BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275J16
Chromosome16 (Build37)
Map Location 56,056,847 - 56,175,158
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSenp7
Upstream geneLOC436421, Zpld1, Nfkbiz, Gm1752, Lrriq2, EG667966, LOC629242, Rpl24, Zbtb11, Pcnp, Rg9mtd1
Downstream geneImpg2, LOC672835, Abi3bp, Tfg, Gpr128, Tmem45a, LOC668026, LOC668036, 2310005G13Rik, Tomm70a, Nit2, Tbc1d23
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275J16.bB6Ng01-275J16.g
ACCGA076599GA076600
length8281,127
definitionB6Ng01-275J16.b B6Ng01-275J16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,174,318 - 56,175,158)(56,056,847 - 56,057,961)
sequence
gaattcacccagaccaatagaacagtatctattcctaccagtgaaactgg
gcaaccttgtaattcatgagacagcagagacagtacctgatagagtcctt
ccttggtaatagcaatcagtttgttactctcactttaacaaacaataaac
atacccatatctttaaaaacaaaactcttgaaactaccacacaactttca
gataatgtaatcatgtctcagaaagctgaaacgcttcaagaaactaaaca
atattcaatcttccttaaaaaatgtcaaacatgcaaagctacaaagcatg
attcataaaaaagaaaaaaacagcacctaatgccaatccataatttacac
aggcagatagatagatagatagatagatagacagacagacaaatagatgt
cattagaattgtattcccatgtgaaagataaaataaactaaactgaattt
ctagagactttaaggtgtatgtctataaatttgtgataatgtgagatcct
gagcctttgggactagaataaaataaaattatgaataaaaatggcaatct
aaatgatagtaattttatttgagaaggcgctcttaaggtctaaaccacca
accaaggagtacacatggagggacccatgactccagccgcatatgtagca
gaagatagctttgttgggtatcaatgggaggagaaactcttggtcccatg
aaggctcaatgaatgccccagtgaaggggggaattcaagggcgggaaggc
aagagtggatgggtaggcgtacaacctcatagaagcaagaggagggagag
tgggatagagggtttctggggaaagggg
ctttttggttagcgcgaatttaaatttaggggggaaagatgaggctttgg
gcatctaagtggattgcttcaaaaacaaaaacagagcaaacaaattgtgt
cagataccttttactatataaacattacaattgctatgaggtgatcaaag
ggttattttagcccacacttgtgatattttgatccatgattaggtacctc
aggtatagaccatcaaagtggagaaggcaaagtgacagaagaatgagttg
gctggtcacagtgccttggtcacaaagcaaagagatgaattccactgctc
cgttcattgtctccttctattcagttgggccccagcctagagatgtccta
cccacattcgggtaaggctgtccctcttcagctaagcccttctgaaagca
ctttgaaagatgcattcaagccaggcgtggtggcgcatgcctttaatcct
agcacggctatacagagaaaccctgtctcaaaaaaccaaaaaaaaaaaaa
aaaaaaaaaaaaaagaaagaaagatgcattcagaagtgtgtttccatggt
gattctaaatccattcaggttgacagattaatcatcacagctggtttgca
caaaaatgcagtgctctttcaagtctcaaactcttttgtctattcaggtg
ctatgctgtaaaaacatagctttctgtgctaaaaataaaaaggatacagg
acatgtaaagcaaagaaccttgttaactagtgggttattttgtttagcta
ctgaacacataaagaaaatatttcctggtaatgaacactatacagtgtcc
ttttattctcttgcagattttttttttggtatgtgtgtatccagttgaag
aagagacaattatgaacgaatgaacgtcagtgggctggaaaacaaaaaca
gcacagacagataaagtgagtggagtgggctgagtaggggaagcaaggta
gacattattcttatagaataaaaagggagacatttttagaagcagtgtct
atgtagtcaactgctgtctaaaactggcaattctctgcctcgacttcatg
tagcaaagaataatagtcccacagcacaggactgttagaacaattctttg
tgtgtgtgccatggttattggttatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_56174318_56175158
seq2: B6Ng01-275J16.b_45_872 (reverse)

seq1  CCCCTTTCCAGATCCCCCTTCCCCAGAAACCCTCTATCCCACTCTCCCTC  50
                   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -------------CCCCTTTCCCCAGAAACCCTCTATCCCACTCTCCCTC  37

seq1  CTCTTGCTTCTATGAGGTTGTACGCCTACCCATCCACTCTTGCCTTCCCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCTTCTATGAGGTTGTACGCCTACCCATCCACTCTTGCCTTCCCG  87

seq1  CCCTTGAATTCCCCCCTTCACTGGGGCATTCATTGAGCCTTCATGGGACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGAATTCCCCCCTTCACTGGGGCATTCATTGAGCCTTCATGGGACC  137

seq1  AAGAGTTTCTCCTCCCATTGATACCCAACAAAGCTATCTTCTGCTACATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTTCTCCTCCCATTGATACCCAACAAAGCTATCTTCTGCTACATA  187

seq1  TGCGGCTGGAGTCATGGGTCCCTCCATGTGTACTCCTTGGTTGGTGGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGCTGGAGTCATGGGTCCCTCCATGTGTACTCCTTGGTTGGTGGTTT  237

seq1  AGACCTTAAGAGCGCCTTCTCAAATAAAATTACTATCATTTAGATTGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTTAAGAGCGCCTTCTCAAATAAAATTACTATCATTTAGATTGCCA  287

seq1  TTTTTATTCATAATTTTATTTTATTCTAGTCCCAAAGGCTCAGGATCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTCATAATTTTATTTTATTCTAGTCCCAAAGGCTCAGGATCTCA  337

seq1  CATTATCACAAATTTATAGACATACACCTTAAAGTCTCTAGAAATTCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATCACAAATTTATAGACATACACCTTAAAGTCTCTAGAAATTCAGT  387

seq1  TTAGTTTATTTTATCTTTCACATGGGAATACAATTCTAATGACATCTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTATTTTATCTTTCACATGGGAATACAATTCTAATGACATCTATT  437

seq1  TGTCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGCCTGTGTAAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGCCTGTGTAAATT  487

seq1  ATGGATTGGCATTAGGTGCTGTTTTTTTCTTTTTTATGAATCATGCTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATTGGCATTAGGTGCTGTTTTTTTCTTTTTTATGAATCATGCTTTG  537

seq1  TAGCTTTGCATGTTTGACATTTTTTAAGGAAGATTGAATATTGTTTAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTGCATGTTTGACATTTTTTAAGGAAGATTGAATATTGTTTAGTT  587

seq1  TCTTGAAGCGTTTCAGCTTTCTGAGACATGATTACATTATCTGAAAGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAGCGTTTCAGCTTTCTGAGACATGATTACATTATCTGAAAGTTG  637

seq1  TGTGGTAGTTTCAAGAGTTTTGTTTTTAAAGATATGGGTATGTTTATTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTAGTTTCAAGAGTTTTGTTTTTAAAGATATGGGTATGTTTATTGT  687

seq1  TTGTTAAAGTGAGAGTAACAAACTGATTGCTATTACCAAGGAAGGACTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAAAGTGAGAGTAACAAACTGATTGCTATTACCAAGGAAGGACTCT  737

seq1  ATCAGGTACTGTCTCTGCTGTCTCATGAATTACAAGGTTGCCCAGTTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGTACTGTCTCTGCTGTCTCATGAATTACAAGGTTGCCCAGTTTCA  787

seq1  CTGGTAGGAATAGATACTGTTCTATTGGTCTGGGTGAATTC  841
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAGGAATAGATACTGTTCTATTGGTCTGGGTGAATTC  828

seq1: chr16_56056847_56057961
seq2: B6Ng01-275J16.g_26_1127

seq1  TTAGGGGGGAAAGATGAGGCTTTGGGCATCTAAGTGGATTGCTTCAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGGGGAAAGATGAGGCTTTGGGCATCTAAGTGGATTGCTTCAAAAA  50

seq1  CAAAAACAGAGCAAACAAATTGTGTCAGATACCTTTTACTATATAAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACAGAGCAAACAAATTGTGTCAGATACCTTTTACTATATAAACAT  100

seq1  TACAATTGCTATGAGGTGATCAAAGGGTTATTTTAGCCCACACTTGTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTGCTATGAGGTGATCAAAGGGTTATTTTAGCCCACACTTGTGAT  150

seq1  ATTTTGATCCATGATTAGGTACCTCAGGTATAGACCATCAAAGTGGAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGATCCATGATTAGGTACCTCAGGTATAGACCATCAAAGTGGAGAA  200

seq1  GGCAAAGTGACAGAAGAATGAGTTGGCTGGTCACAGTGCCTTGGTCACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGTGACAGAAGAATGAGTTGGCTGGTCACAGTGCCTTGGTCACAA  250

seq1  AGCAAAGAGATGAATTCCACTGCTCCGTTCATTGTCTCCTTCTATTCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGAGATGAATTCCACTGCTCCGTTCATTGTCTCCTTCTATTCAGT  300

seq1  TGGGCCCCAGCCTAGAGATGTCCTACCCACATTCGGGTAAGGCTGTCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCCCAGCCTAGAGATGTCCTACCCACATTCGGGTAAGGCTGTCCCT  350

seq1  CTTCAGCTAAGCCCTTCTGAAAGCACTTTGAAAGATGCATTCAAGCCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCTAAGCCCTTCTGAAAGCACTTTGAAAGATGCATTCAAGCCAGG  400

seq1  CGTGGTGGCGCATGCCTTTAATCCTAGCACGGCTATACAGAGAAACCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGTGGCGCATGCCTTTAATCCTAGCACGGCTATACAGAGAAACCCTG  450

seq1  TCTCAAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAT  500

seq1  GCATTCAGAAGTGTGTTTCCATGGTGATTCTAAATCCATTCAGGTTGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCAGAAGTGTGTTTCCATGGTGATTCTAAATCCATTCAGGTTGACA  550

seq1  GATTAATCATCACAGCTGGTTTGCACAAAAATGCAGTGCTCTTTCAAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAATCATCACAGCTGGTTTGCACAAAAATGCAGTGCTCTTTCAAGTC  600

seq1  TCAAACTCTTTTGTCTATTCAGGTGCTATGCTGTAAAAACATAGCTTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTCTTTTGTCTATTCAGGTGCTATGCTGTAAAAACATAGCTTTCT  650

seq1  GTGCTAAAAATAAAAAGGATACAGGACATGTAAAGCAAAGAACCTTGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAAAAATAAAAAGGATACAGGACATGTAAAGCAAAGAACCTTGTTA  700

seq1  ACTAGTGGGTTATTTTGTTTAGCTACTGAACACATAAAGAAAATATTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTGGGTTATTTTGTTTAGCTACTGAACACATAAAGAAAATATTTCC  750

seq1  TGGTAATGAACACTATACAGTGTCCTTTTATTCTCTTGCAGA-TTTTTTT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGGTAATGAACACTATACAGTGTCCTTTTATTCTCTTGCAGATTTTTTTT  800

seq1  TTGGTATGTGTGTATCCAGTTGAAGAAGAGACAATTATGAACGAATGAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATGTGTGTATCCAGTTGAAGAAGAGACAATTATGAACGAATGAAC  850

seq1  GTCAGTGGGCTGGAAAACAAAAACAGCACAGACAGATAAAAGGTGAGTGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  GTCAGTGGGCTGGAAAACAAAAACAGCACAGACAGATAAA--GTGAGTGG  898

seq1  AGGTGGGCTGAGTAGGGGGAAGCAAGGTAGACATTA-TCTTATAGAATAA  948
      | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  A-GTGGGCTGAGTA-GGGGAAGCAAGGTAGACATTATTCTTATAGAATAA  946

seq1  AAAGGGAGACAATTTTTAGAAGGCAGTGTCTATGTAGTTCAACTGGCTGG  998
      |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |
seq2  AAAGGGAGAC-ATTTTTAGAA-GCAGTGTCTATGTAG-TCAACT-GCT-G  991

seq1  TCTAAAACTTGCCATTCTCCTGCCTCGACCTTTCCATGTAGCAAAGATTA  1048
      ||||||||| || ||||| ||||||||||   | ||||||||||||| ||
seq2  TCTAAAACTGGCAATTCT-CTGCCTCGAC---TTCATGTAGCAAAGAATA  1037

seq1  TAAGTCCCACAGCACCAGGACTGGTTTAG-ACAATTCTTTGTGTGTGTG-  1096
        |||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||| 
seq2  ATAGTCCCACAGCA-CAGGACTG--TTAGAACAATTCTTTGTGTGTGTGC  1084

seq1  CATGTGTATTGGTTTATGT  1115
      ||||  |||||| ||||||
seq2  CATGGTTATTGG-TTATGT  1102