BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268E23
Chromosome16 (Build37)
Map Location 28,537,498 - 28,666,535
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFgf12
Upstream genenone
Downstream gene1600021P15Rik, EG666717, Hrasls, Atp13a5, Atp13a4, Opa1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268E23.bB6Ng01-268E23.g
ACCGA071203GA071204
length1,172713
definitionB6Ng01-268E23.b B6Ng01-268E23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,665,376 - 28,666,535)(28,537,498 - 28,538,210)
sequence
gaattcctaagccatattggtcaaacatgcgggtggaggaagtgatgctg
ggatgtaagagaagctactgacaatgaacatcacctgttgtcccagtaac
agccactatgtttaattctgggctaattactctaacttagaagccgtgga
atgaagcagggactctttcccaggttgagggagatgagtattcagagggt
ccaacctacaacatgatttagattggagttagaaaaaattgagtcttcat
tttatgatttatactcaagtgaaaaatctgaaatttatgaatatttctct
agtggtgagtttgggtttcacaaaatttaaatttacttataacctaaaca
caagacttatttgggataggggtttaccacagtttggccttagctcttaa
ttcattgactggtacacttgttagaaaaggacacagagaaaacattatgt
gaagatgaaggcagagattgaatgatatgcctgcaagcctagggcaccag
aaatgtgtagcaatttccagaagccagaagctgggtacagaacaaattcc
ctttcatagcttctagggtcgtggttctcaaacttcctagtgctttgacc
ctttataactgttgttttgctaattatgaatcataatataaatatctgat
atgtgacttccaaaggggctgtgacccacaggttgagaatctctgctcta
ggaggcaccaattctgccaacattttgtttcctatttggatttttcgata
gttgggataggatacagttttgttgttttaagatgtccaatttgtggcat
ttgtcatggtagttctgggaaatgaatacagtttcaaaccctattttcct
tcattttaagaaaggaatgacaattctcacttgagttttgtcaagaacta
aattaatagagactcgctagttacaaagtactctgcaaatatttacagtt
ataaacaaacatttcctaggattctaaatgcctaatagagtctgagagca
gactggggtattccgtaaaattattctattaccttacgcctaccatgaca
tggggagagacaccatggaagggaattaagggaaaccatcctaatcttat
tataaacatctttgattcctgaacaaaagaagccaacccactgcttcata
atttactcaatggagaataaaa

gaattcttcccagaaaacaaagaattgacttgaatgtcaaagttagagat
tccagaggaaggaattataaaaccaccaggccttagtgcagaaagaagtc
cagcatggctgaggaaataaagatgtgagtaagaaacagcagggagagca
ttcccagcggactgtgcagggagacaagagtgtcttcagaggctgggctg
acttacaaagggcttgcaattttactctgggtaagtgggataccagtgag
ggatagagcaacatagaaacacaaagatgccagctaatttacacttgaaa
atatcagactgaaatgagctaatgtgtcgcatgtaccaatgatgtacaaa
cacagcagactcaacgatggtcagtaatacagtctcttctcctgtgagcc
aacactgcctgagagagagccacagaaaagggattacttatttaagggtt
ttatatttggcttttctaccaagttgaaagactttacctaaaatgtctat
tatcggagtctctggggattaaaatggaattctagaagatccagtgatgt
tgaacttgcattcctgcctagaaccaacttcctggaaccaggaacacctg
ctccatttctccacttggaaagatccttaatcatacatttgtcacagcaa
ctatcccaagccaaggcaccactccatgtcatccactgttatcactccaa
ggtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_28665376_28666535
seq2: B6Ng01-268E23.b_49_1220 (reverse)

seq1  TTTTA-TCTCCATTGAGTAAA-TATG-AGCAGTGTGTTG--CTCTTTTGT  45
      ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||   ||||||| 
seq2  TTTTATTCTCCATTGAGTAAATTATGAAGCAGTGGGTTGGCTTCTTTTG-  49

seq1  TTCAAGAATC-AAGATG-TTATAATAAGATTA-GATGGTTT-CCTTAATT  91
      |||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  TTCAGGAATCAAAGATGTTTATAATAAGATTAGGATGGTTTCCCTTAATT  99

seq1  CC--TTCATGGTGTCTTCTCCCATGTCATGGTAGGCGTAAGGT-ATAGAA  138
      ||  | ||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCCTTCCATGGTGTCTCTCCCCATGTCATGGTAGGCGTAAGGTAATAGAA  149

seq1  TATTTTTACGG-ATA-CCCAGTCTGCTCTCAGACTCTATTAGGCATTTTA  186
      || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAATTTTACGGAATACCCCAGTCTGCTCTCAGACTCTATTAGGCA-TTTA  198

seq1  GAATCCTAGGAAATGTTTGTTTATAACTGTAAATATTTGCAGAGTACTTT  236
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCTAGGAAATGTTTGTTTATAACTGTAAATATTTGCAGAGTACTTT  248

seq1  GTAACTAGCGAGTCTCTATTAATTTAGTTCTTGACAAAACTCAAGTGAGA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTAGCGAGTCTCTATTAATTTAGTTCTTGACAAAACTCAAGTGAGA  298

seq1  ATTGTCATTCCTTTCTTAAAATGAAGGAAAATAGGGTTTGAAACTGTATT  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCATTCCTTTCTTAAAATGAAGGAAAATAGGGTTTGAAACTGTATT  348

seq1  CATTTCCCAGAACTACCATGACAAATGCCACAAATTGGACATCTTAAAAC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCCAGAACTACCATGACAAATGCCACAAATTGGACATCTTAAAAC  398

seq1  AACAAAACTGTATCCTATCCCAACTATCGAAAAATCCAAATAGGAAACAA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACTGTATCCTATCCCAACTATCGAAAAATCCAAATAGGAAACAA  448

seq1  AATGTTGGCAGAATTGGTGCCTCCTAGAGCAGAGATTCTCAACCTGTGGG  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTGGCAGAATTGGTGCCTCCTAGAGCAGAGATTCTCAACCTGTGGG  498

seq1  TCACAGCCCCTTTGGAAGTCACATATCAGATATTTATATTATGATTCATA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCCCCTTTGGAAGTCACATATCAGATATTTATATTATGATTCATA  548

seq1  ATTAGCAAAACAACAGTTATAAAGGGTCAAAGCACTAGGAAGTTTGAGAA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCAAAACAACAGTTATAAAGGGTCAAAGCACTAGGAAGTTTGAGAA  598

seq1  CCACGACCCTAGAAGCTATGAAAGGGAATTTGTTCTGTACCCAGCTTCTG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGACCCTAGAAGCTATGAAAGGGAATTTGTTCTGTACCCAGCTTCTG  648

seq1  GCTTCTGGAAATTGCTACACATTTCTGGTGCCCTAGGCTTGCAGGCATAT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGGAAATTGCTACACATTTCTGGTGCCCTAGGCTTGCAGGCATAT  698

seq1  CATTCAATCTCTGCCTTCATCTTCACATAATGTTTTCTCTGTGTCCTTTT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAATCTCTGCCTTCATCTTCACATAATGTTTTCTCTGTGTCCTTTT  748

seq1  CTAACAAGTGTACCAGTCAATGAATTAAGAGCTAAGGCCAAACTGTGGTA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAAGTGTACCAGTCAATGAATTAAGAGCTAAGGCCAAACTGTGGTA  798

seq1  AACCCCTATCCCAAATAAGTCTTGTGTTTAGGTTATAAGTAAATTTAAAT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCTATCCCAAATAAGTCTTGTGTTTAGGTTATAAGTAAATTTAAAT  848

seq1  TTTGTGAAACCCAAACTCACCACTAGAGAAATATTCATAAATTTCAGATT  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGAAACCCAAACTCACCACTAGAGAAATATTCATAAATTTCAGATT  898

seq1  TTTCACTTGAGTATAAATCATAAAATGAAGACTCAATTTTTTCTAACTCC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTTGAGTATAAATCATAAAATGAAGACTCAATTTTTTCTAACTCC  948

seq1  AATCTAAATCATGTTGTAGGTTGGACCCTCTGAATACTCATCTCCCTCAA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAAATCATGTTGTAGGTTGGACCCTCTGAATACTCATCTCCCTCAA  998

seq1  CCTGGGAAAGAGTCCCTGCTTCATTCCACGGCTTCTAAGTTAGAGTAATT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAAAGAGTCCCTGCTTCATTCCACGGCTTCTAAGTTAGAGTAATT  1048

seq1  AGCCCAGAATTAAACATAGTGGCTGTTACTGGGACAACAGGTGATGTTCA  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGAATTAAACATAGTGGCTGTTACTGGGACAACAGGTGATGTTCA  1098

seq1  TTGTCAGTAGCTTCTCTTACATCCCAGCATCACTTCCTCCACCCGCATGT  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGTAGCTTCTCTTACATCCCAGCATCACTTCCTCCACCCGCATGT  1148

seq1  TTGACCAATATGGCTTAGGAATTC  1160
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCAATATGGCTTAGGAATTC  1172


seq1: chr16_28537498_28538210
seq2: B6Ng01-268E23.g_64_776

seq1  GAATTCTTCCCAGAAAACAAAGAATTGACTTGAATGTCAAAGTTAGAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCCAGAAAACAAAGAATTGACTTGAATGTCAAAGTTAGAGAT  50

seq1  TCCAGAGGAAGGAATTATAAAACCACCAGGCCTTAGTGCAGAAAGAAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGGAAGGAATTATAAAACCACCAGGCCTTAGTGCAGAAAGAAGTC  100

seq1  CAGCATGGCTGAGGAAATAAAGATGTGAGTAAGAAACAGCAGGGAGAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGGCTGAGGAAATAAAGATGTGAGTAAGAAACAGCAGGGAGAGCA  150

seq1  TTCCCAGCGGACTGTGCAGGGAGACAAGAGTGTCTTCAGAGGCTGGGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGCGGACTGTGCAGGGAGACAAGAGTGTCTTCAGAGGCTGGGCTG  200

seq1  ACTTACAAAGGGCTTGCAATTTTACTCTGGGTAAGTGGGATACCAGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACAAAGGGCTTGCAATTTTACTCTGGGTAAGTGGGATACCAGTGAG  250

seq1  GGATAGAGCAACATAGAAACACAAAGATGCCAGCTAATTTACACTTGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGAGCAACATAGAAACACAAAGATGCCAGCTAATTTACACTTGAAA  300

seq1  ATATCAGACTGAAATGAGCTAATGTGTCGCATGTACCAATGATGTACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGACTGAAATGAGCTAATGTGTCGCATGTACCAATGATGTACAAA  350

seq1  CACAGCAGACTCAACGATGGTCAGTAATACAGTCTCTTCTCCTGTGAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAGACTCAACGATGGTCAGTAATACAGTCTCTTCTCCTGTGAGCC  400

seq1  AACACTGCCTGAGAGAGAGCCACAGAAAAGGGATTACTTATTTAAGGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGCCTGAGAGAGAGCCACAGAAAAGGGATTACTTATTTAAGGGTT  450

seq1  TTATATTTGGCTTTTCTACCAAGTTGAAAGACTTTACCTAAAATGTCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTGGCTTTTCTACCAAGTTGAAAGACTTTACCTAAAATGTCTAT  500

seq1  TATCGGAGTCTCTGGGGATTAAAATGGAATTCTAGAAGATCCAGTGATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGGAGTCTCTGGGGATTAAAATGGAATTCTAGAAGATCCAGTGATGT  550

seq1  TGAACTTGCATTCCTGCCTAGAACCAACTTCCTGGAACCAGGAACACCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTGCATTCCTGCCTAGAACCAACTTCCTGGAACCAGGAACACCTG  600

seq1  CTCCATTTCTCCACTTGGAAAGATCCTTAATCATACATTTGTCACAGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTTCTCCACTTGGAAAGATCCTTAATCATACATTTGTCACAGCAA  650

seq1  CTATCCCAAGCCAAGGCACCACTCCATGTCATCCACTGTTATCACTCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCCAAGCCAAGGCACCACTCCATGTCATCCACTGTTATCACTCCAA  700

seq1  GGTGTGTGTGTGT  713
      |||||||||||||
seq2  GGTGTGTGTGTGT  713


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |