BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242G20
Chromosome16 (Build37)
Map Location 29,433,797 - 29,571,838
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtp13a4
Upstream geneFgf12, 1600021P15Rik, EG666717, Hrasls, Atp13a5
Downstream geneOpa1, Gm1968, LOC100043102, 9030404E10Rik, Hes1, EG547263, 1700025H01Rik, LOC100043110, Cpn2, Lrrc15, Gp5, Atp13a3, Tmem44, Lsg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242G20.bB6Ng01-242G20.g
ACCGA052072GA052073
length792995
definitionB6Ng01-242G20.b B6Ng01-242G20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,433,797 - 29,434,586)(29,570,851 - 29,571,838)
sequence
gaattctcctgcttcagactcaggatgatggcatgtgccccaatttgtat
gtctcaaaacatgtgttgcactatttgactaactggttgtctcttgcctc
acgggatagatgcttgatgaatagcttgcccttctgttgccaacagccta
gagtgaagccttgacattggtacaatatgtgtgaagtgatcccaccgtgt
gtatctccaaggtcccccccccaccccacccccgtttccatgatatacta
tgcagctatacctgtgatcatgacagtccgtatccgggcagagatgagct
cttctaacacaggcttggtctcttccttcaatcgattctccaggatcagc
aatcccagaaataccaggtctgattccaccttctccctgattgaacagaa
aagcatgtgagagggtttttttgtttgtttgttttttgggtttttttgtt
ttttgtttttttagtaatgatagtcaaagacagagttgccccacccccac
ctcccactccaacactgcttcccagccacaaacagccctgacagggaaca
ggtggagttggggggctgcagtagttagcccaactgaacccagaggaagt
acttgtaggactgaagtttggctttggcctttgcagaattagctcatgac
tgctcgggcctctgtgagggctcaactgacttccattccctcatctattg
accacagaggggagagaaagtcgtgtccattaagtgagaaacaagaaaaa
taaaaccaaatccccagttttctccaaaactaaaggctatgc
gaattcagggttttcattttcatttctcagttgcttggggctgcatactt
tcatttgtgactcctatttgtcctcaaagccagcagtggccagtcatgat
caatcctacccgacctgactcttctccaccttccacataccctaaactca
gttgttagacggggaccttgtagataaccaagaatgacctgaagcctgac
aatggatcagtttcctgaatggcaatttagcattcgcaggtctggggatt
aggaccacagacttctctctgaagggcattgttctaagttctctaagaag
aacttgatgggaaaattatggggagtgggagagtggactcgttaatgtgc
ccacatctggaaacagctgcagtttgaagttacactcctgatctttgttc
tcactgttttcctcttgtaatgacttctaacgccgctgtctcttctttct
tgccatgttccacaccacaaattttgtcttccatagtcagcatttaaaaa
agctttttctaatttctgagcagttgttttataaaggcactctctcggct
ccacccagcagctgtctcagacagatacagacacccacagccaaacagtg
gatggagcttgggaactgttatggaaaaataggaggaaggattgtgcccc
gaagaggataggaattccacaggaagaccaacagaatcacctaacctggg
tccttagtgtttctcagagtttgaaccaccagccaaaggacattcacagg
caggacctaggccttcctatacatatgtagcagatgtgcagcttggtctt
catgtgggtcctgaacaactggagcaggggctttcccaaaagctgttgcc
ttatgtgggattatgtttcttctagctgggctgcattgtctggtctcagt
gggataaccttaacctcacagagcctttcaagtgccaggagaggcgggga
aattcctgccctgccttaaggagaatggggaaggggggatgggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_29433797_29434586
seq2: B6Ng01-242G20.b_44_835

seq1  GAATTCTCCTGCTTCAGACTCAGGATGATGGCATGTGCCCCAATTTGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTGCTTCAGACTCAGGATGATGGCATGTGCCCCAATTTGTAT  50

seq1  GTCTCAAAACATGTGTTGCACTATTTGACTAACTGGTTGTCTCTTGCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAAAACATGTGTTGCACTATTTGACTAACTGGTTGTCTCTTGCCTC  100

seq1  ACGGGATAGATGCTTGATGAATAGCTTGCCCTTCTGTTGCCAACAGCCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGATAGATGCTTGATGAATAGCTTGCCCTTCTGTTGCCAACAGCCTA  150

seq1  GAGTGAAGCCTTGACATTGGTACAATATGTGTGAAGTGATCCCACCGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAAGCCTTGACATTGGTACAATATGTGTGAAGTGATCCCACCGTGT  200

seq1  GTATCTCCAAGGTCCCCCCCCCACCCCACCCCCGTTTCCATGATATACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTCCAAGGTCCCCCCCCCACCCCACCCCCGTTTCCATGATATACTA  250

seq1  TGCAGCTATACCTGTGATCATGACAGTCCGTATCCGGGCAGAGATGAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTATACCTGTGATCATGACAGTCCGTATCCGGGCAGAGATGAGCT  300

seq1  CTTCTAACACAGGCTTGGTCTCTTCCTTCAATCGATTCTCCAGGATCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAACACAGGCTTGGTCTCTTCCTTCAATCGATTCTCCAGGATCAGC  350

seq1  AATCCCAGAAATACCAGGTCTGATTCCACCTTCTCCCTGATTGAACAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAGAAATACCAGGTCTGATTCCACCTTCTCCCTGATTGAACAGAA  400

seq1  AAGCATGTGAGAGGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTGGGTTTTTTTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGTGAGAGGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTGGGTTTTTTTGTT  450

seq1  TTTTGTTTTTTTAGTAATGATAGTCAAAGACAGAGTTGCCCCACCCCCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTTTTAGTAATGATAGTCAAAGACAGAGTTGCCCCACCCCCAC  500

seq1  CTCCCACTCCAACACTGCTTCCCAGCCACAAACAGCCCTGACAGGGAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACTCCAACACTGCTTCCCAGCCACAAACAGCCCTGACAGGGAACA  550

seq1  GGTGGAGTTGGGGGGCTGCAGTAGTTAGCCCAACTGAACCCAGAGGAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAGTTGGGGGGCTGCAGTAGTTAGCCCAACTGAACCCAGAGGAAGT  600

seq1  ACTTGTAGGACTGAAGTTTGGCTTTGGCCTTTGCAGAATTAGCTCATGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTAGGACTGAAGTTTGGCTTTGGCCTTTGCAGAATTAGCTCATGAC  650

seq1  TGCTCGGGCCTCTGTGAGGGCTCAACTGACTTCCATTCCCTCATCTATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCGGGCCTCTGTGAGGGCTCAACTGACTTCCATTCCCTCATCTATTG  700

seq1  ACCACAGAGGGGAGAGAAAGTCGTGTCCATTAAGTGAGAAACAAGAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGAGGGGAGAGAAAGTCGTGTCCATTAAGTGAGAAACAAGAAAAA  750

seq1  TAAAACAAAAT-CCCAG-TTTCTCCAGAAACT-AAGGCTATGC  790
      |||||| |||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||
seq2  TAAAACCAAATCCCCAGTTTTCTCCA-AAACTAAAGGCTATGC  792

seq1: chr16_29570851_29571838
seq2: B6Ng01-242G20.g_68_1062 (reverse)

seq1  TCCCCATCCCCC---TCCCATTCTCCTTTAAGCA-GGCAGGAATTTCCCC  46
      ||||||||||||    |||||||||||| | ||| |||||||||||||||
seq2  TCCCCATCCCCCCTTCCCCATTCTCCTTAAGGCAGGGCAGGAATTTCCCC  50

seq1  GCCTCTCCTGGCACTTG-AAGGCTCTGTGAGGTTAGGTTTATCCCACTGA  95
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||
seq2  GCCTCTCCTGGCACTTGAAAGGCTCTGTGAGGTTAAGGTTATCCCACTGA  100

seq1  GACCAGACAATGCAGCCCAGCTAGAAG-AACAT-ATCCCACATAAGGCAA  143
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  GACCAGACAATGCAGCCCAGCTAGAAGAAACATAATCCCACATAAGGCAA  150

seq1  CAGCTTTTGGGAAAGCCCCTGCTCCAGTTGTTCAGGACCCACATGAAGAC  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTTGGGAAAGCCCCTGCTCCAGTTGTTCAGGACCCACATGAAGAC  200

seq1  CAAGCTGCACATCTGCTACATATGTATAGGAAGGCCTAGGTCCTGCCTGT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGCACATCTGCTACATATGTATAGGAAGGCCTAGGTCCTGCCTGT  250

seq1  GAATGTCCTTTGGCTGGTGGTTCAAACTCTGAGAAACACTAAGGACCCAG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTCCTTTGGCTGGTGGTTCAAACTCTGAGAAACACTAAGGACCCAG  300

seq1  GTTAGGTGATTCTGTTGGTCTTCCTGTGGAATTCCTATCCTCTTCGGGGC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGTGATTCTGTTGGTCTTCCTGTGGAATTCCTATCCTCTTCGGGGC  350

seq1  ACAATCCTTCCTCCTATTTTTCCATAACAGTTCCCAAGCTCCATCCACTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCCTTCCTCCTATTTTTCCATAACAGTTCCCAAGCTCCATCCACTG  400

seq1  TTTGGCTGTGGGTGTCTGTATCTGTCTGAGACAGCTGCTGGGTGGAGCCG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTGTGGGTGTCTGTATCTGTCTGAGACAGCTGCTGGGTGGAGCCG  450

seq1  AGAGAGTGCCTTTATAAAACAACTGCTCAGAAATTAGAAAAAGCTTTTTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTGCCTTTATAAAACAACTGCTCAGAAATTAGAAAAAGCTTTTTT  500

seq1  AAATGCTGACTATGGAAGACAAAATTTGTGGTGTGGAACATGGCAAGAAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTGACTATGGAAGACAAAATTTGTGGTGTGGAACATGGCAAGAAA  550

seq1  GAAGAGACAGCGGCGTTAGAAGTCATTACAAGAGGAAAACAGTGAGAACA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGACAGCGGCGTTAGAAGTCATTACAAGAGGAAAACAGTGAGAACA  600

seq1  AAGATCAGGAGTGTAACTTCAAACTGCAGCTGTTTCCAGATGTGGGCACA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAGGAGTGTAACTTCAAACTGCAGCTGTTTCCAGATGTGGGCACA  650

seq1  TTAACGAGTCCACTCTCCCACTCCCCATAATTTTCCCATCAAGTTCTTCT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACGAGTCCACTCTCCCACTCCCCATAATTTTCCCATCAAGTTCTTCT  700

seq1  TAGAGAACTTAGAACAATGCCCTTCAGAGAGAAGTCTGTGGTCCTAATCC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAACTTAGAACAATGCCCTTCAGAGAGAAGTCTGTGGTCCTAATCC  750

seq1  CCAGACCTGCGAATGCTAAATTGCCATTCAGGAAACTGATCCATTGTCAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCTGCGAATGCTAAATTGCCATTCAGGAAACTGATCCATTGTCAG  800

seq1  GCTTCAGGTCATTCTTGGTTATCTACAAGGTCCCCGTCTAACAACTGAGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAGGTCATTCTTGGTTATCTACAAGGTCCCCGTCTAACAACTGAGT  850

seq1  TTAGGGTATGTGGAAGGTGGAGAAGAGTCAGGTCGGGTAGGATTGATCAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGTATGTGGAAGGTGGAGAAGAGTCAGGTCGGGTAGGATTGATCAT  900

seq1  GACTGGCCACTGCTGGCTTTGAGGACAAATAGGAGTCACAAATGAAAGTA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGCCACTGCTGGCTTTGAGGACAAATAGGAGTCACAAATGAAAGTA  950

seq1  TGCAGCCCCAAGCAACTGAGAAATGAAAATGAAAACCCTGAATTC  988
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCCCCAAGCAACTGAGAAATGAAAATGAAAACCCTGAATTC  995