BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288P18
Chromosome16 (Build37)
Map Location 34,149,792 - 34,309,858
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKalrn
Upstream geneOsbpl11, Snx4, Zfp148, Slc12a8, 4632417D23Rik, Heg1, Muc13, Itgb5, Umps, LOC100043670
Downstream geneRopn1, Ccdc14, Mylk, Ptplb, Adcy5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288P18.bB6Ng01-288P18.g
ACCGA086506GA086507
length1,1341,183
definitionB6Ng01-288P18.b B6Ng01-288P18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,149,792 - 34,150,921)(34,308,693 - 34,309,858)
sequence
gaattctgagagtggggcccaggatctgtgtttcaacaagcacttgaggt
aactgtgatatatatcggactcatacatattatatgagtttgagaatgac
tgctttaggccaaaggaggaaatggaaaactaggatctgagcatttggat
gtgccagagaaagtggcttggggtcttttccagtcactctatagcactag
ctgtttagagctgggtacaaagtgacatgttacgttgtgttaaaggcact
tctccgttacacataaaaagagcagacatatctgcaatctgtaaactcat
gtgtattatacacagattatatatgtgtgtatgtgttacatgttgatctg
gcacaccaggttctcttaacaatgcatccctacctctgccatgctctgcc
ttccctccttgatctatcttccttgtaacaatcattgctttctaatatga
tgcgttaactctccgtgctttgtctctctcttccaatgacaactttatct
tctgaaggtgacaggtttaattccttcctgtatttggccatactaccctg
gaacatgtcctctcatcattcacgttcctagctctgagaaccttgcctag
cccctactattccctcagtaaatatttgttgagtgagtgacttcttgctc
tgggagctaaaaataaccactggggtcaaaccaaacactgtagcacctgt
gtaccccctaacctatatgtgtcagtttcacgacagcaggaaactctgtc
cacaaacaaggctctggtcagtgccatccacaggagcatagttcatcatt
tccaaatgtccccttttgggtctcactagttatggggcagtgccttaagt
gcctgacatgttcatacagctgtctggggctagtatatagctatgcaaag
gaacggtgagacacatttagaaatgataacataaaaacagaagtcagggg
cccgggttctagtttttacttctgcctataagttgtcatatgccattagg
cattatagcattgtctgccttggttcagcttactggcctcattcttcttc
aattgtaatacagtcttgtccatggtggtagtctgactaagccatgtttc
tgaactgggtgtgttcatatggaacaagtctttt
gaattccaaggagtataggttgagggcaaaagatggaagggttcaggagc
tagatgaagagaggagttgattgcagctgcagctggctcaaagttcatca
tagtggctccccagactgccttcatctgatccctctcaggtggctgttaa
agatgcaggatggaataaaaatgtccaaacttggggatcatcacatacat
cttaataactgttgctccggtgagtttgcacggtcaaagggaaggcttcg
catcttgggctctcacgcttgttggctgtgtggccccaatcaagtagcat
tagtatgctgagcttcgggtccttccgtgaagtgaagctcccgagtagcg
tcatgggatgtaaggatagcatgtgccgtgttcctggacagcaatgcaga
ctaaatatggagagtcttgttagtatagggagcacacagggtacttttga
gctaaatcagatcccagcagctctgatccaaatggcccccaggctttgtg
ctatgacagggctgtgcctctacccatggccatagatctctaaatttact
cattgtaaaatacaaaagtagggagcagaagagcttcatgactatacact
attccatgaggtacaggggacatggtcatacagacagacggactgcttct
cacatcttctcatggctctgggaggttcctctcagcctctacagatgtgg
agactgagatacagagatggattttatgttgatttgaatttctaagactt
gaccactgtcttcaccacctatctctgagcatagcattgagatacagtat
ttgttcagagtcccccatggagaactgtcttagcttcagcactaggttat
ctctgttcacatctttggagggggtcacctctgctctatctatgagctgc
cctccctcaccactgcactgcagaggtggagatagacgtcggacccaggg
gtgggcgggatactttcctctcttgctttagcctaattcgacaacatcac
ttctttgaaccccaacaaattgttggacccttcccaataagaatgtaagc
tgcttctatgttcctgggaagctgcaaggctggggaaagggcctcctggc
tcatccaccacaagcctagagcaaacctttctaaggttagaagaaaaggc
catcttttcttctcacacacctttcgtcttcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_34149792_34150921
seq2: B6Ng01-288P18.b_54_1187

seq1  GAATTCTGAGAGTGGGGCCCAGGATCTGTGTTTCAACAAGCACTTGAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGAGTGGGGCCCAGGATCTGTGTTTCAACAAGCACTTGAGGT  50

seq1  AACTGTGATATATATCGGACTCATACATATTATATGAGTTTGAGAATGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGATATATATCGGACTCATACATATTATATGAGTTTGAGAATGAC  100

seq1  TGCTTTAGGCCAAAGGAGGAAATGGAAAACTAGGATCTGAGCATTTGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAGGCCAAAGGAGGAAATGGAAAACTAGGATCTGAGCATTTGGAT  150

seq1  GTGCCAGAGAAAGTGGCTTGGGGTCTTTTCCAGTCACTCTATAGCACTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAGAGAAAGTGGCTTGGGGTCTTTTCCAGTCACTCTATAGCACTAG  200

seq1  CTGTTTAGAGCTGGGTACAAAGTGACATGTTACGTTGTGTTAAAGGCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAGAGCTGGGTACAAAGTGACATGTTACGTTGTGTTAAAGGCACT  250

seq1  TCTCCGTTACACATAAAAAGAGCAGACATATCTGCAATCTGTAAACTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCGTTACACATAAAAAGAGCAGACATATCTGCAATCTGTAAACTCAT  300

seq1  GTGTATTATACACAGATTATATATGTGTGTATGTGTTACATGTTGATCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATTATACACAGATTATATATGTGTGTATGTGTTACATGTTGATCTG  350

seq1  GCACACCAGGTTCTCTTAACAATGCATCCCTACCTCTGCCATGCTCTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCAGGTTCTCTTAACAATGCATCCCTACCTCTGCCATGCTCTGCC  400

seq1  TTCCCTCCTTGATCTATCTTCCTTGTAACAATCATTGCTTTCTAATATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCCTTGATCTATCTTCCTTGTAACAATCATTGCTTTCTAATATGA  450

seq1  TGCGTTAACTCTCCGTGCTTTGTCTCTCTCTTCCAATGACAACTTTATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTTAACTCTCCGTGCTTTGTCTCTCTCTTCCAATGACAACTTTATCT  500

seq1  TCTGAAGGTGACAGGTTTAATTCCTTCCTGTATTTGGCCATACTACCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGGTGACAGGTTTAATTCCTTCCTGTATTTGGCCATACTACCCTG  550

seq1  GAACATGTCCTCTCATCATTCACGTTCCTAGCTCTGAGAACCTTGCCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGTCCTCTCATCATTCACGTTCCTAGCTCTGAGAACCTTGCCTAG  600

seq1  CCCCTACTATTCCCTCAGTAAATATTTGTTGAGTGAGTGACTTCTTGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTACTATTCCCTCAGTAAATATTTGTTGAGTGAGTGACTTCTTGCTC  650

seq1  TGGGAGCTAAAAATAACCACTGGGGTCAAACCAAACACTGTAGCACCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCTAAAAATAACCACTGGGGTCAAACCAAACACTGTAGCACCTGT  700

seq1  GTACCCCCTAACCTATATGTGTCAGTTTCACGACAGCAGGAAACTCTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCCCTAACCTATATGTGTCAGTTTCACGACAGCAGGAAACTCTGTC  750

seq1  CACAAACAAGGCTCTGGTCAGTGCCATCCACAGGAGCATAGTTCATCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACAAGGCTCTGGTCAGTGCCATCCACAGGAGCATAGTTCATCATT  800

seq1  TCCAAATGTCCCC-TTTGGGTCTCACTAGTTATGGGGCAGTGCCTTAAGT  849
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATGTCCCCTTTTGGGTCTCACTAGTTATGGGGCAGTGCCTTAAGT  850

seq1  GCCTGACATGTTCATACAGCTGTCTGGGGCTAGTATATAGCTATGCAAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGACATGTTCATACAGCTGTCTGGGGCTAGTATATAGCTATGCAAAG  900

seq1  GAACGGTGAGACACA-TTAGAAATGATAACATAAAAACAGAAGTCAGGGG  948
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGGTGAGACACATTTAGAAATGATAACATAAAAACAGAAGTCAGGGG  950

seq1  CCCGGGTTCTAGTTTTTAC-TCTGCCTATAAGTTGTCATATGCCATTAGG  997
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGGTTCTAGTTTTTACTTCTGCCTATAAGTTGTCATATGCCATTAGG  1000

seq1  CA-TATAGCATTGTCTGCCTTGGTTTCAGCTTACTGGCCTCATTTCTTCT  1046
      || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| 
seq2  CATTATAGCATTGTCTGCCTTGG-TTCAGCTTACTGGCCTCA-TTCTTC-  1047

seq1  TTCAATTGTTATACA-TC-TGTCCATG--TGTAGTCTGACTAAAGCATGT  1092
      ||||||||| ||||| || ||||||||   |||||||||||||  |||||
seq2  TTCAATTGTAATACAGTCTTGTCCATGGTGGTAGTCTGACTAAGCCATGT  1097

seq1  TTCCTGAACT-GGTGTGTTCCATAT-GAACAGGGTCTTTT  1130
      || ||||||| |||||||| ||||| |||||  |||||||
seq2  TT-CTGAACTGGGTGTGTT-CATATGGAACA-AGTCTTTT  1134

seq1: chr16_34308693_34309858
seq2: B6Ng01-288P18.g_73_1255 (reverse)

seq1  CTGAAG----CAGGTGT----GGAGTTAAGATGGCCCTTTTCTCTTAC--  40
      ||||||     ||||||    | ||  ||||||||| |||  ||| ||  
seq2  CTGAAGACGAAAGGTGTGTGAGAAGAAAAGATGGCCTTTTCTTCTAACCT  50

seq1  TAGAAAGTGTTTCTCTA-GCTTGTGTGTGATGAGCCAGGA-GCCCTT--C  86
      |||||||  || ||||| |||||||   |||||||||||| ||||||  |
seq2  TAGAAAGGTTTGCTCTAGGCTTGTGGTGGATGAGCCAGGAGGCCCTTTCC  100

seq1  CCAGCCTTGCAGCCTCC--AGAACATAGAAGCAGC-TACATTCTTA-TGG  132
      ||||||||||||| |||   ||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  CCAGCCTTGCAGCTTCCCAGGAACATAGAAGCAGCTTACATTCTTATTGG  150

seq1  GAGGGGT-CAACAATTTGTTGGGGTTCAAAGAAGTGATGTGGTCGAATTA  181
      || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAAGGGTCCAACAATTTGTTGGGGTTCAAAGAAGTGATGTTGTCGAATTA  200

seq1  GGCTAAAGCAAGAGAGGAAAGTATCCCCGCCCACCCCTGGGTCCCGACGT  231
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGCTAAAGCAAGAGAGGAAAGTAT-CCCGCCCACCCCTGGGT-CCGACGT  248

seq1  CTATCTCCACCTCTGCAGTGCAGTGGTGAGGGAGGGCAGCTCATAGATAG  281
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCCACCTCTGCAGTGCAGTGGTGAGGGAGGGCAGCTCATAGATAG  298

seq1  AGCAGAGGTGACCCCCTCCAAAGATGTGAACAGAGATAACCTAGTGCTGA  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGGTGACCCCCTCCAAAGATGTGAACAGAGATAACCTAGTGCTGA  348

seq1  AGCTAAGACAGTTCTCCATGGGGGACTCTGAACAAATACTGTATCTCAAT  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGACAGTTCTCCATGGGGGACTCTGAACAAATACTGTATCTCAAT  398

seq1  GCTATGCTCAGAGATAGGTGGTGAAGACAGTGGTCAAGTCTTAGAAATTC  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGCTCAGAGATAGGTGGTGAAGACAGTGGTCAAGTCTTAGAAATTC  448

seq1  AAATCAACATAAAATCCATCTCTGTATCTCAGTCTCCACATCTGTAGAGG  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAACATAAAATCCATCTCTGTATCTCAGTCTCCACATCTGTAGAGG  498

seq1  CTGAGAGGAACCTCCCAGAGCCATGAGAAGATGTGAGAAGCAGTCCGTCT  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGGAACCTCCCAGAGCCATGAGAAGATGTGAGAAGCAGTCCGTCT  548

seq1  GTCTGTATGACCATGTCCCCTGTACCTCATGGAATAGTGTATAGTCATGA  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTATGACCATGTCCCCTGTACCTCATGGAATAGTGTATAGTCATGA  598

seq1  AGCTCTTCTGCTCCCTACTTTTGTATTTTACAATGAGTAAATTTAGAGAT  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTCTGCTCCCTACTTTTGTATTTTACAATGAGTAAATTTAGAGAT  648

seq1  CTATGGCCATGGGTAGAGGCACAGCCCTGTCATAGCACAAAGCCTGGGGG  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGCCATGGGTAGAGGCACAGCCCTGTCATAGCACAAAGCCTGGGGG  698

seq1  CCATTTGGATCAGAGCTGCTGGGATCTGATTTAGCTCAAAAGTACCCTGT  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGGATCAGAGCTGCTGGGATCTGATTTAGCTCAAAAGTACCCTGT  748

seq1  GTGCTCCCTATACTAACAAGACTCTCCATATTTAGTCTGCATTGCTGTCC  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCCCTATACTAACAAGACTCTCCATATTTAGTCTGCATTGCTGTCC  798

seq1  AGGAACACGGCACATGCTATCCTTACATCCCATGACGCTACTCGGGAGCT  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACACGGCACATGCTATCCTTACATCCCATGACGCTACTCGGGAGCT  848

seq1  TCACTTCACGGAAGGACCCGAAGCTCAGCATACTAATGCTACTTGATTGG  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCACGGAAGGACCCGAAGCTCAGCATACTAATGCTACTTGATTGG  898

seq1  GGCCACACAGCCAACAAGCGTGAGAGCCCAAGATGCGAAGCCTTCCCTTT  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACACAGCCAACAAGCGTGAGAGCCCAAGATGCGAAGCCTTCCCTTT  948

seq1  GACCGTGCAAACTCACCGGAGCAACAGTTATTAAGATGTATGTGATGATC  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCGTGCAAACTCACCGGAGCAACAGTTATTAAGATGTATGTGATGATC  998

seq1  CCCAAGTTTGGACATTTTTATTCCATCCTGCATCTTTAACAGCCACCTGA  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTTTGGACATTTTTATTCCATCCTGCATCTTTAACAGCCACCTGA  1048

seq1  GAGGGATCAGATGAAGGCAGTCTGGGGAGCCACTATGATGAACTTTGAGC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGATCAGATGAAGGCAGTCTGGGGAGCCACTATGATGAACTTTGAGC  1098

seq1  CAGCTGCAGCTGCAATCAACTCCTCTCTTCATCTAGCTCCTGAACCCTTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCAGCTGCAATCAACTCCTCTCTTCATCTAGCTCCTGAACCCTTC  1148

seq1  CATCTTTTGCCCTCAACCTATACTCCTTGGAATTC  1166
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTTGCCCTCAACCTATACTCCTTGGAATTC  1183