BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257P09
Chromosome16 (Build37)
Map Location 94,413,625 - 94,552,495
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHlcs, LOC622832, LOC100040857, Dscr6
Upstream geneSetd4, LOC670912, Cbr1, EG435489, Cbr3, Dopey2, Morc3, Chaf1b, Cldn14, Sim2
Downstream geneLOC545178, Pigp, Ttc3, Dscr3, Dyrk1a, Kcnj6, LOC666201, Kcnj15
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257P09.bB6Ng01-257P09.g
ACCGA063526GA063527
length1,1451,187
definitionB6Ng01-257P09.b B6Ng01-257P09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,551,351 - 94,552,495)(94,413,625 - 94,414,866)
sequence
gaattctccggctttgccaatgtcatcagctagaagctgtgtggcctaag
ctcccagcccgctaggaggagccggatttactaaggcctgcagagaacct
gtgtgggacatctatgaagagctttctgcatagagctgggagtttagctc
cctggtaaatccagagcctagtgacaaggaaagacccaggggtggatccc
aagatctcgccctgacaggcgtgtgggaaggcagccagttctacagtccc
tacagaaccccaggctcccccatctgcccaaatccaggccttaactgcct
tctgtgaagtgcagtcaactggaaaggggctgtgctttaagataatcaca
aggggctttctcctcacagtggaaccagaagctgcctgcctcaggccctg
tgtgtgccgtagtactctagtctcccacacaactgagtgacctccatact
cacggttcacttaaaggaaaatttagtagttagtgagttcttttaaatct
tacctttaaggactctaaggactttaagtctgagtggaatgagatagaaa
gagttctcttcagtcacttagaaatttggagcagggattatcaggactga
aacaaaaccatgtagcagactctagctgccctcctgtttgctccgttctt
taagcttctataaatgctaactgaattaaagcactcagtattcaaagaaa
ataacttaaatgtaaaagaataatagaggagtaatttcccacagttaact
tttcatatcacatctatctgtacattaagctgtatcccacaggtgttgtg
taagtgagatgcatggccctttcctaagctacctccactgttttaaaggt
ccatttatatttgagaatatagcaaatgtaagcaaaacattcgcttaata
agtcaaaagcaatttacccggcaaggcaaagataaagggatagctgtggc
aattaatcttttgctgacaaagcccggtgcttgagtgttatttgcacaga
agaacagaagatcctgcaagagttctgcagacaggcagacagggtgggag
cttttaacctgcacttgtctggccacctgagttgatggaggtctgcctgc
ttgcagtgtgtacattaatcagcttttctctaaggggctgggctt

gaattcctggtgtgatttatttattttttaaggcagcaggtgtcaaggcg
ggatctgagcttctccctcttgtagctggaactggaccaaagccgtgtgg
ggaatgacaatgagcacatgagcagcgtcctccgtgctgcctgacccacc
tgccagaggaggctatttatgaagtggagcatttgaagcactggagctgt
gtaccgtgctagtctttataatcaggcccctttaagaaaccttaacaaag
aggcagctcaaaatccccccaggatgcaatgtctccagttcagacatttc
aaaatgcaatacaaagtgacatcttgaccgcatgccaaggacaactcaga
aacgcaaaccaccaggttaagtttagaaatccatacccggaaagcaaggg
ggaaaggaacaggtggctaactagtggctgctgctgctgtagctctttaa
tatcaagctcacgaaattaccagcaggaatgtaaagatggcaccccttgc
caggaagggtggacaacatgagaaaaaagccagcggttccgagacagagc
tgtgagtggacatttttacaagttagaagagtgtgattttggagacgtgg
gcacgatggctacaatcaagaaggaacgtaatgttagacagtggaagcta
ctctgagcttggtgggcctgtggcattgtggttcatatccaccggggaat
gacaggacatgaccgacacacaggtcctctgagcagagacctaagcagtc
cttggagaatagcctcctaaccaaccgctgcctccagttctttctctccc
tgccccccctttccaaacaacaggaacccaggcaagctaactgtaaaggt
agagagcactagtccacgccccgatatgcagacctgttataatgcctggt
gtttgtggggtactgtgaacccacagctcagaggagcccatcccaagtgg
cccaggccctatatccaatggtgagtattctcttgagaagggagaagaag
agagaaggccatgcgcaagtgaggcagagaatctagagatgcagctgctt
gtccgggatgcctagtgcagagatgcagaagtacaagaactgaatctcca
ctcaagcccaccaaggccttgcgctgtccaatctgaatctgtgactgtgg
cctccagaaatgctgagaggagattatccctgctggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_94551351_94552495
seq2: B6Ng01-257P09.b_49_1193 (reverse)

seq1  AAGCCCAGCCCCCTTAGAGAAAAGCTGATT-ATGTACCACACTGCAAAGC  49
      |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||
seq2  AAGCCCAG-CCCCTTAGAGAAAAGCTGATTAATGTA-CACACTGC-AAGC  47

seq1  AGGCAGACCTCCATCCACCTCAGGTGCCCAGAC-AGTGCA-GTTAAAAGC  97
      |||||||||||||| || |||||||| |||||| |||||| |||||||||
seq2  AGGCAGACCTCCAT-CAACTCAGGTGGCCAGACAAGTGCAGGTTAAAAGC  96

seq1  TCCCACCCTTGTCTGGCCCTGTCTGCAAGAACTCTTGCAGGATCTTCTGT  147
      |||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACCC-TGTCTG--CCTGTCTGC-AGAACTCTTGCAGGATCTTCTGT  142

seq1  TC-TCTGTGCAAAT-ACACTCAAGCACCGGGCTTTGTCAGC-AAAGATTA  194
      || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTTCTGTGCAAATAACACTCAAGCACCGGGCTTTGTCAGCAAAAGATTA  192

seq1  ATTGCCACAGCTATCCCTTTATCTTTGCCTTGCC-GGTTAATTGCTTTTG  243
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  ATTGCCACAGCTATCCCTTTATCTTTGCCTTGCCGGGTAAATTGCTTTTG  242

seq1  ACTTATTAAGCGAATGTTTTGCTTACATTTGCTATATTCTCAAATATAAA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTAAGCGAATGTTTTGCTTACATTTGCTATATTCTCAAATATAAA  292

seq1  TGGACCTTTAAAACAGTGGAGGTAGCTTAGG-AAGGGCCATGCATCTCAC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGACCTTTAAAACAGTGGAGGTAGCTTAGGAAAGGGCCATGCATCTCAC  342

seq1  TTACACAACACCTGTGGGATACAGCTTAATGTACAGATAGATGTGATATG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAACACCTGTGGGATACAGCTTAATGTACAGATAGATGTGATATG  392

seq1  AAAAGTTAACTGTGGGAAATTACTCCTCTATTATTCTTTTACATTTAAGT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTAACTGTGGGAAATTACTCCTCTATTATTCTTTTACATTTAAGT  442

seq1  TATTTTCTTTGAATACTGAGTGCTTTAATTCAGTTAGCATTTATAGAAGC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTTTGAATACTGAGTGCTTTAATTCAGTTAGCATTTATAGAAGC  492

seq1  TTAAAGAACGGAGCAAACAGGAGGGCAGCTAGAGTCTGCTACATGGTTTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAACGGAGCAAACAGGAGGGCAGCTAGAGTCTGCTACATGGTTTT  542

seq1  GTTTCAGTCCTGATAATCCCTGCTCCAAATTTCTAAGTGACTGAAGAGAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAGTCCTGATAATCCCTGCTCCAAATTTCTAAGTGACTGAAGAGAA  592

seq1  CTCTTTCTATCTCATTCCACTCAGACTTAAAGTCCTTAGAGTCCTTAAAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTATCTCATTCCACTCAGACTTAAAGTCCTTAGAGTCCTTAAAG  642

seq1  GTAAGATTTAAAAGAACTCACTAACTACTAAATTTTCCTTTAAGTGAACC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGATTTAAAAGAACTCACTAACTACTAAATTTTCCTTTAAGTGAACC  692

seq1  GTGAGTATGGAGGTCACTCAGTTGTGTGGGAGACTAGAGTACTACGGCAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTATGGAGGTCACTCAGTTGTGTGGGAGACTAGAGTACTACGGCAC  742

seq1  ACACAGGGCCTGAGGCAGGCAGCTTCTGGTTCCACTGTGAGGAGAAAGCC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGGCCTGAGGCAGGCAGCTTCTGGTTCCACTGTGAGGAGAAAGCC  792

seq1  CCTTGTGATTATCTTAAAGCACAGCCCCTTTCCAGTTGACTGCACTTCAC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGATTATCTTAAAGCACAGCCCCTTTCCAGTTGACTGCACTTCAC  842

seq1  AGAAGGCAGTTAAGGCCTGGATTTGGGCAGATGGGGGAGCCTGGGGTTCT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCAGTTAAGGCCTGGATTTGGGCAGATGGGGGAGCCTGGGGTTCT  892

seq1  GTAGGGACTGTAGAACTGGCTGCCTTCCCACACGCCTGTCAGGGCGAGAT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGACTGTAGAACTGGCTGCCTTCCCACACGCCTGTCAGGGCGAGAT  942

seq1  CTTGGGATCCACCCCTGGGTCTTTCCTTGTCACTAGGCTCTGGATTTACC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGATCCACCCCTGGGTCTTTCCTTGTCACTAGGCTCTGGATTTACC  992

seq1  AGGGAGCTAAACTCCCAGCTCTATGCAGAAAGCTCTTCATAGATGTCCCA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGCTAAACTCCCAGCTCTATGCAGAAAGCTCTTCATAGATGTCCCA  1042

seq1  CACAGGTTCTCTGCAGGCCTTAGTAAATCCGGCTCCTCCTAGCGGGCTGG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTTCTCTGCAGGCCTTAGTAAATCCGGCTCCTCCTAGCGGGCTGG  1092

seq1  GAGCTTAGGCCACACAGCTTCTAGCTGATGACATTGGCAAAGCCGGAGAA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTAGGCCACACAGCTTCTAGCTGATGACATTGGCAAAGCCGGAGAA  1142

seq1  TTC  1145
      |||
seq2  TTC  1145


seq1: chr16_94413625_94414866
seq2: B6Ng01-257P09.g_69_1254

seq1  GAATTCCTGGTGTGATTTATTTATTTTTTAAGGCAGCAGGTGTCAAGGCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGTGTGATTTATTTATTTTTTAAGGCAGCAGGTGTCAAGGCG  50

seq1  GGATCTGAGCTTCTCCCTCTTGTAGCTGGAACTGGACCAAAGCCGTGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTGAGCTTCTCCCTCTTGTAGCTGGAACTGGACCAAAGCCGTGTGG  100

seq1  GGAATGACAATGAGCACATGAGCAGCGTCCTCCGTGCTGCCTGACCCACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGACAATGAGCACATGAGCAGCGTCCTCCGTGCTGCCTGACCCACC  150

seq1  TGCCAGAGGAGGCTATTTATGAAGTGGAGCATTTGAAGCACTGGAGCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGAGGAGGCTATTTATGAAGTGGAGCATTTGAAGCACTGGAGCTGT  200

seq1  GTACCGTGCTAGTCTTTATAATCAGGCCCCTTTAAGAAACCTTAACAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCGTGCTAGTCTTTATAATCAGGCCCCTTTAAGAAACCTTAACAAAG  250

seq1  AGGCAGCTCAAAATCCCCCCAGGATGCAATGTCTCCAGTTCAGACATTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCTCAAAATCCCCCCAGGATGCAATGTCTCCAGTTCAGACATTTC  300

seq1  AAAATGCAATACAAAGTGACATCTTGACCGCATGCCAAGGACAACTCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCAATACAAAGTGACATCTTGACCGCATGCCAAGGACAACTCAGA  350

seq1  AACGCAAACCACCAGGTTAAGTTTAGAAATCCATACCCGGAAAGCAAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCAAACCACCAGGTTAAGTTTAGAAATCCATACCCGGAAAGCAAGGG  400

seq1  GGAAAGGAACAGGTGGCTAACTAGTGGCTGCTGCTGCTGTAGCTCTTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGAACAGGTGGCTAACTAGTGGCTGCTGCTGCTGTAGCTCTTTAA  450

seq1  TATCAAGCTCACGAAATTACCAGCAGGAATGTAAAGATGGCACCCCTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGCTCACGAAATTACCAGCAGGAATGTAAAGATGGCACCCCTTGC  500

seq1  CAGGAAGGGTGGACAACATGAGAAAAAAGCCAGCGGTTCCGAGACAGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGGGTGGACAACATGAGAAAAAAGCCAGCGGTTCCGAGACAGAGC  550

seq1  TGTGAGTGGACATTTTTACAAGTTAGAAGAGTGTGATTTTGGAGACGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTGGACATTTTTACAAGTTAGAAGAGTGTGATTTTGGAGACGTGG  600

seq1  GCACGATGGCTACAATCAAGAAGGAACGTAATGTTAGACAGTGGAAGCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGATGGCTACAATCAAGAAGGAACGTAATGTTAGACAGTGGAAGCTA  650

seq1  CTCTGAGCTTGGTGGGCCTGTGGCATTGTGGTTCATATCCACCGGGGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGCTTGGTGGGCCTGTGGCATTGTGGTTCATATCCACCGGGGAAT  700

seq1  GACAGGACATGACCGACACACAGGTCCTCTGAGCAGAGACCTAAGCAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGACATGACCGACACACAGGTCCTCTGAGCAGAGACCTAAGCAGTC  750

seq1  CTTGGAGAATAGCCTCCTAACCAACCGCTGCCTCCAGTTCTTTCTCTCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGAATAGCCTCCTAACCAACCGCTGCCTCCAGTTCTTTCTCTCCC  800

seq1  TGCCCCCCCTTTCCAAACAACAGGAACCCAGGCAAGCTAACTGTAAAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCCCCTTTCCAAACAACAGGAACCCAGGCAAGCTAACTGTAAAGGT  850

seq1  AGAGAGCACTAGTCCACGCCCCGATATGCAGACCTGTTATAATGCCTGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCACTAGTCCACGCCCCGATATGCAGACCTGTTATAATGCCTGGT  900

seq1  GTTTGT-GGGTACTGTGAACCCACAGCTCAGAGGAGCCCATCCCAAGTGG  949
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGGGGTACTGTGAACCCACAGCTCAGAGGAGCCCATCCCAAGTGG  950

seq1  CCCAGGCCCTATATCCAATGGTGAGTATTCTCTTGAGAAGGGAG-AGAAG  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCCAGGCCCTATATCCAATGGTGAGTATTCTCTTGAGAAGGGAGAAGAAG  1000

seq1  AGAGAAGGCCATGCGCAAAGTGAGGCAGAG-ATCTAAGAGATGCAGCTGC  1047
      |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  AGAGAAGGCCATGCGC-AAGTGAGGCAGAGAATCT-AGAGATGCAGCTGC  1048

seq1  TGGCCGGGGATGCCTAGTGCCAAGAGATGCAGAAGGAACAAAGACTGGAT  1097
      | | | ||||||||||||||  |||||||||||| | ||||  |||| ||
seq2  TTGTCCGGGATGCCTAGTGC--AGAGATGCAGAA-GTACAAGAACTGAAT  1095

seq1  CTCCACTCAGAGCCACCAAAAGCTCTGCCCTGTCACATCTG-ATCTTTGA  1146
      ||||||||| ||||  | || ||  ||| |||||  ||||| |||| |||
seq2  CTCCACTCA-AGCCCACCAAGGCCTTGCGCTGTCCAATCTGAATCTGTGA  1144

seq1  CTGTGGCCTCCAG-AATGCTGAG-GGAG-TTA---CTG-TGGTGACTGTA  1189
      ||||||||||||| ||||||||| |||| |||   ||| |||        
seq2  CTGTGGCCTCCAGAAATGCTGAGAGGAGATTATCCCTGCTGG--------  1186

seq1  TAAGGCAGCCTCAAGAGACACCCCAGATACACTGTGACCCCTGTCCCTGC  1239
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1186

seq1  TGG  1242
         
seq2  ---  1186


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |