BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-301H06
Chromosome16 (Build37)
Map Location 73,964,102 - 74,088,154
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRobo2
Upstream geneRobo1, LOC100039310, LOC100039318, LOC100039326
Downstream geneLOC665042
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-301H06.bB6Ng01-301H06.g
ACCGA095761GA095762
length1,1291,125
definitionB6Ng01-301H06.b B6Ng01-301H06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,087,022 - 74,088,154)(73,964,102 - 73,965,232)
sequence
gaattctcactacttattagacaaaaccctctaaagaatattatagttat
gtaaatgagaacctgtttcttttaaccagcatatgaatgaaacacttaaa
caaaaattgctatttgaggggttgaggagattgacagttgatgtttaatg
gaaccttctagagacttgggtttagatcccaacactcaagtccagtgact
cacagtctctaaaactccagctccgggagatcctgtcctgtttttttgga
ctccataggtgccagcacacacttgttattacacacaaacacatgctcac
atgtatatataaaaataaagcttaaaatattactacctggttcctaggat
taaatttagaaacattaaaagaacaaaataagttaccatgttgtgtaatt
attaagtattaggtattactagttcttaatatctagtccttatttattag
gtgtcttctgtgtttaattttatgttatgcttaatagtagtaacgagcat
ggcatttgtataaaataaataacaatgagtaaaaagtatatggtggagca
cacctaaagtcatagcactgcagtggcagaggcagagggataaccataag
tttgaggctacgctagaatatagacctgcattctgggacagttgggttag
gtagtaacaccttatctcaaataacaaaacaaaatcaagggaagagattt
caagcacttttaacatttatatattgtgataaatatgtaatatttataaa
atatttgtcaaataatagttataaaataaaagtagactaatagaatcaac
attgttgacttgcatgaatttgacttagtgtgcaattttatattattttt
acttagcatcttatacatattcacatctaaaccttagtgtatgcttgtcc
tactggccatatgccctgtcctatatgggccaatatcccctgtccagctt
attctgaatagaataattttcctctgctaggtctcagtgggagccgtata
tgtacttgggtattttccttgatattcacagaaagttcaatgactgtgtt
actatgttgtcttttacattaaaacttcagtatgtgcatcctatgtgtga
tttgtaatatgcttattcactctagtggc

gaattcaattatctgcatgctataaacaaaaggcttttcttttataaagc
aacctgtaatcttatgtgttcagttgtagtgttacatctttttgagagaa
agctaccaactgatgaataataagattgcattagtattttcatgaagaaa
tgaaaaaaacctgcaaaacttcaattaaaatggatagaacaaaggaattt
tctttctctttagaatgcccctgctagaagcattgttgaacatgcatgtg
tgccttacaagcaaatcttagggtgatagatgagtctcaaaaaaatagaa
attccttttccacttgacagattttaacccgcaaagattctcaggcatta
gaggcatccattatgaggctgtatcaataaaaattaaggtctaataagga
ggctcatgcaccgtcatagaatctcagtcatgctaccaatttgtgactgt
aacaaagtggtgtgatttttgaaaagcagaagttgctctgacataaaatt
aggcaaccaaagaacaaaaactaaattcatgagaatcaaagagaattgca
tttcatcaaaactgacagagttttaaaaagcaatccttgccacatgtgtt
aaagcagcagtaagcttacattttataaacttgtctgagttccctttaag
tgaatttatataccgaaagaaaggcataactcacaataatagcttgttaa
tactgaaagaaacaagctgtgttttaaagaagaacattaagcagctgttt
ggagatgaagggagtctgtaaatcagggcaaattggttttatccatgttt
ggatttcattaattaagtgtgttaggtacttttatgaagctagtgtttac
tacacagcactgctcgctcactccagtgagcacagccatcaactggtaga
tagtaatggtctacgtaataacaagagtttaacttaatttgtgtggtggg
aaggcactgcttaggggggagggaaaatgttattacaggtgaagcgaaga
ggaatttgctgaatctgaccttaccaaactgagagcattgagcgaataaa
ggctctatacagctatgctagctcaatctgacactgaaccagttatgtct
tcggctgtaaccaatttaattaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_74087022_74088154
seq2: B6Ng01-301H06.b_47_1175 (reverse)

seq1  GCCACTAGAGTGAATTTAAGCATA-TACAAATTCACACCATAAGGATGGC  49
      ||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||| ||| ||||||  
seq2  GCCACTAGAGTGAA--TAAGCATATTACAAA-TCACA-CAT-AGGATG--  43

seq1  CACATACTGAAAGTTTTAAATGTAAAAGAC-ACATAGTAACACAGTCATT  98
      ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CACATACTG-AAGTTTT-AATGTAAAAGACAACATAGTAACACAGTCATT  91

seq1  GAACTTTCTGTGAATATCAAGGAAAATA-CCAAGTACATATACGGCTCCC  147
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTTCTGTGAATATCAAGGAAAATACCCAAGTACATATACGGCTCCC  141

seq1  ACTGAGACCTAGCAGAGG-AAATTATTCTATTCAGAATAAGCTGGACAGG  196
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGACCTAGCAGAGGAAAATTATTCTATTCAGAATAAGCTGGACAGG  191

seq1  GGATATTGG-CCATATAGGACAGGGCATATGGCCAGTAGGACAAGCATAC  245
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTGGCCCATATAGGACAGGGCATATGGCCAGTAGGACAAGCATAC  241

seq1  ACTAAGGTTTAGATGTGAATATGTATAAGATGCTAAGTAAAAATAATATA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGGTTTAGATGTGAATATGTATAAGATGCTAAGTAAAAATAATATA  291

seq1  AAATTGCACACTAAGTCAAATTCATGCAAGTCAACAATGTTGATTCTATT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCACACTAAGTCAAATTCATGCAAGTCAACAATGTTGATTCTATT  341

seq1  AGTCTACTTTTATTTTATAACTATTATTTGACAAATATTTTATAAATATT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTACTTTTATTTTATAACTATTATTTGACAAATATTTTATAAATATT  391

seq1  ACATATTTATCACAATATATAAATGTTAAAAGTGCTTGAAATCTCTTCCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTTATCACAATATATAAATGTTAAAAGTGCTTGAAATCTCTTCCC  441

seq1  TTGATTTTGTTTTGTTATTTGAGATAAGGTGTTACTACCTAACCCAACTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTTGTTTTGTTATTTGAGATAAGGTGTTACTACCTAACCCAACTG  491

seq1  TCCCAGAATGCAGGTCTATATTCTAGCGTAGCCTCAAACTTATGGTTATC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAATGCAGGTCTATATTCTAGCGTAGCCTCAAACTTATGGTTATC  541

seq1  CCTCTGCCTCTGCCACTGCAGTGCTATGACTTTAGGTGTGCTCCACCATA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCCTCTGCCACTGCAGTGCTATGACTTTAGGTGTGCTCCACCATA  591

seq1  TACTTTTTACTCATTGTTATTTATTTTATACAAATGCCATGCTCGTTACT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTTTACTCATTGTTATTTATTTTATACAAATGCCATGCTCGTTACT  641

seq1  ACTATTAAGCATAACATAAAATTAAACACAGAAGACACCTAATAAATAAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTAAGCATAACATAAAATTAAACACAGAAGACACCTAATAAATAAG  691

seq1  GACTAGATATTAAGAACTAGTAATACCTAATACTTAATAATTACACAACA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGATATTAAGAACTAGTAATACCTAATACTTAATAATTACACAACA  741

seq1  TGGTAACTTATTTTGTTCTTTTAATGTTTCTAAATTTAATCCTAGGAACC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAACTTATTTTGTTCTTTTAATGTTTCTAAATTTAATCCTAGGAACC  791

seq1  AGGTAGTAATATTTTAAGCTTTATTTTTATATATACATGTGAGCATGTGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGTAATATTTTAAGCTTTATTTTTATATATACATGTGAGCATGTGT  841

seq1  TTGTGTGTAATAACAAGTGTGTGCTGGCACCTATGGAGTCCAAAAAAACA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTAATAACAAGTGTGTGCTGGCACCTATGGAGTCCAAAAAAACA  891

seq1  GGACAGGATCTCCCGGAGCTGGAGTTTTAGAGACTGTGAGTCACTGGACT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGGATCTCCCGGAGCTGGAGTTTTAGAGACTGTGAGTCACTGGACT  941

seq1  TGAGTGTTGGGATCTAAACCCAAGTCTCTAGAAGGTTCCATTAAACATCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTTGGGATCTAAACCCAAGTCTCTAGAAGGTTCCATTAAACATCA  991

seq1  ACTGTCAATCTCCTCAACCCCTCAAATAGCAATTTTTGTTTAAGTGTTTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCAATCTCCTCAACCCCTCAAATAGCAATTTTTGTTTAAGTGTTTC  1041

seq1  ATTCATATGCTGGTTAAAAGAAACAGGTTCTCATTTACATAACTATAATA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATATGCTGGTTAAAAGAAACAGGTTCTCATTTACATAACTATAATA  1091

seq1  TTCTTTAGAGGGTTTTGTCTAATAAGTAGTGAGAATTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAGAGGGTTTTGTCTAATAAGTAGTGAGAATTC  1129


seq1: chr16_73964102_73965232
seq2: B6Ng01-301H06.g_67_1191

seq1  GAATTCAATTATCTGCATGCTATAAACAAAAGGCTTTTCTTTTATAAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTATCTGCATGCTATAAACAAAAGGCTTTTCTTTTATAAAGC  50

seq1  AACCTGTAATCTTATGTGTTCAGTTGTAGTGTTACATCTTTTTGAGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTAATCTTATGTGTTCAGTTGTAGTGTTACATCTTTTTGAGAGAA  100

seq1  AGCTACCAACTGATGAATAATAAGATTGCATTAGTATTTTCATGAAGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACCAACTGATGAATAATAAGATTGCATTAGTATTTTCATGAAGAAA  150

seq1  TGAAAAAAACCTGCAAAACTTCAATTAAAATGGATAGAACAAAGGAATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAAACCTGCAAAACTTCAATTAAAATGGATAGAACAAAGGAATTT  200

seq1  TCTTTCTCTTTAGAATGCCCCTGCTAGAAGCATTGTTGAACATGCATGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTCTTTAGAATGCCCCTGCTAGAAGCATTGTTGAACATGCATGTG  250

seq1  TGCCTTACAAGCAAATCTTAGGGTGATAGATGAGTCTCAAAAAAATAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTACAAGCAAATCTTAGGGTGATAGATGAGTCTCAAAAAAATAGAA  300

seq1  ATTCCTTTTCCACTTGACAGATTTTAACCCGCAAAGATTCTCAGGCATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTTTCCACTTGACAGATTTTAACCCGCAAAGATTCTCAGGCATTA  350

seq1  GAGGCATCCATTATGAGGCTGTATCAATAAAAATTAAGGTCTAATAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATCCATTATGAGGCTGTATCAATAAAAATTAAGGTCTAATAAGGA  400

seq1  GGCTCATGCACCGTCATAGAATCTCAGTCATGCTACCAATTTGTGACTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCATGCACCGTCATAGAATCTCAGTCATGCTACCAATTTGTGACTGT  450

seq1  AACAAAGTGGTGTGATTTTTGAAAAGCAGAAGTTGCTCTGACATAAAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGTGGTGTGATTTTTGAAAAGCAGAAGTTGCTCTGACATAAAATT  500

seq1  AGGCAACCAAAGAACAAAAACTAAATTCATGAGAATCAAAGAGAATTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAACCAAAGAACAAAAACTAAATTCATGAGAATCAAAGAGAATTGCA  550

seq1  TTTCATCAAAACTGACAGAGTTTTAAAAAGCAATCCTTGCCACATGTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCAAAACTGACAGAGTTTTAAAAAGCAATCCTTGCCACATGTGTT  600

seq1  AAAGCAGCAGTAAGCTTACATTTTATAAACTTGTCTGAGTTCCCTTTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGCAGTAAGCTTACATTTTATAAACTTGTCTGAGTTCCCTTTAAG  650

seq1  TGAATTTATATACCGAAAGAAAGGCATAACTCACAATAATAGCTTGTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTATATACCGAAAGAAAGGCATAACTCACAATAATAGCTTGTTAA  700

seq1  TACTGAAAGAAACAAGCTGTGTTTTAAAGAAGAACATTAAGCAGCTGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAAAGAAACAAGCTGTGTTTTAAAGAAGAACATTAAGCAGCTGTTT  750

seq1  GGAGATGAAGGGAGTCTGTAAATCAGGGCAAATTGGTTTTATCCATGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGAAGGGAGTCTGTAAATCAGGGCAAATTGGTTTTATCCATGTTT  800

seq1  GGATTTCATTAATTAAGTGTGTTAGGTACTTTTATGAAGCTAGTGTTTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTCATTAATTAAGTGTGTTAGGTACTTTTATGAAGCTAGTGTTTAC  850

seq1  TACACAGCACTGCTCGCTCACTCCAGTGAGCACAGCCATCAACTGGTAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGCACTGCTCGCTCACTCCAGTGAGCACAGCCATCAACTGGTAGA  900

seq1  TAGTAATGGTCTACGTAATAACAAGAGTTTAACTTAATTTTGTGTGGTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  TAGTAATGGTCTACGTAATAACAAGAGTTTAACTTAA-TTTGTGTGGTGG  949

seq1  GGAGGCACTGCTTA-GGGGGAGGGAAAATGTTATTACAGGTGAAAGCGAA  999
      | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAAGGCACTGCTTAGGGGGGAGGGAAAATGTTATTACAGGTG-AAGCGAA  998

seq1  GAGGAATTTGCTGAAATCTGACCTTA-CAAACTGAAGAGCATTGAGCGAA  1048
      ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  GAGGAATTTGCTG-AATCTGACCTTACCAAACTG-AGAGCATTGAGCGAA  1046

seq1  TAAAGGCTCTATACCAAGCTATGCTAGCTCATCCTGACAACTGACCAAGT  1098
      ||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||| ||||| | |||
seq2  TAAAGGCTCTATAC--AGCTATGCTAGCTCAATCTGAC-ACTGAACCAGT  1093

seq1  TATGTCTTCGGCTGGTTACCAATTTTATTAATA  1131
      ||||||||||||| || |||||||| |||||||
seq2  TATGTCTTCGGCT-GTAACCAATTTAATTAATA  1125


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |