BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295A15
Chromosome16 (Build37)
Map Location 90,170,524 - 90,304,005
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040440, Sod1, Sfrs15
Upstream geneLOC100040288, EG622935, EG622981, EG622998, EG623011, EG623026, LOC100040346, EG623049, LOC100040415, EG640636, LOC640652, LOC640654, LOC100040425, LOC100040374, LOC640656, LOC100040445, LOC100040456, Krtap21-1, Krtap6-2, 5430433J05Rik, Tiam1, LOC100040496, LOC640694
Downstream geneLOC545175, Hunk, 2610039C10Rik, Mrap, 4921511H13Rik, 4931408A02Rik, LOC665863, 1110004E09Rik, 4930534H18Rik, Synj1, 1810007M14Rik, 4932438H23Rik, H3f3a-ps2, Olig2, Olig1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295A15.bB6Ng01-295A15.g
ACCGA091013GA091014
length1,1121,107
definitionB6Ng01-295A15.b B6Ng01-295A15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,170,524 - 90,171,648)(90,302,908 - 90,304,005)
sequence
gaattctgcaaggactggccggtgtccttggaaaagctaaagtgagtgaa
cctgggcttcagggttctgtgaggtttggcagctgcctctccagcctgtt
ttcttatgttctgtgtactgttcgcagctacacttaacagctcatgttcc
taacagcacggaggaatctgggatgggtcttcccagccccacacagacat
gtcagcacagagctaatgcactcaccagacctgctggaaagctaaagtat
atctaaagtatatctctgccccaaactcttctacacaatgcaggcacatc
tgcttcgctgctgggggaatcagacacacaaacagtccaagtacctagta
gatattcatgtcttggactcctgtttcagctctaaattcagagtggattt
tgcactctaagctgtaacttgtctttctatgctttttatttgtattttct
tttaaaaaatatgtatctttttattttcagctgatgggatttggttcttg
cctgtcaccaagttgtttctagaaggtcaacctgaatcattatcatcctt
ggtctcaagggccctccggatgccccacccatgtgtatattgttaaataa
gaagctaacatttgggctggtggagagatggctcagcagttaagagcact
ggctgctcttccagaggtcctgagttcaaatcccagcaactacatggtgc
ctcacaaccatctgtaataggatctggtgccctcttatggtgtgtgcctg
aagacagctgcagtgtactcataaaaatatatattaaaaatttttttaaa
aaggaagctaatgttttctctcaaactctgagggccacattgtctcttgg
gaagtggtaggtgcggatggtaccatctggcgagatcactcactgcaagc
caaaggaactgcagttccccatcttggctcggacactcagttcagaagca
ctaagccaggaagtagccaggaagtaaacctggttagccttgtactcatt
acttttcttatactcaaaaaaaaaaaaaacacccacaacccccaaaaaca
aacctaaacaaacaaacacacccccgataaaagcaggtttacgttagcat
tacgtcagtttg
gaattccatataacaattgcaaccgctgagtcacagataaggtcacccgt
gaccaagtgtatgtgtacacacacacacaggtacacacacacacatgtaa
actctttcacatggctgtccattgtggtgatatatcaccagccagccctt
ccttccctgcctggagagattctgctctctgcacactcccctctctcatg
cgacttagagactggaagtccaaatttggggtgtcactacattattctgg
cctcagctgagaggaaggaaaacacagaagagcagctgtgtctctgctct
gatggacaagcctgacatcagtccttcccggaatgcatcctcccgcaccc
cttggggatgagcactgctgttgcactattcctgtagctgcctggacctt
gagtgtcacaaaaggtcccaaagatgacactactgagaggtatttggata
tgtagggtgagagttctgatggggagtccttaggaacatgcccacaaagg
ggattagggaattacagccccttcctcttcctcttctgctttttttggca
atggcataggtagatttgttccagtccaagcttgcactattatgactgac
accttgccacagacccaaagcaacatggctagccagctatgaaccggaaa
ttcctctggatctaggagccaaagtaaacgttactcttagaaagctaatt
atgtcctgtgccttatcgtagtagtggaaatttgactgacaggtccctgt
cagcaggagatatgtcccggtgttcaagtatatgcacctgcaaatgcttg
aaagtatgatcagtaccaaccgctttggatactgcatatctttccccatg
tatccacacctcaacaaaaaaattttttttctttccagagccgaggacca
aacccagggccttgtgcttgctaggcaagcgctcgaccactgagctaaat
ccccaacccctcctcaacaaatttaacacctatggctggagagatggctc
agtggctagagcatagacttgctctttcagaggtccttgagtttcaggtt
tcccagcaacacggtggtggctccaccaacatctgttaatgggatctcgt
aacgccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_90170524_90171648
seq2: B6Ng01-295A15.b_47_1158

seq1  GAATTCTGCAAGGACTGGCCGGTGTCCTTGGAAAAGCTAAAGTGAGTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCAAGGACTGGCCGGTGTCCTTGGAAAAGCTAAAGTGAGTGAA  50

seq1  CCTGGGCTTCAGGGTTCTGTGAGGTTTGGCAGCTGCCTCTCCAGCCTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGCTTCAGGGTTCTGTGAGGTTTGGCAGCTGCCTCTCCAGCCTGTT  100

seq1  TTCTTATGTTCTGTGTACTGTTCGCAGCTACACTTAACAGCTCATGTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATGTTCTGTGTACTGTTCGCAGCTACACTTAACAGCTCATGTTCC  150

seq1  TAACAGCACGGAGGAATCTGGGATGGGTCTTCCCAGCCCCACACAGACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGCACGGAGGAATCTGGGATGGGTCTTCCCAGCCCCACACAGACAT  200

seq1  GTCAGCACAGAGCTAATGCACTCACCAGACCTGCTGGAAAGCTAAAGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCACAGAGCTAATGCACTCACCAGACCTGCTGGAAAGCTAAAGTAT  250

seq1  ATCTAAAGTATATCTCTGCCCCAAACTCTTCTACACAATGCAGGCACATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAAGTATATCTCTGCCCCAAACTCTTCTACACAATGCAGGCACATC  300

seq1  TGCTTCGCTGCTGGGGGAATCAGACACACAAACAGTCCAAGTACCTAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCGCTGCTGGGGGAATCAGACACACAAACAGTCCAAGTACCTAGTA  350

seq1  GATATTCATGTCTTGGACTCCTGTTTCAGCTCTAAATTCAGAGTGGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTCATGTCTTGGACTCCTGTTTCAGCTCTAAATTCAGAGTGGATTT  400

seq1  TGCACTCTAAGCTGTAACTTGTCTTTCTATGCTTTTTATTTGTATTTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTCTAAGCTGTAACTTGTCTTTCTATGCTTTTTATTTGTATTTTCT  450

seq1  TTTAAAAAATATGTATCTTTTTATTTTCAGCTGATGGGATTTGGTTCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAATATGTATCTTTTTATTTTCAGCTGATGGGATTTGGTTCTTG  500

seq1  CCTGTCACCAAGTTGTTTCTAGAAGGTCAACCTGAATCATTATCATCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCACCAAGTTGTTTCTAGAAGGTCAACCTGAATCATTATCATCCTT  550

seq1  GGTCTCAAGGGCCCTCCGGATGCCCCACCCATGTGTATATTGTTAAATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCAAGGGCCCTCCGGATGCCCCACCCATGTGTATATTGTTAAATAA  600

seq1  GAAGCTAACATTTGGGCTGGTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTAACATTTGGGCTGGTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACT  650

seq1  GGCTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACTACATGGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACTACATGGTGC  700

seq1  CTCACAACCATCTGTAATAGGATCTGGTGCCCTCTTATGGTGTGTGCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAACCATCTGTAATAGGATCTGGTGCCCTCTTATGGTGTGTGCCTG  750

seq1  AAGACAGCTGCAGTGTACTCATAAAAATATATATTAAAAATTTTTTTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGCTGCAGTGTACTCATAAAAATATATATTAAAAATTTTTTTAAA  800

seq1  AAGGAAGCTAATGTTTTCTCTCAAACTCTGAGGGCCACATTGTCTCTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGCTAATGTTTTCTCTCAAACTCTGAGGGCCACATTGTCTCTTGG  850

seq1  GAAGTGGTAGGTGCGGATGGTACCATCTGGCGAGATCACTCACTGCAAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGTAGGTGCGGATGGTACCATCTGGCGAGATCACTCACTGCAAGC  900

seq1  CAAAGGAACTGCAGTTCCCCATCTTGGCTCGGACACTCAGTTCAGAAGGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAAAGGAACTGCAGTTCCCCATCTTGGCTCGGACACTCAGTTCAGAA-GC  949

seq1  ACTAAGCCAGGAAGTAAGCCAGGAAGTAAACCTGGTTAGCTTTGTACTCA  1000
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACTAAGCCAGGAAGT-AGCCAGGAAGTAAACCTGGTTAGCCTTGTACTCA  998

seq1  TTACTTTTCTTATTACTCAAAAAAAAAAAAAAACAACCCACAAACCCCCC  1050
      |||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||   ||||
seq2  TTACTTTTCTTA-TACTCAAAAAAAAAAAAAA--CACCCACAA---CCCC  1042

seq1  AAAAAACAAAACTAAACAAACAAACAAACCAACCCCCGATAAAAGCA-GT  1099
       ||||||||| |||||||||||||||     |||||||||||||||| ||
seq2  CAAAAACAAACCTAAACAAACAAACA----CACCCCCGATAAAAGCAGGT  1088

seq1  TTACGTTAAGCATTTACGTCAGTTTG  1125
      ||||||| |||| |||||||||||||
seq2  TTACGTT-AGCA-TTACGTCAGTTTG  1112

seq1: chr16_90302908_90304005
seq2: B6Ng01-295A15.g_66_1172 (reverse)

seq1  GGGCGT---CAGATCCCATT-ACAGATGGTTGT-GAGCCACCACGTGGTT  45
      ||||||    |||||||||| ||||||| | || ||||||||||   |||
seq2  GGGCGTTACGAGATCCCATTAACAGATGTTGGTGGAGCCACCACCGTGTT  50

seq1  GCTGGGAA--CTG-AACTC-AGGACCTCTGGAAGAGC-AGTCTATGCTCT  90
      ||||||||  ||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| 
seq2  GCTGGGAAACCTGAAACTCAAGGACCTCTGAAAGAGCAAGTCTATGCTC-  99

seq1  TAGCCACTGAGCCATCTCTCCAGCCATAGGTGTTAAATTTTGTTGAGGAG  140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAGCCACTGAGCCATCTCTCCAGCCATAGGTGTTAAA-TTTGTTGAGGAG  148

seq1  GGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTCGAGCGCTTGCCTAGCAAGCACAAGG  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTCGAGCGCTTGCCTAGCAAGCACAAGG  198

seq1  CCCTGGGTTTGGTCCTCGGCTCTGGAAAG-AAAAAAATTTTTTTGTTGAG  239
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGTTTGGTCCTCGGCTCTGGAAAGAAAAAAAATTTTTTTGTTGAG  248

seq1  GTGTGGATACATGGGGAAAGATATGCAGTATCCAAAGCGGTTGGTACTGA  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGATACATGGGGAAAGATATGCAGTATCCAAAGCGGTTGGTACTGA  298

seq1  TCATACTTTCAAGCATTTGCAGGTGCATATACTTGAACACCGGGACATAT  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACTTTCAAGCATTTGCAGGTGCATATACTTGAACACCGGGACATAT  348

seq1  CTCCTGCTGACAGGGACCTGTCAGTCAAATTTCCACTACTACGATAAGGC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTGACAGGGACCTGTCAGTCAAATTTCCACTACTACGATAAGGC  398

seq1  ACAGGACATAATTAGCTTTCTAAGAGTAACGTTTACTTTGGCTCCTAGAT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACATAATTAGCTTTCTAAGAGTAACGTTTACTTTGGCTCCTAGAT  448

seq1  CCAGAGGAATTTCCGGTTCATAGCTGGCTAGCCATGTTGCTTTGGGTCTG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGAATTTCCGGTTCATAGCTGGCTAGCCATGTTGCTTTGGGTCTG  498

seq1  TGGCAAGGTGTCAGTCATAATAGTGCAAGCTTGGACTGGAACAAATCTAC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAGGTGTCAGTCATAATAGTGCAAGCTTGGACTGGAACAAATCTAC  548

seq1  CTATGCCATTGCCAAAAAAAGCAGAAGAGGAAGAGGAAGGGGCTGTAATT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCCATTGCCAAAAAAAGCAGAAGAGGAAGAGGAAGGGGCTGTAATT  598

seq1  CCCTAATCCCCTTTGTGGGCATGTTCCTAAGGACTCCCCATCAGAACTCT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAATCCCCTTTGTGGGCATGTTCCTAAGGACTCCCCATCAGAACTCT  648

seq1  CACCCTACATATCCAAATACCTCTCAGTAGTGTCATCTTTGGGACCTTTT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTACATATCCAAATACCTCTCAGTAGTGTCATCTTTGGGACCTTTT  698

seq1  GTGACACTCAAGGTCCAGGCAGCTACAGGAATAGTGCAACAGCAGTGCTC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACTCAAGGTCCAGGCAGCTACAGGAATAGTGCAACAGCAGTGCTC  748

seq1  ATCCCCAAGGGGTGCGGGAGGATGCATTCCGGGAAGGACTGATGTCAGGC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAAGGGGTGCGGGAGGATGCATTCCGGGAAGGACTGATGTCAGGC  798

seq1  TTGTCCATCAGAGCAGAGACACAGCTGCTCTTCTGTGTTTTCCTTCCTCT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCATCAGAGCAGAGACACAGCTGCTCTTCTGTGTTTTCCTTCCTCT  848

seq1  CAGCTGAGGCCAGAATAATGTAGTGACACCCCAAATTTGGACTTCCAGTC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGAGGCCAGAATAATGTAGTGACACCCCAAATTTGGACTTCCAGTC  898

seq1  TCTAAGTCGCATGAGAGAGGGGAGTGTGCAGAGAGCAGAATCTCTCCAGG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTCGCATGAGAGAGGGGAGTGTGCAGAGAGCAGAATCTCTCCAGG  948

seq1  CAGGGAAGGAAGGGCTGGCTGGTGATATATCACCACAATGGACAGCCATG  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAGGAAGGGCTGGCTGGTGATATATCACCACAATGGACAGCCATG  998

seq1  TGAAAGAGTTTACATGTGTGTGTGTGTACCTGTGTGTGTGTGTACACATA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGAGTTTACATGTGTGTGTGTGTACCTGTGTGTGTGTGTACACATA  1048

seq1  CACTTGGTCACGGGTGACCTTATCTGTGACTCAGCGGTTGCAATTGTTAT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGGTCACGGGTGACCTTATCTGTGACTCAGCGGTTGCAATTGTTAT  1098

seq1  ATGGAATTC  1098
      |||||||||
seq2  ATGGAATTC  1107