BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-297E17
Chromosome16 (Build37)
Map Location 78,747,086 - 78,867,983
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC435483, LOC100039561, Cxadr, Btg3, D16Ertd472e, LOC100039605, 4930570E03Rik
Downstream geneChodl, Prss7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-297E17.bB6Ng01-297E17.g
ACCGA092686GA092687
length1,0981,131
definitionB6Ng01-297E17.b B6Ng01-297E17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,747,086 - 78,748,100)(78,866,855 - 78,867,983)
sequence
gaattccccctgcacctaaacatgtccttccatattgctactgttctggt
cttgtttacgcagccatttctaggaaaggctatttcacagtagattttgt
agtattatgtctcttacattctttcaaactacctcccaaaatgttccctg
aaccataaattaaggcatcatgatataaatgcaggtgttggaactggact
ccccatgatctattgatccctgcattgtatgcagttgtagtttcctgtga
tggtacccattttctacatagggaggcttttttttttccttttgatgacg
ggtggtagctacacttactcttttattcattggccagggcagagtggatg
gtcagccatgaaaatgactatacaaaccaccaatgaaaatgaactcgtta
ggttgtatttacatatagctgtgtgcacaagcgtatgtaacacccatatg
caactataataataaaagaaaagaggctacgagtttaagggtaggtggag
aggttcaagagaagctggataggtggagctagaaagaggaaatggatagg
gaaagtgacatgatctattacagttaacatatattagaaaaaaagttata
acagctaaatacaacaaatactgatttaatgcattgaaggtagctccctt
ctccaagaaaaaaaacctaagcaagtaaacaaacaaaaaaatcgtactta
ccagatttttttcctgtatttggaagaaatagctttcacagatgtaacta
ctgttctagagatgagagtgttatttgttcgtgggtttagcctttagtct
agtggaaaatgatgttatgacaaacaagaggaggtgactctgggaggtat
caagtacagtctggagttaaattgttacaagctaaggagcatgcggaacc
acccaccatcagcaggaagggaaaagaggagatgttccctcgcttctaca
gacaaagcacagtcctgctaatatgttgatttagattttcctttcatggt
gcatcacgatatattttgttattttaagccattaaatgtgttgatgtgac
aatgcagagcagaaaggagattagagaaaacagcgaagcagccctcac

gaattctcagacagtacacactctgctctcacgtggcatctctatttttg
ttagaatacttcttactttattatttggattctaatcgcaaacctgtcat
ttttagcatattgatagccctccgaaatatagtccctaggcttctcattt
gtttcgcagaacataatcaaatcataaattggaccttatacattttgttt
taaaaaacaaatacattagacattatatgaaggtgcccagcagcaaacat
tgattgcattttaaatgaaagcaactgaaaaaattgtcactgggcagaaa
gtgattcataagccctgacaaggatattctaaattaactctaaagtaata
ctgtgtgtggcaagaggattctaaattaactaaagtaatttaatatgttt
tttaaatggactttaggcataattatagtaaataaagtattttaggtatt
tgctctccttaagactctcacagtataccatctactttaggacattataa
atgataagcaactgagatatgcagacgtaatttggttttactactgaaaa
gataaaatcaacaggtacttttggccttcttaacctggtaaatgatctaa
cagttgtcttcagggtttaaggtccatgtctggataaatagatactaaca
gataatttaccttaacatgcaaaggaaatactagcattctttaaatcaag
aaccttgtgaagtaaattcctagagggcacacaagtatctaccacaactg
ctttcatcttcctttctaaggagcgaccctctcccccccattcacataat
ccagatgcaggttggcatactctatgtcaactagagtggccagttgtggg
acattgggctatgcaaagacagtcttgtccccaacagagctgagatgttg
aaccctgggacccggtggtgataattcaacctacatggcatggtaggcgt
tccctcatgctcctgggacttgagctcctgtcgaagtaaccaccccctca
gccccccacaggagaagcatggttcagtagtcaagtagggccatgtctca
agcttctgatcttcaggcttaaactcctccccaagttaactagcaacagt
aaagaccatagaggaactgtttgcctcctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_78747086_78748100
seq2: B6Ng01-297E17.b_142_1145

seq1  TTTTGTAGTATTATGTCTCTTACATTCTTTCAAACTACCTCCCAAAATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAGTATTATGTCTCTTACATTCTTTCAAACTACCTCCCAAAATGT  50

seq1  TCCCTGAACCATAAATTAAGGCATCATGATATAAATGCAGGTGTTGGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGAACCATAAATTAAGGCATCATGATATAAATGCAGGTGTTGGAAC  100

seq1  TGGACTCCCCATGATCTATTGATCCCTGCATTGTATGCAGTTGTAGTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTCCCCATGATCTATTGATCCCTGCATTGTATGCAGTTGTAGTTTC  150

seq1  CTGTGATGGTACCCATTTTCTACATAGGGAGGCTTTTTTTTTTCCTTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATGGTACCCATTTTCTACATAGGGAGGCTTTTTTTTTTCCTTTTG  200

seq1  ATGACGGGTGGTAGCTACACTTACTCTTTTATTCATTGGCCAGGGCAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACGGGTGGTAGCTACACTTACTCTTTTATTCATTGGCCAGGGCAGAG  250

seq1  TGGATGGTCAGCCATGAAAATGACTATACAAACCACCAATGAAAATGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGTCAGCCATGAAAATGACTATACAAACCACCAATGAAAATGAAC  300

seq1  TCGTTAGGTTGTATTTACATATAGCTGTGTGCACAAGCGTATGTAACACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTAGGTTGTATTTACATATAGCTGTGTGCACAAGCGTATGTAACACC  350

seq1  CATATGCAACTATAATAATAAAAGAAAAGAGGCTACGAGTTTAAGGGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCAACTATAATAATAAAAGAAAAGAGGCTACGAGTTTAAGGGTAG  400

seq1  GTGGAGAGGTTCAAGAGAAGCTGGATAGGTGGAGCTAGAAAGAGGAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGAGGTTCAAGAGAAGCTGGATAGGTGGAGCTAGAAAGAGGAAATG  450

seq1  GATAGGGAAAGTGACATGATCTATTACAGTTAACATATATTAGAAAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGGAAAGTGACATGATCTATTACAGTTAACATATATTAGAAAAAAA  500

seq1  GTTATAACAGCTAAATACAACAAATACTGATTTAATGCATTGAAGGTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAACAGCTAAATACAACAAATACTGATTTAATGCATTGAAGGTAGC  550

seq1  TCCCTTCTCCAAGAAAAAAAACCTAAGCAAGTAAACAAACAAAAAAATCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCTCCAAGAAAAAAAACCTAAGCAAGTAAACAAACAAAAAAATCG  600

seq1  TACTTACCAGATTTTTTTCCTGTATTTGGAAGAAATAGCTTTCACAGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTACCAGATTTTTTTCCTGTATTTGGAAGAAATAGCTTTCACAGATG  650

seq1  TAACTACTGTTCTAGAGATGAGAGTGTTATTTGTTCGTGGGTTTAGCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTACTGTTCTAGAGATGAGAGTGTTATTTGTTCGTGGGTTTAGCCTT  700

seq1  TAGTCTAGTGGAAAATGATGTTATGACAAACAAGAGGAGGTGACTCTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTAGTGGAAAATGATGTTATGACAAACAAGAGGAGGTGACTCTGGG  750

seq1  AGGTATCAAGTACAGTCTGGAGTTAAATTGTTACAAGCTAAGGAGCATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATCAAGTACAGTCTGGAGTTAAATTGTTACAAGCTAAGGAGCATGC  800

seq1  GGAACCACCCACCATCAGGCAGGAAGGGAAAAAGAGGAGATGTTCCCTCG  850
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCACCCACCATCA-GCAGGAAGGG-AAAAGAGGAGATGTTCCCTCG  848

seq1  CTTCTACAGACAAAGCACAGTCCTGCTAATATGTTGATTTTAAGATTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||
seq2  CTTCTACAGACAAAGCACAGTCCTGCTAATATGTTGATTT--AGA-TTTT  895

seq1  CCTTTCATGGTGCATCACGATATATTTTGTTATTTTAAGCCATTAAATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCATGGTGCATCACGATATATTTTGTTATTTTAAGCCATTAAATGT  945

seq1  GTTGAATGTGACCATGCAAAGAAGGCAGAAAGGAGATTAGAG-AAACAGC  999
      |||| ||||||| ||||| |    |||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTTG-ATGTGACAATGCAGA----GCAGAAAGGAGATTAGAGAAAACAGC  990

seq1  AGAGGCAAGCCCTCAC  1015
       || || |||||||||
seq2  -GAAGC-AGCCCTCAC  1004


seq1: chr16_78866855_78867983
seq2: B6Ng01-297E17.g_71_1201 (reverse)

seq1  TGAGGAGGGGCCAAACAGTCCCTCTTATGGTCTTTACTGTTGCTAGGTAA  50
      ||||||||   |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGAGGAGG---CAAACAGTTCCTC-TATGGTCTTTACTGTTGCTAGTTAA  46

seq1  C-TGGGGAGGAGTTT-AGCCTGAAGATCAGAAGCTTGAGACATGG-CCTA  97
      | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTGGGGAGGAGTTTAAGCCTGAAGATCAGAAGCTTGAGACATGGCCCTA  96

seq1  CTTGACTACTG-ACCATGCTTCTCCTGT-GGGGGCTGAGGGGGTGGTTAC  145
      ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTACTGAACCATGCTTCTCCTGTGGGGGGCTGAGGGGGTGGTTAC  146

seq1  TTCGACAGGAGCTCAAGTTCCAGGAGCATGAGGGAACGCCTACCATGCCA  195
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGACAGGAGCTCAAGTCCCAGGAGCATGAGGGAACGCCTACCATGCCA  196

seq1  TGTAGG-TGAATTATCACCACCGGGTCCCAGGGTTCAACATCTCAGCTCT  244
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGTTGAATTATCACCACCGGGTCCCAGGGTTCAACATCTCAGCTCT  246

seq1  GTTGGGGACAAGACTGTCTTTGCATAGCCCAATGTCCCACAACTGGCCAC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGGACAAGACTGTCTTTGCATAGCCCAATGTCCCACAACTGGCCAC  296

seq1  TCTAGTTGACATAGAGTATGCCAACCTGCATCTGGATTATGTGAATGGGG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTTGACATAGAGTATGCCAACCTGCATCTGGATTATGTGAATGGGG  346

seq1  GGGAGAGGGTCGCTCCTTAGAAAGGAAGATGAAAGCAGTTGTGGTAGATA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGGGTCGCTCCTTAGAAAGGAAGATGAAAGCAGTTGTGGTAGATA  396

seq1  CTTGTGTGCCCTCTAGGAATTTACTTCACAAGGTTCTTGATTTAAAGAAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGTGCCCTCTAGGAATTTACTTCACAAGGTTCTTGATTTAAAGAAT  446

seq1  GCTAGTATTTCCTTTGCATGTTAAGGTAAATTATCTGTTAGTATCTATTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTATTTCCTTTGCATGTTAAGGTAAATTATCTGTTAGTATCTATTT  496

seq1  ATCCAGACATGGACCTTAAACCCTGAAGACAACTGTTAGATCATTTACCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGACATGGACCTTAAACCCTGAAGACAACTGTTAGATCATTTACCA  546

seq1  GGTTAAGAAGGCCAAAAGTACCTGTTGATTTTATCTTTTCAGTAGTAAAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAGAAGGCCAAAAGTACCTGTTGATTTTATCTTTTCAGTAGTAAAA  596

seq1  CCAAATTACGTCTGCATATCTCAGTTGCTTATCATTTATAATGTCCTAAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTACGTCTGCATATCTCAGTTGCTTATCATTTATAATGTCCTAAA  646

seq1  GTAGATGGTATACTGTGAGAGTCTTAAGGAGAGCAAATACCTAAAATACT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGGTATACTGTGAGAGTCTTAAGGAGAGCAAATACCTAAAATACT  696

seq1  TTATTTACTATAATTATGCCTAAAGTCCATTTAAAAAACATATTAAATTA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTACTATAATTATGCCTAAAGTCCATTTAAAAAACATATTAAATTA  746

seq1  CTTTAGTTAATTTAGAATCCTCTTGCCACACACAGTATTACTTTAGAGTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTTAATTTAGAATCCTCTTGCCACACACAGTATTACTTTAGAGTT  796

seq1  AATTTAGAATATCCTTGTCAGGGCTTATGAATCACTTTCTGCCCAGTGAC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGAATATCCTTGTCAGGGCTTATGAATCACTTTCTGCCCAGTGAC  846

seq1  AATTTTTTCAGTTGCTTTCATTTAAAATGCAATCAATGTTTGCTGCTGGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTTCAGTTGCTTTCATTTAAAATGCAATCAATGTTTGCTGCTGGG  896

seq1  CACCTTCATATAATGTCTAATGTATTTGTTTTTTAAAACAAAATGTATAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTCATATAATGTCTAATGTATTTGTTTTTTAAAACAAAATGTATAA  946

seq1  GGTCCAATTTATGATTTGATTATGTTCTGCGAAACAAATGAGAAGCCTAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAATTTATGATTTGATTATGTTCTGCGAAACAAATGAGAAGCCTAG  996

seq1  GGACTATATTTCGGAGGGCTATCAATATGCTAAAAATGACAGGTTTGCGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTATATTTCGGAGGGCTATCAATATGCTAAAAATGACAGGTTTGCGA  1046

seq1  TTAGAATCCAAATAATAAAGTAAGAAGTATTCTAACAAAAATAGAGATGC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATCCAAATAATAAAGTAAGAAGTATTCTAACAAAAATAGAGATGC  1096

seq1  CACGTGAGAGCAGAGTGTGTACTGTCTGAGAATTC  1129
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGAGAGCAGAGTGTGTACTGTCTGAGAATTC  1131


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |