BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-286H16
Chromosome16 (Build37)
Map Location 55,079,327 - 55,209,793
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043442, LOC100043449, LOC667927, LOC436421
Downstream geneZpld1, Nfkbiz, Gm1752, Lrriq2, EG667966, LOC629242, Rpl24, Zbtb11, Pcnp, Rg9mtd1, Senp7, Impg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-286H16.bB6Ng01-286H16.g
ACCGA084665GA084666
length8901,100
definitionB6Ng01-286H16.b B6Ng01-286H16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,079,327 - 55,080,216)(55,208,693 - 55,209,793)
sequence
gaattccacacccctaagtcccttaccccataaaaacacctagcttcaga
gcctcgtggttgaatccactgtctcctgcatgagatacatttcaacccgg
agctccgtcattaaacaacctcgtgtttttacatcaaggcattgtattct
attcatgattcttgggtgcacaccgaatcgggagttgagtgggggtttcc
ccactcggttctatcagtcacatgactagaaacatcaggtagactctaag
cactgggagcctcagttctatgactgaagtgaaatggatttttgtgaata
gccatgtcactatggaaaagaacatcaatctccctaaagaaacacaaata
tataggattgtagagatggctccatcattaaaactcttattttgcaatgt
tgaagacatgagtctgatacccagaagccactaaaaatgccaaccatagt
tgtgaatgtataatcactgtgttagagagctgaatattcctgaggctctc
ttgctggccactctagcctaattgataagcccaaggctagtgagaggctg
tcttaaaatataaagtccatggtgtccaaggagcaacaacacccaagatt
gtcctctagcctacacatacatgtgaatacatgtgcatgcctacacatac
atatgtgcatgtgcacacatgcagcacaagtagaaataatattttaagta
aatgcataatgtagccaaactcatgattcagtttcaaccttatgagtcag
agcagagaattcagttacttcctgcccataaaaactataagacataaaca
tgtattgtttaagttgctaagtttgtattggtttgctacagagcaatagg
aagaatcaaggggagggggaaatggtgaaagtagggataa

gaattccataacccttttgtagcaaattcatttttctgcttaaccaaaga
gacaatatgctttaaacagatatctcctctgttagtgcttccctgggagg
gaaacaattttatcagcctttcctttattccatttgttaactcttagaca
gaaaaatgatttaaataaagtgacatccatgtaagggttagacagaggaa
agagagaaatgcaacatggaggtgttcttgttataagacaaacatcttca
ttgtttctttaaggtttgtgcttatgtggcctttccatttgaattagccc
tcaaaaatttgcctgaagtcccttcagtcttcatttccttagagctattc
taattacatcctttcttgaaactgttattctataaccaaatgcagggata
atgatgaggtaaagaaaaagaatcttcagtagttaagctgagatctcagt
aaagatggacatgataagagcctgttggccagatgcagatgcacatgtat
atccacacaaaagtgcagtgtgaagaaggggacaaaggagaccctcattc
ttagcctgctaccaggccatttggacacatcattaattacttcatgccac
cacttggtgcacagtgaccttctaagtgttcccaatggcccgagcattaa
cccacggcagtctaggcagcaaagttaaaagtcaggtgactggaaacctt
tccctttgactgtatttaatgcctttggtaccagtactgccacattaaat
gattgatagaaggacaatggtttttatcacctaggtgtttggaaatttga
tataacagggtctgaaagtgaaagtgactctacgttgatgctctagcatc
agtatatgcacaccatagtaattaaaaaagaacgtggcagagatcttcat
gtttctttagtggcacctactgccattatcataaattatgacagctcctt
gattgtagcttagagcaacacacttctcttgactaaataatgaataattt
agagacagtcaaattaaaaattttggagatctgcagatctcctgttagaa
catgagatgtaacagagaaccaccacatgtctttagaattaaacatgtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_55079327_55080216
seq2: B6Ng01-286H16.b_46_935

seq1  GAATTCCACACCCCTAAGTCCCTTACCCCATAAAAACACCTAGCTTCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACACCCCTAAGTCCCTTACCCCATAAAAACACCTAGCTTCAGA  50

seq1  GCCTCGTGGTTGAATCCACTGTCTCCTGCATGAGATACATTTCAACCCGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCGTGGTTGAATCCACTGTCTCCTGCATGAGATACATTTCAACCCGG  100

seq1  AGCTCCGTCATTAAACAACCTCGTGTTTTTACATCAAGGCATTGTATTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCGTCATTAAACAACCTCGTGTTTTTACATCAAGGCATTGTATTCT  150

seq1  ATTCATGATTCTTGGGTGCACACCGAATCGGGAGTTGAGTGGGGGTTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATGATTCTTGGGTGCACACCGAATCGGGAGTTGAGTGGGGGTTTCC  200

seq1  CCACTCGGTTCTATCAGTCACATGACTAGAAACATCAGGTAGACTCTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCGGTTCTATCAGTCACATGACTAGAAACATCAGGTAGACTCTAAG  250

seq1  CACTGGGAGCCTCAGTTCTATGACTGAAGTGAAATGGATTTTTGTGAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGAGCCTCAGTTCTATGACTGAAGTGAAATGGATTTTTGTGAATA  300

seq1  GCCATGTCACTATGGAAAAGAACATCAATCTCCCTAAAGAAACACAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTCACTATGGAAAAGAACATCAATCTCCCTAAAGAAACACAAATA  350

seq1  TATAGGATTGTAGAGATGGCTCCATCATTAAAACTCTTATTTTGCAATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGATTGTAGAGATGGCTCCATCATTAAAACTCTTATTTTGCAATGT  400

seq1  TGAAGACATGAGTCTGATACCCAGAAGCCACTAAAAATGCCAACCATAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACATGAGTCTGATACCCAGAAGCCACTAAAAATGCCAACCATAGT  450

seq1  TGTGAATGTATAATCACTGTGTTAGAGAGCTGAATATTCCTGAGGCTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATGTATAATCACTGTGTTAGAGAGCTGAATATTCCTGAGGCTCTC  500

seq1  TTGCTGGCCACTCTAGCCTAATTGATAAGCCCAAGGCTAGTGAGAGGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGCCACTCTAGCCTAATTGATAAGCCCAAGGCTAGTGAGAGGCTG  550

seq1  TCTTAAAATATAAAGTCCATGGTGTCCAAGGAGCAACAACACCCAAGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAATATAAAGTCCATGGTGTCCAAGGAGCAACAACACCCAAGATT  600

seq1  GTCCTCTAGCCTACACATACATGTGAATACATGTGCATGCCTACACATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCTAGCCTACACATACATGTGAATACATGTGCATGCCTACACATAC  650

seq1  ATATGTGCATGTGCACACATGCAGCACAAGTAGAAATAATATTTTAAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGCATGTGCACACATGCAGCACAAGTAGAAATAATATTTTAAGTA  700

seq1  AATGCATAATGTAGCCAAACTCATGATTCAGTTTCAACCTTATGAGTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCATAATGTAGCCAAACTCATGATTCAGTTTCAACCTTATGAGTCAG  750

seq1  AGCAGAGAATTCAGTTACTTCCTGCCCATAAAAACTATAAGACATAAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGAATTCAGTTACTTCCTGCCCATAAAAACTATAAGACATAAACA  800

seq1  TGTATTGTTTAAGTTGCTAAGTTTGTATTGGTTTGCTACAGAGCAATAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTGTTTAAGTTGCTAAGTTTGTATTGGTTTGCTACAGAGCAATAGG  850

seq1  AAGAATCAAGGGGAGGGGGAAATGGTGAAAGTAGGGATAA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATCAAGGGGAGGGGGAAATGGTGAAAGTAGGGATAA  890


seq1: chr16_55208693_55209793
seq2: B6Ng01-286H16.g_65_1164 (reverse)

seq1  TCACATGTTTA--TCTAAAGACATGT-GTG--TCTCTGTTACATCTTCAT  45
      |||||||||||  ||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||
seq2  TCACATGTTTAATTCTAAAGACATGTGGTGGTTCTCTGTTACATC-TCAT  49

seq1  GTTCTAACAGGAGATCTGCAGATCTTCCAAAATTTTTAATTTGACTGTCT  95
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAACAGGAGATCTGCAGATC-TCCAAAATTTTTAATTTGACTGTCT  98

seq1  CTAAATTATTCATTATTTAGTTCAAGAGAAGTGGTGTTTGCTCTTAGCTA  145
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||
seq2  CTAAATTATTCATTATTTAG-TCAAGAGAAGT-GTG-TTGCTCTAAGCTA  145

seq1  CAATCAAGGAGCTGTCATAATTTATGATAATGGCAGTAGGTGCCACCTAA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAATCAAGGAGCTGTCATAATTTATGATAATGGCAGTAGGTGCCA-CTAA  194

seq1  AGAAACATGAAGATCTCTGCCACCTTCTTTTTTAATTACTATGGTGTGCA  245
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACATGAAGATCTCTGCCACGTTCTTTTTTAATTACTATGGTGTGCA  244

seq1  TATACTGATGCTAGAGCATCAACGTAGAGTCACTTTCACTTTCAGACCCT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGATGCTAGAGCATCAACGTAGAGTCACTTTCACTTTCAGACCCT  294

seq1  GTTATATCAAATTTCCAAACACCTAGGTGATAAAAACCATTGTCCTTCTA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATATCAAATTTCCAAACACCTAGGTGATAAAAACCATTGTCCTTCTA  344

seq1  TCAATCATTTAATGTGGCAGTACTGGTACCAAAGGCATTAAATACAGTCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCATTTAATGTGGCAGTACTGGTACCAAAGGCATTAAATACAGTCA  394

seq1  AAGGGAAAGGTTTCCAGTCACCTGACTTTTAACTTTGCTGCCTAGACTGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAAGGTTTCCAGTCACCTGACTTTTAACTTTGCTGCCTAGACTGC  444

seq1  CGTGGGTTAATGCTCGGGCCATTGGGAACACTTAGAAGGTCACTGTGCAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGGTTAATGCTCGGGCCATTGGGAACACTTAGAAGGTCACTGTGCAC  494

seq1  CAAGTGGTGGCATGAAGTAATTAATGATGTGTCCAAATGGCCTGGTAGCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGGTGGCATGAAGTAATTAATGATGTGTCCAAATGGCCTGGTAGCA  544

seq1  GGCTAAGAATGAGGGTCTCCTTTGTCCCCTTCTTCACACTGCACTTTTGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAGAATGAGGGTCTCCTTTGTCCCCTTCTTCACACTGCACTTTTGT  594

seq1  GTGGATATACATGTGCATCTGCATCTGGCCAACAGGCTCTTATCATGTCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATATACATGTGCATCTGCATCTGGCCAACAGGCTCTTATCATGTCC  644

seq1  ATCTTTACTGAGATCTCAGCTTAACTACTGAAGATTCTTTTTCTTTACCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTACTGAGATCTCAGCTTAACTACTGAAGATTCTTTTTCTTTACCT  694

seq1  CATCATTATCCCTGCATTTGGTTATAGAATAACAGTTTCAAGAAAGGATG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTATCCCTGCATTTGGTTATAGAATAACAGTTTCAAGAAAGGATG  744

seq1  TAATTAGAATAGCTCTAAGGAAATGAAGACTGAAGGGACTTCAGGCAAAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAGAATAGCTCTAAGGAAATGAAGACTGAAGGGACTTCAGGCAAAT  794

seq1  TTTTGAGGGCTAATTCAAATGGAAAGGCCACATAAGCACAAACCTTAAAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGGGCTAATTCAAATGGAAAGGCCACATAAGCACAAACCTTAAAG  844

seq1  AAACAATGAAGATGTTTGTCTTATAACAAGAACACCTCCATGTTGCATTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATGAAGATGTTTGTCTTATAACAAGAACACCTCCATGTTGCATTT  894

seq1  CTCTCTTTCCTCTGTCTAACCCTTACATGGATGTCACTTTATTTAAATCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTTCCTCTGTCTAACCCTTACATGGATGTCACTTTATTTAAATCA  944

seq1  TTTTTCTGTCTAAGAGTTAACAAATGGAATAAAGGAAAGGCTGATAAAAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTGTCTAAGAGTTAACAAATGGAATAAAGGAAAGGCTGATAAAAT  994

seq1  TGTTTCCCTCCCAGGGAAGCACTAACAGAGGAGATATCTGTTTAAAGCAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCCTCCCAGGGAAGCACTAACAGAGGAGATATCTGTTTAAAGCAT  1044

seq1  ATTGTCTCTTTGGTTAAGCAGAAAAATGAATTTGCTACAAAAGGGTTATG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTCTTTGGTTAAGCAGAAAAATGAATTTGCTACAAAAGGGTTATG  1094

seq1  GAATTC  1101
      ||||||
seq2  GAATTC  1100


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |