BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-278O20
Chromosome16 (Build37)
Map Location 92,779,247 - 92,947,329
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666023
Upstream geneItsn1, Atp5o, Mrps6, Slc5a3, Kcne2, 1190017O12Rik, 4930563D23Rik, Kcne1, Dscr1, 2410124H12Rik, Clic6, Runx1
Downstream geneLOC100040747, Setd4, LOC670912, Cbr1, EG435489, Cbr3, Dopey2, Morc3, Chaf1b, Cldn14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-278O20.bB6Ng01-278O20.g
ACCGA079041GA079042
length1,1161,084
definitionB6Ng01-278O20.b B6Ng01-278O20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,779,247 - 92,780,352)(92,946,266 - 92,947,329)
sequence
gaattctctaaggaggagcagtggagcacaggcaagcaaaggagatccct
gactgaggctggactcctgctggtccaggtccactctgctgagcactgtg
atatcacctactgcttttagagtcttcctgaacctgtctttgggacttct
cctttcctccccagctactaaactccttctgcctaggcccctgggtccta
ctgatgagtgaccacctgcaccaagagactgtgacctgttgtttgtgatt
tctacagaggacaaatttcctacttctccctgggctgtagagctaagaaa
tggagattcaacaccctgtgatttgctttggacagatttctcccacacct
gccatgccatctcatgcctttgacactctgcatgtgacagtcccttgaat
atgcagttgggtgtgtcaagggatgcttcattctcatctagtagctgacc
acaggcaggacaccttcaagaccctgtgaaaagagctggagcacctgtct
tccctagctcaaagaggataatatcaatagattttattcagaacagcgag
aagaaccagtttggcgcactcagagcccctgcggtgaccttcattgttct
acatcccatttgggataacctcttagttcatactaaggtgtgagagactg
atagtttcactaattctggtataggtggcagctccagcaaatcagggcaa
aagccaagaacccaggtgatggtctagtgctgggcagttcatctcaattt
ctggcatctcaatttctcaaacaaaacaactacaactacaacaacaacaa
caacaacaacaaagaacacatgagtcccataggagtccctggagtctgct
gtggttctagacacgaaggataggttaggcagaaagccttgattgcagga
cacaccccatgtaggtaacatactacagagggccacgtgccagtcaacag
atatgtttacaatttgcgaatagtaacaggcaataaaatagttccacttt
tccaaaagatgagaaaaattaaacaaagacagatcctcaccacgttggag
tgaacctaagcacgtgatggtcaccatgcttcaggcatgcccctcttggg
aagtcttggtttacac
gaattccagacccccaagaggaagcccagtgttcagcatccaggatcttg
tgtttccacttggcttatgcatagccaaccattcttcttagttagaaaca
aatgaaaacactgtgaaatctaaatcttcaggcttgcaaatggaggcaaa
gatgcagcttttccaagaaggcctccacctgagcctctctggacaagcct
tcaggatcctagccagggtgctgagctgtatctgtgtctagagaacaata
ggcatccatgagatggtgtatgcagtagggtgaaccggatctcctccagt
ggtctcactgcagtaggatgggcgtggtttcctctggtgagatgggtgga
gtctcctcctgtggcctcactgctatgtcttctcctttctgtacacacgt
gtctcatcagctcattgtctccctatactttggaatgttctagattccca
acatcagcactacagggctggcatctttattcagacctgagcatctcctg
acagagccttcccatcactcggccacatgttctaagtttaattcagtggc
agtctccacagtggctagggtccttatccatccatttctattttcagacc
tagaaccttctggtcccttgtttgaaccagtaaatgattctgtagaatga
gctcacactgttaaattcctctcattcattgatctatcacctgtagttcc
agagcactccttactctgggatggtgatggagagaaaaatagagctgctt
tgtctctttctatgcctctaattgttatagcggcaccaaacaatagcaaa
attacccctgactatctagtgagttacatgagggcctgttacatgtgtct
gtttatgtgtgcaaacacatggcacacacacaccaaggtgcacacagaat
gggactttttttcagcacttggattccttgtccacacattctagttactt
ggggagaaaggaatgaaagtaggaagttttccccttgaattatccccatc
agtcagagggtaagaaggctttgcatgttccttaggtatccaattctgtc
tggtttcctggggttggtcacttgcagcatccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_92779247_92780352
seq2: B6Ng01-278O20.b_46_1161

seq1  GAATTCTCTAAGGAGGAGCAGTGGAGCACAGGCAAGCAAAGGAGATCCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAAGGAGGAGCAGTGGAGCACAGGCAAGCAAAGGAGATCCCT  50

seq1  GACTGAGGCTGGACTCCTGCTGGTCCAGGTCCACTCTGCTGAGCACTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGGCTGGACTCCTGCTGGTCCAGGTCCACTCTGCTGAGCACTGTG  100

seq1  ATATCACCTACTGCTTTTAGAGTCTTCCTGAACCTGTCTTTGGGACTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCACCTACTGCTTTTAGAGTCTTCCTGAACCTGTCTTTGGGACTTCT  150

seq1  CCTTTCCTCCCCAGCTACTAAACTCCTTCTGCCTAGGCCCCTGGGTCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTCCCCAGCTACTAAACTCCTTCTGCCTAGGCCCCTGGGTCCTA  200

seq1  CTGATGAGTGACCACCTGCACCAAGAGACTGTGACCTGTTGTTTGTGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGAGTGACCACCTGCACCAAGAGACTGTGACCTGTTGTTTGTGATT  250

seq1  TCTACAGAGGACAAATTTCCTACTTCTCCCTGGGCTGTAGAGCTAAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGAGGACAAATTTCCTACTTCTCCCTGGGCTGTAGAGCTAAGAAA  300

seq1  TGGAGATTCAACACCCTGTGATTTGCTTTGGACAGATTTCTCCCACACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGATTCAACACCCTGTGATTTGCTTTGGACAGATTTCTCCCACACCT  350

seq1  GCCATGCCATCTCATGCCTTTGACACTCTGCATGTGACAGTCCCTTGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGCCATCTCATGCCTTTGACACTCTGCATGTGACAGTCCCTTGAAT  400

seq1  ATGCAGTTGGGTGTGTCAAGGGATGCTTCATTCTCATCTAGTAGCTGACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTTGGGTGTGTCAAGGGATGCTTCATTCTCATCTAGTAGCTGACC  450

seq1  ACAGGCAGGACACCTTCAAGACCCTGTGAAAAGAGCTGGAGCACCTGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAGGACACCTTCAAGACCCTGTGAAAAGAGCTGGAGCACCTGTCT  500

seq1  TCCCTAGCTCAAAGAGGATAATATCAATAGATTTTATTCAGAACAGCGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGCTCAAAGAGGATAATATCAATAGATTTTATTCAGAACAGCGAG  550

seq1  AAGAACCAGTTTGGCGCACTCAGAGCCCCTGCGGTGACCTTCATTGTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACCAGTTTGGCGCACTCAGAGCCCCTGCGGTGACCTTCATTGTTCT  600

seq1  ACATCCCATTTGGGATAACCTCTTAGTTCATACTAAGGTGTGAGAGACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCCATTTGGGATAACCTCTTAGTTCATACTAAGGTGTGAGAGACTG  650

seq1  ATAGTTTCACTAATTCTGGTATAGGTGGCAGCTCCAGCAAATCAGGGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTCACTAATTCTGGTATAGGTGGCAGCTCCAGCAAATCAGGGCAA  700

seq1  AAGCCAAGAACCCAGGTGATGGTCTAGTGCTGGGCAGTTCATCTCAATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAAGAACCCAGGTGATGGTCTAGTGCTGGGCAGTTCATCTCAATTT  750

seq1  CTGGCATCTCAATTTCTCAAACAAAACAACAACAACAACAACAACAACAA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  CTGGCATCTCAATTTCTCAAACAAAACAACTACAACTACAACAACAACAA  800

seq1  CAACAACAACAAAGAACACATGAGTCCCATAGGAGTCCCTGGAGTCTGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACAACAAAGAACACATGAGTCCCATAGGAGTCCCTGGAGTCTGCT  850

seq1  GTGGTTCTAGACACGAAGGATAGGTTAGGCAGAAAGCC-TGATTGCAGGA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTGGTTCTAGACACGAAGGATAGGTTAGGCAGAAAGCCTTGATTGCAGGA  900

seq1  CACACCCCATGTAGGTAACATACTACAGAGGGCCACGTGCCAGTCAACAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCCATGTAGGTAACATACTACAGAGGGCCACGTGCCAGTCAACAG  950

seq1  ATATG-TTACAATTT-CAGATAGTAACAGGGCAATAAAATAAGTCCAC-T  996
      ||||| ||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||  ||||| |
seq2  ATATGTTTACAATTTGCGAATAGTAACA-GGCAATAAAATAGTTCCACTT  999

seq1  TTCCAAAAGATGAGAAAAAATTAAAC-AAGACAGA-GCTCA-CACGTT-G  1042
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||| |||||| |
seq2  TTCCAAAAGATGAG-AAAAATTAAACAAAGACAGATCCTCACCACGTTGG  1048

seq1  AGTG-ACCTAGGCCACGTGATGGTCA-CATGC-TCAGGCATG-CCCTCTT  1088
      |||| ||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||
seq2  AGTGAACCTAAG-CACGTGATGGTCACCATGCTTCAGGCATGCCCCTCTT  1097

seq1  -GGAAGTCTTGGTTCACAC  1106
       ||||||||||||| ||||
seq2  GGGAAGTCTTGGTTTACAC  1116

seq1: chr16_92946266_92947329
seq2: B6Ng01-278O20.g_70_1153 (reverse)

seq1  TGGGATGCTGC-AGTGA-CAACCACAGGAAA-CAGACAGAATGGGATACT  47
      ||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||||| 
seq2  TGGGATGCTGCAAGTGACCAACCCCAGGAAACCAGACAGAATTGGATACC  50

seq1  TAAGG-ACATGCAAAG-CTTCTTA-CCTCTGACTGATGGGGATAATTC-A  93
      ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAAGGAACATGCAAAGCCTTCTTACCCTCTGACTGATGGGGATAATTCAA  100

seq1  GGGGAAA--CTCCTAC-TTCAT--CTTTCT-CCCAAGTAACTAGAATGTG  137
      |||||||   |||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAACTTCCTACTTTCATTCCTTTCTCCCCAAGTAACTAGAATGTG  150

seq1  TGGACAAGGAAT-CAAGTGCTG-AAAAAAGT-CCATTCTGTGTGCACCTT  184
      |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGACAAGGAATCCAAGTGCTGAAAAAAAGTCCCATTCTGTGTGCACCTT  200

seq1  GGTGTGTGTGTGCCATGTGTTTGCACACATAAACAGACACATGT-ACAGG  233
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGTGTGTGTGTGCCATGTGTTTGCACACATAAACAGACACATGTAACAGG  250

seq1  CCCTCATGTAACTCACTAGATAGTCA-GGGTAA-TTTGCTATTGTTTGGT  281
      |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  CCCTCATGTAACTCACTAGATAGTCAGGGGTAATTTTGCTATTGTTTGGT  300

seq1  GCCGCTATAACAATTAGAGGCATAGAAAGAGACAAAGCAGCTCTA-TTTT  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCCGCTATAACAATTAGAGGCATAGAAAGAGACAAAGCAGCTCTATTTTT  350

seq1  CTCTCCATCACCATCCCAGAGTAAGGAGTGCTCTGGAACTACAGGTGATA  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCATCACCATCCCAGAGTAAGGAGTGCTCTGGAACTACAGGTGATA  400

seq1  GATCAATGAATGAGAGGAATTTAACAGTGTGAGCTCATTCTACAGAATCA  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAATGAATGAGAGGAATTTAACAGTGTGAGCTCATTCTACAGAATCA  450

seq1  TTTACTGGTTCAAACAAGGGACCAGAAGGTTCTAGGTCTGAAAATAGAAA  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGGTTCAAACAAGGGACCAGAAGGTTCTAGGTCTGAAAATAGAAA  500

seq1  TGGATGGATAAGGACCCTAGCCACTGTGGAGACTGCCACTGAATTAAACT  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGATAAGGACCCTAGCCACTGTGGAGACTGCCACTGAATTAAACT  550

seq1  TAGAACATGTGGCCGAGTGATGGGAAGGCTCTGTCAGGAGATGCTCAGGT  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACATGTGGCCGAGTGATGGGAAGGCTCTGTCAGGAGATGCTCAGGT  600

seq1  CTGAATAAAGATGCCAGCCCTGTAGTGCTGATGTTGGGAATCTAGAACAT  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATAAAGATGCCAGCCCTGTAGTGCTGATGTTGGGAATCTAGAACAT  650

seq1  TCCAAAGTATAGGGAGACAATGAGCTGATGAGACACGTGTGTACAGAAAG  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGTATAGGGAGACAATGAGCTGATGAGACACGTGTGTACAGAAAG  700

seq1  GAGAAGACATAGCAGTGAGGCCACAGGAGGAGACTCCACCCATCTCACCA  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGACATAGCAGTGAGGCCACAGGAGGAGACTCCACCCATCTCACCA  750

seq1  GAGGAAACCACGCCCATCCTACTGCAGTGAGACCACTGGAGGAGATCCGG  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAACCACGCCCATCCTACTGCAGTGAGACCACTGGAGGAGATCCGG  800

seq1  TTCACCCTACTGCATACACCATCTCATGGATGCCTATTGTTCTCTAGACA  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCCTACTGCATACACCATCTCATGGATGCCTATTGTTCTCTAGACA  850

seq1  CAGATACAGCTCAGCACCCTGGCTAGGATCCTGAAGGCTTGTCCAGAGAG  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACAGCTCAGCACCCTGGCTAGGATCCTGAAGGCTTGTCCAGAGAG  900

seq1  GCTCAGGTGGAGGCCTTCTTGGAAAAGCTGCATCTTTGCCTCCATTTGCA  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGTGGAGGCCTTCTTGGAAAAGCTGCATCTTTGCCTCCATTTGCA  950

seq1  AGCCTGAAGATTTAGATTTCACAGTGTTTTCATTTGTTTCTAACTAAGAA  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGAAGATTTAGATTTCACAGTGTTTTCATTTGTTTCTAACTAAGAA  1000

seq1  GAATGGTTGGCTATGCATAAGCCAAGTGGAAACACAAGATCCTGGATGCT  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGTTGGCTATGCATAAGCCAAGTGGAAACACAAGATCCTGGATGCT  1050

seq1  GAACACTGGGCTTCCTCTTGGGGGTCTGGAATTC  1064
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACTGGGCTTCCTCTTGGGGGTCTGGAATTC  1084