BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249J17
Chromosome16 (Build37)
Map Location 46,967,299 - 47,032,851
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePlcxd2, 4930546O09Rik, Cd96, AL024110, Pvrl3
Downstream geneLOC628757, LOC628776
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249J17.bB6Ng01-249J17.g
ACCGA057384GA057385
length1,063998
definitionB6Ng01-249J17.b B6Ng01-249J17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,967,299 - 46,968,363)(47,031,856 - 47,032,851)
sequence
gaattctttggatgaattacttaacacaaaaataccttgtttttttctgg
atgctttaatacacagagggaaatatcaggctaagcccaagcagagaatc
aagtgtggaggaagatcagttcactagacaaaagaaaagcaggaacttgt
aggtgtgtgtgtgttttattattaatcaaatttgtttttacataattttg
cacatgtatgtaatacatagcaatcactcacaccttcttctacctaccat
ccctgtcatcaccattctgtctctacagatgcaaactgtgacatatttga
tgaaaaacacatgacctcttaccaaatatacatatggcttatattctagg
ctgtcctcaggaagatgttatccaacttcagatgcattagagcgtatttt
agactttgaatttagtgtttgttccagttggtattttaaataagagatct
ggactgttttcctctttcctgtgttctttagttgggggttttatgccttt
taccaacatcaccctgagaagtaacaaaaatagagggatggatgattgcc
aggatggctggttgcatggatgataaatattgcattatagatagatttct
agagtctgcttgagattcactaagtcaaaagccttacaaatagatctctg
gagcaacatgtgtagaaactcccatatgactcggactctctggcttgttg
aaaacacttgacttagagcagatactggtagatgtttcacgtcacataca
aactgaaagtattatgtcttcagaacagatttcctcttccctccatgcag
acaacacaaattctttggtgatgttcccaagtggactgcttcaggaagcc
taaagatggaaatctcagggcctggtttattccttttgcatacaatgagt
agaaaacccacaagactcaagaaactaaagggcttcatttcactgaaaac
aggtgtttgctagacccgtactccttcatccattgaccagtctccttttg
tttctggactcagaagaaaaaccaatctcttcatttggcttatctgtttc
tgaagtttcactt
gaattcttttggtaacctcagtccttgcttttaaggactggaattgatta
gatgaaatttcctacactggggaaaccagtctgtgtcgtttaaagcaatg
gttcataaatattaatcacatcaaaaaaatgcctttgcagggcttcctgg
ataagatggcagatcagaaactgtctgcctgtgactccacgcatgagaag
agtgataataacaacaacaaaagaaaacccaattcatcctgaggagagag
ggaaagagtaccaagaatcaaggaaatggatagaaccaatgagaagcaaa
caggaacacacaagattttgtaaaataatcagggagtgccctgtctcttc
ggggaagtgccatccagggccacacttccataagccaggtgtcagcacat
ggccagagtatttacaagcttgatacccactggggactttagtgaggcag
actcctcctgcatcctcctagtaggggaaaattttgtcgttccccatatc
tcaaggatcaacattcagtggccaaagattctattgtttgagagtcagct
actttggggacctgaacataagtattgatcatggggagtgtggggacatg
ctgcggccatattttgtggggtaacacattgtaatcaagtgccagacagg
gcctaggctgtaaagaccctcattctttgcaatgaggaagaagcagcttc
aattaaatataattgcagagactagatgtcccatcctacagagccacctt
tcttcaatatatggtttgctgcttgggaattgagtgagggagagcactca
aaaaggatccaagattcaaccagtctcacacttccacattctccatttcc
ttttcaggggagcttaatgatggacaggatccaaagggcatagcacattc
agcggagtcctgtgttctcttctgtttctctcctaatgtgggtctaggtg
cctgtttccaccactctctgcatatctggaggaattatccctccactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_46967299_46968363
seq2: B6Ng01-249J17.b_46_1108

seq1  GAATTCTTTGGATGAATTACTTAACACAAAAATACCTTGTTTTTTTCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGATGAATTACTTAACACAAAAATACCTTGTTTTTTTCTGG  50

seq1  ATGCTTTAATACACAGAGGGAAATATCAGGCTAAGCCCAAGCAGAGAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTAATACACAGAGGGAAATATCAGGCTAAGCCCAAGCAGAGAATC  100

seq1  AAGTGTGGAGGAAGATCAGTTCACTAGACAAAAGAAAAGCAGGAACTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGGAGGAAGATCAGTTCACTAGACAAAAGAAAAGCAGGAACTTGT  150

seq1  AGGTGTGTGTGTGTTTTATTATTAATCAAATTTGTTTTTACATAATTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGTGTGTGTTTTATTATTAATCAAATTTGTTTTTACATAATTTTG  200

seq1  CACATGTATGTAATACATAGCAATCACTCACACCTTCTTCTACCTACCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTATGTAATACATAGCAATCACTCACACCTTCTTCTACCTACCAT  250

seq1  CCCTGTCATCACCATTCTGTCTCTACAGATGCAAACTGTGACATATTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCATCACCATTCTGTCTCTACAGATGCAAACTGTGACATATTTGA  300

seq1  TGAAAAACACATGACCTCTTACCAAATATACATATGGCTTATATTCTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAACACATGACCTCTTACCAAATATACATATGGCTTATATTCTAGG  350

seq1  CTGTCCTCAGGAAGATGTTATCCAACTTCAGATGCATTAGAGCGTATTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTCAGGAAGATGTTATCCAACTTCAGATGCATTAGAGCGTATTTT  400

seq1  AGACTTTGAATTTAGTGTTTGTTCCAGTTGGTATTTTAAATAAGAGATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTGAATTTAGTGTTTGTTCCAGTTGGTATTTTAAATAAGAGATCT  450

seq1  GGACTGTTTTCCTCTTTCCTGTGTTCTTTAGTTGGGGGTTTTATGCCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGTTTTCCTCTTTCCTGTGTTCTTTAGTTGGGGGTTTTATGCCTTT  500

seq1  TACCAACATCACCCTGAGAAGTAACAAAAATAGAGGGATGGATGATTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAACATCACCCTGAGAAGTAACAAAAATAGAGGGATGGATGATTGCC  550

seq1  AGGATGGCTGGTTGCATGGATGATAAATATTGCATTATAGATAGATTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGCTGGTTGCATGGATGATAAATATTGCATTATAGATAGATTTCT  600

seq1  AGAGTCTGCTTGAGATTCACTAAGTCAAAAGCCTTACAAATAGATCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTGCTTGAGATTCACTAAGTCAAAAGCCTTACAAATAGATCTCTG  650

seq1  GAGCAACATGTGTAGAAACTCCCATATGACTCGGACTCTCTGGCTTGTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAACATGTGTAGAAACTCCCATATGACTCGGACTCTCTGGCTTGTTG  700

seq1  AAAACACTTGACTTAGAGCAGATACTGGTAGATGTTTCACGTCACATACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACTTGACTTAGAGCAGATACTGGTAGATGTTTCACGTCACATACA  750

seq1  AACTGAAAGTATTATGTCTTCAGAACAGATTTCCTCTTCCCTCCATGCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAAGTATTATGTCTTCAGAACAGATTTCCTCTTCCCTCCATGCAG  800

seq1  ACAACACAAATTCTTTGGTGATGTTCCCAAGTGGACTGCTTCAGGAAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACAAATTCTTTGGTGATGTTCCCAAGTGGACTGCTTCAGGAAGCC  850

seq1  TAAAGATGGAAATCTCAGGGCCTGGTTTATTCCTTTTGCATACAAATGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAAAGATGGAAATCTCAGGGCCTGGTTTATTCCTTTTGCATAC-AATGAG  899

seq1  TAGAAAACCCACAAAGACTCAGGGAACTAAAGGGCTTCAGTTTCACTGAA  950
      |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAGAAAACCCAC-AAGACTCAAGAAACTAAAGGGCTTCA-TTTCACTGAA  947

seq1  AACAGGTGTTTGCTAGACCCGTACTCCTTCATCCA-TGA-CAGTCTCCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |
seq2  AACAGGTGTTTGCTAGACCCGTACTCCTTCATCCATTGACCAGTCTCC-T  996

seq1  TTTGTTTCTGGACTCAG-AGATAAA-CTATCTCTTCCAATTTGCTTATCT  1046
      ||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||| || || ||||||||
seq2  TTTGTTTCTGGACTCAGAAGAAAAACCAATCTCTT-CATTTGGCTTATCT  1045

seq1  GTTTCTGAGAGTTTCACTT  1065
      |||||||| ||||||||||
seq2  GTTTCTGA-AGTTTCACTT  1063

seq1: chr16_47031856_47032851
seq2: B6Ng01-249J17.g_70_1067 (reverse)

seq1  AAGTGGAGGGAT-AGTCCTCCAGATATGCAGAGAGTGGTGGAAACAGGCC  49
      |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAGTGGAGGGATAATTCCTCCAGATATGCAGAGAGTGGTGGAAACAGG-C  49

seq1  ACCTAGACCCACATTAGGAGAGAAACAG-AGAGAACACAGGACTCCGCCT  98
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  ACCTAGACCCACATTAGGAGAGAAACAGAAGAGAACACAGGACTCCG-CT  98

seq1  GAATGTGCTATG-CCTTTGGATCCTGTCCATCATTAAGCTCCCCTGAAAA  147
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGCTATGCCCTTTGGATCCTGTCCATCATTAAGCTCCCCTGAAAA  148

seq1  GG-AATGGAGAATGTGGAAGTGTGAGACTGGTTGAATCTTGGATCCTTTT  196
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGGAGAATGTGGAAGTGTGAGACTGGTTGAATCTTGGATCCTTTT  198

seq1  TGAGTGCTCTCCCTCACTCAATTCCCAAGCAGCAAACCATATATTGAAGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCTCTCCCTCACTCAATTCCCAAGCAGCAAACCATATATTGAAGA  248

seq1  AAGGTGGCTCTGTAGGATGGGACATCTAGTCTCTGCAATTATATTTAATT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGCTCTGTAGGATGGGACATCTAGTCTCTGCAATTATATTTAATT  298

seq1  GAAGCTGCTTCTTCCTCATTGCAAAGAATGAGGGTCTTTACAGCCTAGGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGCTTCTTCCTCATTGCAAAGAATGAGGGTCTTTACAGCCTAGGC  348

seq1  CCTGTCTGGCACTTGATTACAATGTGTTACCCCACAAAATATGGCCGCAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTGGCACTTGATTACAATGTGTTACCCCACAAAATATGGCCGCAG  398

seq1  CATGTCCCCACACTCCCCATGATCAATACTTATGTTCAGGTCCCCAAAGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCCCACACTCCCCATGATCAATACTTATGTTCAGGTCCCCAAAGT  448

seq1  AGCTGACTCTCAAACAATAGAATCTTTGGCCACTGAATGTTGATCCTTGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGACTCTCAAACAATAGAATCTTTGGCCACTGAATGTTGATCCTTGA  498

seq1  GATATGGGGAACGACAAAATTTTCCCCTACTAGGAGGATGCAGGAGGAGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGGGGAACGACAAAATTTTCCCCTACTAGGAGGATGCAGGAGGAGT  548

seq1  CTGCCTCACTAAAGTCCCCAGTGGGTATCAAGCTTGTAAATACTCTGGCC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCACTAAAGTCCCCAGTGGGTATCAAGCTTGTAAATACTCTGGCC  598

seq1  ATGTGCTGACACCTGGCTTATGGAAGTGTGGCCCTGGATGGCACTTCCCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTGACACCTGGCTTATGGAAGTGTGGCCCTGGATGGCACTTCCCC  648

seq1  GAAGAGACAGGGCACTCCCTGATTATTTTACAAAATCTTGTGTGTTCCTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGACAGGGCACTCCCTGATTATTTTACAAAATCTTGTGTGTTCCTG  698

seq1  TTTGCTTCTCATTGGTTCTATCCATTTCCTTGATTCTTGGTACTCTTTCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTCTCATTGGTTCTATCCATTTCCTTGATTCTTGGTACTCTTTCC  748

seq1  CTCTCTCCTCAGGATGAATTGGGTTTTCTTTTGTTGTTGTTATTATCACT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCCTCAGGATGAATTGGGTTTTCTTTTGTTGTTGTTATTATCACT  798

seq1  CTTCTCATGCGTGGAGTCACAGGCAGACAGTTTCTGATCTGCCATCTTAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCATGCGTGGAGTCACAGGCAGACAGTTTCTGATCTGCCATCTTAT  848

seq1  CCAGGAAGCCCTGCAAAGGCATTTTTTTGATGTGATTAATATTTATGAAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGCCCTGCAAAGGCATTTTTTTGATGTGATTAATATTTATGAAC  898

seq1  CATTGCTTTAAACGACACAGACTGGTTTCCCCAGTGTAGGAAATTTCATC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTTTAAACGACACAGACTGGTTTCCCCAGTGTAGGAAATTTCATC  948

seq1  TAATCAATTCCAGTCCTTAAAAGCAAGGACTGAGGTTACCAAAAGAATTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAATTCCAGTCCTTAAAAGCAAGGACTGAGGTTACCAAAAGAATTC  998