BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292C14
Chromosome16 (Build37)
Map Location 54,074,215 - 54,229,972
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043442
Upstream geneLOC433027
Downstream geneLOC100043449, LOC667927, LOC436421, Zpld1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292C14.bB6Ng01-292C14.g
ACCGA088869GA088870
length1,1271,166
definitionB6Ng01-292C14.b B6Ng01-292C14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,228,842 - 54,229,972)(54,074,215 - 54,075,375)
sequence
gaattcttataggatcatcattaagatttaagtcatctatttgtcaatac
agcatcactacaagattcttcgtggatctgcagagatctgcttcaaaggg
gaagtgctcctactgagtgattgttatatatgtttaataataacaggaaa
agccttgcttaatgagggctcacctgtcacagattgtataataatccgag
gtaggccactccaggatgatcacctgctagttattagcttgtcccatgat
ggcttctgacacttggtgtaaatatatagcctttcttgggaaactctctc
tatcaaagctcacactgcctctcttctagtggacctaaattactaaatat
gatgtaataagatgggcagtccagtaggtgtgaacaaatgtatcttaatg
tgatggccttgcattatgtagtggctttgccatgcccctgtaagtgccac
ttaattaaaatttggactgtgttcaatggttcccactgaaattttctact
tgctttaaactaaatcaccattcaaacaagaaattattctacatgctaac
ttcttagtattctaatatttacacgttttacctgatactattgtacttat
tatctttttttcttatcaatttttacattattttcctttcttctaatact
tagtcatgtttctccactcttggctccattgcatctttgctttttgtagg
attcaggttcttctagtaatgcattcaaatgaattgatttaaaactgtgt
gacaagtgatactcaagattcagtatggtaaggcataaaagtctgcaatg
attaataactaaagaagatgcaacagaaaggtaagtcatgcatgagaggg
cttgtttgaaagatagattaagaatccatgatataaactattcagagact
ttgaagaatctataccaaggaaactgacttaaattgatgagaatttaatg
aattgtaactttctatgtcaaacagaacttcgatggttcttagttgtcaa
agaatagcttgtcttttgtcacaagattggtggaacacccagtgacaatg
tgtattactctcaatagcctcaactgacagcctaagaagtgtaaattaca
cacttgcttaaaatagaagagccatac

gaattcaaggagaaaataagaagagttttaaaagaacaccctgtagtgat
gagactcaatgaaatgaaataagaaaaaatgaattaagactagtatatag
ggctggagagatggcttagcacttaagagcacttactggttctgagttca
attctcagcaccacatggtgaatcatctgtaatgcagtccaatgccctat
tctggtgcatctggagacagctactatgtactcatataaataaaataaat
acacctttacaaaaccaagactcctatatgtacttagataaaggaaaatc
cttctcagtggtctgtagagaacatatgcacatacaattaatatcatgag
gtagggatttggagtgtttagataatgagaacactatagttctcagtgat
tcagatgtttccactcaacacatctcattgttcctgaaattgctaattgt
attacattcatctttgaaattattaatacatcttagactgtcaataacta
tccttagaatttgatgtgtttacttatcctggcgagatagaaacagaaat
ttcctcactccagaatggaccagtgactgcagaatgattttgtgtttgtg
gacctgtatttatcaagattgtagcaaaattatgaaggtaacagatttta
ttttttaaacttgtgtcatgatttataaactatcctgtatctgatacgca
tgtatcttttgttaaaattactccagaaaatcatataacccccttaaaag
atggggctcagagctaaacaaagaattctcacccgaggaataccgaatgg
ctgagaagcacctgaaaaaatgttcaacatccttaatcatcagagaaatg
caaatcaaaacaaccctgagattccacctcacaccagtcagaatggctaa
gatcaaaagttcagtgacagcagatgctggagaggatttggagaaagagg
aacacttctccattgttggttgggattgcaagcttgtacaatcactctgg
aaatcagtctggcggtcctcagaaaattgggaacatagtactaccagagg
atcccacatactcctactgggccatatattcaggaagatgccccacgggt
taagaaggacaccatgctccactatggtcatagcgagaacatggcttatt
tataaatagcgcgaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_54228842_54229972
seq2: B6Ng01-292C14.b_43_1169 (reverse)

seq1  GTAT-GCTC-TCTATTTT-AGCAAGTGTGTAATTTAACAACTCTTTAGCT  47
      |||| |||| |||||||| |||||||||||||||| |||  ||||  |||
seq2  GTATGGCTCTTCTATTTTAAGCAAGTGTGTAATTT-ACACTTCTTAGGCT  49

seq1  GTCAGTTGAGGCTAATTTGAGAGTTAATACACATTGTCACTGGGTGTTCC  97
      ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTGAGGCTA--TTGAGAG-TAATACACATTGTCACTGGGTGTTCC  96

seq1  ACCAAATCCTTGTGACAAAAGACAAGCTATTCTTTGACAACTAAGAACCA  147
      |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAA--TCTTGTGACAAAAGACAAGCTATTCTTTGACAACTAAGAACCA  144

seq1  TCGAAGTTCTGTTTTGACATAGAAAGTTACAATTCATTAAATTCTCATCA  197
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAGTTCTG-TTTGACATAGAAAGTTACAATTCATTAAATTCTCATCA  193

seq1  ATTTAAGTCAGTTTCCTTGGTATAGATTCTTCAAAGTCTCTGAATAGTTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAGTCAGTTTCCTTGGTATAGATTCTTCAAAGTCTCTGAATAGTTT  243

seq1  ATATCATGGATTCTTAATCTATCTTTCAAACAAGCCCTCTCATGCATGAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATGGATTCTTAATCTATCTTTCAAACAAGCCCTCTCATGCATGAC  293

seq1  TTACCTTTCTGTTGCATCTTCCTTAGTTATTAATCATTGCAGACTTTTAT  347
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTTCTGTTGCATCTTCTTTAGTTATTAATCATTGCAGACTTTTAT  343

seq1  GCCTTACCATACTGAATCTTGAGTATCACTTGTCACACAGTTTTAAATCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTACCATACTGAATCTTGAGTATCACTTGTCACACAGTTTTAAATCA  393

seq1  ATTCATTTGAATGCATTACTAGAAGAACCTGAATCCTACAAAAAGCAAAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTTGAATGCATTACTAGAAGAACCTGAATCCTACAAAAAGCAAAG  443

seq1  ATGCAATGGAGCCAAGAGTGGAGAAACATGACTAAGTATTAGAAGAAAGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAATGGAGCCAAGAGTGGAGAAACATGACTAAGTATTAGAAGAAAGG  493

seq1  AAAATAATGTAAAAATTGATAAGAAAAAAAGATAATAAGTACAATAGTAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATGTAAAAATTGATAAGAAAAAAAGATAATAAGTACAATAGTAT  543

seq1  CAGGTAAAACGTGTAAATATTAGAATACTAAGAAGTTAGCATGTAGAATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAAAACGTGTAAATATTAGAATACTAAGAAGTTAGCATGTAGAATA  593

seq1  ATTTCTTGTTTGAATGGTGATTTAGTTTAAAGCAAGTAGAAAATTTCAGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTGTTTGAATGGTGATTTAGTTTAAAGCAAGTAGAAAATTTCAGT  643

seq1  GGGAACCATTGAACACAGTCCAAATTTTAATTAAGTGGCACTTACAGGGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACCATTGAACACAGTCCAAATTTTAATTAAGTGGCACTTACAGGGG  693

seq1  CATGGCAAAGCCACTACATAATGCAAGGCCATCACATTAAGATACATTTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAAAGCCACTACATAATGCAAGGCCATCACATTAAGATACATTTG  743

seq1  TTCACACCTACTGGACTGCCCATCTTATTACATCATATTTAGTAATTTAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACCTACTGGACTGCCCATCTTATTACATCATATTTAGTAATTTAG  793

seq1  GTCCACTAGAAGAGAGGCAGTGTGAGCTTTGATAGAGAGAGTTTCCCAAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACTAGAAGAGAGGCAGTGTGAGCTTTGATAGAGAGAGTTTCCCAAG  843

seq1  AAAGGCTATATATTTACACCAAGTGTCAGAAGCCATCATGGGACAAGCTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTATATATTTACACCAAGTGTCAGAAGCCATCATGGGACAAGCTA  893

seq1  ATAACTAGCAGGTGATCATCCTGGAGTGGCCTACCTCGGATTATTATACA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTAGCAGGTGATCATCCTGGAGTGGCCTACCTCGGATTATTATACA  943

seq1  ATCTGTGACAGGTGAGCCCTCATTAAGCAAGGCTTTTCCTGTTATTATTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGACAGGTGAGCCCTCATTAAGCAAGGCTTTTCCTGTTATTATTA  993

seq1  AACATATATAACAATCACTCAGTAGGAGCACTTCCCCTTTGAAGCAGATC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATATAACAATCACTCAGTAGGAGCACTTCCCCTTTGAAGCAGATC  1043

seq1  TCTGCAGATCCACGAAGAATCTTGTAGTGATGCTGTATTGACAAATAGAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGATCCACGAAGAATCTTGTAGTGATGCTGTATTGACAAATAGAT  1093

seq1  GACTTAAATCTTAATGATGATCCTATAAGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAAATCTTAATGATGATCCTATAAGAATTC  1127


seq1: chr16_54074215_54075375
seq2: B6Ng01-292C14.g_63_1228

seq1  GAATTCAAGGAGAAAATAAGAAGAGTTTTAAAAGAACACCCTGTAGTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGAGAAAATAAGAAGAGTTTTAAAAGAACACCCTGTAGTGAT  50

seq1  GAGACTCAATGAAATGAAATAAGAAAAAATGAATTAAGACTAGTATATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTCAATGAAATGAAATAAGAAAAAATGAATTAAGACTAGTATATAG  100

seq1  GGCTGGAGAGATGGCTTAGCACTTAAGAGCACTTACTGGTTCTGAGTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGAGAGATGGCTTAGCACTTAAGAGCACTTACTGGTTCTGAGTTCA  150

seq1  ATTCTCAGCACCACATGGTGAATCATCTGTAATGCAGTCCAATGCCCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCAGCACCACATGGTGAATCATCTGTAATGCAGTCCAATGCCCTAT  200

seq1  TCTGGTGCATCTGGAGACAGCTACTATGTACTCATATAAATAAAATAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGCATCTGGAGACAGCTACTATGTACTCATATAAATAAAATAAAT  250

seq1  ACACCTTTACAAAACCAAGACTCCTATATGTACTTAGATAAAGGAAAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTTACAAAACCAAGACTCCTATATGTACTTAGATAAAGGAAAATC  300

seq1  CTTCTCAGTGGTCTGTAGAGAACATATGCACATACAATTAATATCATGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGTGGTCTGTAGAGAACATATGCACATACAATTAATATCATGAG  350

seq1  GTAGGGATTTGGAGTGTTTAGATAATGAGAACACTATAGTTCTCAGTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGATTTGGAGTGTTTAGATAATGAGAACACTATAGTTCTCAGTGAT  400

seq1  TCAGATGTTTCCACTCAACACATCTCATTGTTCCTGAAATTGCTAATTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGTTTCCACTCAACACATCTCATTGTTCCTGAAATTGCTAATTGT  450

seq1  ATTACATTCATCTTTGAAATTATTAATACATCTTAGACTGTCAATAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATTCATCTTTGAAATTATTAATACATCTTAGACTGTCAATAACTA  500

seq1  TCCTTAGAATTTGATGTGTTTACTTATCCTGGCGAGATAGAAACAGAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGAATTTGATGTGTTTACTTATCCTGGCGAGATAGAAACAGAAAT  550

seq1  TTCCTCACTCCAGAATGGACCAGTGACTGCAGAATGATTTTGTGTTTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCACTCCAGAATGGACCAGTGACTGCAGAATGATTTTGTGTTTGTG  600

seq1  GACCTGTATTTATCAAGATTGTAGCAAAATTATGAAGGTAACAGATTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGTATTTATCAAGATTGTAGCAAAATTATGAAGGTAACAGATTTTA  650

seq1  TTTTTTAAACTTGTGTCATGATTTATAAACTATCCTGTATCTGATACGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAACTTGTGTCATGATTTATAAACTATCCTGTATCTGATACGCA  700

seq1  TGTATCTTTTGTTAAAATTACTCCAGAAAATCATATAACCCCCTTAAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTTTTGTTAAAATTACTCCAGAAAATCATATAACCCCCTTAAAAG  750

seq1  ATGGGGCTCAGAGCTAAACAAAGAATTCTCACCCGAGGAATACCGAATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGCTCAGAGCTAAACAAAGAATTCTCACCCGAGGAATACCGAATGG  800

seq1  CTGAGAAGCACCTGAAAAAATGTTCAACATCCTTAATCATCAGAGAAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAGCACCTGAAAAAATGTTCAACATCCTTAATCATCAGAGAAATG  850

seq1  CAAATCAAAACAACCCTGAGATTCCACCTCACACCAGTCAGAATGGCTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCAAAACAACCCTGAGATTCCACCTCACACCAGTCAGAATGGCTAA  900

seq1  GATCAAAAGTTCAGGTGACAGCAGATGCTGGAGAGGATTTGGAGAAAGAG  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAAAGTTCA-GTGACAGCAGATGCTGGAGAGGATTTGGAGAAAGAG  949

seq1  GAACACTTCTCCATTGTTGG-TGGGATTGCAAGCTTGTACAATCACTCTG  999
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACTTCTCCATTGTTGGTTGGGATTGCAAGCTTGTACAATCACTCTG  999

seq1  GAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCAGAAAATTGG--ACATAGTACTACCAGA  1047
      |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  GAAATCAGTCTGGCGG-TCCTCAGAAAATTGGGAACATAGTACTACCAGA  1048

seq1  GGATCCCACAATACCTCTACTGGG-CATATATCCA-GAAGATGCCCCAAC  1095
      ||||||||| ||||  |||||||| ||||||| || ||||||||||||  
seq2  GGATCCCAC-ATACTCCTACTGGGCCATATATTCAGGAAGATGCCCCACG  1097

seq1  GGGTAAGAAGGACA-CATGCTCCACTATGTTCATAGC-AGAACATGGCTT  1143
      || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  GGTTAAGAAGGACACCATGCTCCACTATGGTCATAGCGAGAACATGGCTT  1147

seq1  ATTTAT-AATAGCGAGAAG  1161
      |||||| ||||||| ||||
seq2  ATTTATAAATAGCGCGAAG  1166


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |