BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295P11
Chromosome16 (Build37)
Map Location 61,042,793 - 61,139,062
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEpha6, LOC100043804, EG668168, LOC668170
Downstream geneLOC100043524, LOC668183
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295P11.bB6Ng01-295P11.g
ACCGA091700GA091701
length1,138607
definitionB6Ng01-295P11.b B6Ng01-295P11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,137,922 - 61,139,062)(61,042,793 - 61,043,399)
sequence
gaattcagcaatagataagtagataaccagtaaaaatttaaatgaaatgt
ttatgtaaaaataaaataataataaaaataaatatgtatttcaaattgaa
aaccaattaagtacatacatttctttaattcaaaatacattcaaaagcta
acaacaatactccactctctattcaaggtttgaaatagtttgatgtctaa
agttaccttaaaagggagtgaatttttaatccatatttctctttacttta
tttatatactctgtactgactattgccttcacagcgtaacaaaagttgat
catagtttataatttttttgctacatagtaaaagttgtcaatgaatggaa
aaatagccctttgataggaacagaagatgaatgttgacagcttgatatat
caaggtatccagagacatttaataaataaaataatcatatgtataaatag
tattttgatttacagaactcatctatttcctaagtcctcaggaccttgta
ggacagaaaagcaatttaattaagataggatttgatttcaagaataatgt
aggtatcctttacataaacaaattttacttaagtagatgtactacatcaa
tttctgaaggtatacaaaggcagaattgtaaataagttgtgaataactag
gcctggggttaaaaaagcaaaacagcaacaacaacaaaaaaacaaaccaa
aacaaaaaaacagtttcaggtcctcatgatgatcttaaagaaaaaagttg
tttcttttctctgatggatgagtgaaatcagaagcttagttatagttgat
taatgggggaaatcagggaaggaaacatatgagaaacaatgccttagtca
ttaatgaatgctgcatgctgagttgcttacatgcatgaatagcttcttag
ccattctataaccacttgtccaggcaaatgttttgctcacagatggcaag
atccttccacattaattagcatctatgtcatcccataggccacataagct
gagcaagctcacaactgagctttcttctcatttgaagctagattgtgtca
aattatcataaagctaaacaggaacaccatcatatacttagcccacattg
agaggcttcagttatttttaatgaatttgtaggtcatt

gaattctcatctgcggaataaggaatgactgagaagcacctaaaaaatgt
tcaacatccttagtcagcaggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagattc
cacctcacaccagtcagaatggctaagatcaaaagctcaggggacagcag
atgctggcatggatgtggagaaagaggaacactcctccattcctggtggg
attgcaagctggtacaaccagtctggattatcagtttggttattcctaag
aaaactggacatagtattacctgaggacccagcaataccactcctgggca
tacacccagaagatgctccaaaatgtaataaggacacatgctccactatt
ttcatagcaactctttttcttactcctcataatttttatttgattttctt
agaattaattgtggtcactttctatggtcaaaacaccataattcacaagg
aacatgtgaatctgttagtcacataactcaaatggaacaaatttcagaat
tatatatatatatacatattttatagtatattatactataaaatatacta
tagtatatatatatatatatatatatatatatatatatagtatattagta
tattata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_61137922_61139062
seq2: B6Ng01-295P11.b_50_1187 (reverse)

seq1  AATGAACTACAAATTTCATTAAAA--TACTGAAGCCTTCTCAATGTGGGC  48
      ||||| ||||||| ||||||||||   ||||||||| |||||||||||||
seq2  AATGACCTACAAA-TTCATTAAAAATAACTGAAGCC-TCTCAATGTGGGC  48

seq1  TAAGTTATATGATGGTGTT-CTGTTTAGCTTTAATTGATAATTTGACACA  97
      |||| |||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  TAAG-TATATGATGGTGTTCCTGTTTAGCTTTA--TGATAATTTGACACA  95

seq1  ATCTAGCTTCAAATGAGAAGAAAGGCTCAGTTGTGAGCTTGCTCAGCTTA  147
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGCTTCAAATGAGAAGAAA-GCTCAGTTGTGAGCTTGCTCAGCTTA  144

seq1  TGTGGCCTATGGGATGACATAGATGCTAATTAATGTGGAAGGATCTTGCC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCTATGGGATGACATAGATGCTAATTAATGTGGAAGGATCTTGCC  194

seq1  ATCTGTGAGCAAAACATTTGCCTGGACAAGTGGTTATAGAATGGCTAAGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGAGCAAAACATTTGCCTGGACAAGTGGTTATAGAATGGCTAAGA  244

seq1  AGCTATTCATGCATGTAAGCAACTCAGCATGCAGCATTCATTAATGACTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTCATGCATGTAAGCAACTCAGCATGCAGCATTCATTAATGACTA  294

seq1  AGGCATTGTTTCTCATATGTTTCCTTCCCTGATTTCCCCCATTAATCAAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTGTTTCTCATATGTTTCCTTCCCTGATTTCCCCCATTAATCAAC  344

seq1  TATAACTAAGCTTCTGATTTCACTCATCCATCAGAGAAAAGAAACAACTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTAAGCTTCTGATTTCACTCATCCATCAGAGAAAAGAAACAACTT  394

seq1  TTTTCTTTAAGATCATCATGAGGACCTGAAACTGTTTTTTTGTTTTGGTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTAAGATCATCATGAGGACCTGAAACTGTTTTTTTGTTTTGGTT  444

seq1  TGTTTTTTTGTTGTTGTTGCTGTTTTGCTTTTTTAACCCCAGGCCTAGTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTTTGTTGTTGTTGCTGTTTTGCTTTTTTAACCCCAGGCCTAGTT  494

seq1  ATTCACAACTTATTTACAATTCTGCCTTTGTATACCTTCAGAAATTGATG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACAACTTATTTACAATTCTGCCTTTGTATACCTTCAGAAATTGATG  544

seq1  TAGTACATCTACTTAAGTAAAATTTGTTTATGTAAAGGATACCTACATTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACATCTACTTAAGTAAAATTTGTTTATGTAAAGGATACCTACATTA  594

seq1  TTCTTGAAATCAAATCCTATCTTAATTAAATTGCTTTTCTGTCCTACAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGAAATCAAATCCTATCTTAATTAAATTGCTTTTCTGTCCTACAAG  644

seq1  GTCCTGAGGACTTAGGAAATAGATGAGTTCTGTAAATCAAAATACTATTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAGGACTTAGGAAATAGATGAGTTCTGTAAATCAAAATACTATTT  694

seq1  ATACATATGATTATTTTATTTATTAAATGTCTCTGGATACCTTGATATAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATGATTATTTTATTTATTAAATGTCTCTGGATACCTTGATATAT  744

seq1  CAAGCTGTCAACATTCATCTTCTGTTCCTATCAAAGGGCTATTTTTCCAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGTCAACATTCATCTTCTGTTCCTATCAAAGGGCTATTTTTCCAT  794

seq1  TCATTGACAACTTTTACTATGTAGCAAAAAAATTATAAACTATGATCAAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGACAACTTTTACTATGTAGCAAAAAAATTATAAACTATGATCAAC  844

seq1  TTTTGTTACGCTGTGAAGGCAATAGTCAGTACAGAGTATATAAATAAAGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTACGCTGTGAAGGCAATAGTCAGTACAGAGTATATAAATAAAGT  894

seq1  AAAGAGAAATATGGATTAAAAATTCACTCCCTTTTAAGGTAACTTTAGAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAAATATGGATTAAAAATTCACTCCCTTTTAAGGTAACTTTAGAC  944

seq1  ATCAAACTATTTCAAACCTTGAATAGAGAGTGGAGTATTGTTGTTAGCTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACTATTTCAAACCTTGAATAGAGAGTGGAGTATTGTTGTTAGCTT  994

seq1  TTGAATGTATTTTGAATTAAAGAAATGTATGTACTTAATTGGTTTTCAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGTATTTTGAATTAAAGAAATGTATGTACTTAATTGGTTTTCAAT  1044

seq1  TTGAAATACATATTTATTTTTATTATTATTTTATTTTTACATAAACATTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATACATATTTATTTTTATTATTATTTTATTTTTACATAAACATTT  1094

seq1  CATTTAAATTTTTACTGGTTATCTACTTATCTATTGCTGAATTC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAATTTTTACTGGTTATCTACTTATCTATTGCTGAATTC  1138


seq1: chr16_61042793_61043399
seq2: B6Ng01-295P11.g_68_674

seq1  GAATTCTCATCTGCGGAATAAGGAATGACTGAGAAGCACCTAAAAAATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATCTGCGGAATAAGGAATGACTGAGAAGCACCTAAAAAATGT  50

seq1  TCAACATCCTTAGTCAGCAGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACATCCTTAGTCAGCAGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGATTC  100

seq1  CACCTCACACCAGTCAGAATGGCTAAGATCAAAAGCTCAGGGGACAGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCACACCAGTCAGAATGGCTAAGATCAAAAGCTCAGGGGACAGCAG  150

seq1  ATGCTGGCATGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTCCTGGTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGCATGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTCCTGGTGGG  200

seq1  ATTGCAAGCTGGTACAACCAGTCTGGATTATCAGTTTGGTTATTCCTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAAGCTGGTACAACCAGTCTGGATTATCAGTTTGGTTATTCCTAAG  250

seq1  AAAACTGGACATAGTATTACCTGAGGACCCAGCAATACCACTCCTGGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGGACATAGTATTACCTGAGGACCCAGCAATACCACTCCTGGGCA  300

seq1  TACACCCAGAAGATGCTCCAAAATGTAATAAGGACACATGCTCCACTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCCAGAAGATGCTCCAAAATGTAATAAGGACACATGCTCCACTATT  350

seq1  TTCATAGCAACTCTTTTTCTTACTCCTCATAATTTTTATTTGATTTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAGCAACTCTTTTTCTTACTCCTCATAATTTTTATTTGATTTTCTT  400

seq1  AGAATTAATTGTGGTCACTTTCTATGGTCAAAACACCATAATTCACAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTAATTGTGGTCACTTTCTATGGTCAAAACACCATAATTCACAAGG  450

seq1  AACATGTGAATCTGTTAGTCACATAACTCAAATGGAACAAATTTCAGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTGAATCTGTTAGTCACATAACTCAAATGGAACAAATTTCAGAAT  500

seq1  TATATATATATATACATATTTTATAGTATATTATACTATAAAATATACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATACATATTTTATAGTATATTATACTATAAAATATACTA  550

seq1  TAGTATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTATATTAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTATATTAGTA  600

seq1  TATTATA  607
      |||||||
seq2  TATTATA  607


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |