BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284C07
Chromosome16 (Build37)
Map Location 92,811,215 - 92,998,786
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666023
Upstream geneItsn1, Atp5o, Mrps6, Slc5a3, Kcne2, 1190017O12Rik, 4930563D23Rik, Kcne1, Dscr1, 2410124H12Rik, Clic6, Runx1
Downstream geneLOC100040747, Setd4, LOC670912, Cbr1, EG435489, Cbr3, Dopey2, Morc3, Chaf1b, Cldn14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284C07.bB6Ng01-284C07.g
ACCGA082920GA082921
length1,075171
definitionB6Ng01-284C07.b B6Ng01-284C07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,811,215 - 92,812,280)(92,998,616 - 92,998,786)
sequence
gaattcaatgctgcaagtgtacttgtctcacacctagtaggtgctcaagg
agtgtcgccctaagcttagtttaaatggatttaagttaaccctcagcctg
gggcactcactttaccaaagactgagacgaatgggctgttttctccttct
caggtgcacggttccaggaaacaccacaaagccaccttttgaaggtaaca
gaggcggctcccctgcctcagatccacggcagtctttacaattgcttgtt
acttacttcttgacattctctgggtatctcccgtcttgtgtgtttcatct
ccagacttttgataggtctgcatgggttgggtcatttccttactttacaa
atgggactccaaaaggttaaaacatggctccagttggctttggtagtaga
tcctagtgattgggtaggaaccaatggctgggtgcaaagccttccccaag
agggtgggaaccaagggctgggtgcaaggccttccccaagagtgtaggaa
ccaagggctgggtgcaaggccttccccaagagggtgggaaccaatggata
ggtgcaaggcctttcccaagaggataggagccaatggctgggtgcaaggc
ctccccaaggcccctgtctgcccaggtctctgtgtgttagtctccctctg
aggatggcccattgaagagggtctaatggtccagaatacttgagtcctct
tggatccctgctggaatgattggaatggtactgtgagtgaaaaaatggaa
gttctgaaggagaggcagaggtttgtgaggattctctgattcagggatgt
ccttagaaggacgggaaagtacatcccgacttgcgtttgaagctttgcaa
tttcattcgagctgtgctttacaatgcatattctacaaaggtctcaacag
tggtgtgggcgtgtcacatataattaaagacctatgcgaagattgtggac
ctgcttagcagtttgccaagggtttggtagcaacatcagagcctgaggtg
gcttggttactccttgctgcccaatgagaaaggcttccctcctaaagtcc
agtgtggtcccgagagtgctgtggg
aatatcatcttctggtttgtttatgagtacatggaatatagcaagtaacc
tgatgttttagttccttttctgttgctatgttttaaaacacttggaaaga
agaatcagaggaagaatgaagaagaagaagaagaagaagaagaagaagga
ggaggaggaggaggaggagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_92811215_92812280
seq2: B6Ng01-284C07.b_52_1126

seq1  GAATTCAATGCTGCAAGTGTACTTGTCTCACACCTAGTAGGTGCTCAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGCTGCAAGTGTACTTGTCTCACACCTAGTAGGTGCTCAAGG  50

seq1  AGTGTCGCCCTAAGCTTAGTTTAAATGGATTTAAGTTAACCCTCAGCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCGCCCTAAGCTTAGTTTAAATGGATTTAAGTTAACCCTCAGCCTG  100

seq1  GGGCACTCACTTTACCAAAGACTGAGACGAATGGGCTGTTTTCTCCTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACTCACTTTACCAAAGACTGAGACGAATGGGCTGTTTTCTCCTTCT  150

seq1  CAGGTGCACGGTTCCAGGAAACACCACAAAGCCACCTTTTGAAGGTAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGCACGGTTCCAGGAAACACCACAAAGCCACCTTTTGAAGGTAACA  200

seq1  GAGGCGGCTCCCCTGCCTCAGATCCACGGCAGTCTTTACAATTGCTTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCGGCTCCCCTGCCTCAGATCCACGGCAGTCTTTACAATTGCTTGTT  250

seq1  ACTTACTTCTTGACATTCTCTGGGTATCTCCCGTCTTGTGTGTTTCATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTTCTTGACATTCTCTGGGTATCTCCCGTCTTGTGTGTTTCATCT  300

seq1  CCAGACTTTTGATAGGTCTGCATGGGTTGGGTCATTTCCTTACTTTACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACTTTTGATAGGTCTGCATGGGTTGGGTCATTTCCTTACTTTACAA  350

seq1  ATGGGACTCCAAAAGGTTAAAACATGGCTCCAGTTGGCTTTGGTAGTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGACTCCAAAAGGTTAAAACATGGCTCCAGTTGGCTTTGGTAGTAGA  400

seq1  TCCTAGTGATTGGGTAGGAACCAATGGCTGGGTGCAAAGCCTTCCCCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGTGATTGGGTAGGAACCAATGGCTGGGTGCAAAGCCTTCCCCAAG  450

seq1  AGGGTGGGAACCAAGGGCTGGGTGCAAGGCCTTCCCCAAGAGTGTAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGGGAACCAAGGGCTGGGTGCAAGGCCTTCCCCAAGAGTGTAGGAA  500

seq1  CCAAGGGCTGGGTGCAAGGCCTTCCCCAAGAGGGTGGGAACCAATGGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGGCTGGGTGCAAGGCCTTCCCCAAGAGGGTGGGAACCAATGGATA  550

seq1  GGTGCAAGGCCTTTCCCAAGAGGATAGGAGCCAATGGCTGGGTGCAAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAAGGCCTTTCCCAAGAGGATAGGAGCCAATGGCTGGGTGCAAGGC  600

seq1  CTCCCCAAGGCCCCTGTCTGCCCAGGTCTCTGTGTGTTAGTCTCCCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCAAGGCCCCTGTCTGCCCAGGTCTCTGTGTGTTAGTCTCCCTCTG  650

seq1  AGGATGGCCCATTGAAGAGGGTCTAATGGTCCAGAATACTTGAGTCCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGCCCATTGAAGAGGGTCTAATGGTCCAGAATACTTGAGTCCTCT  700

seq1  TGGATCCCTGCTGGAATGATTGGAATGGTACTGTGAGTGAAAAAATGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCCTGCTGGAATGATTGGAATGGTACTGTGAGTGAAAAAATGGAA  750

seq1  GTTCTGAAGGAGAGGCAGAGGTTTGTGAGGATTCTCTGATTCAGGGATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGAAGGAGAGGCAGAGGTTTGTGAGGATTCTCTGATTCAGGGATGT  800

seq1  CCTTAGAAGGACGGGAAAGTACATCCCGACTTGCGTTTGAAGCTTTGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGAAGGACGGGAAAGTACATCCCGACTTGCGTTTGAAGCTTTGCAA  850

seq1  TTTCATTCGAGCTGTGCTTTACAATGCATATTCTACAAAGGTCTCAACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTCGAGCTGTGCTTTACAATGCATATTCTACAAAGGTCTCAACAG  900

seq1  TGGTGTGGGCGTGTCACATATAAATAAAGACCTATGCGAAGATTGTGGAC  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGGGCGTGTCACATATAATTAAAGACCTATGCGAAGATTGTGGAC  950

seq1  CTGCTTAGCAGTTTGCCA--GGGTTGGTAGCAACATCAAGAGCCTGAGGT  998
      ||||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGCTTAGCAGTTTGCCAAGGGTTTGGTAGCAACATC-AGAGCCTGAGGT  999

seq1  GGCT--GGTACTCC-TGCTGCCCATGGAGAAA-GCTT-CCTC--TAAGT-  1040
      ||||  | |||||| |||||||||  |||||| |||| ||||   |||| 
seq2  GGCTTGGTTACTCCTTGCTGCCCAATGAGAAAGGCTTCCCTCCTAAAGTC  1049

seq1  CAGTGT-GTCCCGAGAGTGCTGGTGGG  1066
      |||||| |||||||||||||| |||||
seq2  CAGTGTGGTCCCGAGAGTGCT-GTGGG  1075

seq1: chr16_92998616_92998786
seq2: B6Ng01-284C07.g_74_244 (reverse)

seq1  TCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT  50

seq1  CTTCATTCTTCCTCTGATTCTTCTTTCCAAGTGTTTTAAAACATAGCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTCTTCCTCTGATTCTTCTTTCCAAGTGTTTTAAAACATAGCAAC  100

seq1  AGAAAAGGAACTAAAACATCAGGTTACTTGCTATATTCCATGTACTCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGGAACTAAAACATCAGGTTACTTGCTATATTCCATGTACTCATA  150

seq1  AACAAACCAGAAGATGATATT  171
      |||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACCAGAAGATGATATT  171