BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294A17
Chromosome16 (Build37)
Map Location 72,638,582 - 72,784,625
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRobo1
Upstream genenone
Downstream geneLOC100039310, LOC100039318, LOC100039326
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294A17.bB6Ng01-294A17.g
ACCGA090277GA090278
length1,199997
definitionB6Ng01-294A17.b B6Ng01-294A17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,638,582 - 72,639,780)(72,783,627 - 72,784,625)
sequence
gaattccaataagttgccctaaccccccaaaccttgactttaaaaccaat
ccttcattaaaaaaaatttaaaagtctgagaagagtatatttttttagta
atgtatatgatgcagttttacagttatagtagtccagtttgacacactat
ttaggttactctaagtttaaaccaacctagatacgggtgttgacctgagg
tggcctctttggctttgcaagaaggattatttcaataaacagatggatca
ttttcctaagagaaattttcttaaatttaaaatagtcattaaaatccaca
tgtgatgttagggctacagaataacgaattataaaacttcaattcctata
ccttttgagatattaaatgatttgctatatcaatgtaggtgtctcttact
taatgtgatttgttttctacaagtctttctgctaaatatccacacaccct
caatgccaggattttttagagcatttggtgtgatgcatttagcattgctc
actgatcatttttcctgaggctgaggaaattgtgtttattttgtttcaaa
gaaagatttacattggcataattttgtatatctctacacaagagattcat
gaaaagagaagctagaagacaaatggaatagaattacatttggcagcttg
taggtaatgaagtaagaattaaagaaagaataaaacacacctttatggct
ggaatttgtttattaagaggatgtaaaaatgcaattttggggcacaggaa
ccttggattagcatcatatggagctccgggaaataattagtgtatgttca
tatttctctacagaatgttatttctgtagtacctacctggtgcctctgaa
aatgtctgttgatttgctcatttgagggatcatctatcatctaaattagg
tgacatatgtgattatcgtaatgcacatttgtcctgagactcaatgacag
cctctcatttgcatttacagaaagtttgattcaataattcctctgtaaaa
agaaagtgtatagttggaactccttgcagaattagcaatttggatgtgat
tctgctgttagaacttcagagccccagtgttccccagctactacgattta
tggattatgcttgattgttggtatcacagcaattttctctcttcctccgg
tgagtgatggcctggacatagaaggtgatccgtgctgcatgttccgtga

gaattctgggggtctgattttaggtccactctctagccctgaagtagtta
tttatatctttattgatcattggtctgaatgtgccatccttttatttatt
tatttatttattttttgaaatgaggagctgaaagacaacttatattggtg
gatatgttttctgaaggtgtgttttgttatgaagacattagacaacagag
ttctctagactgtgtgcccattgcaagagttgtttccctgcaaacaaagc
cacagtcgtctgactgggccattcaaagaactgactgctgttaaaatact
cataaggaatgttttagctagcctggcacatgtgcagagttctaggcaag
taagacaatctgtctcaaaggaaacctgaaacctatcagaggatgataat
caaagttgtctttgaacatccacacgccctcttcctgtgtgtacctataa
acacagatataaaatattattgcacggttatcccttattgagccaagaat
ttgataagtctatgcaactcaatagccaacagcaatgcctcaaaaacata
aagcaggtaaggaggcctccaggaggaggcattcttagcaggcagcatgc
tcagtcaccagcaacaaaagttttattttcaaaacgatcttatattcaaa
gctgataagagacaaagaactttcattcagataatagataaacgtcaaca
aaagcacagatttttggctctctactatctagtggtaattgtccccttaa
aagggccatctagaaatagaataaaagaggcaaatttaagaatgtgatgg
ttcggtgggttagcagctgacatttagacaatgaggtgagcgcagataat
aactgactatgaaatagctttcaaaaagcaccatagcgtgttagctgccc
tgcccccgatcacaatctgaagcactgcatgcagcacatgtctttggaaa
ccgggcagacagccttagggacgggaaggtgggggtggggtattatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_72638582_72639780
seq2: B6Ng01-294A17.b_45_1243

seq1  GAATTCCAATAAGTTGCCCTAACCCCCCAAACCTTGACTTTAAAACCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATAAGTTGCCCTAACCCCCCAAACCTTGACTTTAAAACCAAT  50

seq1  CCTTCATTAAAAAAAATTTAAAAGTCTGAGAAGAGTATATTTTTTTAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATTAAAAAAAATTTAAAAGTCTGAGAAGAGTATATTTTTTTAGTA  100

seq1  ATGTATATGATGCAGTTTTACAGTTATAGTAGTCCAGTTTGACACACTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATGATGCAGTTTTACAGTTATAGTAGTCCAGTTTGACACACTAT  150

seq1  TTAGGTTACTCTAAGTTTAAACCAACCTAGATACGGGTGTTGACCTGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTACTCTAAGTTTAAACCAACCTAGATACGGGTGTTGACCTGAGG  200

seq1  TGGCCTCTTTGGCTTTGCAAGAAGGATTATTTCAATAAACAGATGGATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCTTTGGCTTTGCAAGAAGGATTATTTCAATAAACAGATGGATCA  250

seq1  TTTTCCTAAGAGAAATTTTCTTAAATTTAAAATAGTCATTAAAATCCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTAAGAGAAATTTTCTTAAATTTAAAATAGTCATTAAAATCCACA  300

seq1  TGTGATGTTAGGGCTACAGAATAACGAATTATAAAACTTCAATTCCTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGTTAGGGCTACAGAATAACGAATTATAAAACTTCAATTCCTATA  350

seq1  CCTTTTGAGATATTAAATGATTTGCTATATCAATGTAGGTGTCTCTTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGAGATATTAAATGATTTGCTATATCAATGTAGGTGTCTCTTACT  400

seq1  TAATGTGATTTGTTTTCTACAAGTCTTTCTGCTAAATATCCACACACCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGATTTGTTTTCTACAAGTCTTTCTGCTAAATATCCACACACCCT  450

seq1  CAATGCCAGGATTTTTTAGAGCATTTGGTGTGATGCATTTAGCATTGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCCAGGATTTTTTAGAGCATTTGGTGTGATGCATTTAGCATTGCTC  500

seq1  ACTGATCATTTTTCCTGAGGCTGAGGAAATTGTGTTTATTTTGTTTCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATCATTTTTCCTGAGGCTGAGGAAATTGTGTTTATTTTGTTTCAAA  550

seq1  GAAAGATTTACATTGGCATAATTTTGTATATCTCTACACAAGAGATTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATTTACATTGGCATAATTTTGTATATCTCTACACAAGAGATTCAT  600

seq1  GAAAAGAGAAGCTAGAAGACAAATGGAATAGAATTACATTTGGCAGCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAGAAGCTAGAAGACAAATGGAATAGAATTACATTTGGCAGCTTG  650

seq1  TAGGTAATGAAGTAAGAATTAAAGAAAGAATAAAACACACCTTTATGGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAATGAAGTAAGAATTAAAGAAAGAATAAAACACACCTTTATGGCT  700

seq1  GGAATTTGTTTATTAAGAGGATGTAAAAATGCAATTTTGGGGCACAGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTGTTTATTAAGAGGATGTAAAAATGCAATTTTGGGGCACAGGAA  750

seq1  CCTTGGATTAGCATCATATGGAGCTCCGGGAAATAATTAGTGTATGTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGATTAGCATCATATGGAGCTCCGGGAAATAATTAGTGTATGTTCA  800

seq1  TATTTCTCTACAGAATGTTATTTCTGTAGTACCTACCTGGTGCCTCTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTCTACAGAATGTTATTTCTGTAGTACCTACCTGGTGCCTCTGAA  850

seq1  AATGTCTGTTGATTTGCTCATTTGAGGGATCATCTATCATCTAAATTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTGTTGATTTGCTCATTTGAGGGATCATCTATCATCTAAATTAGG  900

seq1  TGACATATGTGATTATCGTAATGCACATTTGTCCTGAGACTCAATGACAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGACATATGTGATTATCGTAATGCACATTTGTCCTGAGACTCAATGAC-A  949

seq1  GCCTCTCATTTGCATTTACAGAAAGTTTTGATTCAATAATTCCTCTGTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCATTTGCATTTACAGAAAG-TTTGATTCAATAATTCCTCTGTAA  998

seq1  AAAGAAAGTGTATAGTTGGAACTCCTTGCAGAATTAGCAATTT-GATGTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAAGAAAGTGTATAGTTGGAACTCCTTGCAGAATTAGCAATTTGGATGTG  1048

seq1  A-TCTGCTG-TAG-ACTTCAGAGCCCCAGTGTTCTCAGCCTACTAACGAT  1096
      | ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |   ||||| |||||
seq2  ATTCTGCTGTTAGAACTTCAGAGCCCCAGTGTTCCCCAGCTACT-ACGAT  1097

seq1  TTATGGATTATGCTTGATTGTTGTAAATCACCAGGCAATTTTCT-TCTT-  1144
      |||||||||||||||||||||||   |||||   |||||||||| |||| 
seq2  TTATGGATTATGCTTGATTGTTG-GTATCAC--AGCAATTTTCTCTCTTC  1144

seq1  CTCCGGT-AGTGATGG-CTGGACATAGA--GTGATCCGTGGTCTGCATGT  1190
      ||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||  ||||||||
seq2  CTCCGGTGAGTGATGGCCTGGACATAGAAGGTGATCCGTG--CTGCATGT  1192

seq1  GCTCCGTGA  1199
        |||||||
seq2  --TCCGTGA  1199


seq1: chr16_72783627_72784625
seq2: B6Ng01-294A17.g_67_1063 (reverse)

seq1  AATAATACCC--ACCCCACCTCCCCGGTCCCTAAGGCTGTCCTGCCCGGT  48
      ||||||||||   |||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  AATAATACCCCACCCCCACCTTCCC-GTCCCTAAGGCTGT-CTGCCCGGT  48

seq1  TTCCAAAGACATGTGCTGCATGCAGTGCTTCAGATTGTGATCGGGGGCAG  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAGACATGTGCTGCATGCAGTGCTTCAGATTGTGATCGGGGGCAG  98

seq1  GGCAGCCTAACACGCCTATGGTGCTTTTTGAAAGCTATTTCATAGTCAGT  148
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAG-CTAACACG-CTATGGTGCTTTTTGAAAGCTATTTCATAGTCAGT  146

seq1  TATTATCTGCGCTCACCTCATTGTCTAAATGTCAGCTGCTAACCCACCGA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATCTGCGCTCACCTCATTGTCTAAATGTCAGCTGCTAACCCACCGA  196

seq1  ACCATCACATTCTTAAATTTGCCTCTTTTATTCTATTTCTAGATGGCCCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCACATTCTTAAATTTGCCTCTTTTATTCTATTTCTAGATGGCCCT  246

seq1  TTTAAGGGGACAATTACCACTAGATAGTAGAGAGCCAAAAATCTGTGCTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGGGACAATTACCACTAGATAGTAGAGAGCCAAAAATCTGTGCTT  296

seq1  TTGTTGACGTTTATCTATTATCTGAATGAAAGTTCTTTGTCTCTTATCAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGACGTTTATCTATTATCTGAATGAAAGTTCTTTGTCTCTTATCAG  346

seq1  CTTTGAATATAAGATCGTTTTGAAAATAAAACTTTTGTTGCTGGTGACTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAATATAAGATCGTTTTGAAAATAAAACTTTTGTTGCTGGTGACTG  396

seq1  AGCATGCTGCCTGCTAAGAATGCCTCCTCCTGGAGGCCTCCTTACCTGCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCTGCCTGCTAAGAATGCCTCCTCCTGGAGGCCTCCTTACCTGCT  446

seq1  TTATGTTTTTGAGGCATTGCTGTTGGCTATTGAGTTGCATAGACTTATCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTTTTGAGGCATTGCTGTTGGCTATTGAGTTGCATAGACTTATCA  496

seq1  AATTCTTGGCTCAATAAGGGATAACCGTGCAATAATATTTTATATCTGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTGGCTCAATAAGGGATAACCGTGCAATAATATTTTATATCTGTG  546

seq1  TTTATAGGTACACACAGGAAGAGGGCGTGTGGATGTTCAAAGACAACTTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGGTACACACAGGAAGAGGGCGTGTGGATGTTCAAAGACAACTTT  596

seq1  GATTATCATCCTCTGATAGGTTTCAGGTTTCCTTTGAGACAGATTGTCTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATCATCCTCTGATAGGTTTCAGGTTTCCTTTGAGACAGATTGTCTT  646

seq1  ACTTGCCTAGAACTCTGCACATGTGCCAGGCTAGCTAAAACATTCCTTAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCCTAGAACTCTGCACATGTGCCAGGCTAGCTAAAACATTCCTTAT  696

seq1  GAGTATTTTAACAGCAGTCAGTTCTTTGAATGGCCCAGTCAGACGACTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATTTTAACAGCAGTCAGTTCTTTGAATGGCCCAGTCAGACGACTGT  746

seq1  GGCTTTGTTTGCAGGGAAACAACTCTTGCAATGGGCACACAGTCTAGAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGTTTGCAGGGAAACAACTCTTGCAATGGGCACACAGTCTAGAGA  796

seq1  ACTCTGTTGTCTAATGTCTTCATAACAAAACACACCTTCAGAAAACATAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTTGTCTAATGTCTTCATAACAAAACACACCTTCAGAAAACATAT  846

seq1  CCACCAATATAAGTTGTCTTTCAGCTCCTCATTTCAAAAAATAAATAAAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAATATAAGTTGTCTTTCAGCTCCTCATTTCAAAAAATAAATAAAT  896

seq1  AAATAAATAAAAGGATGGCACATTCAGACCAATGATCAATAAAGATATAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAAAAGGATGGCACATTCAGACCAATGATCAATAAAGATATAA  946

seq1  ATAACTACTTCAGGGCTAGAGAGTGGACCTAAAATCAGACCCCCAGAATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTACTTCAGGGCTAGAGAGTGGACCTAAAATCAGACCCCCAGAATT  996

seq1  C  999
      |
seq2  C  997


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |