BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261H06
Chromosome16 (Build37)
Map Location 41,922,944 - 42,079,591
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLsamp
Upstream geneEG667450
Downstream geneGap43, BC002163
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261H06.bB6Ng01-261H06.g
ACCGA066119GA066120
length1,1201,107
definitionB6Ng01-261H06.b B6Ng01-261H06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,922,944 - 41,924,053)(42,078,481 - 42,079,591)
sequence
gaattccatccttttgctctaggctttcttatcctcatcctagagaagtc
ttcctgagccttctatggtttggttgctcttttccagtcatttttctcaa
gttttctgtttattctcaagttatgatctccatgctgccgaacacttccc
tagtcttcactccctccccttgtctcctccttcatcctctttgaagacat
tcactatggcatcctgtgtaactatctgtggaggaaatgaatgcttgttc
tgcaaacaggtccgacactcataatagaaattaataaaagaatactacag
agaataaagagcaatatttagagacagcggtaaaaagttaatctgtttcc
tttttctattttgtgtgcctacattcaagttttatccagcttagtgtgga
agatgcttttgaaccctgagaataactgtctttatgccactcataaccct
tcaatacctcactgcttacttatatattccattttatagctaacaccctt
catgaggcctacctcgggcaacccatgtatatgtagttttcaagagcttc
tgacatttactataaagcctttttagaaatggcagcctttatcctccctt
tcttcttttcattctgcaaatttaatcatcactgtaaggcatgtagtctt
tcaggggtaacttccacagctaggggcatataggagacacagagaaaact
ggaagtatctccaggaagctactcagccccttcccacatgcaaaggtttc
ttcctgttatcctcatgggcagccttcgaggtctggccaaatgggactat
gacagctcatgactgtcataggtgaacaagcttccaatctcaaactagta
ggatttggtatttctttctaattattgctgccttctttagtttgcattag
catgttttatttcttcagtacaggtacatttatattttaaagctgctagc
taggtcagaaattgagacctgtcaagcctcccccatttcatcttgtcctt
tttttagggcatgaagcacttccctatgaccaccacaaaacatcaccacc
tcagcctcctgtcagatcagctcatggccaccatttatcaaaactaatcc
cagagtcctgcagaagacga

gaattcagtaaaagatgtcttctactgtgctcataactcaaccctgtgaa
gccatgaggtcttaagcatcaacttactaggaaatctaaatgggatgctg
ttttatgttgtcaattagaatgtttttagaagtccaatgtgctatccgtt
gttcagtcaggtgattacaatgtcttcatatccatctctatatatagtcc
aaacattagctttgcacagtcagcaacaatctaggttcctaaatatcaga
aggggatgtggcatctggctcaagcttaaattatgcttactgttgacaat
agaactctaaaaatggcatcggaatctatatttactcacttccaatttat
ttcagagcgacaggcccagtttccagacagaaatacgatgttcccagtag
tcattaggaatggcctgctttcttaagacatgacacagagggtcgggatt
tagcctctgtggattataaaccttttcatccttatagcagtgcttcaagc
atgagaaatagtgtgtttgtggaattataattagcatttaaccctaggat
gcttggttcttactttcttgctcaactcaatatggtggcagtttggagtg
gtttgaaaccttaatgatgctactttctagtctttgggcttctataaggg
aagacattgaggaagggcaagcagaacagtcccaagctcttacagttctc
tccctccacagctgggtttcccgatagattctaaccccaaagctggaaag
agtaggaagctgaggctcatctataattgccatcagctagcactaaggta
ggatgggagggtaagtgagaagggatacaaacaagaggagaggatgactg
cctcacttgcttgactcttttcttcagtatcagaggggaagccaaaagca
aagaatggcagtgaactggagaaaaagttaccttctttccagtgctcgtg
tgggtatagcctcaggcattcctgcctccagatgatacagaatggttttg
ttgtacattgccttagactgttacatctaaaattgttctggagccaccat
ccatttcgtcttgttgggaaagtactcttgctcatgttttgactcttctt
aatttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_41922944_41924053
seq2: B6Ng01-261H06.b_42_1161

seq1  GAATTCCATCCTTTTGCTCTAGGCTTTCTTATCCTCATCCTAGAGAAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCTTTTGCTCTAGGCTTTCTTATCCTCATCCTAGAGAAGTC  50

seq1  TTCCTGAGCCTTCTATGGTTTGGTTGCTCTTTTCCAGTCATTTTTCTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGAGCCTTCTATGGTTTGGTTGCTCTTTTCCAGTCATTTTTCTCAA  100

seq1  GTTTTCTGTTTATTCTCAAGTTATGATCTCCATGCTGCCGAACACTTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTGTTTATTCTCAAGTTATGATCTCCATGCTGCCGAACACTTCCC  150

seq1  TAGTCTTCACTCCCTCCCCTTGTCTCCTCCTTCATCCTCTTTGAAGACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTTCACTCCCTCCCCTTGTCTCCTCCTTCATCCTCTTTGAAGACAT  200

seq1  TCACTATGGCATCCTGTGTAACTATCTGTGGAGGAAATGAATGCTTGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATGGCATCCTGTGTAACTATCTGTGGAGGAAATGAATGCTTGTTC  250

seq1  TGCAAACAGGTCCGACACTCATAATAGAAATTAATAAAAGAATACTACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACAGGTCCGACACTCATAATAGAAATTAATAAAAGAATACTACAG  300

seq1  AGAATAAAGAGCAATATTTAGAGACAGCGGTAAAAAGTTAATCTGTTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAAAGAGCAATATTTAGAGACAGCGGTAAAAAGTTAATCTGTTTCC  350

seq1  TTTTTCTATTTTGTGTGCCTACATTCAAGTTTTATCCAGCTTAGTGTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTATTTTGTGTGCCTACATTCAAGTTTTATCCAGCTTAGTGTGGA  400

seq1  AGATGCTTTTGAACCCTGAGAATAACTGTCTTTATGCCACTCATAACCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTTTTGAACCCTGAGAATAACTGTCTTTATGCCACTCATAACCCT  450

seq1  TCAATACCTCACTGCTTACTTATATATTCCATTTTATAGCTAACACCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATACCTCACTGCTTACTTATATATTCCATTTTATAGCTAACACCCTT  500

seq1  CATGAGGCCTACCTCGGGCAACCCATGTATATGTAGTTTTCAAGAGCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGCCTACCTCGGGCAACCCATGTATATGTAGTTTTCAAGAGCTTC  550

seq1  TGACATTTACTATAAAGCCTTTTTAGAAATGGCAGCCTTTATCCTCCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTTACTATAAAGCCTTTTTAGAAATGGCAGCCTTTATCCTCCCTT  600

seq1  TCTTCTTTTCATTCTGCAAATTTAATCATCACTGTAAGGCATGTAGTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTTCATTCTGCAAATTTAATCATCACTGTAAGGCATGTAGTCTT  650

seq1  TCAGGGGTAACTTCCACAGCTAGGGGCATATAGGAGACACAGAGAAAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGGTAACTTCCACAGCTAGGGGCATATAGGAGACACAGAGAAAACT  700

seq1  GGAAGTATCTCCAGGAAGCTACTCAGCCCCTTCCCACATGCAAAGGTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTATCTCCAGGAAGCTACTCAGCCCCTTCCCACATGCAAAGGTTTC  750

seq1  TTCCTGTTATCCTCATGGGCAGCCTTCGAGGTCTGGCCAAATGGGACTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTTATCCTCATGGGCAGCCTTCGAGGTCTGGCCAAATGGGACTAT  800

seq1  GACAGCTCATGACTGTCATAGGTGAACAAGCTTCCAATCTCAAACTAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCTCATGACTGTCATAGGTGAACAAGCTTCCAATCTCAAACTAGTA  850

seq1  GGATTTGGTATTTCTTTCTAATTATTGCTGCCTTCTTTAGTTTGCATTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGGTATTTCTTTCTAATTATTGCTGCCTTCTTTAGTTTGCATTAG  900

seq1  CATGTTTTATTTCTTCAGTACAGGTACATTTATATTTT-AAGCTGCTAGC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CATGTTTTATTTCTTCAGTACAGGTACATTTATATTTTAAAGCTGCTAGC  950

seq1  TAGGTCAGAAATTGAGACCTGTCAGGC--TCCCCATTTCATCTTGTCCTT  997
      |||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCAGAAATTGAGACCTGTCAAGCCTCCCCCATTTCATCTTGTCCTT  1000

seq1  TTTTTA-GGCATGAAGCACTTCCCTATGACCA-CAC-AAACATCAC--AC  1042
      |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||   |
seq2  TTTTTAGGGCATGAAGCACTTCCCTATGACCACCACAAAACATCACCACC  1050

seq1  TCAGC--TCTGTCAGATCAGCTTCATGGCCA-CATTTATCAAAA-TTATC  1088
      |||||   ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||
seq2  TCAGCCTCCTGTCAGATCAGC-TCATGGCCACCATTTATCAAAACTAATC  1099

seq1  CCAGAGTCCCTTGCAG-AGACGA  1110
      |||||||||  ||||| ||||||
seq2  CCAGAGTCC--TGCAGAAGACGA  1120


seq1: chr16_42078481_42079591
seq2: B6Ng01-261H06.g_69_1175 (reverse)

seq1  TCAAATTTAAGAGAAGAAGTCAAAACATTTGAGCAAAGAGTACTTCCCAA  50
      |||||||    ||||| ||||||||||  ||||| |||||||||| ||  
seq2  TCAAATT---AAGAAG-AGTCAAAACA--TGAGC-AAGAGTACTTTCC-C  42

seq1  AACAAGGACGAAATGGAT-GTGGCTCCAG-ACATTTTTAGATGT-ACAGT  97
      ||||| |||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||
seq2  AACAA-GACGAAATGGATGGTGGCTCCAGAACAATTTTAGATGTAACAGT  91

seq1  CTAA-GCCATGTACA--CAAACCA-TCTGTATTCATCTGGAGGCAGG-AT  142
      |||| || |||||||   |||||| |||||| ||||||||||||||| ||
seq2  CTAAGGCAATGTACAACAAAACCATTCTGTA-TCATCTGGAGGCAGGAAT  140

seq1  G-CTGAGGCTATAACCCACACGAGCACTGGAAAGAAGGTAACTTTTTTCT  191
      | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCCTGAGGCTAT-ACCCACACGAGCACTGGAAAGAAGGTAAC-TTTTTCT  188

seq1  CCAGTTCACTGCCATTCTTTTGCTTTTTGCTTCCCCTCTGATACTGAAGA  241
      ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTCACTGCCATTC-TTTGCTTTTGGCTTCCCCTCTGATACTGAAGA  237

seq1  AAAGAGTCAAGCAAGTGAGGCAGTCATCCTCTCCTCTTGTTTGTATCCCT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTCAAGCAAGTGAGGCAGTCATCCTCTCCTCTTGTTTGTATCCCT  287

seq1  TCTCACTTACCCTCCCATCCTACCTTAGTGCTAGCTGATGGCAATTATAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTTACCCTCCCATCCTACCTTAGTGCTAGCTGATGGCAATTATAG  337

seq1  ATGAGCCTCAGCTTCCTACTCTTTCCAGCTTTGGGGTTAGAATCTATCGG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCTCAGCTTCCTACTCTTTCCAGCTTTGGGGTTAGAATCTATCGG  387

seq1  GAAACCCAGCTGTGGAGGGAGAGAACTGTAAGAGCTTGGGACTGTTCTGC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCAGCTGTGGAGGGAGAGAACTGTAAGAGCTTGGGACTGTTCTGC  437

seq1  TTGCCCTTCCTCAATGTCTTCCCTTATAGAAGCCCAAAGACTAGAAAGTA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTTCCTCAATGTCTTCCCTTATAGAAGCCCAAAGACTAGAAAGTA  487

seq1  GCATCATTAAGGTTTCAAACCACTCCAAACTGCCACCATATTGAGTTGAG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCATTAAGGTTTCAAACCACTCCAAACTGCCACCATATTGAGTTGAG  537

seq1  CAAGAAAGTAAGAACCAAGCATCCTAGGGTTAAATGCTAATTATAATTCC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAGTAAGAACCAAGCATCCTAGGGTTAAATGCTAATTATAATTCC  587

seq1  ACAAACACACTATTTCTCATGCTTGAAGCACTGCTATAAGGATGAAAAGG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACACACTATTTCTCATGCTTGAAGCACTGCTATAAGGATGAAAAGG  637

seq1  TTTATAATCCACAGAGGCTAAATCCCGACCCTCTGTGTCATGTCTTAAGA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAATCCACAGAGGCTAAATCCCGACCCTCTGTGTCATGTCTTAAGA  687

seq1  AAGCAGGCCATTCCTAATGACTACTGGGAACATCGTATTTCTGTCTGGAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGCCATTCCTAATGACTACTGGGAACATCGTATTTCTGTCTGGAA  737

seq1  ACTGGGCCTGTCGCTCTGAAATAAATTGGAAGTGAGTAAATATAGATTCC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGCCTGTCGCTCTGAAATAAATTGGAAGTGAGTAAATATAGATTCC  787

seq1  GATGCCATTTTTAGAGTTCTATTGTCAACAGTAAGCATAATTTAAGCTTG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCATTTTTAGAGTTCTATTGTCAACAGTAAGCATAATTTAAGCTTG  837

seq1  AGCCAGATGCCACATCCCCTTCTGATATTTAGGAACCTAGATTGTTGCTG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGATGCCACATCCCCTTCTGATATTTAGGAACCTAGATTGTTGCTG  887

seq1  ACTGTGCAAAGCTAATGTTTGGACTATATATAGAGATGGATATGAAGACA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCAAAGCTAATGTTTGGACTATATATAGAGATGGATATGAAGACA  937

seq1  TTGTAATCACCTGACTGAACAACGGATAGCACATTGGACTTCTAAAAACA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATCACCTGACTGAACAACGGATAGCACATTGGACTTCTAAAAACA  987

seq1  TTCTAATTGACAACATAAAACAGCATCCCATTTAGATTTCCTAGTAAGTT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATTGACAACATAAAACAGCATCCCATTTAGATTTCCTAGTAAGTT  1037

seq1  GATGCTTAAGACCTCATGGCTTCACAGGGTTGAGTTATGAGCACAGTAGA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTTAAGACCTCATGGCTTCACAGGGTTGAGTTATGAGCACAGTAGA  1087

seq1  AGACATCTTTTACTGAATTC  1111
      ||||||||||||||||||||
seq2  AGACATCTTTTACTGAATTC  1107


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |