BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261P12
Chromosome16 (Build37)
Map Location 56,226,016 - 56,321,088
singlet/doubletdoublet
Overlap geneImpg2, LOC672835
Upstream geneZpld1, Nfkbiz, Gm1752, Lrriq2, EG667966, LOC629242, Rpl24, Zbtb11, Pcnp, Rg9mtd1, Senp7
Downstream geneAbi3bp, Tfg, Gpr128, Tmem45a, LOC668026, LOC668036, 2310005G13Rik, Tomm70a, Nit2, Tbc1d23, Tmem30c, 2610528E23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261P12.bB6Ng01-261P12.g
ACCGA066509GA066510
length1,0361,150
definitionB6Ng01-261P12.b B6Ng01-261P12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,226,016 - 56,227,084)(56,319,939 - 56,321,088)
sequence
gaattctaaatccagtgccttcagaaatctgatatcctttggaagagcta
agtgggtctgtcatattggtcaattttttggtagaggatttctagaaaat
tctcatgctgataaatttgtgaccttctagcccatagtacattgggcctt
gacttctttagagagaaaggaaatggattctgtgcagtttaaaatttaaa
aagccatcataccgtttaagcacacagttattaacaggaacgtatcatct
aaatgacgtagattctacagatgaggctccactacaaaaaatctccaggg
aagtacagacttgtactttgcccaggcagatggaagcatttcctgaaatg
tgatgttaaattatgggctgggaagtgggacagtgaagggaacactagag
ctacagaagcaagaaatggggttcaaatcacaggacccacatagccagat
aagcaaggcagaccacatgaatcactcactctaatctttgcaagcctgtc
tctattgttgtgcctgttttgagaaccccaaaagaccaccaaggaactaa
ttcccatgcaatcacactagggtctttgctcaagctcaagcccggatcac
accattatcactgatgcagcaggcgtatttcctagctaggcacacatctg
atggggaggggctattatggaatttgttgtcctttaaaatgattggctgg
tgctgggagccaaaccataaacttctgtaagtcaatttctttaggtacaa
ctgtaatctctgctttcctcccaattggtgttggttagggagtgacctgg
atactggtgctaggtgcaggcttgttggttaaccttaggtcaggctttct
aagatggagttggtttggtctctcactatgaccccacctggcttcctaag
cacaagctgatgagctagagtagcttgcgcttaggagctaaggtgggctg
tgcagatacaagctaggcctgcctacctgcctgatttttcctggatggtg
atacaatgatgcctgcttgtgcctgccctggccttc
gaattctcttgaagaacagtatcttcacttgtaacttcttgagctctact
ttaaaatccagagcctttgagttaaatatccagagactcaaacttaactt
taaaagaaaagacattctgtacccttcaggcacaataccactatagccaa
ccctgctattacttcagtgccaccactgcctagctgatacaaaaagacag
ctgggaggagagattttcagaagtctgactcagccactaaggaatgactt
agcttttctctaccccttcacgagtgggaaaatatcttgaagagacaatc
aggtttataaaatgaagatttgccctaccatattgtactctttatgctgt
ggtctggtgcatcctgggtatcttcaaaacactttccagcagttctgaac
atcaaagctattccctgtgaatcttaaggcatcatctgtcttctgatatt
tggattggtatgcaaaaacaatagagaataaaactagcatgcttggttac
aagtcaaggcaatagcatcaaacttaccagtagtcagtgtgttcctcatg
gacatgcttgctataaaaggggttaagatcccacacaatgtccttatgaa
ttagtaaaaacaattcattttatttaaccttattcattgtctgcatttct
aaaacttggtctatgagacccacaataaggcacttgtaccatattttgca
gtaaatgccatgttgttaacagaaaaaggactttatgcttgagctatgat
ggaagtagctgttttcaagaaacaccatatcccattttattgatattgta
acaagttgcctacatgatggcctatatagcaacccaagttattttaaata
tctagtagtcagaaatccaacatggatcccattaggcttaaattaaacag
agtcatgttcctctgaagacatttggagggagtttaatcctttgctcttt
tcatgttcaggaggcttcttgcatttttcttgcctcatgggtaattcctt
gttctccaaagcctaagtgaaaggcataacagctgcagtcctaccttctt
gttttattgtataaagacctatgtcacagtgggcagctagccttgtaact
cagattaacttatcctctttagaattctcagcctgcagcaatatctgcca

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_56226016_56227084
seq2: B6Ng01-261P12.b_44_1079

seq1  GAATTCTAAATCCAGTGCCTTCAGAAATCTGATATCCTTTGGAAGAGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAATCCAGTGCCTTCAGAAATCTGATATCCTTTGGAAGAGCTA  50

seq1  AGTGGGTCTGTCATATTGGTCAATTTTTTGGTAGAGGATTTCTAGAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTCTGTCATATTGGTCAATTTTTTGGTAGAGGATTTCTAGAAAAT  100

seq1  TCTCATGCTGATAAATTTGTGACCTTCTAGCCCATAGTACATTGGGCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGCTGATAAATTTGTGACCTTCTAGCCCATAGTACATTGGGCCTT  150

seq1  GACTTCTTTAGAGAGAAAGGAAATGGATTCTGTGCAGTTTAAAATTTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTTTAGAGAGAAAGGAAATGGATTCTGTGCAGTTTAAAATTTAAA  200

seq1  AAGCCATCATACCGTTTAAGCACACAGTTATTAACAGGAACGTATCATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATCATACCGTTTAAGCACACAGTTATTAACAGGAACGTATCATCT  250

seq1  AAATGACGTAGATTCTACAGATGAGGCTCCACTACAAAAAATCTCCAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACGTAGATTCTACAGATGAGGCTCCACTACAAAAAATCTCCAGGG  300

seq1  AAGTACAGACTTGTACTTTGCCCAGGCAGATGGAAGCATTTCCTGAAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACAGACTTGTACTTTGCCCAGGCAGATGGAAGCATTTCCTGAAATG  350

seq1  TGATGTTAAATTATGGGCTGGGAAGTGGGACAGTGAAGGGAACACTAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTAAATTATGGGCTGGGAAGTGGGACAGTGAAGGGAACACTAGAG  400

seq1  CTACAGAAGCAAGAAATGGGGTTCAAATCACAGGACCCACATAGCCAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAAGCAAGAAATGGGGTTCAAATCACAGGACCCACATAGCCAGAT  450

seq1  AAGCAAGGCAGACCACATGAATCACTCACTCTAATCTTTGCAAGCCTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGGCAGACCACATGAATCACTCACTCTAATCTTTGCAAGCCTGTC  500

seq1  TCTATTGTTGTGCCTGTTTTGAGAACCCCAAAAGACCACCAAGGAACTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGTTGTGCCTGTTTTGAGAACCCCAAAAGACCACCAAGGAACTAA  550

seq1  TTCCCATGCAATCACACTAGGGTCTTTGCTCAAGCTCAAGCCCGGATCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATGCAATCACACTAGGGTCTTTGCTCAAGCTCAAGCCCGGATCAC  600

seq1  ACCATTATCACTGATGCAGCAGGCGTATTTCCTAGCTAGGCACACATCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTATCACTGATGCAGCAGGCGTATTTCCTAGCTAGGCACACATCTG  650

seq1  ATGGGGAGGGGCTATTATGGAATTTGTTGTCCTTTAAAATGATTGGCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGAGGGGCTATTATGGAATTTGTTGTCCTTTAAAATGATTGGCTGG  700

seq1  TGCTGGGAGCCAAACCATAAACTTCTGTAAGTCAATTTCTTTAGGTACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGAGCCAAACCATAAACTTCTGTAAGTCAATTTCTTTAGGTACAA  750

seq1  CTGTAATCTCTGCTTTCCTCCCAATTGGTGTTGGTTAGGGAGTGACCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATCTCTGCTTTCCTCCCAATTGGTGTTGGTTAGGGAGTGACCTGG  800

seq1  ATACTGGTGCTAGGTGCAGGCTTGTTGGTTAACCTTAGGTCAGGCTTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGGTGCTAGGTGCAGGCTTGTTGGTTAACCTTAGGTCAGGCTTTCT  850

seq1  AAGATGGAGTTGGTTTGGTCTCTCACTATGA-CCCACCTGGC-TCCTAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  AAGATGGAGTTGGTTTGGTCTCTCACTATGACCCCACCTGGCTTCCTAAG  900

seq1  CACAAGCTGATGAGCTAGAGTAGCTTGCGCTTAGGAGC-CAGGTGGGCTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  CACAAGCTGATGAGCTAGAGTAGCTTGCGCTTAGGAGCTAAGGTGGGCTG  950

seq1  TG-AGATAC-AGCTAGG-CTGCCTAGCTGCCTG-TTTTTCTGTGATGGTG  993
      || |||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||   |||||||
seq2  TGCAGATACAAGCTAGGCCTGCCTACCTGCCTGATTTTTCCTGGATGGTG  1000

seq1  ATAC-ATGGAGGCTGC-TGTGCCTG-CCTGGCTTTCTATGGGGGTAATAA  1040
      |||| |||  | |||| |||||||| |||||| |||              
seq2  ATACAATGATGCCTGCTTGTGCCTGCCCTGGCCTTC--------------  1036

seq1  ATGCAGGCTGCTATGCCTGCCTGGCCTTC  1069
                                   
seq2  -----------------------------  1036

seq1: chr16_56319939_56321088
seq2: B6Ng01-261P12.g_70_1219 (reverse)

seq1  TGGCAGATA-TGCTGCA-GCTGAGAATTCT-AAGAGGATAAGGTTATCCT  47
      ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||  ||
seq2  TGGCAGATATTGCTGCAGGCTGAGAATTCTAAAGAGGATAA-GTTAATCT  49

seq1  GAGTTACAGGGTTTGGCTGGCCCACTGTGACCATTAGGGTCTTTATAC-A  96
      |||||||| ||  | ||| ||||||||||| |||   ||||||||||| |
seq2  GAGTTACAAGG-CTAGCT-GCCCACTGTGA-CAT--AGGTCTTTATACAA  94

seq1  TAAAACAAGGAGGTAGGGACTGCAGCTGTTATGCCTTTCACTTTGGCTTT  146
      ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAAAACAAGAAGGTA-GGACTGCAGCTGTTATGCCTTTCACTTAGGCTTT  143

seq1  GGAGA--CAGGAATTACCCATGAGGCAAG-AAAATGCAAGAAGCCTCCTG  193
      |||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAACAAGGAATTACCCATGAGGCAAGAAAAATGCAAGAAGCCTCCTG  193

seq1  AACATGAAAAGAGCAAAGGATTAAACTCCCTCCAAATGTCTTCAGAGGAA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGAAAAGAGCAAAGGATTAAACTCCCTCCAAATGTCTTCAGAGGAA  243

seq1  CATGACTCTGTTTAATTTAAGCCTAATGGGATCCATGTTGGATTTCTGAC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACTCTGTTTAATTTAAGCCTAATGGGATCCATGTTGGATTTCTGAC  293

seq1  TACTAGATATTTAAAATAACTTGGGTTGCTATATAGGCCATCATGTAGGC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGATATTTAAAATAACTTGGGTTGCTATATAGGCCATCATGTAGGC  343

seq1  AACTTGTTACAATATCAATAAAATGGGATATGGTGTTTCTTGAAAACAGC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTTACAATATCAATAAAATGGGATATGGTGTTTCTTGAAAACAGC  393

seq1  TACTTCCATCATAGCTCAAGCATAAAGTCCTTTTTCTGTTAACAACATGG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCATCATAGCTCAAGCATAAAGTCCTTTTTCTGTTAACAACATGG  443

seq1  CATTTACTGCAAAATATGGTACAAGTGCCTTATTGTGGGTCTCATAGACC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACTGCAAAATATGGTACAAGTGCCTTATTGTGGGTCTCATAGACC  493

seq1  AAGTTTTAGAAATGCAGACAATGAATAAGGTTAAATAAAATGAATTGTTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTAGAAATGCAGACAATGAATAAGGTTAAATAAAATGAATTGTTT  543

seq1  TTACTAATTCATAAGGACATTGTGTGGGATCTTAACCCCTTTTATAGCAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAATTCATAAGGACATTGTGTGGGATCTTAACCCCTTTTATAGCAA  593

seq1  GCATGTCCATGAGGAACACACTGACTACTGGTAAGTTTGATGCTATTGCC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTCCATGAGGAACACACTGACTACTGGTAAGTTTGATGCTATTGCC  643

seq1  TTGACTTGTAACCAAGCATGCTAGTTTTATTCTCTATTGTTTTTGCATAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTGTAACCAAGCATGCTAGTTTTATTCTCTATTGTTTTTGCATAC  693

seq1  CAATCCAAATATCAGAAGACAGATGATGCCTTAAGATTCACAGGGAATAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCAAATATCAGAAGACAGATGATGCCTTAAGATTCACAGGGAATAG  743

seq1  CTTTGATGTTCAGAACTGCTGGAAAGTGTTTTGAAGATACCCAGGATGCA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATGTTCAGAACTGCTGGAAAGTGTTTTGAAGATACCCAGGATGCA  793

seq1  CCAGACCACAGCATAAAGAGTACAATATGGTAGGGCAAATCTTCATTTTA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCACAGCATAAAGAGTACAATATGGTAGGGCAAATCTTCATTTTA  843

seq1  TAAACCTGATTGTCTCTTCAAGATATTTTCCCACTCGTGAAGGGGTAGAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTGATTGTCTCTTCAAGATATTTTCCCACTCGTGAAGGGGTAGAG  893

seq1  AAAAGCTAAGTCATTCCTTAGTGGCTGAGTCAGACTTCTGAAAATCTCTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTAAGTCATTCCTTAGTGGCTGAGTCAGACTTCTGAAAATCTCTC  943

seq1  CTCCCAGCTGTCTTTTTGTATCAGCTAGGCAGTGGTGGCACTGAAGTAAT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGCTGTCTTTTTGTATCAGCTAGGCAGTGGTGGCACTGAAGTAAT  993

seq1  AGCAGGGTTGGCTATAGTGGTATTGTGCCTGAAGGGTACAGAATGTCTTT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGTTGGCTATAGTGGTATTGTGCCTGAAGGGTACAGAATGTCTTT  1043

seq1  TCTTTTAAAGTTAAGTTTGAGTCTCTGGATATTTAACTCAAAGGCTCTGG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAAAGTTAAGTTTGAGTCTCTGGATATTTAACTCAAAGGCTCTGG  1093

seq1  ATTTTAAAGTAGAGCTCAAGAAGTTACAAGTGAAGATACTGTTCTTCAAG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAAGTAGAGCTCAAGAAGTTACAAGTGAAGATACTGTTCTTCAAG  1143

seq1  AGAATTC  1150
      |||||||
seq2  AGAATTC  1150