BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256G09
Chromosome16 (Build37)
Map Location 17,856,558 - 18,026,909
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDgcr2, Tssk1, Tssk2, Es2el, Gscl, Slc25a1, Vpreb2
Upstream geneVpreb1, Top3b, Ppm1f, LOC100042783, EG623519, Mapk1, Ypel1, Ppil2, 2610318N02Rik, Sdf2l1, LOC623568, Ccdc116, 1810015A11Rik, Ube2l3, Gm603, Hic2, D16Bwg1494e, Pik4ca, Serpind1, Snap29, Crkl, Aifm3, Lztr1, Thap7, 4930451C15Rik, P2rxl1, Slc7a4, Smpd4, Pcqap, EG433050, Map1lc3-ps8, EG665892, LOC100042830, Klhl22, Scarf2, Car15
Downstream geneDgcr6, Prodh, Rtn4r, EG665975, Zdhhc8, Ranbp1, Htf9c, Dgcr8, D16H22S680E, LOC100042884, Arvcf, Comt, Txnrd2, Gnb1l, Tbx1, Gp1bb, Sept5, LOC622795, Cldn5, Cdc45l, Ufd1l, 2510002D24Rik, Mrpl40, Hira
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256G09.bB6Ng01-256G09.g
ACCGA062368GA062369
length1,1341,125
definitionB6Ng01-256G09.b B6Ng01-256G09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,025,788 - 18,026,909)(17,856,558 - 17,857,684)
sequence
gaattcagatgcagctccctggcatgaaggatgctttgtcgaaaaacgct
cctttctattgttttaattgatgcttattattacacagtatgactgcatt
tggaatattggtccctataaattcatatgcctgatgctgacaccacatca
gcataatggtctggctcaatcataatggcagcctcctgtgggtagaatag
gaatctctaacttgaaaggctatgagagagaagtgagttaggatgtgtgc
attctgagcacaaatggctatggtagtgtgctctcacaagaggctgagtc
tgatgttccccaggttgtcttctgtggagggtgagatgccaagggaaact
tggcaggcgttgtgcttacaaagttcactaaggtctacattgtgtgggct
gcttgtccctacatatgctttgagatcttttatatatatatatatatata
tatatatataaatatataatatacatgtatcatatatatatatcatatat
acatatatatcaacagtagatacaactggtttaaggtcaaaaccagcaat
tttaaaaaggaaatgtattctgaaactagttctaagtctatattcagtta
aaaagtggacaacataaccttatcctggtaaggatggctcttgtcctctg
atctcaggcttgatctgaatgtctgtctggggatctcaggtcactgctcc
cctgtgtgccactctgagcatctatagtgtctggggacacagaaatgagg
gagcaagggcaccttgtggggaagctatctaggactacaggcctttcctg
ccctggagtgtgtcctcaagctccaaggccagccttcttttctccccaag
gaggacacagtgggctacaaacagttaataatgtagaaaaataccattta
aaccagacaaacccaagtatgtacacttatatcaccacaaaaaatgaaag
gaacatagtaactcatgatcctgcccctcagagtaagttaagcccgagcc
ctcgcgtttactgtgaattttattttttaattttgccctgtaccttggtt
ggtcatgaccacaattgaaaagttcctacagaacctcagtagcctccaga
accatggtgtctcccctcagagccacatcagggc
gaattcactcaaagcaggcagccaagaggaactaagttactaacccagct
caacagttactaaggccctagacaatgcagaggtgccacaggcttttcaa
gtccccaggtcattgttctcactcaatgtcttgaaaacactgaagccata
aagcaagaatttcccctagcaggggaaagggaaccaggggtcaagaactc
ctctatggctgcctgggccacagagctagaggtaaggtgggtgcttcaaa
gcaccatgaggttggcgcctactggaggctgactcacttcttttacacag
aaacgaagacttctcagagcagctctcggcgtgccagctgtggaggtcat
ggtgcctcagggtaggaaagtggaaacactggagctgggcgcagaacacg
ttgtcattctcagacatggcagaggcgaagatgggatctgggggcaggaa
cacttctggggagcctgtaagggagactaaaggtgaggccagacatgcca
agactttagcagattgtcacaaacagtcctccaggaggtcctagtgtcaa
taggacaccaatcacagggctggaggactaccaaaagttagaggctgctg
cagctctagagaaggccccggaaacacaggacctgaccacaaggcagcat
gctggcccagggggccttctctgtaactcctccccacttccatgtgcctt
gtcccactaggtgaaaggaggcagggagactccaacagtatcttctgaat
cagggcagttccctgttttaaacttaacacccacaatacttacctttgaa
tgccacttcccagcgaccttctaaggaatggttccggccagtaatgacat
actgataaccaacccagagcctgcagaagacataaggaaaagcccttagt
acctaggtaaacagccactgatgacctcatgtgtacacatgtacgtaatt
tagaggactgaggacgtttgccttttcctggtcccaggggttcagttgca
agcagtactctactcccgcaccacaaccgagttctccctttcgggggtac
actagaatggagctttaactctactgggccccagccccatagaactggct
tgccatacatgacttacctgaagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_18025788_18026909
seq2: B6Ng01-256G09.b_47_1180 (reverse)

seq1  GCCCTG-TGTGGCTCT--GGGGAGACCACATGGTCCT-GAGGCTACTGAG  46
      |||||| |||||||||  ||||||||  |||||| || ||||||||||||
seq2  GCCCTGATGTGGCTCTGAGGGGAGACACCATGGTTCTGGAGGCTACTGAG  50

seq1  GTTCTGTAG--ACTTTTCA--TGTGTACATGA-CAAACAAAGTACA-GGC  90
      |||||||||  ||||||||  ||||  ||||| ||| ||| ||||| |||
seq2  GTTCTGTAGGAACTTTTCAATTGTGGTCATGACCAACCAAGGTACAGGGC  100

seq1  AAAATAAAAAAATAAAAATCACAGTAAACGCGA-GGCTC-GGCTTACCTT  138
      ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||
seq2  AAAATTAAAAAATAAAATTCACAGTAAACGCGAGGGCTCGGGCTTAACTT  150

seq1  ACTCTGA-GGGCAGGATCATGAGTTACTTATGTTCCTTTCATTTTTTGTG  187
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGAGGGGCAGGATCATGAGTTAC-TATGTTCCTTTCATTTTTTGTG  199

seq1  GTGATATAAGTGTACATACTTGGGTTTGTTCTGGTTTAAATGGTATTTTT  237
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTGATATAAGTGTACATACTTGGGTTTG-TCTGGTTTAAATGGTATTTTT  248

seq1  CTACATTATTAACTGTTTGTAG-CCACTGTGTCCTCCTTGGGGAGAAAAG  286
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTATTAACTGTTTGTAGCCCACTGTGTCCTCCTTGGGGAGAAAAG  298

seq1  AAGGCTGGCCTTGGAGCTTGAGGACACACTCCAGGGCAGGAAAGGCCTGT  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGGCCTTGGAGCTTGAGGACACACTCCAGGGCAGGAAAGGCCTGT  348

seq1  AGTCCTAGATAGCTTCCCCACAAGGTGCCCTTGCTCCCTCATTTCTGTGT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTAGATAGCTTCCCCACAAGGTGCCCTTGCTCCCTCATTTCTGTGT  398

seq1  CCCCAGACACTATAGATGCTCAGAGTGGCACACAGGGGAGCAGTGACCTG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGACACTATAGATGCTCAGAGTGGCACACAGGGGAGCAGTGACCTG  448

seq1  AGATCCCCAGACAGACATTCAGATCAAGCCTGAGATCAGAGGACAAGAGC  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCCCAGACAGACATTCAGATCAAGCCTGAGATCAGAGGACAAGAGC  498

seq1  CATCCTTACCAGGATAAGGTTATGTTGTCCACTTTTTAACTGAATATAGA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTACCAGGATAAGGTTATGTTGTCCACTTTTTAACTGAATATAGA  548

seq1  CTTAGAACTAGTTTCAGAATACATTTCCTTTTTAAAATTGCTGGTTTTGA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAACTAGTTTCAGAATACATTTCCTTTTTAAAATTGCTGGTTTTGA  598

seq1  CCTTAAACCAGTTGTATCTACTGTTGATATATATGTATATATGATATATA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAACCAGTTGTATCTACTGTTGATATATATGTATATATGATATATA  648

seq1  TATATGATACATGTATATTATATATTTATATATATATATATATATATATA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGATACATGTATATTATATATTTATATATATATATATATATATATA  698

seq1  TATATAAAAGATCTCAAAGCATATGTAGGGACAAGCAGCCCACACAATGT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAAAGATCTCAAAGCATATGTAGGGACAAGCAGCCCACACAATGT  748

seq1  AGACCTTAGTGAACTTTGTAAGCACAACGCCTGCCAAGTTTCCCTTGGCA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTTAGTGAACTTTGTAAGCACAACGCCTGCCAAGTTTCCCTTGGCA  798

seq1  TCTCACCCTCCACAGAAGACAACCTGGGGAACATCAGACTCAGCCTCTTG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACCCTCCACAGAAGACAACCTGGGGAACATCAGACTCAGCCTCTTG  848

seq1  TGAGAGCACACTACCATAGCCATTTGTGCTCAGAATGCACACATCCTAAC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGCACACTACCATAGCCATTTGTGCTCAGAATGCACACATCCTAAC  898

seq1  TCACTTCTCTCTCATAGCCTTTCAAGTTAGAGATTCCTATTCTACCCACA  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCTCTCTCATAGCCTTTCAAGTTAGAGATTCCTATTCTACCCACA  948

seq1  GGAGGCTGCCATTATGATTGAGCCAGACCATTATGCTGATGTGGTGTCAG  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCTGCCATTATGATTGAGCCAGACCATTATGCTGATGTGGTGTCAG  998

seq1  CATCAGGCATATGAATTTATAGGGACCAATATTCCAAATGCAGTCATACT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGGCATATGAATTTATAGGGACCAATATTCCAAATGCAGTCATACT  1048

seq1  GTGTAATAATAAGCATCAATTAAAACAATAGAAAGGAGCGTTTTTCGACA  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAATAATAAGCATCAATTAAAACAATAGAAAGGAGCGTTTTTCGACA  1098

seq1  AAGCATCCTTCATGCCAGGGAGCTGCATCTGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATCCTTCATGCCAGGGAGCTGCATCTGAATTC  1134

seq1: chr16_17856558_17857684
seq2: B6Ng01-256G09.g_67_1191

seq1  GAATTCACTCAAAGCAGGCAGCCAAGAGGAACTAAGTTACTAACCCAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCAAAGCAGGCAGCCAAGAGGAACTAAGTTACTAACCCAGCT  50

seq1  CAACAGTTACTAAGGCCCTAGACAATGCAGAGGTGCCACAGGCTTTTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTTACTAAGGCCCTAGACAATGCAGAGGTGCCACAGGCTTTTCAA  100

seq1  GTCCCCAGGTCATTGTTCTCACTCAATGTCTTGAAAACACTGAAGCCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCAGGTCATTGTTCTCACTCAATGTCTTGAAAACACTGAAGCCATA  150

seq1  AAGCAAGAATTTCCCCTAGCAGGGGAAAGGGAACCAGGGGTCAAGAACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGAATTTCCCCTAGCAGGGGAAAGGGAACCAGGGGTCAAGAACTC  200

seq1  CTCTATGGCTGCCTGGGCCACAGAGCTAGAGGTAAGGTGGGTGCTTCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGGCTGCCTGGGCCACAGAGCTAGAGGTAAGGTGGGTGCTTCAAA  250

seq1  GCACCATGAGGTTGGCGCCTACTGGAGGCTGACTCACTTCTTTTACACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCATGAGGTTGGCGCCTACTGGAGGCTGACTCACTTCTTTTACACAG  300

seq1  AAACGAAGACTTCTCAGAGCAGCTCTCGGCGTGCCAGCTGTGGAGGTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGAAGACTTCTCAGAGCAGCTCTCGGCGTGCCAGCTGTGGAGGTCAT  350

seq1  GGTGCCTCAGGGTAGGAAAGTGGAAACACTGGAGCTGGGCGCAGAACACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCTCAGGGTAGGAAAGTGGAAACACTGGAGCTGGGCGCAGAACACG  400

seq1  TTGTCATTCTCAGACATGGCAGAGGCGAAGATGGGATCTGGGGGCAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATTCTCAGACATGGCAGAGGCGAAGATGGGATCTGGGGGCAGGAA  450

seq1  CACTTCTGGGGAGCCTGTAAGGGAGACTAAAGGTGAGGCCAGACATGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTGGGGAGCCTGTAAGGGAGACTAAAGGTGAGGCCAGACATGCCA  500

seq1  AGACTTTAGCAGATTGTCACAAACAGTCCTCCAGGAGGTCCTAGTGTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTAGCAGATTGTCACAAACAGTCCTCCAGGAGGTCCTAGTGTCAA  550

seq1  TAGGACACCAATCACAGGGCTGGAGGACTACCAAAAGTTAGAGGCTGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACACCAATCACAGGGCTGGAGGACTACCAAAAGTTAGAGGCTGCTG  600

seq1  CAGCTCTAGAGAAGGCCCCGGAAACACAGGACCTGACCACAAGGCAGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTAGAGAAGGCCCCGGAAACACAGGACCTGACCACAAGGCAGCAT  650

seq1  GCTGGCCCAGGGGGCCTTCTCTGTAACTCCTCCCCACTTCCATGTGCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCCAGGGGGCCTTCTCTGTAACTCCTCCCCACTTCCATGTGCCTT  700

seq1  GTCCCACTAGGTGAAAGGAGGCAGGGAGACTCCAACAGTATCTTCTGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCACTAGGTGAAAGGAGGCAGGGAGACTCCAACAGTATCTTCTGAAT  750

seq1  CAGGGCAGTTCCCTGTTTTAAACTTAACACCCACAATACTTACCTTTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCAGTTCCCTGTTTTAAACTTAACACCCACAATACTTACCTTTGAA  800

seq1  TGCCACTTCCCAGCGACCTTCTAAGGAATGGTTCCGGCCAGTAATGACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACTTCCCAGCGACCTTCTAAGGAATGGTTCCGGCCAGTAATGACAT  850

seq1  ACTGATAACCAACCCAGAGCCTGCAGAAGACATAAGGAAAAG-CCTTAGT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACTGATAACCAACCCAGAGCCTGCAGAAGACATAAGGAAAAGCCCTTAGT  900

seq1  ACCTAGGTAAACAGCCACTGATGACCTCATGTGTACACATGTACGTAATT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGGTAAACAGCCACTGATGACCTCATGTGTACACATGTACGTAATT  950

seq1  TAGAGGACTGAGGACGTTTGCCTTTTCCTGGTCCCAGGGGTTCAAGTTTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  TAGAGGACTGAGGACGTTTGCCTTTTCCTGGTCCCAGGGGTTCA--GTTG  998

seq1  CAAAGCAAGTACTCTACTCCCGCACCACAA-CGAGTTCTCCC-TTCGGGG  1047
      | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  C-AAGC-AGTACTCTACTCCCGCACCACAACCGAGTTCTCCCTTTCGGGG  1046

seq1  GTACACTAGAATTGAGCTTTTAACTCTACTGG--CTCAGCCCCATAAGGA  1095
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||  | ||||||||||  ||
seq2  GTACACTAGAATGGAGC-TTTAACTCTACTGGGCCCCAGCCCCATA--GA  1093

seq1  GCTGGTTTGCCATACATGACATAACTGAAGTT  1127
       |||| |||||||||||||| || ||||||||
seq2  ACTGGCTTGCCATACATGACTTACCTGAAGTT  1125