BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280I22
Chromosome16 (Build37)
Map Location 93,105,837 - 93,262,828
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMrps6, Kcne2, 1190017O12Rik, 4930563D23Rik, Kcne1, Dscr1, 2410124H12Rik, Clic6, Runx1, EG666023
Downstream geneLOC100040747, Setd4, LOC670912, Cbr1, EG435489, Cbr3, Dopey2, Morc3, Chaf1b, Cldn14, Sim2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280I22.bB6Ng01-280I22.g
ACCGA080254GA080255
length1,1321,179
definitionB6Ng01-280I22.b B6Ng01-280I22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,105,837 - 93,106,972)(93,261,655 - 93,262,828)
sequence
gaattctgtgttattattgttacagcagcccctacagctctttcagaaaa
tccttgcctgagagcactcatgtggccacagactcaccactcatggagag
ctggcaagagtgtcttgtcctccttgaccaaggtgatgcagccccacagg
gatatgactttataaatttccgaaggggggagttctgtacactcttaggg
aagttttgcaagaatcaaaacttgagacttgctgggtcccttggaagaat
gaacattgcctctggaagttgcactgtcttcatgtgagaagctaacctga
ggtctccctctgtagccagcatcatcagaacaaatcttctctgagagatg
actctatggcaccatgaacaacctctgctagaaatcagtctgtctgtcca
tctctccaagttctccgccataatggaaaatcttctgagaaaggcattag
cctgctatgcatttttgaagtggttatttccattgtttttatttacacgt
gtgcatgcacatgtgtgcacccgtgtctgtgtgaacaaatcccatgtgca
cacatatgtttgcagtactcaggaacaccagaagatgctgtttgatcgct
ggaactggagttacaggtggctgtgcaccacctaaaataggtgctgagaa
ccaaacctgggtcctcagtaagagcagcaagggctcttagctacagagcc
agctctctagctcagagtacttctagaaacacattatagatgacactgtt
tacgtcatctataacattttgacataaaagtagaccatttttgatcttat
gagcagttctgaaatgactttcactcttgtcagttataattatttatttc
ctcagacccaagtccttaaaagtgagattattttaggtcgaattatatat
tttcaaatcttaaaattcagatatcccatttttcttctagcctttgagaa
cagtaaaaaaaaaatgtggtggataagatcagtgctcaacctacacataa
gctattacattatttcctaattttttcagagcaaaggtcctttcattgag
tcatcatctttctcatgagaaaaatgttcatttggttctaaagaggctgt
ggtgaggatgggggccttctcaataggtctgc
gaattcaaggctctctttggcttgagctaccttgaactctttcaaaacaa
aacaaaaacacctcaaaccaaaccaaatcaaaccaaattaacaacacagg
caatcacaatgattagaaagtatccttgaacttggatcttatggcaaagt
caaatttccaaacctatgacatgcagacttcttgcttctctgtacagatt
ggtgataaatagctccagggccacatccagcccagggcaatggcagtcca
ggccagctgtcatggatactattattaggtcatcaccataggaaagcttt
ctttccagatatttctccactacactttattctgtcaacattcactgtag
gtgactgccgaatttatgaaggaactgtgaacttcaacatctaattaaaa
aacaaaacaaaacaaaacaaaagtcttctaaaaatcctgcaatagccacc
tgctcttttacccacatcatgtcctcctgttgctttttgggaggtgctgc
ccaaacattgtccttcatgttctttctgtgcctgtgtggtggctactaga
gactttggtccaccccctttctgactttgcctgcgctgaggggctgagcc
aacagcctagatttcatgagtgttttacctacatgtttagacatggggtc
agtttggatcttatatcaattgttgtgttcattgctgtaaccaagagatt
cataaaaagctagttagggcaggaaggacttattctggcttatagtttga
gggtgcagtctatcgtggtgcggctatcatggtttcagggcataaagcag
ctggtcacatggctccagctatcatggagcagagagacaggaacacagtt
ctcagttcactttctccttttgattcagtctgggatcacagcccatggat
ggtgttgcctgcgttcagggttaggtcctacccctttaggtagagcttcc
atggaaaaccttctcatctgtacaccagaagacgtgtttctatggtgatt
ctaaaccccatcaaatcgatgatggggggtgaaccatcacagtctttgga
tcagcttgcatgtataacccaggccatcacgagcagtttagaagcatgca
tgtggtaccatgtatccaatttaaacaacgatcctagaaacagttgttta
agccattgctaagaactcggtaaggccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_93105837_93106972
seq2: B6Ng01-280I22.b_45_1176

seq1  GAATTCTGTGTTATTATTGTTACAGCAGCCCCTACAGCTCTTTCAGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGTTATTATTGTTACAGCAGCCCCTACAGCTCTTTCAGAAAA  50

seq1  TCCTTGCCTGAGAGCACTCATGTGGCCACAGACTCACCACTCATGGAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCCTGAGAGCACTCATGTGGCCACAGACTCACCACTCATGGAGAG  100

seq1  CTGGCAAGAGTGTCTTGTCCTCCTTGACCAAGGTGATGCAGCCCCACAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAAGAGTGTCTTGTCCTCCTTGACCAAGGTGATGCAGCCCCACAGG  150

seq1  GATATGACTTTATAAATTTCCGAAGGGGGGAGTTCTGTACACTCTTAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGACTTTATAAATTTCCGAAGGGGGGAGTTCTGTACACTCTTAGGG  200

seq1  AAGTTTTGCAAGAATCAAAACTTGAGACTTGCTGGGTCCCTTGGAAGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTGCAAGAATCAAAACTTGAGACTTGCTGGGTCCCTTGGAAGAAT  250

seq1  GAACATTGCCTCTGGAAGTTGCACTGTCTTCATGTGAGAAGCTAACCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTGCCTCTGGAAGTTGCACTGTCTTCATGTGAGAAGCTAACCTGA  300

seq1  GGTCTCCCTCTGTAGCCAGCATCATCAGAACAAATCTTCTCTGAGAGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCCCTCTGTAGCCAGCATCATCAGAACAAATCTTCTCTGAGAGATG  350

seq1  ACTCTATGGCACCATGAACAACCTCTGCTAGAAATCAGTCTGTCTGTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTATGGCACCATGAACAACCTCTGCTAGAAATCAGTCTGTCTGTCCA  400

seq1  TCTCTCCAAGTTCTCCGCCATAATGGAAAATCTTCTGAGAAAGGCATTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCAAGTTCTCCGCCATAATGGAAAATCTTCTGAGAAAGGCATTAG  450

seq1  CCTGCTATGCATTTTTGAAGTGGTTATTTCCATTGTTTTTATTTACACGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTATGCATTTTTGAAGTGGTTATTTCCATTGTTTTTATTTACACGT  500

seq1  GTGCATGCACATGTGTGCACCCGTGTCTGTGTGAACAAATCCCATGTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGCACATGTGTGCACCCGTGTCTGTGTGAACAAATCCCATGTGCA  550

seq1  CACATATGTTTGCAGTACTCAGGAACACCAGAAGATGCTGTTTGATCGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATGTTTGCAGTACTCAGGAACACCAGAAGATGCTGTTTGATCGCT  600

seq1  GGAACTGGAGTTACAGGTGGCTGTGCACCACCTAAAATAGGTGCTGAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGGAGTTACAGGTGGCTGTGCACCACCTAAAATAGGTGCTGAGAA  650

seq1  CCAAACCTGGGTCCTCAGTAAGAGCAGCAAGGGCTCTTAGCTACAGAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCTGGGTCCTCAGTAAGAGCAGCAAGGGCTCTTAGCTACAGAGCC  700

seq1  AGCTCTCTAGCTCAGAGTACTTCTAGAAACACATTATAGATGACACTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTCTAGCTCAGAGTACTTCTAGAAACACATTATAGATGACACTGTT  750

seq1  TACGTCATCTATAACATTTTGACATAAAAGTAGACCATTTTTGATCTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTCATCTATAACATTTTGACATAAAAGTAGACCATTTTTGATCTTAT  800

seq1  GAGCAGTTCTGAAATGACTTTCACTCTTGTCAGTTATAATTATTTATTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGTTCTGAAATGACTTTCACTCTTGTCAGTTATAATTATTTATTTC  850

seq1  CTCAGA-CCAAGTCCTTAAAAGTGAGATTATTTTAGGTCGAATTATATA-  898
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCAGACCCAAGTCCTTAAAAGTGAGATTATTTTAGGTCGAATTATATAT  900

seq1  TTTCAAATCTTAAAAAATTCAGATATCCCATTTT--CTCTAGCCTTTGAG  946
      |||||||||||  |||||||||||||||||||||   |||||||||||||
seq2  TTTCAAATCTT--AAAATTCAGATATCCCATTTTTCTTCTAGCCTTTGAG  948

seq1  AACAGTAAAAAAAAAAATGT-GTGGATAAGATCAGTGCCTCAACCTACAC  995
      |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AACAGT-AAAAAAAAAATGTGGTGGATAAGATCAGTG-CTCAACCTACAC  996

seq1  ATAAGCTATTACATTATTTCCTAATTTTTTTCAGGAGCAAAAGGTCC-TT  1044
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| ||
seq2  ATAAGCTATTACATTATTTCCTAA-TTTTTTCA-GAGC-AAAGGTCCTTT  1043

seq1  CATTGAAGGTCAACCACCTTTCTCATGAGAAAAATGTTCATTT-GTTCTA  1093
      ||||||  ||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CATTGA--GTC-ATCATCTTTCTCATGAGAAAAATGTTCATTTGGTTCTA  1090

seq1  AAGAGGGTTGTGGTGAGGATGGGG--CTTCTCAAATTAGGTCTGC  1136
      |||| || ||||||||||||||||  ||||||||  |||||||||
seq2  AAGA-GGCTGTGGTGAGGATGGGGGCCTTCTCAA--TAGGTCTGC  1132

seq1: chr16_93261655_93262828
seq2: B6Ng01-280I22.g_71_1249 (reverse)

seq1  ATGG-CTTACCGAGTTCTTACCAAT-GCTAAACCAACTGTTCTCTGGGAA  48
      |||| ||||||||||||||| |||| ||| || |||||||| ||| ||  
seq2  ATGGCCTTACCGAGTTCTTAGCAATGGCTTAAACAACTGTT-TCTAGG--  47

seq1  ATCGTTGTTTAAA-TGGATACATGGGTACACATGCATGCTCTAAAACTGC  97
      ||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||   |||||| 
seq2  ATCGTTGTTTAAATTGGATACATGGTACCACATGCATGCTTCTAAACTG-  96

seq1  CTCGTGGATGCCTGGG-TATACATGCAAGCTGATCCAAAGACTGTGATGG  146
      ||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTGATGGCCTGGGTTATACATGCAAGCTGATCCAAAGACTGTGATGG  146

seq1  TTCA-CCCCCATCATCGATTTGATGGGGTTTAGAATCACCATAGAAACAC  195
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCCCCCATCATCGATTTGATGGGGTTTAGAATCACCATAGAAACAC  196

seq1  GTCTTCTGGTGTACAGATGAGAAGG-TTTCCATGG-AGCTCTACCT-AAG  242
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||
seq2  GTCTTCTGGTGTACAGATGAGAAGGTTTTCCATGGAAGCTCTACCTAAAG  246

seq1  GGGTAGGACCT-ACCCTGAACGCAGGCAACACCATCCATGGGCTGTGATC  291
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGGACCTAACCCTGAACGCAGGCAACACCATCCATGGGCTGTGATC  296

seq1  CCAGACTGAATCAAAAGGAGAAAGTGAACTGAGAACTGTGTTCCTGTCTC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACTGAATCAAAAGGAGAAAGTGAACTGAGAACTGTGTTCCTGTCTC  346

seq1  TCTGCTCCATGATAGCTGGAGCCATGTGACCAGCTGCTTTATGCCCTGAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCCATGATAGCTGGAGCCATGTGACCAGCTGCTTTATGCCCTGAA  396

seq1  ACCATGATAGCCGCACCACGATAGACTGCACCCTCAAACTATAAGCCAGA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGATAGCCGCACCACGATAGACTGCACCCTCAAACTATAAGCCAGA  446

seq1  ATAAGTCCTTCCTGCCCTAACTAGCTTTTTATGAATCTCTTGGTTACAGC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTCCTTCCTGCCCTAACTAGCTTTTTATGAATCTCTTGGTTACAGC  496

seq1  AATGAACACAACAATTGATATAAGATCCAAACTGACCCCATGTCTAAACA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAACACAACAATTGATATAAGATCCAAACTGACCCCATGTCTAAACA  546

seq1  TGTAGGTAAAACACTCATGAAATCTAGGCTGTTGGCTCAGCCCCTCAGCG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGTAAAACACTCATGAAATCTAGGCTGTTGGCTCAGCCCCTCAGCG  596

seq1  CAGGCAAAGTCAGAAAGGGGGTGGACCAAAGTCTCTAGTAGCCACCACAC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAAAGTCAGAAAGGGGGTGGACCAAAGTCTCTAGTAGCCACCACAC  646

seq1  AGGCACAGAAAGAACATGAAGGACAATGTTTGGGCAGCACCTCCCAAAAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACAGAAAGAACATGAAGGACAATGTTTGGGCAGCACCTCCCAAAAA  696

seq1  GCAACAGGAGGACATGATGTGGGTAAAAGAGCAGGTGGCTATTGCAGGAT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGGAGGACATGATGTGGGTAAAAGAGCAGGTGGCTATTGCAGGAT  746

seq1  TTTTAGAAGACTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTAATTAGATGTTGA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAAGACTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTAATTAGATGTTGA  796

seq1  AGTTCACAGTTCCTTCATAAATTCGGCAGTCACCTACAGTGAATGTTGAC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCACAGTTCCTTCATAAATTCGGCAGTCACCTACAGTGAATGTTGAC  846

seq1  AGAATAAAGTGTAGTGGAGAAATATCTGGAAAGAAAGCTTTCCTATGGTG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAAAGTGTAGTGGAGAAATATCTGGAAAGAAAGCTTTCCTATGGTG  896

seq1  ATGACCTAATAATAGTATCCATGACAGCTGGCCTGGACTGCCATTGCCCT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTAATAATAGTATCCATGACAGCTGGCCTGGACTGCCATTGCCCT  946

seq1  GGGCTGGATGTGGCCCTGGAGCTATTTATCACCAATCTGTACAGAGAAGC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGATGTGGCCCTGGAGCTATTTATCACCAATCTGTACAGAGAAGC  996

seq1  AAGAAGTCTGCATGTCATAGGTTTGGAAATTTGACTTTGCCATAAGATCC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTCTGCATGTCATAGGTTTGGAAATTTGACTTTGCCATAAGATCC  1046

seq1  AAGTTCAAGGATACTTTCTAATCATTGTGATTGCCTGTGTTGTTAATTTG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCAAGGATACTTTCTAATCATTGTGATTGCCTGTGTTGTTAATTTG  1096

seq1  GTTTGATTTGGTTTGGTTTGAGGTGTTTTTGTTTTGTTTTGAAAGAGTTC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATTTGGTTTGGTTTGAGGTGTTTTTGTTTTGTTTTGAAAGAGTTC  1146

seq1  AAGGTAGCTCAAGCCAAAGAGAGCCTTGAATTC  1174
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAGCTCAAGCCAAAGAGAGCCTTGAATTC  1179