BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290B24
Chromosome16 (Build37)
Map Location 35,513,734 - 35,663,801
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSema5b, EG546663
Upstream geneKalrn, Ropn1, Ccdc14, Mylk, Ptplb, Adcy5, Sec22a, Pdia5
Downstream geneDirc2, Hspbap1, Parp14, LOC667133, LOC100043217, Dtx3l, Parp9, Kpna1, Wdr5b, 2310056P07Rik, Ccdc58, Csta, Stfa2l1, EG433016, EG627962, EG408196, 2010005H15Rik, Stfa1, EG209324, LOC100038854, BC100530, LOC639105, Stfa2, Stfa3, Casr, EG667232, Cd86
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290B24.bB6Ng01-290B24.g
ACCGA087344GA087345
length1,1671,095
definitionB6Ng01-290B24.b B6Ng01-290B24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,513,734 - 35,514,897)(35,662,711 - 35,663,801)
sequence
gaattcaggatcagactcagcagagattgatgattaaccctttcctgcgc
agagtctgtgaccaagagcaagacaggaatggatttcagcttcccaaatg
ctgaacgtgctgccttgtagccatcggattattgcatttcttcctcctgc
ccccatatttccagcaggttcagcaaagacttcctcttctctcctctcca
accaggccaagcactaagaggcagaaaagggccctgcttgctgcttggtg
gctctagcttgggaccctagaacgttagtgtcagttctccctcttctctt
ctctggacacaggttctcctaggcaccttcaacacttcccaggctccaag
tgagtagcttggcaagtggaaaccagtgttttctgggacaccagaatccc
agcttcaaagcacgggatcactaaaaagaggatggtggctggacatgcag
agcagaaaacctggactctggcccaccctttatcagcctggaatcctgtt
actatacctgtatctcttggagtttcagcttctggttttgtaaggaaaat
tggcagtaacgctgtcctaactcacctcaagagggacagtgctggtggct
tttagacctgcagagtgttgtacggaggggagtgtgctaggagatttatt
atttgtttgtttatttagtcttgagatagggatcttattgtgtagccctg
actggcctggaactgtctatgtagctcaggctggcctagaacttacagag
agatctgcctgcctctgcctctgcagtgctgggattaaatatgtctgtca
tcccaccccagcactagacaatgctatatacaaatactcccctacttact
gctggatcccaagcaaccaattgcaaactgaaatattttaatggggcttc
agagagagttcagttagcaggaatgctcactgtgcaaacccaaggacgtg
agttgaatccttagcacctgtttataaaagtcaaacacaacagtggttgc
ctgtaactacagcattggagggtagaggcagagcaaggtagatcctgggt
atcaatgcccaactagcctagtcaaaaacattggagcttctattccagtt
gagacaccccggtcttcccaggaataagaacgccaagtgatgagtaagct
atccaaatcttccttta
gaattcttttcactgacaagctggacgcagccccggactttggggggacc
agtaagaaggggcagacttagctggtggtggccattggaagtcatttcca
gctcaaacctaagaacccattctctgccatctctactctccaagttcctc
acatacccaataggtccacagctcagacatggcaggggaaagtgatggtg
ggtcagaggagaccatgagacctgggctgagctggatctgcagccatgtg
ccagcctgaagccagccctctctcccatggtcaatgacagccagagcttt
ctgaagccagatgggacccttactggctaggcagcaagttcttggcccag
tgcagagggtaaaccaaagtggttctacggtcccattccactcttctctg
cctcgggaaggcaaggagcccaagtcccaggagggtgggatcagctgttg
gggaaacagcgctgtccaggtgaggcctcaggccggaagctgggcttgtt
cagtgggctggggtagtacgtggttgtatacacattggtctgctgcagtg
ggtagaagttggctctgtcatcagggattaagttgttcttgttcagtgtc
taagggaaggagaaggaatcagagaaaatcaatgatgaaggggccagccc
agggcaaggagtcctggagccagccattcaggggaaagcctacctttgac
atgaccctccatcatgtacccctgcctttccccctccacccacccagtga
ggtccagcatagcgccaggaccatatgacccatcagcctgccctttgctt
cacacagaggcacccaccttgaattccataggggtgtacttctcattctt
gggggtgcccccacccttgtagtgcaagtggttaggtgtggcaggatgga
caagcgtggactcctgagactggcgctggcagtgctggcaagacaggtac
actgctcaaggtcaagagcccagaaaccagggaagcaggacaccaccagt
gactatcagtggatgagattgaacccctgtagaggacagccaggtggtga
gaaatgagacccttctgattatcctccctggacagccaacagctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_35513734_35514897
seq2: B6Ng01-290B24.b_45_1211

seq1  GAATTCAGGATCAGACTCAGCAGAGATTGATGATTAACCCTTTCCTGCGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGATCAGACTCAGCAGAGATTGATGATTAACCCTTTCCTGCGC  50

seq1  AGAGTCTGTGACCAAGAGCAAGACAGGAATGGATTTCAGCTTCCCAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTGTGACCAAGAGCAAGACAGGAATGGATTTCAGCTTCCCAAATG  100

seq1  CTGAACGTGCTGCCTTGTAGCCATCGGATTATTGCATTTCTTCCTCCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACGTGCTGCCTTGTAGCCATCGGATTATTGCATTTCTTCCTCCTGC  150

seq1  CCCCATATTTCCAGCAGGTTCAGCAAAGACTTCCTCTTCTCTCCTCTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATATTTCCAGCAGGTTCAGCAAAGACTTCCTCTTCTCTCCTCTCCA  200

seq1  ACCAGGCCAAGCACTAAGAGGCAGAAAAGGGCCCTGCTTGCTGCTTGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCCAAGCACTAAGAGGCAGAAAAGGGCCCTGCTTGCTGCTTGGTG  250

seq1  GCTCTAGCTTGGGACCCTAGAACGTTAGTGTCAGTTCTCCCTCTTCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAGCTTGGGACCCTAGAACGTTAGTGTCAGTTCTCCCTCTTCTCTT  300

seq1  CTCTGGACACAGGTTCTCCTAGGCACCTTCAACACTTCCCAGGCTCCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGACACAGGTTCTCCTAGGCACCTTCAACACTTCCCAGGCTCCAAG  350

seq1  TGAGTAGCTTGGCAAGTGGAAACCAGTGTTTTCTGGGACACCAGAATCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAGCTTGGCAAGTGGAAACCAGTGTTTTCTGGGACACCAGAATCCC  400

seq1  AGCTTCAAAGCACGGGATCACTAAAAAGAGGATGGTGGCTGGACATGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCAAAGCACGGGATCACTAAAAAGAGGATGGTGGCTGGACATGCAG  450

seq1  AGCAGAAAACCTGGACTCTGGCCCACCCTTTATCAGCCTGGAATCCTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAAACCTGGACTCTGGCCCACCCTTTATCAGCCTGGAATCCTGTT  500

seq1  ACTATACCTGTATCTCTTGGAGTTTCAGCTTCTGGTTTTGTAAGGAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATACCTGTATCTCTTGGAGTTTCAGCTTCTGGTTTTGTAAGGAAAAT  550

seq1  TGGCAGTAACGCTGTCCTAACTCACCTCAAGAGGGACAGTGCTGGTGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTAACGCTGTCCTAACTCACCTCAAGAGGGACAGTGCTGGTGGCT  600

seq1  TTTAGACCTGCAGAGTGTTGTACGGAGGGGAGTGTGCTAGGAGATTTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACCTGCAGAGTGTTGTACGGAGGGGAGTGTGCTAGGAGATTTATT  650

seq1  ATTTGTTTGTTTATTTAGTCTTGAGATAGGGATCTTATTGTGTAGCCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTGTTTATTTAGTCTTGAGATAGGGATCTTATTGTGTAGCCCTG  700

seq1  ACTGGCCTGGAACTGTCTATGTAGCTCAGGCTGGCCTAGAACTTACAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCTGGAACTGTCTATGTAGCTCAGGCTGGCCTAGAACTTACAGAG  750

seq1  AGATCTGCCTGCCTCTGCCTCTGCAGTGCTGGGATTAAATATGTCTGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGCCTGCCTCTGCCTCTGCAGTGCTGGGATTAAATATGTCTGTCA  800

seq1  TCCCACCCCAGCACTAGACAATGCTATATACAAATACTCCCCTACTTACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACCCCAGCACTAGACAATGCTATATACAAATACTCCCCTACTTACT  850

seq1  GCTGGATCCCAAGCAACCAATTGCAAACTGAAATATTTTAATGGGGCTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGATCCCAAGCAACCAATTGCAAACTGAAATATTTTAATGGGGCTTC  900

seq1  AGAGAGAGTTCAGTTAGCAGGAATGCTCACTGTGCAAACCCAAGGACGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGTTCAGTTAGCAGGAATGCTCACTGTGCAAACCCAAGGACGTG  950

seq1  AGTTTGAATCCTTAGCACCTGTTTATAAAAGTCAAACACAACAGTGGGTG  1000
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AG-TTGAATCCTTAGCACCTGTTTATAAAAGTCAAACACAACAGTGGTTG  999

seq1  CCTGTAACTACAGCATT-GAGGGTAGAGGCAGAGGCAGGTAGATCTTGGG  1049
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||||
seq2  CCTGTAACTACAGCATTGGAGGGTAGAGGCAGAGCAAGGTAGATCCTGGG  1049

seq1  TATTCATTGGCCAACTAGCCTAGTC-AAAACATT-GAGCTTCCTATCCAG  1097
      || ||| || ||||||||||||||| |||||||| |||||||   |||||
seq2  TA-TCAATGCCCAACTAGCCTAGTCAAAAACATTGGAGCTTCTATTCCAG  1098

seq1  -TGAGACACCCC-GTC-TCACAGGAATAAG-ACAGCAAGTGATAGAGGAA  1143
       ||||||||||| ||| || |||||||||| ||  |||||||| ||| ||
seq2  TTGAGACACCCCGGTCTTCCCAGGAATAAGAACGCCAAGTGAT-GAGTAA  1147

seq1  GCTATCCAATATCTTCTTTTA  1164
      ||||||||| |||||| ||||
seq2  GCTATCCAA-ATCTTCCTTTA  1167

seq1: chr16_35662711_35663801
seq2: B6Ng01-290B24.g_66_1160 (reverse)

seq1  AAGCTGTT-GCTGTCCCAGGAAGATAATCAGAA-GGTCTCCTTTCTCACC  48
      |||||||| |||||||  ||| ||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  AAGCTGTTGGCTGTCCAGGGAGGATAATCAGAAGGGTCTCATTTCTCACC  50

seq1  ACCTGCCTGTCTTCCTCCAGGGTTCAATCTCATCCACCTGATAGTCACTG  98
      ||||| ||||| ||  |  ||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACCTGGCTGTCCTCTACAGGGGTTCAATCTCATCCA-CTGATAGTCACTG  99

seq1  GT-GTGTCCTGCTT-CCTGGTTTCTGGGCTCTTGACCTTG-GCAGTGTAC  145
      || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTGGTGTCCTGCTTCCCTGGTTTCTGGGCTCTTGACCTTGAGCAGTGTAC  149

seq1  CTGTCTTGCCAGCACTGCCAGCGCCAGTCTCAGGAGTCCACGCTTGTCCA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTGCCAGCACTGCCAGCGCCAGTCTCAGGAGTCCACGCTTGTCCA  199

seq1  TCCTGCCACACCTAACCACTTGCACTACAAGGGTGGGGGCACCCCCAAGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCACACCTAACCACTTGCACTACAAGGGTGGGGGCACCCCCAAGA  249

seq1  ATGAGAAGTACACCCCTATGGAATTCAAGGTGGGTGCCTCTGTGTGAAGC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAGTACACCCCTATGGAATTCAAGGTGGGTGCCTCTGTGTGAAGC  299

seq1  AAAGGGCAGGCTGATGGGTCATATGGTCCTGGCGCTATGCTGGACCTCAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGCAGGCTGATGGGTCATATGGTCCTGGCGCTATGCTGGACCTCAC  349

seq1  TGGGTGGGTGGAGGGGGAAAGGCAGGGGTACATGATGGAGGGTCATGTCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGGTGGAGGGGGAAAGGCAGGGGTACATGATGGAGGGTCATGTCA  399

seq1  AAGGTAGGCTTTCCCCTGAATGGCTGGCTCCAGGACTCCTTGCCCTGGGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAGGCTTTCCCCTGAATGGCTGGCTCCAGGACTCCTTGCCCTGGGC  449

seq1  TGGCCCCTTCATCATTGATTTTCTCTGATTCCTTCTCCTTCCCTTAGACA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCCTTCATCATTGATTTTCTCTGATTCCTTCTCCTTCCCTTAGACA  499

seq1  CTGAACAAGAACAACTTAATCCCTGATGACAGAGCCAACTTCTACCCACT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAAGAACAACTTAATCCCTGATGACAGAGCCAACTTCTACCCACT  549

seq1  GCAGCAGACCAATGTGTATACAACCACGTACTACCCCAGCCCACTGAACA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGACCAATGTGTATACAACCACGTACTACCCCAGCCCACTGAACA  599

seq1  AGCCCAGCTTCCGGCCTGAGGCCTCACCTGGACAGCGCTGTTTCCCCAAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGCTTCCGGCCTGAGGCCTCACCTGGACAGCGCTGTTTCCCCAAC  649

seq1  AGCTGATCCCACCCTCCTGGGACTTGGGCTCCTTGCCTTCCCGAGGCAGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGATCCCACCCTCCTGGGACTTGGGCTCCTTGCCTTCCCGAGGCAGA  699

seq1  GAAGAGTGGAATGGGACCGTAGAACCACTTTGGTTTACCCTCTGCACTGG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTGGAATGGGACCGTAGAACCACTTTGGTTTACCCTCTGCACTGG  749

seq1  GCCAAGAACTTGCTGCCTAGCCAGTAAGGGTCCCATCTGGCTTCAGAAAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGAACTTGCTGCCTAGCCAGTAAGGGTCCCATCTGGCTTCAGAAAG  799

seq1  CTCTGGCTGTCATTGACCATGGGAGAGAGGGCTGGCTTCAGGCTGGCACA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCTGTCATTGACCATGGGAGAGAGGGCTGGCTTCAGGCTGGCACA  849

seq1  TGGCTGCAGATCCAGCTCAGCCCAGGTCTCATGGTCTCCTCTGACCCACC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCAGATCCAGCTCAGCCCAGGTCTCATGGTCTCCTCTGACCCACC  899

seq1  ATCACTTTCCCCTGCCATGTCTGAGCTGTGGACCTATTGGGTATGTGAGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTTTCCCCTGCCATGTCTGAGCTGTGGACCTATTGGGTATGTGAGG  949

seq1  AACTTGGAGAGTAGAGATGGCAGAGAATGGGTTCTTAGGTTTGAGCTGGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGGAGAGTAGAGATGGCAGAGAATGGGTTCTTAGGTTTGAGCTGGA  999

seq1  AATGACTTCCAATGGCCACCACCAGCTAAGTCTGCCCCTTCTTACTGGTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTTCCAATGGCCACCACCAGCTAAGTCTGCCCCTTCTTACTGGTC  1049

seq1  CCCCCAAAGTCCGGGGCTGCGTCCAGCTTGTCAGTGAAAAGAATTC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAAAGTCCGGGGCTGCGTCCAGCTTGTCAGTGAAAAGAATTC  1095