BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277A06
Chromosome16 (Build37)
Map Location 41,314,031 - 41,488,608
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG667450
Upstream genenone
Downstream geneLsamp, Gap43
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277A06.bB6Ng01-277A06.g
ACCGA077646GA077647
length9191,104
definitionB6Ng01-277A06.b B6Ng01-277A06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,487,693 - 41,488,608)(41,314,031 - 41,315,142)
sequence
gaattcataaaattcttaggcaaatggatggatctggaggatatcatctt
gagtgaggtaacctatgatatgcactcactgataagtggatattagccca
gaaacttagaatatccaagatccaatatttttaaacataatcagccaccc
tgtgagtctggggtacaatataagaaactgcacagtttgtataacttgtc
tacagttctacatttggtaaaaattaaggagaggctctaaatgtaatctt
tcctgtcccttaagtcaagcatctgattagacactaatgtatactttata
aatctgtaagatttattttcattgtgtttgggaaacaaaaacaagctttc
aaagtctttgagaatagtaaagtattgtttgtgggtgggaagagagtaga
aaactgggttaaattattttaaatccaatgaataagttatgaagttatat
tctaggacccagggagctgggtctttggtaaagaacacttggtgctctta
cagagtaccccaattcagttcccagctctcccttgggggcttgcaaccat
ctacaactagagtttcagagaactaaacaccctctactggcctccacagg
cactgtatgcatacaggcatacgctctggcaaaaggttcatacatataaa
atgaaaataagaaaatgaaagcatagtccagcacagagtggaatgcccac
aagcacctgtccctgaggatctatgcggagctgatgtattctggggtgga
gatcgtcagtttccgttaagggtggggttcaacacactccagtggatcat
cccacactctgacacataccctacagcacaaactcaagtcaagagggtat
ttcattttttaatatgacgtaagtattggggaacagaaagttggagaata
agatctgggaggtgttagg

gaattcttttccaaactgatccttaaattcagaagaagaggctgaggaga
aggctgtggataaagtctttgtcatttaagcatgaggacttgagtatgta
tctccagtatctactaagtaaaagaaaagctgagcagttttggtagtcag
cttataatcacagcgttggtggggacagagagtgggaatatctgtggcaa
gctggcttggataggcagactagccaaattgatgaactacaattcagaaa
gagaccctccctcaggaaatagagagcagtcaaagaacacatccaccttt
cttcacacacatgcacatacctgtgaatgcacacccaccctcatatgcac
acactcacacataaacatgcgtactcccatttacacatgcaaaaaaacca
ttcaagagaatacttgtacctatttgcagaatatgatttcagatgcatag
aaacagttgagaacagagctatgggatattttaaaaataatttttgcata
aagaaaacactattttctgtattacccaaccagggtacttaaactttgtt
ctttaaaagggtcattgtccaagtgccctttgttacatgcttttttggta
caaatgctgcacattctatttaaaacagactatccagcttgtattgtgtg
tagactggaggtttttttgttttttctttttttctttttcactcctcgaa
cagaatccaaacattttccttgtctttgctttctcacttatataagagtt
gcacttacttaagcttctacttcctggcagcaaagctttcagtgggcaat
taattaagaaaagtttttgcatcttcttttgatcatcagctctgaaggga
agaagaaagtttaagcaggatttcgggtgctatgaaagaacgttgaaagg
cattcatgatgattggcaagcgaatcatttatttttcttcccctcccccc
cccaaaaaaagaagatctgttggtagttagaggatgtgatatatgagaat
cagttgtgtttgccttatattactgcataaaaaccaattatagaaaatat
aaattatggaaacgtaaatataaagatccttagaagttggttctgcaatt
atgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_41487693_41488608
seq2: B6Ng01-277A06.b_45_963 (reverse)

seq1  CCTAACACCTCCCAGATCT--ATCTCCAACTTTCTGTTCCCCAATACTTA  48
      |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACACCTCCCAGATCTTATTCTCCAACTTTCTGTTCCCCAATACTTA  50

seq1  CGTCATATTAAAAAATGAAATACCCTCTTGACTTGAGTTTGTGCTGTA-G  97
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CGTCATATTAAAAAATGAAATACCCTCTTGACTTGAGTTTGTGCTGTAGG  100

seq1  GTATGTGTCAGAGTGTGGGATGATCCACTGGAGTGTGTTGAACCCCACCC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTCAGAGTGTGGGATGATCCACTGGAGTGTGTTGAACCCCACCC  150

seq1  TTAACGGAAACTGACGATCTCCACCCCAGAATACATCAGCTCCGCATAGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACGGAAACTGACGATCTCCACCCCAGAATACATCAGCTCCGCATAGA  200

seq1  TCCTCAGGGACAGGTGCTTGTGGGCATTCCACTCTGTGCTGGACTATGCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGGGACAGGTGCTTGTGGGCATTCCACTCTGTGCTGGACTATGCT  250

seq1  TTCATTTTCTTATTTTCATTTTATATGTATGAACCTTTTGCCAGAGCGTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTCTTATTTTCATTTTATATGTATGAACCTTTTGCCAGAGCGTA  300

seq1  TGCCTGTATGCATACAGTGCCTGTGGAGGCCAGTAGAGGGTGTTTAGTTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTATGCATACAGTGCCTGTGGAGGCCAGTAGAGGGTGTTTAGTTC  350

seq1  TCTGAAACTCTAGTTGTAGATGGTTGCAAGCCCCCAAGGGAGAGCTGGGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAACTCTAGTTGTAGATGGTTGCAAGCCCCCAAGGGAGAGCTGGGA  400

seq1  ACTGAATTGGGGTACTCTGTAAGAGCACCAAGTGTTCTTTACCAAAGACC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATTGGGGTACTCTGTAAGAGCACCAAGTGTTCTTTACCAAAGACC  450

seq1  CAGCTCCCTGGGTCCTAGAATATAACTTCATAACTTATTCATTGGATTTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCCTGGGTCCTAGAATATAACTTCATAACTTATTCATTGGATTTA  500

seq1  AAATAATTTAACCCAGTTTTCTACTCTCTTCCCACCCACAAACAATACTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTTAACCCAGTTTTCTACTCTCTTCCCACCCACAAACAATACTT  550

seq1  TACTATTCTCAAAGACTTTGAAAGCTTGTTTTTGTTTCCCAAACACAATG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATTCTCAAAGACTTTGAAAGCTTGTTTTTGTTTCCCAAACACAATG  600

seq1  AAAATAAATCTTACAGATTTATAAAGTATACATTAGTGTCTAATCAGATG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATCTTACAGATTTATAAAGTATACATTAGTGTCTAATCAGATG  650

seq1  CTTGACTTAAGGGACAGGAAAGATTACATTTAGAGCCTCTCCTTAATTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTTAAGGGACAGGAAAGATTACATTTAGAGCCTCTCCTTAATTTT  700

seq1  TACCAAATGTAGAACTGTAGACAAGTTATACAAACTGTGCAGTTTCTTAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAATGTAGAACTGTAGACAAGTTATACAAACTGTGCAGTTTCTTAT  750

seq1  ATTGTACCCCAGACTCACAGGGTGGCTGATTATGTTTAAAAATATTGGAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTACCCCAGACTCACAGGGTGGCTGATTATGTTTAAAAATATTGGAT  800

seq1  CTTGGATATTCTAAGTTTCTGGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTGCAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATATTCTAAGTTTCTGGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTGCAT  850

seq1  ATCATAGGTTACCTCACTCAAGATGATATCCTCCAGATCCATCCATTTGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGGTTACCTCACTCAAGATGATATCCTCCAGATCCATCCATTTGC  900

seq1  CTAAGAATTTTATGAATTC  916
      |||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAATTTTATGAATTC  919


seq1: chr16_41314031_41315142
seq2: B6Ng01-277A06.g_65_1168

seq1  GAATTCTTTTCCAAACTGATCCTTAAATTCAGAAGAAGAGGCTGAGGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCCAAACTGATCCTTAAATTCAGAAGAAGAGGCTGAGGAGA  50

seq1  AGGCTGTGGATAAAGTCTTTGTCATTTAAGCATGAGGACTTGAGTATGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTGGATAAAGTCTTTGTCATTTAAGCATGAGGACTTGAGTATGTA  100

seq1  TCTCCAGTATCTACTAAGTAAAAGAAAAGCTGAGCAGTTTTGGTAGTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGTATCTACTAAGTAAAAGAAAAGCTGAGCAGTTTTGGTAGTCAG  150

seq1  CTTATAATCACAGCGTTGGTGGGGACAGAGAGTGGGAATATCTGTGGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAATCACAGCGTTGGTGGGGACAGAGAGTGGGAATATCTGTGGCAA  200

seq1  GCTGGCTTGGATAGGCAGACTAGCCAAATTGATGAACTACAATTCAGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTTGGATAGGCAGACTAGCCAAATTGATGAACTACAATTCAGAAA  250

seq1  GAGACCCTCCCTCAGGAAATAGAGAGCAGTCAAAGAACACATCCACCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCTCCCTCAGGAAATAGAGAGCAGTCAAAGAACACATCCACCTTT  300

seq1  CTTCACACACATGCACATACCTGTGAATGCACACCCACCCTCATATGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACACACATGCACATACCTGTGAATGCACACCCACCCTCATATGCAC  350

seq1  ACACTCACACATAAACATGCGTACTCCCATTTACACATGCAAAAAAACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCACACATAAACATGCGTACTCCCATTTACACATGCAAAAAAACCA  400

seq1  TTCAAGAGAATACTTGTACCTATTTGCAGAATATGATTTCAGATGCATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGAGAATACTTGTACCTATTTGCAGAATATGATTTCAGATGCATAG  450

seq1  AAACAGTTGAGAACAGAGCTATGGGATATTTTAAAAATAATTTTTGCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTTGAGAACAGAGCTATGGGATATTTTAAAAATAATTTTTGCATA  500

seq1  AAGAAAACACTATTTTCTGTATTACCCAACCAGGGTACTTAAACTTTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAACACTATTTTCTGTATTACCCAACCAGGGTACTTAAACTTTGTT  550

seq1  CTTTAAAAGGGTCATTGTCCAAGTGCCCTTTGTTACATGCTTTTTTGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAAGGGTCATTGTCCAAGTGCCCTTTGTTACATGCTTTTTTGGTA  600

seq1  CAAATGCTGCACATTCTATTTAAAACAGACTATCCAGCTTGTATTGTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCTGCACATTCTATTTAAAACAGACTATCCAGCTTGTATTGTGTG  650

seq1  TAGACTGGAGGTTTTTTTGTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTCACTCCTCGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTGGAGGTTTTTTTGTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTCACTCCTCGAA  700

seq1  CAGAATCCAAACATTTTCCTTGTCTTTGCTTTCTCACTTATATAAGAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCCAAACATTTTCCTTGTCTTTGCTTTCTCACTTATATAAGAGTT  750

seq1  GCACTTACTTAAGCTTCTACTTCCTGGCAGCAAAGCTTTCAGTGGGCAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTACTTAAGCTTCTACTTCCTGGCAGCAAAGCTTTCAGTGGGCAAT  800

seq1  TAATTAAGAAAAGTTTTTGCATCTTCTTTTGATCATCAGCTCTGAAGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAGAAAAGTTTTTGCATCTTCTTTTGATCATCAGCTCTGAAGGGA  850

seq1  AGAAGAAAGTTTAAGCAGGATTTCGGGTGCTATGAAAGAACGTTG-AAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGAAGAAAGTTTAAGCAGGATTTCGGGTGCTATGAAAGAACGTTGAAAGG  900

seq1  CATTCATGATGATTGGCAAGCGAATCATTTATTTTTCTTCCCCTCCCCCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATGATGATTGGCAAGCGAATCATTTATTTTTCTTCCCCTCCCCCC  950

seq1  CCAAAAAAAGAAAGATCTGTTGGTAGTTAGAGGATGTGATATAATGAGAA  999
      || ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCCAAAAAAAGAAGATCTGTTGGTAGTTAGAGGATGTGATAT-ATGAGAA  999

seq1  TCAAGTGGTGTTTGCCTTAATTATTACTGCATAAAAACCAATAATAGAAA  1049
      || ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TC-AGTTGTGTTTGCCTTA--TATTACTGCATAAAAACCAATTATAGAAA  1046

seq1  ATATAAATAATGGAAACGT-AATATAAAGATCCTAAGGACAGTTTTGGGT  1098
      |||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||   ||||   |||
seq2  ATATAAATTATGGAAACGTAAATATAAAGATCCTTAG--AAGTT---GGT  1091

seq1  TCTGCATATTATGC  1112
      |||||| |||||||
seq2  TCTGCA-ATTATGC  1104


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |