq1  TGCCAAACTACAGTCCTATGTTCCATGGTAAACGAGACCTGCTGTGTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAACTACAGTCCTATGTTCCATGGTAAACGAGACCTGCTGTGTAAT  550

seq1  GCTGTTGCAGATAAAGTGTCTTTTTGTCAACCCCTTAGAAACAAACGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGCAGATAAAGTGTCTTTTTGTCAACCCCTTAGAAACAAACGTCC  600

seq1  CAAGTAACTAGTTACTTCTGTAGTCATCAGTTGACACTCAGGAAACTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAACTAGTTACTTCTGTAGTCATCAGTTGACACTCAGGAAACTTTC  650

seq1  CTCATGCTTAACTTTAAAACTCAGACATCAGCAAGATGAGAGCTTCCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGCTTAACTTTAAAACTCAGACATCAGCAAGATGAGAGCTTCCCTC  700

seq1  CCGCCCCCAAGAAGCGTCAATAATTTTAACTTGCTATTTCCACTTTCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCCCCAAGAAGCGTCAATAATTTTAACTTGCTATTTCCACTTTCTAA  750

seq1  AAACAAATATGCAGTGTAATTAACACATATGTCCTCCGAGGAGACTTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATATGCAGTGTAATTAACACATATGTCCTCCGAGGAGACTTTCC  800

seq1  TGTGTAATTTCCCAAAGTGATGTGGGGTTTGGATACTGATTACAGCCAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAATTTCCCAAAGTGATGTGGGGTTTGGATACTGATTACAGCCAAT  850

seq1  AGAAAACCACTCAAAAAATACCAGGGCCAAGAGAAGCAAGCACTAGTTAT  900
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-AAACCACTCAAAAAATACCAGGGCCAAGAGAAGCAAGCACTAGTTAT  899

seq1  GAAGCAAGAACTCTGATTTATCCCCAGACTTCAGCATCTACTAAAGCGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAAGAACTCTGATTTATCCCCAGACTTCAGCATCTACTAAAGCGCA  949

seq1  TGGATAACTGTCTCTTTTTAAACTTTACTCAACTAGAATTTCAGTCAAGA  1000
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAT-ACTGTCTC-TTTTAAACTTTACTCAACTAGAATTTCAGTCAAGA  997

seq1  ACTAGCCTCGGGCTGAAGC-ACTGTAACTAGATATATTTTATTGTGGCTT  1049
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  ACTAGCCTCGGGCTGAAGCAACTGTAACTAGATATA-TTTATTGT-GCTT  1045

seq1  CAGAATGATGATG-TATTTGGAGAGACT-GAGAGTATGACTTGCCAAGAG  1097
      ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGATGATGTTATTTGGAGAGACTGGAGAGTATGACTTGCCAAGAG  1095

seq1  TTGGGCAGGTCTAA-GGATG-CGAAAATCCCCAAATAA  1133
      |||| ||||||||| | ||| |||||||||| ||||||
seq2  TTGGCCAGGTCTAACGAATGCCGAAAATCCCGAAATAA  1133