BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258P10
Chromosome16 (Build37)
Map Location 66,475,531 - 66,596,822
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePou1f1, Chmp2b, EG383186, Vgll3, LOC664846, LOC100039035
Downstream geneCadm2, 9330155M09Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258P10.bB6Ng01-258P10.g
ACCGA064268GA064269
length8481,139
definitionB6Ng01-258P10.b B6Ng01-258P10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,595,975 - 66,596,822)(66,475,531 - 66,476,668)
sequence
gaattcttttggtgatgcagcccagaatgctaaataatccaacactgtgg
tagtgttatgaagtaggacaagaggattaaactttaagatgggcaaagac
gatgctttgaggctatgtattactctatgcctgggtgatatatatgatat
ttcttctcttaaatatttttctttagatacacactatgcatataactata
tatgtacgtatgaacatctatgtgcattatcttttcctgatacaatagga
atgtgtttaccatgttgaaataaacatggggtttcatatagtataaagcc
ttatcagaattcatggcaatgaaatttcatcccactttatgtatcagatc
caaactgtatagattttaaaaatgatttatatcacattcagagacctttg
ctttcaagccaaatcagagtccgaacagagaaactttcataataacctag
acagtcataataacctaaactgatatgaacattcacattcatgtgttaat
atgacttcattactatattttacataaaatattttctcagatatatcatc
tttactaattagatgacaagtgtaaacaaaataggcacattttataacaa
gaaatataatcttattaatgaagtcttctttgaatcaagcatgacatcaa
atatctgttctagtaaaacactttagcttacaatcttatagtgtttaaaa
tctaaggggcacatatgaatttacatagttatagataattcactattcat
ttaaatctgccattgatttatctatcacacacactatccaaaggagtaga
tccagaggggaggggaggtgtgaaggaactaggaggaggagagggagg

gaattcactcttgcacttgcacataaagcttgtttactagttaggcacag
tggaagtcagcaccatcttataatggcaattgctcatggcatggctctcc
acaatatatatgcatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatata
tattaaatacatgtaattgatgatataaaatatatgtgaatgatacatat
cattattatatatacaattatatatgtacacacacatatataaaatcatt
gttgatgtacttctaaaatttcagcacttaggaagcagaatcagaataat
caagttctatctaggcttagcctttcttttaaaaatagtagtaaaacaag
aatttattacacagttgatttacttttgtcttttgaatataaattgacag
atattttgcctctgaaacttggaaaaaaataaatatactgttattataga
atcatcacaacttacttgggaagaggaaaaagacaataaaaaccagaaag
ggggatagtataatgctgcaaatgttctcattagaccacaaaggcacata
attaggggaaaaaagcagaggaccaatattattagcttcataggtcataa
gtctgtgaaaggtatcaagttagacatgtgtccatttgaccagcccttga
ataacaatcaaagaatgaatgcattcattgaagaagcattgaacatttag
gtagagaatgtaagtgtccttatgactgcttgcacccccaacaaacaggc
aaaaactcaattagcattcaagatcccacagctttcaagtcagccctttg
taaagttcttagctcagtattatgattatgattaattttatgtgtcaagt
tttactaggttacaaaattcagatatttgtacaaaatttagaaatattga
tgtgaatgtatttttgaatgggatttacaattctccaagtatgttttcag
tacagtaaattaccctccacacctgtaataaaggattatgccctttagct
aattccattaatacaggattcatttacttaaaaaggggggtttctttctt
ctagggtttcagtatcaagtcctttctgggatctgcacttgctcttcaaa
ccgtgtgtcaagatctcctcaatcgagagaacaatctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_66595975_66596822
seq2: B6Ng01-258P10.b_44_891 (reverse)

seq1  CCTCCCTCTCCTCCTCCTAGTTCCTTCACACCTCCCCTCCCCTCTGGATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCTCCTCCTCCTAGTTCCTTCACACCTCCCCTCCCCTCTGGATC  50

seq1  TACTCCTTTGGATAGTGTGTGTGATAGATAAATCAATGGCAGATTTAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCTTTGGATAGTGTGTGTGATAGATAAATCAATGGCAGATTTAAAT  100

seq1  GAATAGTGAATTATCTATAACTATGTAAATTCATATGTGCCCCTTAGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGTGAATTATCTATAACTATGTAAATTCATATGTGCCCCTTAGATT  150

seq1  TTAAACACTATAAGATTGTAAGCTAAAGTGTTTTACTAGAACAGATATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACACTATAAGATTGTAAGCTAAAGTGTTTTACTAGAACAGATATTT  200

seq1  GATGTCATGCTTGATTCAAAGAAGACTTCATTAATAAGATTATATTTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCATGCTTGATTCAAAGAAGACTTCATTAATAAGATTATATTTCTT  250

seq1  GTTATAAAATGTGCCTATTTTGTTTACACTTGTCATCTAATTAGTAAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAAAATGTGCCTATTTTGTTTACACTTGTCATCTAATTAGTAAAGA  300

seq1  TGATATATCTGAGAAAATATTTTATGTAAAATATAGTAATGAAGTCATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATATCTGAGAAAATATTTTATGTAAAATATAGTAATGAAGTCATAT  350

seq1  TAACACATGAATGTGAATGTTCATATCAGTTTAGGTTATTATGACTGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACATGAATGTGAATGTTCATATCAGTTTAGGTTATTATGACTGTCT  400

seq1  AGGTTATTATGAAAGTTTCTCTGTTCGGACTCTGATTTGGCTTGAAAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTATTATGAAAGTTTCTCTGTTCGGACTCTGATTTGGCTTGAAAGCA  450

seq1  AAGGTCTCTGAATGTGATATAAATCATTTTTAAAATCTATACAGTTTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTCTGAATGTGATATAAATCATTTTTAAAATCTATACAGTTTGGA  500

seq1  TCTGATACATAAAGTGGGATGAAATTTCATTGCCATGAATTCTGATAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATACATAAAGTGGGATGAAATTTCATTGCCATGAATTCTGATAAGG  550

seq1  CTTTATACTATATGAAACCCCATGTTTATTTCAACATGGTAAACACATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATACTATATGAAACCCCATGTTTATTTCAACATGGTAAACACATTC  600

seq1  CTATTGTATCAGGAAAAGATAATGCACATAGATGTTCATACGTACATATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGTATCAGGAAAAGATAATGCACATAGATGTTCATACGTACATATA  650

seq1  TAGTTATATGCATAGTGTGTATCTAAAGAAAAATATTTAAGAGAAGAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTATATGCATAGTGTGTATCTAAAGAAAAATATTTAAGAGAAGAAAT  700

seq1  ATCATATATATCACCCAGGCATAGAGTAATACATAGCCTCAAAGCATCGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATATATATCACCCAGGCATAGAGTAATACATAGCCTCAAAGCATCGT  750

seq1  CTTTGCCCATCTTAAAGTTTAATCCTCTTGTCCTACTTCATAACACTACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCCATCTTAAAGTTTAATCCTCTTGTCCTACTTCATAACACTACC  800

seq1  ACAGTGTTGGATTATTTAGCATTCTGGGCTGCATCACCAAAAGAATTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTTGGATTATTTAGCATTCTGGGCTGCATCACCAAAAGAATTC  848


seq1: chr16_66475531_66476668
seq2: B6Ng01-258P10.g_67_1205

seq1  GAATTCACTCTTGCACTTGCACATAAAGCTTGTTTACTAGTTAGGCACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTTGCACTTGCACATAAAGCTTGTTTACTAGTTAGGCACAG  50

seq1  TGGAAGTCAGCACCATCTTATAATGGCAATTGCTCATGGCATGGCTCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTCAGCACCATCTTATAATGGCAATTGCTCATGGCATGGCTCTCC  100

seq1  ACAATATATATGCATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATATATGCATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATA  150

seq1  TATTAAATACATGTAATTGATGATATAAAATATATGTGAATGATACATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAATACATGTAATTGATGATATAAAATATATGTGAATGATACATAT  200

seq1  CATTATTATATATACAATTATATATGTACACACACATATATAAAATCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTATATATACAATTATATATGTACACACACATATATAAAATCATT  250

seq1  GTTGATGTACTTCTAAAATTTCAGCACTTAGGAAGCAGAATCAGAATAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATGTACTTCTAAAATTTCAGCACTTAGGAAGCAGAATCAGAATAAT  300

seq1  CAAGTTCTATCTAGGCTTAGCCTTTCTTTTAAAAATAGTAGTAAAACAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTCTATCTAGGCTTAGCCTTTCTTTTAAAAATAGTAGTAAAACAAG  350

seq1  AATTTATTACACAGTTGATTTACTTTTGTCTTTTGAATATAAATTGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATTACACAGTTGATTTACTTTTGTCTTTTGAATATAAATTGACAG  400

seq1  ATATTTTGCCTCTGAAACTTGGAAAAAAATAAATATACTGTTATTATAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTGCCTCTGAAACTTGGAAAAAAATAAATATACTGTTATTATAGA  450

seq1  ATCATCACAACTTACTTGGGAAGAGGAAAAAGACAATAAAAACCAGAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCACAACTTACTTGGGAAGAGGAAAAAGACAATAAAAACCAGAAAG  500

seq1  GGGGATAGTATAATGCTGCAAATGTTCTCATTAGACCACAAAGGCACATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATAGTATAATGCTGCAAATGTTCTCATTAGACCACAAAGGCACATA  550

seq1  ATTAGGGGAAAAAAGCAGAGGACCAATATTATTAGCTTCATAGGTCATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGGGAAAAAAGCAGAGGACCAATATTATTAGCTTCATAGGTCATAA  600

seq1  GTCTGTGAAAGGTATCAAGTTAGACATGTGTCCATTTGACCAGCCCTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGAAAGGTATCAAGTTAGACATGTGTCCATTTGACCAGCCCTTGA  650

seq1  ATAACAATCAAAGAATGAATGCATTCATTGAAGAAGCATTGAACATTTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAATCAAAGAATGAATGCATTCATTGAAGAAGCATTGAACATTTAG  700

seq1  GTAGAGAATGTAAGTGTCCTTATGACTGCTTGCACCCCCAACAAACAGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGAATGTAAGTGTCCTTATGACTGCTTGCACCCCCAACAAACAGGC  750

seq1  AAAAACTCAATTAGCATTCAAGATCCCACAGCTTTCAAGTCAGCCCTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTCAATTAGCATTCAAGATCCCACAGCTTTCAAGTCAGCCCTTTG  800

seq1  TAAAGTTCTTAGCTCAGTATTATGATTATGATTAATTTTATGTGTCAAG-  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TAAAGTTCTTAGCTCAGTATTATGATTATGATTAATTTTATGTGTCAAGT  850

seq1  TTTACTAGGTTACAAAATTCAGATATTTGTACAAAATTTAGAAATATTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTAGGTTACAAAATTCAGATATTTGTACAAAATTTAGAAATATTGA  900

seq1  TGTGAATGTATTTTTGAATGGGATTTACAATTCTCCAAGTATGTTTTCAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATGTATTTTTGAATGGGATTTACAATTCTCCAAGTATGTTTTCAG  950

seq1  TACAGTAAATTACCCTCCACA-CTGTAAATAAGGATTATGCCC-TTAGCT  997
      ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||
seq2  TACAGTAAATTACCCTCCACACCTGTAATAAAGGATTATGCCCTTTAGCT  1000

seq1  AAATCCCATAATAACAGGATTCATTTACCTAAAAA-GGGGGTTTCTTTCT  1046
      || |||  |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  AATTCCATTAAT-ACAGGATTCATTTACTTAAAAAGGGGGGTTTCTTTCT  1049

seq1  TCTAGGGTTTCAAGTA-CAAGTCCTTTCT-GGATCTGCAACTTGCTCTTC  1094
      ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  TCTAGGGTTTC-AGTATCAAGTCCTTTCTGGGATCTGC-ACTTGCTCTTC  1097

seq1  AAACGGTG-GTCCAGGAATCTCCTCAATCAAAGGAGACAATCTCT  1138
      |||| ||| ||| ||  |||||||||||| |  || |||||||||
seq2  AAACCGTGTGTCAAG--ATCTCCTCAATCGAGAGA-ACAATCTCT  1139


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |