BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276K05
Chromosome16 (Build37)
Map Location 75,751,900 - 75,892,006
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStch, LOC546667, Samsn1
Upstream geneLOC665042, D930038D03Rik, Rbm11
Downstream gene4930578N18Rik, LOC100039457, Nrip1, LOC100039316, 1700063K16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276K05.bB6Ng01-276K05.g
ACCGA077371GA077372
length1,098985
definitionB6Ng01-276K05.b B6Ng01-276K05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,890,905 - 75,892,006)(75,751,900 - 75,752,631)
sequence
gaattctctttccattgaactagggaaaaacaaatttcagggtttttttc
tttaatataaatatagactactaatttagcatccttttgatgagtgttgg
gatttaccggtttctgggtaaaatattacaatgaatgtatagtacattca
tatgttagtattcatattcatatgttagcatattcacaagtcattctggc
attgacatttagaaatgtgattgctatgacaaaatacaaatatatatgaa
aacttaccagatgttgccaaatttccctccacagatgttgtgccatttta
caagtgatttactaaatatattacaagggttgtatacttcatttagctgg
ggtggagctgggattgaacatagagccttgcacatagatgcaaagtatgt
gttctatttttgagttacactccaagcccttgtatatacttacacacaat
gtatagggcaagcatgatctaatgccactattatcaaatgttgcttacat
tttgaattgcttttttattcagggcgcttttcccagagacagttctttgt
tcatgcaattgcttgatcttgatcagagcctttgtcaccggctagtgtct
gcagaatgatcacactgtacacatttgtgaatattcaaacatgttctctt
ttattaaggactactatgtaggaagcaggccttgcttcctcataattccc
cttttcacgataaaccttgacagtagaaattataaatccatttcttgtcc
atacctcatagtagacattagctcctttctgacataagctataacctata
aatatattatgaaaccatcttctcagaaagtaactaacttttggagtgga
taatgaaatatgctaagagcccttctcaataagaactgaaatttacttct
tagagtatctcagcgtggacagactgactcctcataagagcccttctcaa
taagaactgaaatttacttcttagagggatctcaggtggacagacggact
ccttcagccttaagttgctgaggattactattgataggactgacagacca
aagtagcaggttttttttttttctttaacttttttatctttaaatcac

gaattccagtaatatggggaatattaaattgttgacaaaacatctcaaat
gcttgactgtactagccagttccattatctgttttgatctgatttggaat
accaaacatagaaaaacactgcacataatgactaattacatttttagttg
cttaagctgggagcttgggctgccgacccgcggaaaggaaccagcatgtt
ttttaaaagtccacaccacaacagagctggtacagtcaagagcacatgcc
tggcccagtgtcatgttctctgcctgcatcttgtgaatcagatgtagctc
tcagcaccatgcctgcctgctgatactctccccaccaagatgatcacaga
ccaattctctgaaactgtaattaagccccaattaaatgcttttcttgttt
tttataagctgacttggtcattgtgtctcttcacagaaataaaacattaa
gaaagacagaaattggtaccagagaatggcatattactttggtaggtgtg
gccattttgattgttagcagaatgtggactttctggatttagattagaaa
agtgttgaatgccgtaagtagggtttaatgggccatactagcatcaactt
gggaactagcattgcaatgtggcctatggatgacaaactcaagaggtgta
agagaagaataatagtaaagaccaatattattgtattttagcaaagaatg
tgacttctttctgcccttgttggggaaaaaatatgctgcaggctaaaatg
aagagctttaaattaatatcattggcaaaggaaatttcaagacaccctag
tattgactgtgtgacttggttattagtgatcatttttatgtggatataca
atgaataagaaaccgaacaaagagaaatacaatatattgagtttgagggg
aaaaggagcatcagagaatgtagttttggagccaagccctgtgttccagg
agatgagaagttaaagaaaaggactgatgctaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_75890905_75892006
seq2: B6Ng01-276K05.b_47_1144 (reverse)

seq1  GTGATTTTAAAAGATAAAAAAAGTAAAG-AAAAAAAAAACCCTGCTACTT  49
      |||||||  ||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  GTGATTT--AAAGATAAAAAAGTTAAAGAAAAAAAAAAAACCTGCTACTT  48

seq1  TGGGTCTTGTCAGTCCTATCAATAGTAATTCCTCAGCAACCTAAAGGCTG  99
      | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||
seq2  T-GGTC-TGTCAGTCCTATCAATAGTAA-TCCTCAGCAA-CTTAAGGCTG  94

seq1  -AGGAGTCGGTCTGTCCACCCTGAGAT-CCTCTAAGAAGTAAATTTCAGT  147
       ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGTCCGTCTGTCCA-CCTGAGATCCCTCTAAGAAGTAAATTTCAGT  143

seq1  TCTTATTGAGAAGGGCTCTTATGAGGAGTCAGTCTGTCCACGCTGAGATA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTGAGAAGGGCTCTTATGAGGAGTCAGTCTGTCCACGCTGAGATA  193

seq1  CTCTAAGAAGTAAATTTCAGTTCTTATTGAGAAGGGCTCTTAGCATATTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAGAAGTAAATTTCAGTTCTTATTGAGAAGGGCTCTTAGCATATTT  243

seq1  CATTATCCACTCCAAAAGTTAGTTACTTTCTGAGAAGATGGTTTCATAAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATCCACTCCAAAAGTTAGTTACTTTCTGAGAAGATGGTTTCATAAT  293

seq1  ATATTTATAGGTTATAGCTTATGTCAGAAAGGAGCTAATGTCTACTATGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATAGGTTATAGCTTATGTCAGAAAGGAGCTAATGTCTACTATGA  343

seq1  GGTATGGACAAGAAATGGATTTATAATTTCTACTGTCAAGGTTTATCGTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGGACAAGAAATGGATTTATAATTTCTACTGTCAAGGTTTATCGTG  393

seq1  AAAAGGGGAATTATGAGGAAGCAAGGCCTGCTTCCTACATAGTAGTCCTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGGAATTATGAGGAAGCAAGGCCTGCTTCCTACATAGTAGTCCTT  443

seq1  AATAAAAGAGAACATGTTTGAATATTCACAAATGTGTACAGTGTGATCAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGAGAACATGTTTGAATATTCACAAATGTGTACAGTGTGATCAT  493

seq1  TCTGCAGACACTAGCCGGTGACAAAGGCTCTGATCAAGATCAAGCAATTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGACACTAGCCGGTGACAAAGGCTCTGATCAAGATCAAGCAATTG  543

seq1  CATGAACAAAGAACTGTCTCTGGGAAAAGCGCCCTGAATAAAAAAGCAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAACAAAGAACTGTCTCTGGGAAAAGCGCCCTGAATAAAAAAGCAAT  593

seq1  TCAAAATGTAAGCAACATTTGATAATAGTGGCATTAGATCATGCTTGCCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATGTAAGCAACATTTGATAATAGTGGCATTAGATCATGCTTGCCC  643

seq1  TATACATTGTGTGTAAGTATATACAAGGGCTTGGAGTGTAACTCAAAAAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATTGTGTGTAAGTATATACAAGGGCTTGGAGTGTAACTCAAAAAT  693

seq1  AGAACACATACTTTGCATCTATGTGCAAGGCTCTATGTTCAATCCCAGCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACATACTTTGCATCTATGTGCAAGGCTCTATGTTCAATCCCAGCT  743

seq1  CCACCCCAGCTAAATGAAGTATACAACCCTTGTAATATATTTAGTAAATC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCAGCTAAATGAAGTATACAACCCTTGTAATATATTTAGTAAATC  793

seq1  ACTTGTAAAATGGCACAACATCTGTGGAGGGAAATTTGGCAACATCTGGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTAAAATGGCACAACATCTGTGGAGGGAAATTTGGCAACATCTGGT  843

seq1  AAGTTTTCATATATATTTGTATTTTGTCATAGCAATCACATTTCTAAATG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTCATATATATTTGTATTTTGTCATAGCAATCACATTTCTAAATG  893

seq1  TCAATGCCAGAATGACTTGTGAATATGCTAACATATGAATATGAATACTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGCCAGAATGACTTGTGAATATGCTAACATATGAATATGAATACTA  943

seq1  ACATATGAATGTACTATACATTCATTGTAATATTTTACCCAGAAACCGGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGAATGTACTATACATTCATTGTAATATTTTACCCAGAAACCGGT  993

seq1  AAATCCCAACACTCATCAAAAGGATGCTAAATTAGTAGTCTATATTTATA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCAACACTCATCAAAAGGATGCTAAATTAGTAGTCTATATTTATA  1043

seq1  TTAAAGAAAAAAACCCTGAAATTTGTTTTTCCCTAGTTCAATGGAAAGAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAAAAAAACCCTGAAATTTGTTTTTCCCTAGTTCAATGGAAAGAG  1093

seq1  AATTC  1102
      |||||
seq2  AATTC  1098


seq1: chr16_75751900_75752631
seq2: B6Ng01-276K05.g_67_798

seq1  GAATTCCAGTAATATGGGGAATATTAAATTGTTGACAAAACATCTCAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTAATATGGGGAATATTAAATTGTTGACAAAACATCTCAAAT  50

seq1  GCTTGACTGTACTAGCCAGTTCCATTATCTGTTTTGATCTGATTTGGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGACTGTACTAGCCAGTTCCATTATCTGTTTTGATCTGATTTGGAAT  100

seq1  ACCAAACATAGAAAAACACTGCACATAATGACTAATTACATTTTTAGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAACATAGAAAAACACTGCACATAATGACTAATTACATTTTTAGTTG  150

seq1  CTTAAGCTGGGAGCTTGGGCTGCCGACCCGCGGAAAGGAACCAGCATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGCTGGGAGCTTGGGCTGCCGACCCGCGGAAAGGAACCAGCATGTT  200

seq1  TTTTAAAAGTCCACACCACAACAGAGCTGGTACAGTCAAGAGCACATGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAGTCCACACCACAACAGAGCTGGTACAGTCAAGAGCACATGCC  250

seq1  TGGCCCAGTGTCATGTTCTCTGCCTGCATCTTGTGAATCAGATGTAGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCAGTGTCATGTTCTCTGCCTGCATCTTGTGAATCAGATGTAGCTC  300

seq1  TCAGCACCATGCCTGCCTGCTGATACTCTCCCCACCAAGATGATCACAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACCATGCCTGCCTGCTGATACTCTCCCCACCAAGATGATCACAGA  350

seq1  CCAATTCTCTGAAACTGTAATTAAGCCCCAATTAAATGCTTTTCTTGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTCTCTGAAACTGTAATTAAGCCCCAATTAAATGCTTTTCTTGTTT  400

seq1  TTTATAAGCTGACTTGGTCATTGTGTCTCTTCACAGAAATAAAACATTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAGCTGACTTGGTCATTGTGTCTCTTCACAGAAATAAAACATTAA  450

seq1  GAAAGACAGAAATTGGTACCAGAGAATGGCATATTACTTTGGTAGGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACAGAAATTGGTACCAGAGAATGGCATATTACTTTGGTAGGTGTG  500

seq1  GCCATTTTGATTGTTAGCAGAATGTGGACTTTCTGGATTTAGATTAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTTTGATTGTTAGCAGAATGTGGACTTTCTGGATTTAGATTAGAAA  550

seq1  AGTGTTGAATGCCGTAAGTAGGGTTTAATGGGCCATACTAGCATCAACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGAATGCCGTAAGTAGGGTTTAATGGGCCATACTAGCATCAACTT  600

seq1  GGGAACTAGCATTGCAATGTGGCCTATGGATGACAAACTCAAGAGGTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTAGCATTGCAATGTGGCCTATGGATGACAAACTCAAGAGGTGTA  650

seq1  AGAGAAGAATAATAGTAAAGACCAATATTATTGTATTTTAGCAAAGAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGAATAATAGTAAAGACCAATATTATTGTATTTTAGCAAAGAATG  700

seq1  TGACTTCTTTCTGCCCTTGTTGGGGAAAAAAT  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTCTTTCTGCCCTTGTTGGGGAAAAAAT  732


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |