BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275I21
Chromosome16 (Build37)
Map Location 32,728,421 - 32,868,614
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMuc4, Muc20, 1700021K19Rik
Upstream geneDlg1, Mfi2, LOC677155, Pigz, 0610012G03Rik, Ncbp2, Senp5, Pak2, Pigx, 1500031L02Rik, Lrrc33, Bex6, Fbxo45, Wdr53, 2310010M20Rik, Rnf168, LOC666966, Ubxd7, Tm4sf19, 0610012D17Rik, Pcyt1a, Osta, Zdhhc19, LOC385820, Tfrc, Tnk2, ENSMUSG00000075265, LOC672302
Downstream geneFyttd1, Lrch3, EG625660, Iqcg, Rpl35a, Lmln, LOC638791, Osbpl11, Snx4, Zfp148, Slc12a8, 4632417D23Rik, Heg1, Muc13, Itgb5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275I21.bB6Ng01-275I21.g
ACCGA076563GA076564
length1,0351,129
definitionB6Ng01-275I21.b B6Ng01-275I21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,867,580 - 32,868,614)(32,728,421 - 32,729,569)
sequence
gaattcctgactgtcgttagttacatggagcttttaatcaaggttccctg
cccagggaaactcgcctagcacatcacgtgtacccaggttaggggagcct
gggattggatggggcagtgcatgccgggagaaggatggccttcgaagggc
tttttgggaattgtagttcttggagccggaagtgggggtggcaggggtag
agcggcagctgaggcagcagtccttgactctgtcgctgtcagggtgtagt
gcatggttctaagctcaccagccatggtgcctcccctctcttgagggtgc
tccgggtaccctggcggtcgaagcggcctggagcctctctctggccccga
gacggccttatagtccggatgcgtccggagggcgcgggaatggatcttgg
cggcggcgatggggagcgtctgctagagaagagcaggtgggctgggagcg
gctggcagtcggggctgcttgcgtgcgcgggagcacagggagacttggct
ggcatgacacgcagtgcggggcgcggcatcctgtagagctactgttcaag
tgacttgtttgggaagaatttccaagaggagggactggtggggcgtgtat
aaggacaagggaggagatgaatttagggacggtgagcaactgtgggtatg
attctttgagggccagggaagacagtgaagaaactaagatacaagactgc
cagaggagaggtggacattgagagtctgggagaaaggactgaggtgctgt
agtgagatttttataggccaaagtctatagataagagcagaaacaagatt
ggtgccctgcgttaaaacttgtgataacccagaccgattttaaaagggtg
ctaagatattctgggagctacggttttagattacaatggctcagcaaggt
taggaagagatgaatgtgggtgaggaggagagtagcccgtgggttaaaag
aaactgattgcactggtgtggggctccgctgaagggacagaaatcatgtg
catgtcctttgtccatgagatgctcgctgccctga
gaattccagaacagctgcctgccagatttcaagccctaaggaaatctggt
taggaattaactggctgtttctcttgggtacccagcctggcttgtgactc
cttgatttccaggaccagcccaggatgaaatgagtcacttgctggcatgc
actcctgtaagatcactaatcagctagagcactgtagtaggcaaatgatc
cctcccacaacttccatgtaatgacccaaacatttattcttccccaagtt
tatttaaggggtttgtactagactcccagaatgtcacctagagtctcaga
atgtggatttatttggaaatgtcttagaagatgttattggttatgtcaga
ctgatagatgagggtggaccctggcccagtgaccatgtgacatgtgacag
tgaaaaaagagatcagaggggtaagtgtaggagtatcaaggactgctgca
tgtcccaaaagctataggggcaaagatgggcctgggacaccctgattttt
gaccttatgttcccctaactgtgagagaacagctttctgtggcttgaagc
tgccaaatctgttacacggggaagctcatacagaggcctttgacccacct
ttattgatcttcctccatgctcagcaaacaagcactcattaaagtcacag
acccagaggcctctccatacatgtccctcccttctttcctagcttcccct
agacagtgaccctggcaatgcaaggtcttcttcttgtccctttcatcagt
ctctgcactagacatggtgcctgggacctggggctgggcagttaccggct
gttgggttgccaggctgacctctgtctaagttctgcttctaatgtacttg
ctaagaccccctgactctgcttctgctgtcgctttggcctctgggtcagc
cagtctgtctctctgtgtggagagagcaagcctcactccctagctgtcag
accactttcattgcttctgctctatgtctcctgtcctctcagatactttg
catcatttttctctagatcttcactgactagatcgagctaagtattcagt
cgagatgctgtattgtcatgcattatgctgaaggttcacccagggaggac
tttgtgactccacctgtccttgcctaacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_32867580_32868614
seq2: B6Ng01-275I21.b_46_1080 (reverse)

seq1  TCAGGGCAGC-AGCATCTCACTGACAAAGGACATGCACATGATTTCTGTC  49
      |||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGCAGCGAGCATCTCATGGACAAAGGACATGCACATGATTTCTGTC  50

seq1  CCTTCAGC-GAGCCCACAC-CCAGTGCAATCAGTTTCTTTTAACCCACGG  97
      |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGCGGAGCCC-CACACCAGTGCAATCAGTTTCTTTTAACCCACGG  99

seq1  GCCTACCTCTCCTCCTCACCCACATTCATCTCTTCCTAACCTTGCTGAGC  147
      | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-CTA-CTCTCCTCCTCACCCACATTCATCTCTTCCTAACCTTGCTGAGC  147

seq1  CATTGTAATCTAAAACCGTAGCTCCCAGAATATCTTAGCACCCTTTTAAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTAATCTAAAACCGTAGCTCCCAGAATATCTTAGCACCCTTTTAAA  197

seq1  ATCGGTCTGGGTTATCACAAGTTTTAACGCAGGGCACCAATCTTGTTTCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGTCTGGGTTATCACAAGTTTTAACGCAGGGCACCAATCTTGTTTCT  247

seq1  GCTCTTATCTATAGACTTTGGCCTATAAAAATCTCACTACAGCACCTCAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTATCTATAGACTTTGGCCTATAAAAATCTCACTACAGCACCTCAG  297

seq1  TCCTTTCTCCCAGACTCTCAATGTCCACCTCTCCTCTGGCAGTCTTGTAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCTCCCAGACTCTCAATGTCCACCTCTCCTCTGGCAGTCTTGTAT  347

seq1  CTTAGTTTCTTCACTGTCTTCCCTGGCCCTCAAAGAATCATACCCACAGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTTCTTCACTGTCTTCCCTGGCCCTCAAAGAATCATACCCACAGT  397

seq1  TGCTCACCGTCCCTAAATTCATCTCCTCCCTTGTCCTTATACACGCCCCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACCGTCCCTAAATTCATCTCCTCCCTTGTCCTTATACACGCCCCA  447

seq1  CCAGTCCCTCCTCTTGGAAATTCTTCCCAAACAAGTCACTTGAACAGTAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCCCTCCTCTTGGAAATTCTTCCCAAACAAGTCACTTGAACAGTAG  497

seq1  CTCTACAGGATGCCGCGCCCCGCACTGCGTGTCATGCCAGCCAAGTCTCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACAGGATGCCGCGCCCCGCACTGCGTGTCATGCCAGCCAAGTCTCC  547

seq1  CTGTGCTCCCGCGCACGCAAGCAGCCCCGACTGCCAGCCGCTCCCAGCCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTCCCGCGCACGCAAGCAGCCCCGACTGCCAGCCGCTCCCAGCCC  597

seq1  ACCTGCTCTTCTCTAGCAGACGCTCCCCATCGCCGCCGCCAAGATCCATT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTCTTCTCTAGCAGACGCTCCCCATCGCCGCCGCCAAGATCCATT  647

seq1  CCCGCGCCCTCCGGACGCATCCGGACTATAAGGCCGTCTCGGGGCCAGAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCGCCCTCCGGACGCATCCGGACTATAAGGCCGTCTCGGGGCCAGAG  697

seq1  AGAGGCTCCAGGCCGCTTCGACCGCCAGGGTACCCGGAGCACCCTCAAGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTCCAGGCCGCTTCGACCGCCAGGGTACCCGGAGCACCCTCAAGA  747

seq1  GAGGGGAGGCACCATGGCTGGTGAGCTTAGAACCATGCACTACACCCTGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGAGGCACCATGGCTGGTGAGCTTAGAACCATGCACTACACCCTGA  797

seq1  CAGCGACAGAGTCAAGGACTGCTGCCTCAGCTGCCGCTCTACCCCTGCCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGACAGAGTCAAGGACTGCTGCCTCAGCTGCCGCTCTACCCCTGCCA  847

seq1  CCCCCACTTCCGGCTCCAAGAACTACAATTCCCAAAAAGCCCTTCGAAGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACTTCCGGCTCCAAGAACTACAATTCCCAAAAAGCCCTTCGAAGG  897

seq1  CCATCCTTCTCCCGGCATGCACTGCCCCATCCAATCCCAGGCTCCCCTAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTTCTCCCGGCATGCACTGCCCCATCCAATCCCAGGCTCCCCTAA  947

seq1  CCTGGGTACACGTGATGTGCTAGGCGAGTTTCCCTGGGCAGGGAACCTTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTACACGTGATGTGCTAGGCGAGTTTCCCTGGGCAGGGAACCTTG  997

seq1  ATTAAAAGCTCCATGTAACTAACGACAGTCAGGAATTC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAGCTCCATGTAACTAACGACAGTCAGGAATTC  1035

seq1: chr16_32728421_32729569
seq2: B6Ng01-275I21.g_64_1192

seq1  GAATTCCAGAACAGCTGCCTGCCAGATTTCAAGCCCTAAGGAAATCTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAACAGCTGCCTGCCAGATTTCAAGCCCTAAGGAAATCTGGT  50

seq1  TAGGAATTAACTGGCTGTTTCTCTTGGGTACCCAGCCTGGCTTGTGACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATTAACTGGCTGTTTCTCTTGGGTACCCAGCCTGGCTTGTGACTC  100

seq1  CTTGATTTCCAGGACCAGCCCAGGATGAAATGAGTCACTTGCTGGCATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATTTCCAGGACCAGCCCAGGATGAAATGAGTCACTTGCTGGCATGC  150

seq1  ACTCCTGTAAGATCACTAATCAGCTAGAGCACTGTAGTAGGCAAATGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTGTAAGATCACTAATCAGCTAGAGCACTGTAGTAGGCAAATGATC  200

seq1  CCTCCCACAACTTCCATGTAATGACCCAAACATTTATTCTTCCCCAAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCACAACTTCCATGTAATGACCCAAACATTTATTCTTCCCCAAGTT  250

seq1  TATTTAAGGGGTTTGTACTAGACTCCCAGAATGTCACCTAGAGTCTCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAGGGGTTTGTACTAGACTCCCAGAATGTCACCTAGAGTCTCAGA  300

seq1  ATGTGGATTTATTTGGAAATGTCTTAGAAGATGTTATTGGTTATGTCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGATTTATTTGGAAATGTCTTAGAAGATGTTATTGGTTATGTCAGA  350

seq1  CTGATAGATGAGGGTGGACCCTGGCCCAGTGACCATGTGACATGTGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAGATGAGGGTGGACCCTGGCCCAGTGACCATGTGACATGTGACAG  400

seq1  TGAAAAAAGAGATCAGAGGGGTAAGTGTAGGAGTATCAAGGACTGCTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAAGAGATCAGAGGGGTAAGTGTAGGAGTATCAAGGACTGCTGCA  450

seq1  TGTCCCAAAAGCTATAGGGGCAAAGATGGGCCTGGGACACCCTGATTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCAAAAGCTATAGGGGCAAAGATGGGCCTGGGACACCCTGATTTTT  500

seq1  GACCTTATGTTCCCCTAACTGTGAGAGAACAGCTTTCTGTGGCTTGAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTATGTTCCCCTAACTGTGAGAGAACAGCTTTCTGTGGCTTGAAGC  550

seq1  TGCCAAATCTGTTACACGGGGAAGCTCATACAGAGGCCTTTGACCCACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAATCTGTTACACGGGGAAGCTCATACAGAGGCCTTTGACCCACCT  600

seq1  TTATTGATCTTCCTCCATGCTCAGCAAACAAGCACTCATTAAAGTCACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGATCTTCCTCCATGCTCAGCAAACAAGCACTCATTAAAGTCACAG  650

seq1  ACCCAGAGGCCTCTCCATACATGTCCCTCCCTTCTTTCCTAGCTTCCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAGGCCTCTCCATACATGTCCCTCCCTTCTTTCCTAGCTTCCCCT  700

seq1  AGACAGTGACCCTGGCAATGCAAGGTCTTCTTCTTGTCCCTTTCATCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTGACCCTGGCAATGCAAGGTCTTCTTCTTGTCCCTTTCATCAGT  750

seq1  CTCTGCACTAGACATGGTGCCTGGGACCTGGGGCTGGGCAGTTACCGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCACTAGACATGGTGCCTGGGACCTGGGGCTGGGCAGTTACCGGCT  800

seq1  GTTGGGTTGCCAGGCTGACCTCTGTCTAAGTTCTGCTTCTAATGTACTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGTTGCCAGGCTGACCTCTGTCTAAGTTCTGCTTCTAATGTACTTG  850

seq1  CTAAGACCCCCTGACTCTGCTTCTGCTGTCGCTTTGGCCTCTGGGTCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACCCCCTGACTCTGCTTCTGCTGTCGCTTTGGCCTCTGGGTCAGC  900

seq1  CAGTCTGTCTCTCTGTGTGGAGGAAGAGCAAGCCTCACTCCCTAGCTGTC  950
      ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTGTCTCTCTGTGTGGAG--AGAGCAAGCCTCACTCCCTAGCTGTC  948

seq1  AGACCACTTCCATTGCCTTCTGCTCTATGTCTCCTTGTTCCCTCTTCAGA  1000
      ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||  |||| |||||
seq2  AGACCACTTTCATTG-CTTCTGCTCTATGTCTCC-TGT--CCTC-TCAGA  993

seq1  TTACTTTTGCATCA-TTTTCTCTAGAATCTTCACCTGACTAAGGATCGAG  1049
       ||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||  |||||| 
seq2  -TAC-TTTGCATCATTTTTCTCTAG-ATCTTCA-CTGACTA--GATCGA-  1036

seq1  GCTAAGGTATTCAGTCGAGATGCCTGGTATTTGGTCATGCATTATGGCTG  1099
      ||||| |||||||||||||||||   |||||  |||||||||||| ||||
seq2  GCTAA-GTATTCAGTCGAGATGC--TGTATT--GTCATGCATTAT-GCTG  1080

seq1  AAAGTTCACCCAGGAAGGACTCTTGGTGGACTCCACCTGT-CTTG-CTAA  1147
      || ||||||||||| |||||| |||   |||||||||||| |||| ||||
seq2  AAGGTTCACCCAGGGAGGACT-TTG--TGACTCCACCTGTCCTTGCCTAA  1127

seq1  CC  1149
      ||
seq2  CC  1129