BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250G02
Chromosome16 (Build37)
Map Location 40,473,617 - 40,600,635
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667400
Downstream geneEG667450, Lsamp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250G02.bB6Ng01-250G02.g
ACCGA057943GA057944
length1,1751,065
definitionB6Ng01-250G02.b B6Ng01-250G02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,599,442 - 40,600,635)(40,473,617 - 40,474,693)
sequence
aggtctacatattgaaaccttgaaaggtatgtatttctctctctctctct
ctctttctgtctctgtctcacacaacaccttttagttctcatttttagat
atttttttacattttaaaattcatttatgtgagtatgggaatgtatagtt
ctgcctaggcatttacctggatgtcagagggaaaaatttttattagatat
tttttatttacatttcaaatgctatcccaaaagttctctataccctcccc
ctgtcctgctcccctacccatccactccgaattcttggccttggtgttcc
cctgtactggggcatataaagtctgcaagaccaaggagcctctcttccca
atgagggccaactaagccatcttctgctatatatgcagctggagacaaga
gctctgggggggtactggttaattcatattattgttcaacctatcggtct
gcagaccctttcagctacttgggtactttctctagctcctccattggggg
tcctgtgatccatccaatagctgactgtgagcatctacttctgtgttcgc
taggcccgggaatattctcacaagagacagctatatctgggtcctttcag
caaaatcttgttagtgtatgcaatggtgtcagcatttggaagctggatat
ggcagtctctagatggtccatccttttgtctcagctccaaactttgtctc
tgtaactccttccatgggtgttttgtccccaattctaagaaggggcaaag
tgtccacactttggtcttcgttcttcctgagtttcatgtgtttagcaaat
tgtatcttaaatcttgggtatcctaagtttttagcactgacttagggaga
atttgttttgtgtatttaattcttggattatgtgaagctctataaaacag
ccattacaatcccataatctgatcacatatatacttattagtcagttttt
ctacttcactacttgtaaattaattcattttgtaaaatatctaataccta
gtgaccttaagtgtatgactagagacactactagttatggagttagctca
tactcaatgaggttagatggagctactgtgagtcatggaaaccctcttgg
agctcaagataagaagacaaaggcaggtcaactaggtttgaatcctaaga
accaaggtaccaggtgataccctgt

gaattctaatttcctccaagatttctgatgctgtcatgaaaaagatgtga
actgtttgccaggagttatgacaacttagccacatgattttttggttatt
tgtagatgaaacatatttgatgtctttaatatgttaatccatgctctttt
agaaaatttctacccggtttgaaatggctagttctaacttactggccctc
caatgtactatggtcctttgtaccaaatagggtttcaagtccggagactg
caacattataaaacttcatctttatcattcaaaagcagaaccctccccca
cctgtccctttgagaaaagtcattgagtcaataattatttcatgagtgtc
acagtgtgatatgcctattccagatgctaaaagccctgtaggaaaaaaaa
aagatttaaaagagcatgctttaaatagaatttacacttctaaaatcatc
cctttggattcagtttctatagttaaggttgtataaaagtaattcaatat
gagcaatataatgagattttcaataggtgattagataaattctgaagaaa
atataatgtttattgtagaatgtaggtactggctatgagagatttctgct
gtagaaagctttcaacatttataagtgtttgatgtgttacaaaaatgttt
aaaacatacttttcaggaaataagtatgtctatctaaatagacattgata
tttaaactgaaatttagcctaggagaaaaacatgtcttgtatagaaagaa
aattactctggaaaaataggtctataaatcactggccaaacattcaaaca
tggggaaaagaactcacaggaaaaaaaaagtgtacaaacgtaagaacaaa
acaaacaaacaaacaaaacaaaacaaacaaaccaaaacaatgctttgaat
aacaagaacattcccttggttttacttaacttttcaaccaaaatggcttt
gcttagatgtttcatacatagatttctgtccaagcatatgatttgtgata
gaatttaaaggagcagagtttgataaacaatgaaaggagctatatattgt
catgagctttaaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_40599442_40600635
seq2: B6Ng01-250G02.b_54_1228 (reverse)

seq1  ACAGAGTATCA-CTGGTACCCTTGGTCTCTAGGGATCCAAACCTAGATGA  49
      |||| |||||| |||||| ||||||| |||  |||| ||||||||| || 
seq2  ACAGGGTATCACCTGGTA-CCTTGGT-TCTTAGGATTCAAACCTAGTTG-  47

seq1  ACTTGCCTTTTGTCCTTCTTATCCTTGAGCTCAAAGAGGGTTTTCATGAC  99
      || |||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  ACCTGCC-TTTGT-CTTCTTAT-CTTGAGCTCCAAGAGGGTTTCCATGAC  94

seq1  TCACAGGTAGCTTCATCTAACTTCATTTGAAGTTATGAAGCTTAAACT-C  148
      ||||| |||||| |||||||| ||| ||||   |||| ||||  |||| |
seq2  TCACA-GTAGCTCCATCTAACCTCA-TTGA--GTATG-AGCT--AACTCC  137

seq1  ATAACTTAGTAGTGTCTCTAGTCAATAACAACTTAAGGTCAACTAGGTAT  198
      ||||| ||||||||||||||||| |||   |||||||||| |||||||||
seq2  ATAAC-TAGTAGTGTCTCTAGTC-ATA--CACTTAAGGTC-ACTAGGTAT  182

seq1  TAGATATTTTTACAAAATGAATTAATTTTACAAGTAGTGAAGTAGAAAAA  248
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATA-TTTTACAAAATGAATTAA-TTTACAAGTAGTGAAGTAGAAAAA  230

seq1  CTGACTAATAAGTATATATGTGATCAGATTATGGGATTGTAATGGCTGTT  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTGACTAATAAGTATATATGTGATCAGATTATGGGATTGTAATGGCTG-T  279

seq1  TTTATAGAGCTTCACATAATCCAAGAATTAAATACACAAAACAAATTCTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGAGCTTCACATAATCCAAGAATTAAATACACAAAACAAATTCTC  329

seq1  CCTAAGTCAGTGCTAAAAACTTAGGATACCCAAGATTTAAGATACAATTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGTCAGTGCTAAAAACTTAGGATACCCAAGATTTAAGATACAATTT  379

seq1  GCTAAACACATGAAACTCAGGAAGAACGAAGACCAAAGTGTGGACACTTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAACACATGAAACTCAGGAAGAACGAAGACCAAAGTGTGGACACTTT  429

seq1  GCCCCTTCTTAGAATTGGGGACAAAACACCCATGGAAGGAGTTACAGAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTCTTAGAATTGGGGACAAAACACCCATGGAAGGAGTTACAGAGA  479

seq1  CAAAGTTTGGAGCTGAGACAAAAGGATGGACCATCTAGAGACTGCCATAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTTGGAGCTGAGACAAAAGGATGGACCATCTAGAGACTGCCATAT  529

seq1  CCAGCTTCCAAATGCTGACACCATTGCATACACTAACAAGATTTTGCTGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTCCAAATGCTGACACCATTGCATACACTAACAAGATTTTGCTGA  579

seq1  AAGGACCCAGATATAGCTGTCTCTTGTGAGAATATTCCCGGGCCTAGCGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACCCAGATATAGCTGTCTCTTGTGAGAATATTCCCGGGCCTAGCGA  629

seq1  ACACAGAAGTAGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGACCCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAAGTAGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGACCCC  679

seq1  CAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGTAGCTGAAAGGGTCTGCAGAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGTAGCTGAAAGGGTCTGCAGAC  729

seq1  CGATAGGTTGAACAATAATATGAATTAACCAGTACCCCCCCAGAGCTCTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAGGTTGAACAATAATATGAATTAACCAGTACCCCCCCAGAGCTCTT  779

seq1  GTCTCCAGCTGCATATATAGCAGAAGATGGCTTAGTTGGCCCTCATTGGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCAGCTGCATATATAGCAGAAGATGGCTTAGTTGGCCCTCATTGGG  829

seq1  AAGAGAGGCTCCTTGGTCTTGCAGACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGGCTCCTTGGTCTTGCAGACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAA  879

seq1  CACCAAGGCCAAGAATTCGGAGTGGATGGGTAGGGGAGCAGGACAGGGGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAGGCCAAGAATTCGGAGTGGATGGGTAGGGGAGCAGGACAGGGGG  929

seq1  AGGGTATAGAGAACTTTTGGGATAGCATTTGAAATGTAAATAAAAAATAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTATAGAGAACTTTTGGGATAGCATTTGAAATGTAAATAAAAAATAT  979

seq1  CTAATAAAAATTTTTCCCTCTGACATCCAGGTAAATGCCTAGGCAGAACT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAAAATTTTTCCCTCTGACATCCAGGTAAATGCCTAGGCAGAACT  1029

seq1  ATACATTCCCATACTCACATAAATGAATTTTAAAATGTAAAAAAATATCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTCCCATACTCACATAAATGAATTTTAAAATGTAAAAAAATATCT  1079

seq1  AAAAATGAGAACTAAAAGGTGTTGTGTGAGACAGAGACAGAAAGAGAGAG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGAGAACTAAAAGGTGTTGTGTGAGACAGAGACAGAAAGAGAGAG  1129

seq1  AGAGAGAGAGAAATACATACCTTTCAAGGTTTCAATATGTAGACCT  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAAATACATACCTTTCAAGGTTTCAATATGTAGACCT  1175


seq1: chr16_40473617_40474693
seq2: B6Ng01-250G02.g_65_1129

seq1  GAATTCTAATTTCCTCCAAGATTTCTGATGCTGTCATGAAAAAGATGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATTTCCTCCAAGATTTCTGATGCTGTCATGAAAAAGATGTGA  50

seq1  ACTGTTTGCCAGGAGTTATGACAACTTAGCCACATGATTTTTTGGTTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTGCCAGGAGTTATGACAACTTAGCCACATGATTTTTTGGTTATT  100

seq1  TGTAGATGAAACATATTTGATGTCTTTAATATGTTAATCCATGCTCTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGATGAAACATATTTGATGTCTTTAATATGTTAATCCATGCTCTTTT  150

seq1  AGAAAATTTCTACCCGGTTTGAAATGGCTAGTTCTAACTTACTGGCCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATTTCTACCCGGTTTGAAATGGCTAGTTCTAACTTACTGGCCCTC  200

seq1  CAATGTACTATGGTCCTTTGTACCAAATAGGGTTTCAAGTCCGGAGACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTACTATGGTCCTTTGTACCAAATAGGGTTTCAAGTCCGGAGACTG  250

seq1  CAACATTATAAAACTTCATCTTTATCATTCAAAAGCAGAACCCTCCCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTATAAAACTTCATCTTTATCATTCAAAAGCAGAACCCTCCCCCA  300

seq1  CCTGTCCCTTTGAGAAAAGTCATTGAGTCAATAATTATTTCATGAGTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCCTTTGAGAAAAGTCATTGAGTCAATAATTATTTCATGAGTGTC  350

seq1  ACAGTGTGATATGCCTATTCCAGATGCTAAAAGCCCTGTAGGAAAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTGATATGCCTATTCCAGATGCTAAAAGCCCTGTAGGAAAAAAAA  400

seq1  AAGATTTAAAAGAGCATGCTTTAAATAGAATTTACACTTCTAAAATCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTAAAAGAGCATGCTTTAAATAGAATTTACACTTCTAAAATCATC  450

seq1  CCTTTGGATTCAGTTTCTATAGTTAAGGTTGTATAAAAGTAATTCAATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGATTCAGTTTCTATAGTTAAGGTTGTATAAAAGTAATTCAATAT  500

seq1  GAGCAATATAATGAGATTTTCAATAGGTGATTAGATAAATTCTGAAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAATATAATGAGATTTTCAATAGGTGATTAGATAAATTCTGAAGAAA  550

seq1  ATATAATGTTTATTGTAGAATGTAGGTACTGGCTATGAGAGATTTCTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATGTTTATTGTAGAATGTAGGTACTGGCTATGAGAGATTTCTGCT  600

seq1  GTAGAAAGCTTTCAACATTTATAAGTGTTTGATGTGTTACAAAAATGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAAGCTTTCAACATTTATAAGTGTTTGATGTGTTACAAAAATGTTT  650

seq1  AAAACATACTTTTCAGGAAATAAGTATGTCTATCTAAATAGACATTGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATACTTTTCAGGAAATAAGTATGTCTATCTAAATAGACATTGATA  700

seq1  TTTAAACTGAAATTTAGCCTAGGAGAAAAACATGTCTTGTATAGAAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACTGAAATTTAGCCTAGGAGAAAAACATGTCTTGTATAGAAAGAA  750

seq1  AATTACTCTGGAAAAATAGGTCTATAAATCACTGGCCAAACATTCAAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTCTGGAAAAATAGGTCTATAAATCACTGGCCAAACATTCAAACA  800

seq1  TGGGGAAAAGAACTCACAGGAAAAAAAAAGTGTACAAACGTAAAGAACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGGGGAAAAGAACTCACAGGAAAAAAAAAGTGTACAAACGT-AAGAACAA  849

seq1  AACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACCAAAAACAATGC  900
      ||| |||||||   |||||||||||||| |||||||  | ||||||||||
seq2  AAC-AAACAAA--CAAACAAAACAAAAC-AAACAAA--CCAAAACAATGC  893

seq1  TTTGAATAACAAGAACATTCCCTTGGGTTTTACTTAACTTTTCAACCAAA  950
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATAACAAGAACATTCCCTT-GGTTTTACTTAACTTTTCAACCAAA  942

seq1  ATGGCTTTGCTTAGATGTTTCATACAATAGGATTTCTGTCCAAGCATATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTTGCTTAGATGTTTCATAC-ATA-GATTTCTGTCCAAGCATATG  990

seq1  AATTTGTGATAGAATTTAAAGGAGCAGAAGTTTGATAAAACAATTGAAAG  1050
       |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  || |
seq2  -ATTTGTGATAGAATTTAAAGGAGCAG-AGTTTGAT-AAACAATGAAAGG  1037

seq1  AGCTATATA-TGTCATGAGCTTTAAACA  1077
      ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGCTATATATTGTCATGAGCTTTAAACA  1065


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |