BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276C22
Chromosome16 (Build37)
Map Location 10,583,456 - 10,716,053
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4932416N17Rik
Upstream geneGrin2a, LOC665291, LOC100042534, 4930517K11Rik, Atf7ip2, Emp2, Tekt5, Nubp1, BC068110, Ciita, LOC669998, Dexi
Downstream geneSocs1, Tnp2, Prm3, Prm2, Prm1, A630055G03Rik, Litaf, LOC100043147, LOC100042597, Snn, Txndc11, Zc3h7a, LOC665450, LOC622271, Rsl1d1, Gspt1, Tnfrsf17, 4933437K13Rik, LOC100043171
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276C22.bB6Ng01-276C22.g
ACCGA077026GA077027
length1,1171,095
definitionB6Ng01-276C22.b B6Ng01-276C22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,583,456 - 10,584,505)(10,714,955 - 10,716,053)
sequence
gaattcactgcttcagctaaattggctgattagtggcctctaaggaagtg
tctttctctgcctctactctgctttcccagctctgggaatacagataaac
accatgatgcctgtttctaatatagtacttgggactcaaatttaagtcct
tgtgcatgcacggcaatcgtgtttctgatggatccatctcccagcctctt
atcaagtgtttaaatgcataatgcattattgttgccagcaggccagtgtc
tcacagatctcttaaactcattcatcatgttctccatgtgatccagagcc
accccaaaacggaaactgtattcctcttgaaccgttcctacttccctgtc
cctgcaggcactgtcccaccctctgcttctatgagtttgatgattttaga
tatctcatgtaacgaagtggaatcatgtaaggtatttcttttcttttatt
ggtttactacatgtagaatggtgtcctcaaggtttacccattttgctatt
gccaaatttctttaaattgtaaaggcagaataatgtattatatgtatata
cccactttcttttttaattttgcgtctcttcttgtcatatactgattata
cattacagattcattatggcatttttgtacatgcatatgaaatattttat
catattcaatcccgttacactctcttgtcccatctcacgcctgatgatct
gcttccctttccccactaattcccctgctgctttcatttccttttttatt
tttcccaatgaccagggaatttcagtagggctctatacaggagcatgtgg
gtcctcccaccctcgaggatcatcggcccatacaatccacagggcaaagg
gagcagagatgatggggttggggatctggaagccctgtgagtccgtacag
tgagtgactacgctggaaccaccctcggggcagatcaacattacttaggg
tgattgaaggcttataaagtgttaggggggctgagggtaggacatgcagg
atgggcggagtgattggctgggggcttagggtaccttaagcatgggagcc
atttcaaggatctcaagtgtttggctgacagtttgtccaaacctggtaac
ctaacctaaggctacct
gaattcatgatggacggctttagcagggcctggatagaaactaacagggg
aagactagcttaaggaaggaggtcattgtgggtgtggcctagcagcactt
tgttcttggtctctgccttgctctctctgctttgcagctgccatgccctt
gtgccatgatgctcttgccttaccagaggcctgcaagtaatggagcaagg
tgcctatggaatgagacccctatctggagttatgacagagccttccttct
taatgtgactctgtctaaccttctgtcacagcggtgaaaagctgtgtcac
tagcagacagagagagaatgtcatcttttgcataagatgccaaatgacac
caaagacatcagcaatcttcagtagccaaagagaagcctggagcacgttt
ctcttccaccctcataaggggccaatcctacctaccttccaatctcatgc
ttctggctttagaactgtgagacaacaaacatctgttgttgaagccaccc
agttcataacatcttgttacagatgtcttaggaaacacagacaacaggct
gtgcagctgtgagaggcgaagaagaagagggctttataatgagagccaca
gcacgttaaagcaagggcgtctgcaggggtggtgacacacacctctgtga
gtccaaggctagcctggtctaatctacagagagagttccaggctacatgg
taagaatcacagacacagcagtgtgctcagtgatactcactgccgcctgg
gcagtgaaagtcaggggcactggacacttggataaaagggtcaagtatcc
actgtggcatactatgcagccacagaaaggaatgtaaataacatgtaaat
aacaacccagatttctaattcatggcagggtctgagaaaagcaagcttag
aaagtgctgcagaagtgtgcatgcataactcacagggcagatcgggaaca
ccatagagatatggcccacagcaccataacttcacaaggcagaccaggag
caccgtagagatgcccacagcacttatctgcgctctgtgccagatgagtc
tgaaatcatcattcttaagtatttaaagtccagcagttaacacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_10583456_10584505
seq2: B6Ng01-276C22.b_117_1162

seq1  CTTTCCCAGCTCTGGGAATACAGATAAACACCATGATGCCTGTTTCTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCAGCTCTGGGAATACAGATAAACACCATGATGCCTGTTTCTAAT  50

seq1  ATAGTACTTGGGACTCAAATTTAAGTCCTTGTGCATGCACGGCAATCGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTACTTGGGACTCAAATTTAAGTCCTTGTGCATGCACGGCAATCGTG  100

seq1  TTTCTGATGGATCCATCTCCCAGCCTCTTATCAAGTGTTTAAATGCATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGATGGATCCATCTCCCAGCCTCTTATCAAGTGTTTAAATGCATAA  150

seq1  TGCATTATTGTTGCCAGCAGGCCAGTGTCTCACAGATCTCTTAAACTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTATTGTTGCCAGCAGGCCAGTGTCTCACAGATCTCTTAAACTCAT  200

seq1  TCATCATGTTCTCCATGTGATCCAGAGCCACCCCAAAACGGAAACTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATGTTCTCCATGTGATCCAGAGCCACCCCAAAACGGAAACTGTAT  250

seq1  TCCTCTTGAACCGTTCCTACTTCCCTGTCCCTGCAGGCACTGTCCCACCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTGAACCGTTCCTACTTCCCTGTCCCTGCAGGCACTGTCCCACCC  300

seq1  TCTGCTTCTATGAGTTTGATGATTTTAGATATCTCATGTAACGAAGTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCTATGAGTTTGATGATTTTAGATATCTCATGTAACGAAGTGGA  350

seq1  ATCATGTAAGGTATTTCTTTTCTTTTATTGGTTTACTACATGTAGAATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTAAGGTATTTCTTTTCTTTTATTGGTTTACTACATGTAGAATGG  400

seq1  TGTCCTCAAGGTTTACCCATTTTGCTATTGCCAAATTTCTTTAAATTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCAAGGTTTACCCATTTTGCTATTGCCAAATTTCTTTAAATTGTA  450

seq1  AAGGCAGAATAATGTATTATATGTATATACCCACTTTCTTTTTTAATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGAATAATGTATTATATGTATATACCCACTTTCTTTTTTAATTTT  500

seq1  GCGTCTCTTCTTGTCATATACTGATTATACATTACAGATTCATTATGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTCTCTTCTTGTCATATACTGATTATACATTACAGATTCATTATGGCA  550

seq1  TTTTTGTACATGCATATGAAATATTTTATCATATTCAATCCCGTTACACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTACATGCATATGAAATATTTTATCATATTCAATCCCGTTACACT  600

seq1  CTCTTGTCCCATCTCACGCCTGATGATCTGCTTCCCTTTCCCCACTAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTCCCATCTCACGCCTGATGATCTGCTTCCCTTTCCCCACTAATT  650

seq1  CCCCTGCTGCTTTCATTTCCTTTTTTATTTTTCCCAATGACCAGGGAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCTGCTTTCATTTCCTTTTTTATTTTTCCCAATGACCAGGGAATT  700

seq1  TCAGTAGGGCTCTATACAGGAGCATGTGGGTCCTCCCACCCTCGAGGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGGGCTCTATACAGGAGCATGTGGGTCCTCCCACCCTCGAGGATC  750

seq1  ATCGGCCCATACAATCCACAGGGCAAAGGGAGCAGAGATGATGGGGTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGCCCATACAATCCACAGGGCAAAGGGAGCAGAGATGATGGGGTTGG  800

seq1  GGATCTGGAAGCCCTGTGAGTCCGTACAGTGAGTGACTACGCTGGAACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTGGAAGCCCTGTGAGTCCGTACAGTGAGTGACTACGCTGGAACCA  850

seq1  CCCTCGGGGCAGATCAACATTACTTAGGGTGATTGAAGGCTTATAAAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCGGGGCAGATCAACATTACTTAGGGTGATTGAAGGCTTATAAAGTG  900

seq1  TTAGGGGGGCTGAGGGTAGGGACATGCAGGATGGGCGGAGGTGATTGGCT  950
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTAGGGGGGCTGAGGGTA-GGACATGCAGGATGGGCGGA-GTGATTGGCT  948

seq1  GGGGGGCTTAGGGTACCCTAAGCATGGGGAAGCATTTCAGGGATCTCAGG  1000
       |||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||| |||||||| |
seq2  -GGGGGCTTAGGGTACCTTAAGCAT-GGGAGCCATTTCAAGGATCTCAAG  996

seq1  TG-TTGGCTGAACAGGTTTTGTCAAAACCT-GTAACC-AAACTAAGGCTA  1047
      || ||||||| ||||  |||||| |||||| |||||| || |||||||||
seq2  TGTTTGGCTG-ACAG--TTTGTCCAAACCTGGTAACCTAACCTAAGGCTA  1043

seq1  CCT  1050
      |||
seq2  CCT  1046

seq1: chr16_10714955_10716053
seq2: B6Ng01-276C22.g_69_1163 (reverse)

seq1  GTGTGT--ACTGCTTGACTTTTAATACCTAAGAATGATGATTTCCAGACT  48
      ||||||  |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  GTGTGTTAACTGCTGGACTTTAAATACTTAAGAATGATGATTT-CAGACT  49

seq1  CATCTGGCCACAGAGGCGCAGGATAAGGTGCTGTGGGCATCTCTACGGTG  98
      ||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGG-CACAGA-GCGCA-GATAA-GTGCTGTGGGCATCTCTACGGTG  95

seq1  CTCCTGGTCTGCCTTGTGAAGTTATGGTGCTGTGGGCCATATCTCTATGG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGTCTGCCTTGTGAAGTTATGGTGCTGTGGGCCATATCTCTATGG  145

seq1  TGTTCCCGATCTGCCCTGTGAGTTTATGCATGCACACTTCTGCAGCACTT  198
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCGATCTGCCCTGTGAG-TTATGCATGCACACTTCTGCAGCACTT  194

seq1  TCTAAGCTTGCTTTTCTCAGACCCTGCCATGAATTAGAAATCTGGGTTGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGCTTGCTTTTCTCAGACCCTGCCATGAATTAGAAATCTGGGTTGT  244

seq1  TATTTACATGTTATTTACATTCCTTTCTGTGGCTGCATAGTATGCCACAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACATGTTATTTACATTCCTTTCTGTGGCTGCATAGTATGCCACAG  294

seq1  TGGATACTTGACCCTTTTATCCAAGTGTCCAGTGCCCCTGACTTTCACTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATACTTGACCCTTTTATCCAAGTGTCCAGTGCCCCTGACTTTCACTG  344

seq1  CCCAGGCGGCAGTGAGTATCACTGAGCACACTGCTGTGTCTGTGATTCTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCGGCAGTGAGTATCACTGAGCACACTGCTGTGTCTGTGATTCTT  394

seq1  ACCATGTAGCCTGGAACTCTCTCTGTAGATTAGACCAGGCTAGCCTTGGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTAGCCTGGAACTCTCTCTGTAGATTAGACCAGGCTAGCCTTGGA  444

seq1  CTCACAGAGGTGTGTGTCACCACCCCTGCAGACGCCCTTGCTTTAACGTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGAGGTGTGTGTCACCACCCCTGCAGACGCCCTTGCTTTAACGTG  494

seq1  CTGTGGCTCTCATTATAAAGCCCTCTTCTTCTTCGCCTCTCACAGCTGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCTCTCATTATAAAGCCCTCTTCTTCTTCGCCTCTCACAGCTGCA  544

seq1  CAGCCTGTTGTCTGTGTTTCCTAAGACATCTGTAACAAGATGTTATGAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGTTGTCTGTGTTTCCTAAGACATCTGTAACAAGATGTTATGAAC  594

seq1  TGGGTGGCTTCAACAACAGATGTTTGTTGTCTCACAGTTCTAAAGCCAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGCTTCAACAACAGATGTTTGTTGTCTCACAGTTCTAAAGCCAGA  644

seq1  AGCATGAGATTGGAAGGTAGGTAGGATTGGCCCCTTATGAGGGTGGAAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGAGATTGGAAGGTAGGTAGGATTGGCCCCTTATGAGGGTGGAAGA  694

seq1  GAAACGTGCTCCAGGCTTCTCTTTGGCTACTGAAGATTGCTGATGTCTTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACGTGCTCCAGGCTTCTCTTTGGCTACTGAAGATTGCTGATGTCTTT  744

seq1  GGTGTCATTTGGCATCTTATGCAAAAGATGACATTCTCTCTCTGTCTGCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCATTTGGCATCTTATGCAAAAGATGACATTCTCTCTCTGTCTGCT  794

seq1  AGTGACACAGCTTTTCACCGCTGTGACAGAAGGTTAGACAGAGTCACATT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACACAGCTTTTCACCGCTGTGACAGAAGGTTAGACAGAGTCACATT  844

seq1  AAGAAGGAAGGCTCTGTCATAACTCCAGATAGGGGTCTCATTCCATAGGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGAAGGCTCTGTCATAACTCCAGATAGGGGTCTCATTCCATAGGC  894

seq1  ACCTTGCTCCATTACTTGCAGGCCTCTGGTAAGGCAAGAGCATCATGGCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCTCCATTACTTGCAGGCCTCTGGTAAGGCAAGAGCATCATGGCA  944

seq1  CAAGGGCATGGCAGCTGCAAAGCAGAGAGAGCAAGGCAGAGACCAAGAAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGCATGGCAGCTGCAAAGCAGAGAGAGCAAGGCAGAGACCAAGAAC  994

seq1  AAAGTGCTGCTAGGCCACACCCACAATGACCTCCTTCCTTAAGCTAGTCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCTGCTAGGCCACACCCACAATGACCTCCTTCCTTAAGCTAGTCT  1044

seq1  TCCCCTGTTAGTTTCTATCCAGGCCCTGCTAAAGCCGTCCATCATGAATT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGTTAGTTTCTATCCAGGCCCTGCTAAAGCCGTCCATCATGAATT  1094

seq1  C  1099
      |
seq2  C  1095