BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-303A07
Chromosome16 (Build37)
Map Location 54,357,985 - 54,458,890
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC433027, LOC100043442
Downstream geneLOC100043449, LOC667927, LOC436421, Zpld1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-303A07.bB6Ng01-303A07.g
ACCGA096922GA096923
length8641,095
definitionB6Ng01-303A07.b B6Ng01-303A07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,357,985 - 54,358,845)(54,457,802 - 54,458,890)
sequence
gaattccaagcccttgatcttggttaaggacgttctaggactgttggaac
actggcggaaggcttaagccatgtcagaattcaatttaaaaggcacttat
aataggaaaatactgaaagagagcagagactagactagacatacactaga
ctaatgtggtaatggaacgcgggaaagaaaaattaatgtatgggtagaga
acgctagactccaggaggagagcttctttgaaactcttttgcctcatgag
tgacttttaagcctttcagcttctccagctgactcgaccggagagagtag
caggcaatgaagtctaactaagatagatcactagtattttccattcttga
atataaattgtactttgtctaaactataaattataaacatatttatattt
gagatcacacaaatgaacaactcctttgttattcatttctaatttggaat
tttattaatggaagacattcataagaaatgtcactccacaggaagaccaa
cagagtcacctaacttgaaaccttgggactctcagagactgaaccaccaa
ccaaagatcatacatgggatagatctaggccttcccactcatatgtagta
aatgtgcagctagacatatatggatcctgaacaactggagcaggaaataa
tccaaaagctgttgtctgtatatagaatatgctctattagctgggatgtc
ttgtctgacctcaatgggagaagaagtgcctagcctcacaaagacttgaa
gtgcaaggtgtgtatgtgtgtgtgtgtggtggggggggtgtccaaaggat
ggggccaaccctctgagaagaaaaaaagagaaggagggtagaaaggttgt
gtgagggggaggct

gaattcactctcatctttttgtcttgcctccttcaattgtgttagataat
cattgttctttacacagcaagatatccagatgaaatacaaacctttgtga
gcatattgtgttcgtatacgatgttagagagtggcgtgagccaaatagag
tcaaagcttcaaatacttttctaattattttgcttttttgccagaaagag
tgaaagcactaaaatcaggaagttactgtctgaggtccaataaattgtac
tacttttgactttccatttaactctttcaacaatcatggttgagtcacct
ccaaatgccatttaccttgatttatgccactggagtccatagtatagtaa
cctctatttttaggtgttttagagaaatgattcttcattactaccttgga
gtcttctatgttctcttctcaacatttctactgatctaaaatattagaga
aaataagcctatttaaaaaaaaagtgtttatagtcaacaacataactgcc
acctcaagaagtccagttaagtctagcaaaatacagataaaatgtatagc
aacaaggtattagtgtagtaaagtttcatagttggtgaagcaatattgaa
aagtattattatgtaaagtctatattttactcagattctcttagttttaa
tttgtaattgttcctattttggtctggtatcttgattcaaatttcctgtg
aagatgtcacctggccttgtaatattgctctagaataatattatacttat
ttatcatatgtcatgatagaattttttttttatcattttgtatggttaag
gtataatgattagatagtccacagaaagtttgtattggagattgtttttt
ttttaactgtattaacttgagtttatgaattataagatgtgaagtacccc
tttcattgaatcatatcaagggatgcacttgatcattctgatttgtgtaa
gagagaatagagaaaaaaaccatttagcaaagggcctgggcaaaaagagt
ctctgctgtttacagcatgcaccacctttcagaggaccatagtccagtac
ccattgttcctattaggtagttacatcaccaaataactttctact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_54357985_54358845
seq2: B6Ng01-303A07.b_46_909

seq1  GAATTCCAAGCCCTTGATCTTGGTTAAGGACGTTCTAGGACTGTTGGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGCCCTTGATCTTGGTTAAGGACGTTCTAGGACTGTTGGAAC  50

seq1  ACTGGCGGAAGGCTTAAGCCATGTCAGAATTCAATTTAAAAGGCACTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCGGAAGGCTTAAGCCATGTCAGAATTCAATTTAAAAGGCACTTAT  100

seq1  AATAGGAAAATACTGAAAGAGAGCAGAGACTAGACTAGACATACACTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGAAAATACTGAAAGAGAGCAGAGACTAGACTAGACATACACTAGA  150

seq1  CTAATGTGGTAATGGAACGCGGGAAAGAAAAATTAATGTATGGGTAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTGGTAATGGAACGCGGGAAAGAAAAATTAATGTATGGGTAGAGA  200

seq1  ACGCTAGACTCCAGGAGGAGAGCTTCTTTGAAACTCTTTTGCCTCATGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTAGACTCCAGGAGGAGAGCTTCTTTGAAACTCTTTTGCCTCATGAG  250

seq1  TGACTTTTAAGCCTTTCAGCTTCTCCAGCTGACTCGACCGGAGAGAGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTTAAGCCTTTCAGCTTCTCCAGCTGACTCGACCGGAGAGAGTAG  300

seq1  CAGGCAATGAAGTCTAACTAAGATAGATCACTAGTATTTTCCATTCTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAATGAAGTCTAACTAAGATAGATCACTAGTATTTTCCATTCTTGA  350

seq1  ATATAAATTGTACTTTGTCTAAACTATAAATTATAAACATATTTATATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATTGTACTTTGTCTAAACTATAAATTATAAACATATTTATATTT  400

seq1  GAGATCACACAAATGAACAACTCCTTTGTTATTCATTTCTAATTTGGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCACACAAATGAACAACTCCTTTGTTATTCATTTCTAATTTGGAAT  450

seq1  TTTATTAATGGAAGACATTCATAAGAAATGTCACTCCACAGGAAGACCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAATGGAAGACATTCATAAGAAATGTCACTCCACAGGAAGACCAA  500

seq1  CAGAGTCACCTAACTTGAAACCTTGGGACTCTCAGAGACTGAACCACCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCACCTAACTTGAAACCTTGGGACTCTCAGAGACTGAACCACCAA  550

seq1  CCAAAGATCATACATGGGATAGATCTAGGCCTTCCCACTCATATGTAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGATCATACATGGGATAGATCTAGGCCTTCCCACTCATATGTAGTA  600

seq1  AATGTGCAGCTAGACATATATGGATCCTGAACAACTGGAGCAGGAAATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCAGCTAGACATATATGGATCCTGAACAACTGGAGCAGGAAATAA  650

seq1  TCCAAAAGCTGTTGTCTGTATATAGAATATGCTCTATTAGCTGGGATGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAAGCTGTTGTCTGTATATAGAATATGCTCTATTAGCTGGGATGTC  700

seq1  TTGTCTGACCTCAATGGGAGAAGAAGTGCCTAGCCTCACAAAGACTTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGACCTCAATGGGAGAAGAAGTGCCTAGCCTCACAAAGACTTGAA  750

seq1  GTGCAAGGTGTGTATGTGTGTGTGTGTG--TGGGGGGGTGTACAAAGGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||| 
seq2  GTGCAAGGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGGTGGGGGGGGTGTCCAAAGGAT  800

seq1  GGGGCCAACCCTCTGAGAAGAAAAAAAGAGAGGGAGGGTAGAAGGGTTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  GGGGCCAACCCTCTGAGAAGAAAAAAAGAGAAGGAGGGTAGAAAGGTTGT  850

seq1  GTGA-GGGGAGGCT  861
      |||| |||||||||
seq2  GTGAGGGGGAGGCT  864


seq1: chr16_54457802_54458890
seq2: B6Ng01-303A07.g_66_1160 (reverse)

seq1  AGTAG-AAGTTA-TTGGTGATGTAAACTACCTAATAGGAACAATGGGTAC  48
      ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAAAGTTATTTGGTGATGT-AACTACCTAATAGGAACAATGGGTAC  49

seq1  TGGACTATGGTCCTCTGAAAGGT-GTGCATGCTGTAAACAGCAGAGACTC  97
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTATGGTCCTCTGAAAGGTGGTGCATGCTGTAAACAGCAGAGACTC  99

seq1  TTTT--GCCAGGCCCTTTGCTAAATGGTTTTTTTTCTCTATTCTCTCTTA  145
      ||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCCCAGGCCCTTTGCTAAATGG-TTTTTTTCTCTATTCTCTCTTA  148

seq1  CACAAATCAGAATGATCAAGTGCAT-CCTTGATATGATTCAATGAAAGGG  194
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATCAGAATGATCAAGTGCATCCCTTGATATGATTCAATGAAAGGG  198

seq1  GTACTTCACATCTTATAATTCATAAACTCAAGTTAATACAGTT-AAAAAA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTACTTCACATCTTATAATTCATAAACTCAAGTTAATACAGTTAAAAAAA  248

seq1  AAACAATCTCCAATACAAACTTTCTGTGGACTATCTAATCATTATACCTT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATCTCCAATACAAACTTTCTGTGGACTATCTAATCATTATACCTT  298

seq1  AACCATACAAAATGAT-AAAAAAAAATTCTATCATGACATATGATAAATA  342
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATACAAAATGATAAAAAAAAAATTCTATCATGACATATGATAAATA  348

seq1  AGTATAATATTATTCTAGAGCAATATTACAAGGCCAGGTGACATCTTCAC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAATATTATTCTAGAGCAATATTACAAGGCCAGGTGACATCTTCAC  398

seq1  AGGAAATTTGAATCAAGATACCAGACCAAAATAGGAACAATTACAAATTA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATTTGAATCAAGATACCAGACCAAAATAGGAACAATTACAAATTA  448

seq1  AAACTAAGAGAATCTGAGTAAAATATAGACTTTACATAATAATACTTTTC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAGAGAATCTGAGTAAAATATAGACTTTACATAATAATACTTTTC  498

seq1  AATATTGCTTCACCAACTATGAAACTTTACTACACTAATACCTTGTTGCT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTGCTTCACCAACTATGAAACTTTACTACACTAATACCTTGTTGCT  548

seq1  ATACATTTTATCTGTATTTTGCTAGACTTAACTGGACTTCTTGAGGTGGC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTTTATCTGTATTTTGCTAGACTTAACTGGACTTCTTGAGGTGGC  598

seq1  AGTTATGTTGTTGACTATAAACACTTTTTTTTTAAATAGGCTTATTTTCT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATGTTGTTGACTATAAACACTTTTTTTTTAAATAGGCTTATTTTCT  648

seq1  CTAATATTTTAGATCAGTAGAAATGTTGAGAAGAGAACATAGAAGACTCC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATTTTAGATCAGTAGAAATGTTGAGAAGAGAACATAGAAGACTCC  698

seq1  AAGGTAGTAATGAAGAATCATTTCTCTAAAACACCTAAAAATAGAGGTTA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAGTAATGAAGAATCATTTCTCTAAAACACCTAAAAATAGAGGTTA  748

seq1  CTATACTATGGACTCCAGTGGCATAAATCAAGGTAAATGGCATTTGGAGG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTATGGACTCCAGTGGCATAAATCAAGGTAAATGGCATTTGGAGG  798

seq1  TGACTCAACCATGATTGTTGAAAGAGTTAAATGGAAAGTCAAAAGTAGTA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCAACCATGATTGTTGAAAGAGTTAAATGGAAAGTCAAAAGTAGTA  848

seq1  CAATTTATTGGACCTCAGACAGTAACTTCCTGATTTTAGTGCTTTCACTC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTATTGGACCTCAGACAGTAACTTCCTGATTTTAGTGCTTTCACTC  898

seq1  TTTCTGGCAAAAAAGCAAAATAATTAGAAAAGTATTTGAAGCTTTGACTC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGCAAAAAAGCAAAATAATTAGAAAAGTATTTGAAGCTTTGACTC  948

seq1  TATTTGGCTCACGCCACTCTCTAACATCGTATACGAACACAATATGCTCA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGGCTCACGCCACTCTCTAACATCGTATACGAACACAATATGCTCA  998

seq1  CAAAGGTTTGTATTTCATCTGGATATCTTGCTGTGTAAAGAACAATGATT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTTTGTATTTCATCTGGATATCTTGCTGTGTAAAGAACAATGATT  1048

seq1  ATCTAACACAATTGAAGGAGGCAAGACAAAAAGATGAGAGTGAATTC  1089
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAACACAATTGAAGGAGGCAAGACAAAAAGATGAGAGTGAATTC  1095


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |