BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273B11
Chromosome16 (Build37)
Map Location 56,313,375 - 56,427,043
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC672835
Upstream geneNfkbiz, Gm1752, Lrriq2, EG667966, LOC629242, Rpl24, Zbtb11, Pcnp, Rg9mtd1, Senp7, Impg2
Downstream geneAbi3bp, Tfg, Gpr128, Tmem45a, LOC668026, LOC668036, 2310005G13Rik, Tomm70a, Nit2, Tbc1d23, Tmem30c, 2610528E23Rik, 4631422O05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273B11.bB6Ng01-273B11.g
ACCGA074751GA074752
length1,1651,149
definitionB6Ng01-273B11.b B6Ng01-273B11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,425,885 - 56,427,043)(56,313,375 - 56,314,533)
sequence
gaattcaacttctgtctctgtgtagcaattggagtgagtggtatttgttc
tttcccacctggcttctgttacttagaatagtgtcttccaggttcatttg
tgctttttgtccttttcaaattactaattgctgctatgtaagaagcctaa
tagttatttattctttctacctcctaaaaaatagttttatattgcatata
tatatatgcatattcatgatataaatatcaaaaagtgtgcctctttacaa
tccttatatatcttgctgcactcacctgatcagaaggagcaactggatat
ccttctctttctcatattaatggatgtatttataaagctattccatttgt
gttcatatatatttatataatgacatttttagaatcatgcaagagtaaac
atttccccattatttttagtttttctaagcttttatgttatgaacaaata
atgatacactgtaaacacattattatatcgatataaaatagcttatatat
ctttatatactttatatgcatataaatttgtagctttagtttttatatat
ttagtatttcccatatttcctttcatctgttatcttagtgcttatagaag
taaattctaaaatagagctatctctaccttctgaatggtgccttagcagg
tatcagtgggtgtatgttatgctagtattggttcactaagtttatatact
aaatctctctccatccctctttctcccctctccctatctctagttgaagc
attgtattggtttccttttgttaccataacagataaccacaaattcagtg
actaacagcaatataagttgattatctctgaggattctgagcttccaaca
aaccaataaacaaaccaatccttggggtgaattccgctttagagtctctg
agggagagtcattttcttgttctccaccttctggaggccagtcttactct
atgagcttgattccagtccatgttcaaagtcaaccttgtctgatagggtc
catattacgtagtgtcccctccacctctgctatcctcatcatccacttgt
agagatgccttgcatgccctgggtcaatttgtccagcccaggattcccct
actgctttagagacctggattattaacatcttagtctcttctacccagtt
gaggttctctccgtt
gaattcccttataagagtattttttgttatggcttttattttggttttaa
ttatttgagatgagagttttgatgaggaattgtctagatcaaatttgcca
gtggatatgtcagtggcagactatcttcattgctttaactgacatgagaa
gaactgcccatggtaggaagggctgttctcagagcttgggtcctggactg
tatatgtgtagagaaggggctgcataagtaaacgtgcaaacatttactct
ctttctgtgtagactgtggatgtgaccagctgccttgacttcctagcaac
aatggactgtaacctggaaccatgagctgaaataaaccatttttagccta
agctgttctttgtcaagataacttgatcacagcaaccgaaatgaagctca
aatacctggtaacctaattactgctgagaagacatgagggacaaagcaat
tggttaaatagaagatgctcctatggaacttagaagagcataccaaatac
aaacaggatctaatgtagtttaagtatttacactcatgaattctttttta
agtacaaatattgtgtagccatgatttttcactattaatgataaggtttg
tatttcttgatctgttcccctttaatttataaaacattcattggcaaaaa
ggcttttaattttcctagaaatcactgatcaggtttgcacttttgatgcc
taggagtatttataatgcagatatatagaaatgtgtcattggctgcattg
tcctaggggtctttaaatgtgtgtggctaagttgacagccaaaatctgtg
ccagagaaagaactcaatttcgcatgtagttgtcacacatgatgtggaca
cgaggcccttgatggatggggatgatgccagtggcttatatcttacatct
cttttggcacagtgtccaggtgagtcccattataggaacacaccatttcc
tacctttttccaggaccaagatgcatggggaaagtctgaaattagagagc
tgagttcagcctttgctctataccctactagcagcttgagaggagtctcc
ttgactgagcctctagtgtctcataaaaatatagtaggacattctacttc
atgtatcttaccgattggagaaggtgaccacgcaacctcagtaaattcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_56425885_56427043
seq2: B6Ng01-273B11.b_50_1214 (reverse)

seq1  AACGGAGAGAACCTTAAATTGGTAGAGAGA-ATTAAGATGT--ATAATCC  47
      |||||||||||||| || | |||||| ||| | ||||||||  |||||||
seq2  AACGGAGAGAACCTCAACTGGGTAGA-AGAGACTAAGATGTTAATAATCC  49

seq1  AGTTCTCTTAAAGCAGGTAGGGAAT-CTTGGCTGAACAAATGGA-CCAGT  95
      || |||| ||||||||   |||||| || ||||| |||||| || |||| 
seq2  AGGTCTC-TAAAGCAGTAGGGGAATCCTGGGCTGGACAAATTGACCCAGG  98

seq1  GCATTGCAA-GCATCTCTACAAGTGGATGATGAGATAAGCAGA-GTG--A  141
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||| |||   
seq2  GCA-TGCAAGGCATCTCTACAAGTGGATGATGAGGATAGCAGAGGTGGAG  147

seq1  GTGACACTACGTAATATGGACCCTATCAGACAAGGTTGACTTTGAACATG  191
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACTACGTAATATGGACCCTATCAGACAAGGTTGACTTTGAACATG  197

seq1  GACTGGAATCAAGCTCATAGAGTAAGACTGGCCTCCAGAAGGTGGAGAAC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGAATCAAGCTCATAGAGTAAGACTGGCCTCCAGAAGGTGGAGAAC  247

seq1  AAGAAAATGACTCTCCCTCAGAGACTCTAAAGCGGAATTCACCCCAAGGA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATGACTCTCCCTCAGAGACTCTAAAGCGGAATTCACCCCAAGGA  297

seq1  TTGGTTTGTTTATTGGTTTGTTGGAAGCTCAGAATCCTCAGAGATAATCA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTGTTTATTGGTTTGTTGGAAGCTCAGAATCCTCAGAGATAATCA  347

seq1  ACTTATATTGCTGTTAGTCACTGAATTTGTGGTTATCTGTTATGGTAACA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATATTGCTGTTAGTCACTGAATTTGTGGTTATCTGTTATGGTAACA  397

seq1  AAAGGAAACCAATACAATGCTTCAACTAGAGATAGGGAGAGGGGAGAAAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAACCAATACAATGCTTCAACTAGAGATAGGGAGAGGGGAGAAAG  447

seq1  AGGGATGGAGAGAGATTTAGTATATAAACTTAGTGAACCAATACTAGCAT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGGAGAGAGATTTAGTATATAAACTTAGTGAACCAATACTAGCAT  497

seq1  AACATACACCCACTGATACCTGCTAAGGCACCATTCAGAAGGTAGAGATA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACACCCACTGATACCTGCTAAGGCACCATTCAGAAGGTAGAGATA  547

seq1  GCTCTATTTTAGAATTTACTTCTATAAGCACTAAGATAACAGATGAAAGG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTATTTTAGAATTTACTTCTATAAGCACTAAGATAACAGATGAAAGG  597

seq1  AAATATGGGAAATACTAAATATATAAAAACTAAAGCTACAAATTTATATG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGGGAAATACTAAATATATAAAAACTAAAGCTACAAATTTATATG  647

seq1  CATATAAAGTATATAAAGATATATAAGCTATTTTATATCGATATAATAAT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAAGTATATAAAGATATATAAGCTATTTTATATCGATATAATAAT  697

seq1  GTGTTTACAGTGTATCATTATTTGTTCATAACATAAAAGCTTAGAAAAAC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTACAGTGTATCATTATTTGTTCATAACATAAAAGCTTAGAAAAAC  747

seq1  TAAAAATAATGGGGAAATGTTTACTCTTGCATGATTCTAAAAATGTCATT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATAATGGGGAAATGTTTACTCTTGCATGATTCTAAAAATGTCATT  797

seq1  ATATAAATATATATGAACACAAATGGAATAGCTTTATAAATACATCCATT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATATATATGAACACAAATGGAATAGCTTTATAAATACATCCATT  847

seq1  AATATGAGAAAGAGAAGGATATCCAGTTGCTCCTTCTGATCAGGTGAGTG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAGAAAGAGAAGGATATCCAGTTGCTCCTTCTGATCAGGTGAGTG  897

seq1  CAGCAAGATATATAAGGATTGTAAAGAGGCACACTTTTTGATATTTATAT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGATATATAAGGATTGTAAAGAGGCACACTTTTTGATATTTATAT  947

seq1  CATGAATATGCATATATATATATGCAATATAAAACTATTTTTTAGGAGGT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATATGCATATATATATATGCAATATAAAACTATTTTTTAGGAGGT  997

seq1  AGAAAGAATAAATAACTATTAGGCTTCTTACATAGCAGCAATTAGTAATT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAATAAATAACTATTAGGCTTCTTACATAGCAGCAATTAGTAATT  1047

seq1  TGAAAAGGACAAAAAGCACAAATGAACCTGGAAGACACTATTCTAAGTAA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGGACAAAAAGCACAAATGAACCTGGAAGACACTATTCTAAGTAA  1097

seq1  CAGAAGCCAGGTGGGAAAGAACAAATACCACTCACTCCAATTGCTACACA  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCCAGGTGGGAAAGAACAAATACCACTCACTCCAATTGCTACACA  1147

seq1  GAGACAGAAGTTGAATTC  1159
      ||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGAAGTTGAATTC  1165

seq1: chr16_56313375_56314533
seq2: B6Ng01-273B11.g_68_1216

seq1  GAATTCCCTTATAAGAGTATTTTTTGTTATGGCTTTTATTTTGGTTTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTATAAGAGTATTTTTTGTTATGGCTTTTATTTTGGTTTTAA  50

seq1  TTATTTGAGATGAGAGTTTTGATGAGGAATTGTCTAGATCAAATTTGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGAGATGAGAGTTTTGATGAGGAATTGTCTAGATCAAATTTGCCA  100

seq1  GTGGATATGTCAGTGGCAGACTATCTTCATTGCTTTAACTGACATGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATATGTCAGTGGCAGACTATCTTCATTGCTTTAACTGACATGAGAA  150

seq1  GAACTGCCCATGGTAGGAAGGGCTGTTCTCAGAGCTTGGGTCCTGGACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGCCCATGGTAGGAAGGGCTGTTCTCAGAGCTTGGGTCCTGGACTG  200

seq1  TATATGTGTAGAGAAGGGGCTGCATAAGTAAACGTGCAAACATTTACTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGTAGAGAAGGGGCTGCATAAGTAAACGTGCAAACATTTACTCT  250

seq1  CTTTCTGTGTAGACTGTGGATGTGACCAGCTGCCTTGACTTCCTAGCAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTGTAGACTGTGGATGTGACCAGCTGCCTTGACTTCCTAGCAAC  300

seq1  AATGGACTGTAACCTGGAACCATGAGCTGAAATAAACCATTTTTAGCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACTGTAACCTGGAACCATGAGCTGAAATAAACCATTTTTAGCCTA  350

seq1  AGCTGTTCTTTGTCAAGATAACTTGATCACAGCAACCGAAATGAAGCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTCTTTGTCAAGATAACTTGATCACAGCAACCGAAATGAAGCTCA  400

seq1  AATACCTGGTAACCTAATTACTGCTGAGAAGACATGAGGGACAAAGCAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCTGGTAACCTAATTACTGCTGAGAAGACATGAGGGACAAAGCAAT  450

seq1  TGGTTAAATAGAAGATGCTCCTATGGAACTTAGAAGAGCATACCAAATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAAATAGAAGATGCTCCTATGGAACTTAGAAGAGCATACCAAATAC  500

seq1  AAACAGGATCTAATGTAGTTTAAGTATTTACACTCATGAATTCTTTTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGATCTAATGTAGTTTAAGTATTTACACTCATGAATTCTTTTTTA  550

seq1  AGTACAAATATTGTGTAGCCATGATTTTTCACTATTAATGATAAGGTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAAATATTGTGTAGCCATGATTTTTCACTATTAATGATAAGGTTTG  600

seq1  TATTTCTTGATCTGTTCCCCTTTAATTTATAAAACATTCATTGGCAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTTGATCTGTTCCCCTTTAATTTATAAAACATTCATTGGCAAAAA  650

seq1  GGCTTTTAATTTTCCTAGAAATCACTGATCAGGTTTGCACTTTTGATGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTAATTTTCCTAGAAATCACTGATCAGGTTTGCACTTTTGATGCC  700

seq1  TAGGAGTATTTATAATGCAGATATATAGAAATGTGTCATTGGCTGCATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGTATTTATAATGCAGATATATAGAAATGTGTCATTGGCTGCATTG  750

seq1  TCCTAGGGGTCTTTAAATGTGTGTGGCTAAGTTGACAGCCAAAATCTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGGGTCTTTAAATGTGTGTGGCTAAGTTGACAGCCAAAATCTGTG  800

seq1  CCAGAGAAAGAACTCAATTTCGCATGTAGTTGTCACACATGATGTGGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAAAGAACTCAATTTCGCATGTAGTTGTCACACATGATGTGGACA  850

seq1  CGAGGCCCTTGATGGATGGGGATGATGCCAGTGGCTTATATCTTACATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGCCCTTGATGGATGGGGATGATGCCAGTGGCTTATATCTTACATCT  900

seq1  CTTTTGGCACAAGTGTCCAGGTGAGTCCCATTATAGGAACACACCA-TTC  949
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTTTTGGCAC-AGTGTCCAGGTGAGTCCCATTATAGGAACACACCATTTC  949

seq1  CTACCTTTTTCCAGGACCAAAGATGCATGGGGAAAGTCTGAAATTAGAAG  999
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTACCTTTTTCCAGGACC-AAGATGCATGGGGAAAGTCTGAAATTAG-AG  997

seq1  AGCTGAGTTCAAGCCTTTGCTCTATAACCTAACTAGGCAGCTTGAGAGGA  1049
      |||||||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||
seq2  AGCTGAGTTC-AGCCTTTGCTCTATACCCT-ACTA-GCAGCTTGAGAGGA  1044

seq1  GTCT-CTTGACTGAG-CTCTAGTGTCTTCATTAAAAAATATAGGTAAGAC  1097
      |||| |||||||||| |||||||||| ||||  ||||||||| ||| |||
seq2  GTCTCCTTGACTGAGCCTCTAGTGTC-TCAT--AAAAATATA-GTAGGAC  1090

seq1  A-TCTACATCATGTATCTTACAGGATTGAAGAGAGTGACAAAATGCAACC  1146
      | ||||| |||||||||||||  ||||| |||  |||||   | ||||||
seq2  ATTCTACTTCATGTATCTTAC-CGATTGGAGAAGGTGAC--CACGCAACC  1137

seq1  TCAGTAAAATTCC  1159
      ||||| |||||||
seq2  TCAGT-AAATTCC  1149