BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272I05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 81,966,976 - 82,072,288
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNcam2, LOC621470, LOC435484, Pgk1-ps1
Downstream geneEG665260
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272I05.bB6Ng01-272I05.g
ACCGA074321GA074322
length1,1471,102
definitionB6Ng01-272I05.b B6Ng01-272I05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,071,132 - 82,072,288)(81,966,976 - 81,968,080)
sequence
gaattcctggattttttttcctttttcttaatgttacactacctcatttt
ggtgccacaaggctatctttagtgctgctaaccaattcagcagcctaaca
cagtcctgttactaactattttaaagttaatgttgagtacaaatatttta
tttgagcaggttctgtggttttaagtgaacttatattgaatctttaaaat
atcttattgtctcagtttttggttatatttcttctgaacagcttatgtta
atcacagtgtgacattttgttggaatggagtggagctaaaagtatctgtc
atcaaactgagcaattggaatttgctttcaattgttaccatagtttacca
ttgtaaatttacaaaatttataatatatttatctaagaggaggcatcaac
tcacatttgaagcttcaatgattacatagtattattttattagcaagata
taatagtttatcttgcatttatttttccttatatttgtaatgttacttca
tatttataaatatagttttattgtgactatgtcaatatatactttgaaac
ttgctgttattactgaaaattttaaacttggctttctttttttactgttt
atccattttatttccatgtctaggaatcttcctccatgttatgaacctgg
caggattgttaagatgcagattgtaaagttagctaacgatccaaggtggt
catttttactactaatgccaaaaataatctttcatgatcactatcaagtt
atgaacatctgttgtcttcctctaatcttttaaaaattactttctagttg
tcattctcctctaagtctccacaattctttatcccattcctcttccctct
gacctctgcccaccccccaatgagacatctctcttctctagggcctaaag
tctctccaggagaaagcacatcttctcccattgaggacacaccaggcaga
cctttgctacgtatgggccagggtctttggaccagcctgtggtcctgctg
gtggctcagtcttctaggagtccctggtgtctggtagttttctgatgatg
cattacacctagtcaattatttgccaatggtgatttgggtggcatcgtac
cactctttattattaaacgattcgaacatattcttttcatacaattt

gaattctgaaatgtgtattactgatccctaagtgggctagttacatgtgt
actagtgctttcaaaggggagaatagaaagcttaaaaagcagtagtgaca
atacagatgctgcttagctgacaaggacttgatggacaagcattgcttag
agacaaatgtaattgcttgtttcaacccgtgggcgcaggaggaggtcaca
gacattttaggtttatgcttaaatcaaggctagtcctgaagcacagaaga
gcctttcccctttcatgtacctgttacacttgttccataaaataaagtga
ctctttcattctattaatcactgacttatatttagtataaacaacttcat
ttaaacaatatatcccttgtgatgtaagggattaacattataaacgttga
tagcaaaaagtactattattaatgctaataattcatattaactcaacaat
taatatattaatttacaaagaagacaattacagtataacctaactcttca
ataagaagagaaaattgtatattgactataagaatttctacaacttggaa
gtaggactacacagggtattttcaaaatagcatcatctaatatatatata
ctgtcatagggctagtttctgtcaaagtctattataaatataatttagta
ttgaaccactttaaagtaactctaacttcaggattacataattccaccca
cttggtagggataatttttagattattgaatctatcaattgaaacatgtg
gcttcaaacatcttggaatgatgaaaggttgccaaggtcatgaagtgttt
tatcagtagaaattgcatgtgtaccacagagatttgctgtcagagttaat
ttttctctctgaataaccatgagaaatcatttaaatattttactttgtca
ttactgtgttgcagagaatcataaagaacccataacagctctactttggg
gcatttcacagaggttatagactaacatccatcgttgctaaataacactt
gttactaatcacacactgtcaggtcatgtgtctgaatattgctgtataat
tttcctcacatagtcatgaaaatgtgaagatgcatatactaatacaggtc
ag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_82071132_82072288
seq2: B6Ng01-272I05.b_44_1190 (reverse)

seq1  AAATTTGGTATGGAAAAAGAATATGTTTGGATCGTTTTAAATAATAAAAG  50
      |||||  |||||  ||||||||||||| | |||||||  |||||| ||||
seq2  AAATT--GTATG--AAAAGAATATGTTCGAATCGTTT--AATAAT-AAAG  43

seq1  AGTGGTACCGATGC--ACCAAATCA-CATTGGCAAATAATTTTGACTA-G  96
      ||||||| ||||||   |||||||| |||||||||||||  ||||||| |
seq2  AGTGGTA-CGATGCCACCCAAATCACCATTGGCAAATAA--TTGACTAGG  90

seq1  TGTAATTGCATCATCAGAAAACTAACCAAGACCACAGGGAACTCCTAG-A  145
      ||||| ||||||||||||||||||  | ||||  ||||| |||||||| |
seq2  TGTAA-TGCATCATCAGAAAACTA--CCAGACACCAGGG-ACTCCTAGAA  136

seq1  GACTGAGCCACCAAGCAGGACCACAGGCTGGTCCAAAGACCCTGGCCCAT  195
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGCCACC-AGCAGGACCACAGGCTGGTCCAAAGACCCTGGCCCAT  185

seq1  ACGTAGCAAAGGTCTGCCTGGTGTGTCCTCAATGGGAGAAGATGTGCTTT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAGCAAAGGTCTGCCTGGTGTGTCCTCAATGGGAGAAGATGTGCTTT  235

seq1  CTCCTGGAGAGACTTTAGGCCCTAGAGAAGAGAGATGTCTCATTGGGGGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGAGAGACTTTAGGCCCTAGAGAAGAGAGATGTCTCATTGGGGGG  285

seq1  TGGGCAGAGGTCAGAGGGAAGAGGAATGGGATAAAGAATTGTGGAGACTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGAGGTCAGAGGGAAGAGGAATGGGATAAAGAATTGTGGAGACTT  335

seq1  AGAGGAGAATGACAACTAGAAAGTAATTTTTAAAAGATTAGAGGAAGACA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAGAATGACAACTAGAAAGTAATTTTTAAAAGATTAGAGGAAGACA  385

seq1  ACAGATGTTCATAACTTGATAGTGATCATGAAAGATTATTTTTGGCATTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGTTCATAACTTGATAGTGATCATGAAAGATTATTTTTGGCATTA  435

seq1  GTAGTAAAAATGACCACCTTGGATCGTTAGCTAACTTTACAATCTGCATC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAAAAATGACCACCTTGGATCGTTAGCTAACTTTACAATCTGCATC  485

seq1  TTAACAATCCTGCCAGGTTCATAACATGGAGGAAGATTCCTAGACATGGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAATCCTGCCAGGTTCATAACATGGAGGAAGATTCCTAGACATGGA  535

seq1  AATAAAATGGATAAACAGTAAAAAAAGAAAGCCAAGTTTAAAATTTTCAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATGGATAAACAGTAAAAAAAGAAAGCCAAGTTTAAAATTTTCAG  585

seq1  TAATAACAGCAAGTTTCAAAGTATATATTGACATAGTCACAATAAAACTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAACAGCAAGTTTCAAAGTATATATTGACATAGTCACAATAAAACTA  635

seq1  TATTTATAAATATGAAGTAACATTACAAATATAAGGAAAAATAAATGCAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATAAATATGAAGTAACATTACAAATATAAGGAAAAATAAATGCAA  685

seq1  GATAAACTATTATATCTTGCTAATAAAATAATACTATGTAATCATTGAAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAACTATTATATCTTGCTAATAAAATAATACTATGTAATCATTGAAG  735

seq1  CTTCAAATGTGAGTTGATGCCTCCTCTTAGATAAATATATTATAAATTTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAATGTGAGTTGATGCCTCCTCTTAGATAAATATATTATAAATTTT  785

seq1  GTAAATTTACAATGGTAAACTATGGTAACAATTGAAAGCAAATTCCAATT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTTACAATGGTAAACTATGGTAACAATTGAAAGCAAATTCCAATT  835

seq1  GCTCAGTTTGATGACAGATACTTTTAGCTCCACTCCATTCCAACAAAATG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTTTGATGACAGATACTTTTAGCTCCACTCCATTCCAACAAAATG  885

seq1  TCACACTGTGATTAACATAAGCTGTTCAGAAGAAATATAACCAAAAACTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTGTGATTAACATAAGCTGTTCAGAAGAAATATAACCAAAAACTG  935

seq1  AGACAATAAGATATTTTAAAGATTCAATATAAGTTCACTTAAAACCACAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAATAAGATATTTTAAAGATTCAATATAAGTTCACTTAAAACCACAG  985

seq1  AACCTGCTCAAATAAAATATTTGTACTCAACATTAACTTTAAAATAGTTA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGCTCAAATAAAATATTTGTACTCAACATTAACTTTAAAATAGTTA  1035

seq1  GTAACAGGACTGTGTTAGGCTGCTGAATTGGTTAGCAGCACTAAAGATAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACAGGACTGTGTTAGGCTGCTGAATTGGTTAGCAGCACTAAAGATAG  1085

seq1  CCTTGTGGCACCAAAATGAGGTAGTGTAACATTAAGAAAAAGGAAAAAAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGGCACCAAAATGAGGTAGTGTAACATTAAGAAAAAGGAAAAAAA  1135

seq1  ATCCAGGAATTC  1157
      ||||||||||||
seq2  ATCCAGGAATTC  1147


seq1: chr16_81966976_81968080
seq2: B6Ng01-272I05.g_66_1167

seq1  GAATTCTGAAATGTGTATTACTGATCCCTAAGTGGGCTAGTTACATGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAAATGTGTATTACTGATCCCTAAGTGGGCTAGTTACATGTGT  50

seq1  ACTAGTGCTTTCAAAGGGGAGAATAGAAAGCTTAAAAAGCAGTAGTGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTGCTTTCAAAGGGGAGAATAGAAAGCTTAAAAAGCAGTAGTGACA  100

seq1  ATACAGATGCTGCTTAGCTGACAAGGACTTGATGGACAAGCATTGCTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGATGCTGCTTAGCTGACAAGGACTTGATGGACAAGCATTGCTTAG  150

seq1  AGACAAATGTAATTGCTTGTTTCAACCCGTGGGCGCAGGAGGAGGTCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAATGTAATTGCTTGTTTCAACCCGTGGGCGCAGGAGGAGGTCACA  200

seq1  GACATTTTAGGTTTATGCTTAAATCAAGGCTAGTCCTGAAGCACAGAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTTAGGTTTATGCTTAAATCAAGGCTAGTCCTGAAGCACAGAAGA  250

seq1  GCCTTTCCCCTTTCATGTACCTGTTACACTTGTTCCATAAAATAAAGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCCCCTTTCATGTACCTGTTACACTTGTTCCATAAAATAAAGTGA  300

seq1  CTCTTTCATTCTATTAATCACTGACTTATATTTAGTATAAACAACTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCATTCTATTAATCACTGACTTATATTTAGTATAAACAACTTCAT  350

seq1  TTAAACAATATATCCCTTGTGATGTAAGGGATTAACATTATAAACGTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACAATATATCCCTTGTGATGTAAGGGATTAACATTATAAACGTTGA  400

seq1  TAGCAAAAAGTACTATTATTAATGCTAATAATTCATATTAACTCAACAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAAAAGTACTATTATTAATGCTAATAATTCATATTAACTCAACAAT  450

seq1  TAATATATTAATTTACAAAGAAGACAATTACAGTATAACCTAACTCTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATATTAATTTACAAAGAAGACAATTACAGTATAACCTAACTCTTCA  500

seq1  ATAAGAAGAGAAAATTGTATATTGACTATAAGAATTTCTACAACTTGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAGAGAAAATTGTATATTGACTATAAGAATTTCTACAACTTGGAA  550

seq1  GTAGGACTACACAGGGTATTTTCAAAATAGCATCATCTAATATATATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGACTACACAGGGTATTTTCAAAATAGCATCATCTAATATATATATA  600

seq1  CTGTCATAGGGCTAGTTTCTGTCAAAGTCTATTATAAATATAATTTAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATAGGGCTAGTTTCTGTCAAAGTCTATTATAAATATAATTTAGTA  650

seq1  TTGAACCACTTTAAAGTAACTCTAACTTCAGGATTACATAATTCCACCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACCACTTTAAAGTAACTCTAACTTCAGGATTACATAATTCCACCCA  700

seq1  CTTGGTAGGGATAATTTTTAGATTATTGAATCTATCAATTGAAACATGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTAGGGATAATTTTTAGATTATTGAATCTATCAATTGAAACATGTG  750

seq1  GCTTCAAACATCTTGGAATGATGAAAGGTTGCCAAGGTCATGAAGTGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAAACATCTTGGAATGATGAAAGGTTGCCAAGGTCATGAAGTGTTT  800

seq1  TATCAGTAGAAATTGCATGTGTACCACAGAGATTTGCTGTCAGAGTTAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGTAGAAATTGCATGTGTACCACAGAGATTTGCTGTCAGAGTTAAT  850

seq1  TTTTCTCTCTGAATAACCATGAGAAATCATTTAAATATTTTACTTTGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTCTGAATAACCATGAGAAATCATTTAAATATTTTACTTTGTCA  900

seq1  TTACTGTGTTGCAGAGAATCATAAAGAACCCATAACAGCTCTACTTTGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTGTTGCAGAGAATCATAAAGAACCCATAACAGCTCTACTTTGGG  950

seq1  GCATTTCACAGAGGTTATAGACTAACATCCATCGTTGCTAAATAACACTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCACAGAGGTTATAGACTAACATCCATCGTTGCTAAATAACACTT  1000

seq1  GTTAACTAATCACACACTGTCAGGTCATGTGTCTGAATAATTTGCTGTAT  1050
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  GTT-ACTAATCACACACTGTCAGGTCATGTGTCTGAATA--TTGCTGTAT  1047

seq1  AATTTT-CTCACATTAGTCAAATGAAAATGTG-AGATGCATATACTATTA  1098
      |||||| |||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  AATTTTCCTCACA-TAGTC--ATGAAAATGTGAAGATGCATATACTAATA  1094

seq1  CA-GTCAG  1105
      || |||||
seq2  CAGGTCAG  1102


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |