BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-264A09
Chromosome16 (Build37)
Map Location 39,424,828 - 39,622,031
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePla1a, Adprh, Cd80, LOC667353, Ck-ps3, 4930455C21Rik, 9630046K23Rik, Tmem39a, Cdgap, B4galt4, LOC100043289, Upk1b, 4930435E12Rik, Igsf11
Downstream geneLOC667400
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-264A09.bB6Ng01-264A09.g
ACCGA068040GA068041
length1,1501,131
definitionB6Ng01-264A09.b B6Ng01-264A09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,620,881 - 39,622,031)(39,424,828 - 39,425,971)
sequence
gaattccatgctttgatacctacagtctacttctttctggattcaacatc
agcactcttctccacaggtcctaaatgattataagcatgttttacataat
aaaatttgaatgtctagtttatcacccaggagcttaaactcagcaattag
caaacaatgttaggaagtttaaaagttaaatctcttctccatccttaatt
gagtactgtctacacaaagctattgatattgctaaatttttctaatccat
acatacccacaatttaatcagatgctgtatcataactatttttcatggtt
ttaaaaaacaataaaaatcaaattgtaaaatggtcttatagcagcatttt
tctcctctcatgatctgacttaaacatccctccttaaatggaatcacttt
taatagttaactttctcgacttttccttttagattagtttcaatgcatta
acaaatgccctcatttacatatacaaagtcatagtttactgaaagcattc
tattttagatatattcctatgacttttttcatgtaacaatatattatgtt
gatatctctaatacagtatatatgaatatatttatcaccttctttgtaac
agctatggatattaatgtagcctacatgtactataaattatttaaccctt
cccttattaatgaacatttagtacacatctatttttttttcattttagca
acaatgacaaaatgaataaactttagcatgattctctgaccatgagttca
tatatctttagcatagtctaaatgtgaaattactcagccattattaggca
gggtttacattcagacagagcctagaactcggtatttcaaaaatgtgtca
atttaaatttatcctagtactggaagataatacctgattctttgcaagta
tatgggaaacattgattcttcagtattttaaaataataaatctattttaa
taggaaaaatattgttttattctcctttaaattacatctcttataagttt
actacatctcagtttttcaacattgttttccaggcagtttgtttcctatg
cccttggtcatttggtcaatgctgcattggtgctgattcctcgctccttg
gggtcatgatgtcacaccaattaatatagtaatgttgtgtgtgtgtctac


gaattcttgtgacttgctgaccagtctgtttagccaaattggggatattg
aggttcaaagaagggccctatattaaaaacaggggagactggttgaaaga
taaccagtgttgacctctaggttgtcttcataagcaaacatatatgtagg
cacacactaatacacaatacagcatgcacttccttgtatagatttccctg
tatagactagcagtttacctcttttggcatagtgctagcttatgcacaca
tgaaatcctgggttctaggcattaagctgagaatgatggaggtaggcctg
taattccagtacttaagaacagaggtaggaatgttagaagttcaatgtcc
tcctttgctacccagcaacttcaaaactattttagagtagtttagaatat
atgagactctgtctaaaacaaaaccttaaatgattcccctctttattctc
atacttgtgaataggataaatgatgtttaacaacaataaaatataagcat
aaataagagacttaagagaaatgaaaataaaaaatagatgcagagactgc
cagtgagaagaacaagaccaagaaagaactgcagggaaaggacaataaat
tagcatgtttgtttgagcacaggggcttctctgcgaagaggagagtacat
ttctttctttgatcaaccacatagcaggagacaatcagatcagaaagcaa
atgagttaataaagtggctagaagcacaactggtttgatatgtgggacag
agagagctccagggaggatgtaagaagagtatctgacacgtctagaagaa
tgcctgcctaggattcagtgccatggaagccagaatcatgcagtattctt
gatgcactggcagcagagcttctggactcctggactcagggttcctgaag
tagacaatctcattcatctgcttatgaagccagggagctgattgtagaat
ttgcctagagacttcctttacctgagacagactagagtgaaatgatactg
caaaaggggtattttttcttctatatccttgctttctctttcagaccttc
atactgagtacatgtaaccacacaaggctttctgtagctttctagactgt
tgaacaggattctcttcaaaactaaacagca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_39620881_39622031
seq2: B6Ng01-264A09.b_51_1200 (reverse)

seq1  GTAGACACACACACACACACATAACCTATATTCCATTGTGTGCCAATCAT  50
      |||||||||||||||   |||| | |||||||   | ||||| | |||||
seq2  GTAGACACACACACA---ACATTA-CTATATTAATTGGTGTGAC-ATCAT  45

seq1  GACCCACAAGGAGCGA-GAATCAGCAC--ATGCAACCATTGACCAAATGA  97
      ||||| |||||||||| ||||||||||  |||| | ||||||||||||||
seq2  GACCC-CAAGGAGCGAGGAATCAGCACCAATGC-AGCATTGACCAAATGA  93

seq1  CCAAAGGCAATAGGGAACAAACTGCCTGG-AAACAATG-TGAAAAACTGA  145
      |||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| 
seq2  CCAAGGGC-ATAGGAAACAAACTGCCTGGAAAACAATGTTGAAAAACTG-  141

seq1  AGATGTAGTAAAACTTAT-AGAGATGTAATTT-AAGGAGAATAAAACAAT  193
      ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGATGTAGT-AAACTTATAAGAGATGTAATTTAAAGGAGAATAAAACAAT  190

seq1  ATTTTTCCTATT-AAATAGATTTATTATTTTAAAATACTGAAGAATCAAT  242
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCCTATTAAAATAGATTTATTATTTTAAAATACTGAAGAATCAAT  240

seq1  GTTT-CCATATACTTGCAAAGAATCAGGTATTATCTTCCAGTACTAGGAT  291
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCCATATACTTGCAAAGAATCAGGTATTATCTTCCAGTACTAGGAT  290

seq1  AAATTTAAATTGACACATTTTTGAAATACCGAGTTCTAGGCTCTGTCTGA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAAATTGACACATTTTTGAAATACCGAGTTCTAGGCTCTGTCTGA  340

seq1  ATGTAAACCCTGCCTAATAATGGCTGAGTAATTTCACATTTAGACTATGC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAACCCTGCCTAATAATGGCTGAGTAATTTCACATTTAGACTATGC  390

seq1  TAAAGATATATGAACTCATGGTCAGAGAATCATGCTAAAGTTTATTCATT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATATATGAACTCATGGTCAGAGAATCATGCTAAAGTTTATTCATT  440

seq1  TTGTCATTGTTGCTAAAATGAAAAAAAAATAGATGTGTACTAAATGTTCA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATTGTTGCTAAAATGAAAAAAAAATAGATGTGTACTAAATGTTCA  490

seq1  TTAATAAGGGAAGGGTTAAATAATTTATAGTACATGTAGGCTACATTAAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAGGGAAGGGTTAAATAATTTATAGTACATGTAGGCTACATTAAT  540

seq1  ATCCATAGCTGTTACAAAGAAGGTGATAAATATATTCATATATACTGTAT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATAGCTGTTACAAAGAAGGTGATAAATATATTCATATATACTGTAT  590

seq1  TAGAGATATCAACATAATATATTGTTACATGAAAAAAGTCATAGGAATAT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATATCAACATAATATATTGTTACATGAAAAAAGTCATAGGAATAT  640

seq1  ATCTAAAATAGAATGCTTTCAGTAAACTATGACTTTGTATATGTAAATGA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAAATAGAATGCTTTCAGTAAACTATGACTTTGTATATGTAAATGA  690

seq1  GGGCATTTGTTAATGCATTGAAACTAATCTAAAAGGAAAAGTCGAGAAAG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATTTGTTAATGCATTGAAACTAATCTAAAAGGAAAAGTCGAGAAAG  740

seq1  TTAACTATTAAAAGTGATTCCATTTAAGGAGGGATGTTTAAGTCAGATCA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTATTAAAAGTGATTCCATTTAAGGAGGGATGTTTAAGTCAGATCA  790

seq1  TGAGAGGAGAAAAATGCTGCTATAAGACCATTTTACAATTTGATTTTTAT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGAGAAAAATGCTGCTATAAGACCATTTTACAATTTGATTTTTAT  840

seq1  TGTTTTTTAAAACCATGAAAAATAGTTATGATACAGCATCTGATTAAATT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTTAAAACCATGAAAAATAGTTATGATACAGCATCTGATTAAATT  890

seq1  GTGGGTATGTATGGATTAGAAAAATTTAGCAATATCAATAGCTTTGTGTA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTATGTATGGATTAGAAAAATTTAGCAATATCAATAGCTTTGTGTA  940

seq1  GACAGTACTCAATTAAGGATGGAGAAGAGATTTAACTTTTAAACTTCCTA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTACTCAATTAAGGATGGAGAAGAGATTTAACTTTTAAACTTCCTA  990

seq1  ACATTGTTTGCTAATTGCTGAGTTTAAGCTCCTGGGTGATAAACTAGACA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTTTGCTAATTGCTGAGTTTAAGCTCCTGGGTGATAAACTAGACA  1040

seq1  TTCAAATTTTATTATGTAAAACATGCTTATAATCATTTAGGACCTGTGGA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATTTTATTATGTAAAACATGCTTATAATCATTTAGGACCTGTGGA  1090

seq1  GAAGAGTGCTGATGTTGAATCCAGAAAGAAGTAGACTGTAGGTATCAAAG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTGCTGATGTTGAATCCAGAAAGAAGTAGACTGTAGGTATCAAAG  1140

seq1  CATGGAATTC  1151
      ||||||||||
seq2  CATGGAATTC  1150


seq1: chr16_39424828_39425971
seq2: B6Ng01-264A09.g_67_1197

seq1  GAATTCTTGTGACTTGCTGACCAGTCTGTTTAGCCAAATTGGGGATATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTGACTTGCTGACCAGTCTGTTTAGCCAAATTGGGGATATTG  50

seq1  AGGTTCAAAGAAGGGCCCTATATTAAAAACAGGGGAGACTGGTTGAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCAAAGAAGGGCCCTATATTAAAAACAGGGGAGACTGGTTGAAAGA  100

seq1  TAACCAGTGTTGACCTCTAGGTTGTCTTCATAAGCAAACATATATGTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAGTGTTGACCTCTAGGTTGTCTTCATAAGCAAACATATATGTAGG  150

seq1  CACACACTAATACACAATACAGCATGCACTTCCTTGTATAGATTTCCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACTAATACACAATACAGCATGCACTTCCTTGTATAGATTTCCCTG  200

seq1  TATAGACTAGCAGTTTACCTCTTTTGGCATAGTGCTAGCTTATGCACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGACTAGCAGTTTACCTCTTTTGGCATAGTGCTAGCTTATGCACACA  250

seq1  TGAAATCCTGGGTTCTAGGCATTAAGCTGAGAATGATGGAGGTAGGCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCCTGGGTTCTAGGCATTAAGCTGAGAATGATGGAGGTAGGCCTG  300

seq1  TAATTCCAGTACTTAAGAACAGAGGTAGGAATGTTAGAAGTTCAATGTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCCAGTACTTAAGAACAGAGGTAGGAATGTTAGAAGTTCAATGTCC  350

seq1  TCCTTTGCTACCCAGCAACTTCAAAACTATTTTAGAGTAGTTTAGAATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGCTACCCAGCAACTTCAAAACTATTTTAGAGTAGTTTAGAATAT  400

seq1  ATGAGACTCTGTCTAAAACAAAACCTTAAATGATTCCCCTCTTTATTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACTCTGTCTAAAACAAAACCTTAAATGATTCCCCTCTTTATTCTC  450

seq1  ATACTTGTGAATAGGATAAATGATGTTTAACAACAATAAAATATAAGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTGTGAATAGGATAAATGATGTTTAACAACAATAAAATATAAGCAT  500

seq1  AAATAAGAGACTTAAGAGAAATGAAAATAAAAAATAGATGCAGAGACTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGAGACTTAAGAGAAATGAAAATAAAAAATAGATGCAGAGACTGC  550

seq1  CAGTGAGAAGAACAAGACCAAGAAAGAACTGCAGGGAAAGGACAATAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGAAGAACAAGACCAAGAAAGAACTGCAGGGAAAGGACAATAAAT  600

seq1  TAGCATGTTTGTTTGAGCACAGGGGCTTCTCTGCGAAGAGGAGAGTACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATGTTTGTTTGAGCACAGGGGCTTCTCTGCGAAGAGGAGAGTACAT  650

seq1  TTCTTTCTTTGATCAACCACATAGCAGGAGACAATCAGATCAGAAAGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTTTGATCAACCACATAGCAGGAGACAATCAGATCAGAAAGCAA  700

seq1  ATGAGTTAATAAAGTGGCTAGAAGCACAACTGGTTTGATATGTGGGACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTAATAAAGTGGCTAGAAGCACAACTGGTTTGATATGTGGGACAG  750

seq1  AGAGAGCTCCAGGGAGGATGTAAGAAGAGTATCTGACACGTCTAGAAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCTCCAGGGAGGATGTAAGAAGAGTATCTGACACGTCTAGAAGAA  800

seq1  TGCCTGCCTAGGATTCAGTGCCATGGAAGCCAGAATCATGCAGTATTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCCTAGGATTCAGTGCCATGGAAGCCAGAATCATGCAGTATTCTT  850

seq1  GATGCACTGGCAGCAGAGCTTCTGGACTCCTGGACTCAGGGTTCCTGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GATGCACTGGCAGCAGAGCTTCTGGACTCCTGGACTCAGGGTTCCTG-AA  899

seq1  GTAGACAATCTCATTCATCTGCTTATGAAGCCAGGGAGCTGATTGTAGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGACAATCTCATTCATCTGCTTATGAAGCCAGGGAGCTGATTGTAGAA  949

seq1  TTTGCCTAGAGACTTCCTTTACCCTGAGACAGACTAGAAGGTGAAATGAA  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |
seq2  TTTGCCTAGAGACTTCCTTTA-CCTGAGACAGACTAGA--GTGAAATG-A  995

seq1  TACTGC-AAAGGGGTATTTTTTCTTCTATATTCCCTTGCTTTCTCTTTCA  1049
      |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  TACTGCAAAAGGGGTATTTTTTCTTCTATAT--CCTTGCTTTCTCTTTCA  1043

seq1  GAACTTCATTACTGAGTTACCATGTTACCACACAAGGGTTTCCTTGTAGC  1099
      || ||||| ||||||||   ||||| ||||||||||| ||||  ||||||
seq2  GACCTTCA-TACTGAGT--ACATGTAACCACACAAGGCTTTC--TGTAGC  1088

seq1  TTTCTAGACTGTTTGGAACAAGA-TCTCTTCAAACATAAAACAGCA  1144
      |||||||||||||  ||||| || |||||||||| |  ||||||||
seq2  TTTCTAGACTGTT--GAACAGGATTCTCTTCAAA-ACTAAACAGCA  1131


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |