BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-303D23
Chromosome16 (Build37)
Map Location 51,436,359 - 51,535,492
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043414, Ccdc54, LOC672778, 5330426P16Rik, EG639820, LOC627543
Downstream geneCblb, Alcam
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-303D23.bB6Ng01-303D23.g
ACCGA097095GA097096
length1,1251,153
definitionB6Ng01-303D23.b B6Ng01-303D23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,436,359 - 51,437,500)(51,534,343 - 51,535,492)
sequence
gaattccatagtgacagcagctgctggttaattaaggagcctggcttatc
tccatttcagattgattttcaccaaggtagacaacccacctgctggcctc
acagtaccatcaagagataccaatgtatgcaagcccacagcacaattgtg
aatccacagaaaattatatatttagaacaaatcttttctcctcccttttg
ttaaaagctatatggactgtgtggctaattgacagtgcacagcaaggaag
agtcaatttaatggcactgcactttttaaaaattaaaagctacatatcaa
aagcataatagtcctgctgatcctctgtttaaaccttgaaacatgggcat
aatataaactcacaatatgaaacttttaaagtactgtctttattgtaaat
tcaatctctgtatagggatacttagtagattttctttctgcatagttttg
tttaatattccttaaataaatatacttttgagtgtttcatattacagcat
tttactattatagaatttgttgtctacaagagttgatctatgtttcttaa
aatgtctaaaaataatctccacatatatcttcaagcatattatgacccaa
atatgaatgaagtacaggtcataatatgtctttgaaataagaactttgct
gactaattcaattgactcaaaaatgacttaacacagtcccactacaaaag
ccatgtacatttgctgtattgtttgtatgtgtacaaagccaggtccaaat
gagctgaaaactatcatcaatacttttggcaacaacagacatttcaatag
acttttcatttacaaatttttcattttacctaaaaggaatagaaaatttc
tagttatcttaagataaaacataataactgagtttttgttgtttctttgt
tttgtttcgttttattgtctttttggagtttaaatttctcctatttgaaa
cgaatttgcccagtgaatttacccttccccctttccccacccccggcact
tcaggagtgaggttgacagaaaaataggatggatatctgaacatgttgat
caagatgtggctatctagaataaatttttgtagaaaatagcagaaattgc
tagagccagactttcttacatataa

gaattctagattattatttgttcttcctatagattcatctatgtatgtca
catggacaacacaataatttggattttacattttatatatatgtcattta
tttatctttacaaaataattcaaagtaactagtttatataattatatggt
tatatcatgtttatggttatatcttattatatgttatatgaacaatatat
aaaatatactcaaatttttaagacaacttttgtagttctataatacacat
ctgaaatactgagtaatgttgaagaagcccacacattcatttcaaagcat
taatattttattataatttccccatacaaaaagttcatttgtctttccac
ttattgaaaacaatgttttatatcatgcatccaaaatttaaacatttaaa
agtcatcatatggcagttactcagttccccaaaattttataggatctgct
atagtaagtgcaattcacatgtctgagtttatgttcttgaatttgtgtcc
ctgtgtgtgagtatgtgctttgttgaaaggacatatccattttccacaat
ccacagagaaatgatgggttttcctctttcctgcctttaattgtctgagt
gtaggttgtctataaggtcctatatcattagtgtgatcttctctagagtc
aatgcccttatgctatctttctttacctattttcattagtcataatggta
cacattcttttgttccaaacatattcatataattcaatacttatatgaac
atctagaataaaatataattcaggtaagtggtacagatgtgacgctataa
acctttcctctatcctctatctccctcccttcctccctccctccctacat
ttttatttgtacacaggtgcacttcctaaaatataaaatgcatttcgatt
ttagtcaaaagtttttaaatacttattttgttgattatctaagaaaagtt
catatttgaaccatgggttctctaagtttatggacaaatattaagtacta
ctaaaaaaaaacccatttcaacaaagcaaatgaaattcagaacattcagt
gagtggccacaatcagctatgttgattacccagaggttgtgattatggac
tgttaacactacttgcaaggttgaatctgcctgtttagtagctgctaact
tgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_51436359_51437500
seq2: B6Ng01-303D23.b_44_1168

seq1  GAATTCCATAGTGACAGCAGCTGCTGGTTAATTAAGGAGCCTGGCTTATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAGTGACAGCAGCTGCTGGTTAATTAAGGAGCCTGGCTTATC  50

seq1  TCCATTTCAGATTGATTTTCACCAAGGTAGACAACCCACCTGCTGGCCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTCAGATTGATTTTCACCAAGGTAGACAACCCACCTGCTGGCCTC  100

seq1  ACAGTACCATCAAGAGATACCAATGTATGCAAGCCCACAGCACAATTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTACCATCAAGAGATACCAATGTATGCAAGCCCACAGCACAATTGTG  150

seq1  AATCCACAGAAAATTATATATTTAGAACAAATCTTTTCTCCTCCCTTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCACAGAAAATTATATATTTAGAACAAATCTTTTCTCCTCCCTTTTG  200

seq1  TTAAAAGCTATATGGACTGTGTGGCTAATTGACAGTGCACAGCAAGGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGCTATATGGACTGTGTGGCTAATTGACAGTGCACAGCAAGGAAG  250

seq1  AGTCAATTTAATGGCACTGCACTTTTTAAAAATTAAAAGCTACATATCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAATTTAATGGCACTGCACTTTTTAAAAATTAAAAGCTACATATCAA  300

seq1  AAGCATAATAGTCCTGCTGATCCTCTGTTTAAACCTTGAAACATGGGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATAATAGTCCTGCTGATCCTCTGTTTAAACCTTGAAACATGGGCAT  350

seq1  AATATAAACTCACAATATGAAACTTTTAAAGTACTGTCTTTATTGTAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAACTCACAATATGAAACTTTTAAAGTACTGTCTTTATTGTAAAT  400

seq1  TCAATCTCTGTATAGGGATACTTAGTAGATTTTCTTTCTGCATAGTTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTCTGTATAGGGATACTTAGTAGATTTTCTTTCTGCATAGTTTTG  450

seq1  TTTAATATTCCTTAAATAAATATACTTTTGAGTGTTTCATATTACAGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATTCCTTAAATAAATATACTTTTGAGTGTTTCATATTACAGCAT  500

seq1  TTTACTATTATAGAATTTGTTGTCTACAAGAGTTGATCTATGTTTCTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTATTATAGAATTTGTTGTCTACAAGAGTTGATCTATGTTTCTTAA  550

seq1  AATGTCTAAAAATAATCTCCACATATATCTTCAAGCATATTATGACCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTAAAAATAATCTCCACATATATCTTCAAGCATATTATGACCCAA  600

seq1  ATATGAATGAAGTACAGGTCATAATATGTCTTTGAAATAAGAACTTTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAATGAAGTACAGGTCATAATATGTCTTTGAAATAAGAACTTTGCT  650

seq1  GACTAATTCAATTGACTCAAAAATGACTTAACACAGTCCCACTACAAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAATTCAATTGACTCAAAAATGACTTAACACAGTCCCACTACAAAAG  700

seq1  CCATGTACATTTGCTGTATTGTTTGTATGTGTACAAAGCCAGGTCCAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTACATTTGCTGTATTGTTTGTATGTGTACAAAGCCAGGTCCAAAT  750

seq1  GAGCTGAAAACTATCATCAATACTTTTGGCAACAACAGACATTTCAATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAAAACTATCATCAATACTTTTGGCAACAACAGACATTTCAATAG  800

seq1  ACTTTTCATTTACAAATTTTTCATTTTACCTAAAAGGAATAGAAAATTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCATTTACAAATTTTTCATTTTACCTAAAAGGAATAGAAAATTTC  850

seq1  TAGTTATCTTAAGATAAAACATAATAACTGAGTTTTTGTTGTTTCTTTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTATCTTAAGATAAAACATAATAACTGAGTTTTTGTTGTTTCTTTGT  900

seq1  TTTGTTTCGTTTTATTGTCTTTTTGGAGTTTAAATTTCTCCTATTTGAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTCGTTTTATTGTCTTTTTGGAGTTTAAATTTCTCCTATTTGAAA  950

seq1  CGAATTTGCCCAGTGAATTTACCCTTCCCCCCTTTCCCCACCCCCGGCAC  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATTTGCCCAGTGAATTTACCCTT-CCCCCTTTCCCCACCCCCGGCAC  999

seq1  TTCAGGGAGTGAGGTTGACAAAAAAAAAAAAAATAGGAATGGATATCTGA  1050
      |||| ||||||||||||||       | ||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCA-GGAGTGAGGTTGAC-------AGAAAAATAGG-ATGGATATCTGA  1040

seq1  ACATGTTTGATTCAAAGATGTTGCTATTCTTAGATAAAATTTTTTGTTAG  1100
      ||||| |||||   ||||||| |||||   |||| | || |||||||   
seq2  ACATG-TTGAT--CAAGATGTGGCTAT--CTAGA-ATAAATTTTTGTAGA  1084

seq1  AAATAGCAGAAATTGCTAGAAGCAGGAATTTTCTTAC-TATAA  1142
      ||||||||||||||||||||  |||  | |||||||| |||||
seq2  AAATAGCAGAAATTGCTAGAGCCAG--ACTTTCTTACATATAA  1125


seq1: chr16_51534343_51535492
seq2: B6Ng01-303D23.g_65_1217 (reverse)

seq1  ACAAGTGTAGCAGCTACTTAAACAGGGCAAGATTCCACC-TGC-AGTAGT  48
      |||||| |||||||||| ||||||||   |||||| ||| ||| ||||||
seq2  ACAAGT-TAGCAGCTAC-TAAACAGG--CAGATTCAACCTTGCAAGTAGT  46

seq1  TGTACAGGTCCATAATCACAACCTCT-GGTAATC-ACATAGCTTGATGTG  96
        ||   ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||   ||||
seq2  GTTAACAGTCCATAATCACAACCTCTGGGTAATCAACATAGCTGATTGTG  96

seq1  --CACTCACTG-ATGTCTTGAATTTTCATTTGCTTTGTTG-AATGGGTTT  142
        ||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCCACTCACTGAATGTTCTGAA-TTTCATTTGCTTTGTTGAAATGGGTTT  145

seq1  TTTTTTAGTAGTACTTATTATTTTGTCCATAAACTTAGAGAA-CCATGGT  191
      ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTTTTAGTAGTACTTAATA-TTTGTCCATAAACTTAGAGAACCCATGGT  194

seq1  TCAAATATGAACTTTTCTTAGATAATCAACAAAATAAGTATTTAAAAACT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATATGAACTTTTCTTAGATAATCAACAAAATAAGTATTTAAAAACT  244

seq1  TTTGACTAAAATCGAAATGCATTTTATATTTTAGGAAGTGCACCTGTGTA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTAAAATCGAAATGCATTTTATATTTTAGGAAGTGCACCTGTGTA  294

seq1  CAAATAAAAATGTAGGGAGGGAGGGAGGAAGGGAGGGAGATAGAGGATAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAAAATGTAGGGAGGGAGGGAGGAAGGGAGGGAGATAGAGGATAG  344

seq1  AGGAAAGGTTTATAGCGTCACATCTGTACCACTTACCTGAATTATATTTT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGGTTTATAGCGTCACATCTGTACCACTTACCTGAATTATATTTT  394

seq1  ATTCTAGATGTTCATATAAGTATTGAATTATATGAATATGTTTGGAACAA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGATGTTCATATAAGTATTGAATTATATGAATATGTTTGGAACAA  444

seq1  AAGAATGTGTACCATTATGACTAATGAAAATAGGTAAAGAAAGATAGCAT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGTGTACCATTATGACTAATGAAAATAGGTAAAGAAAGATAGCAT  494

seq1  AAGGGCATTGACTCTAGAGAAGATCACACTAATGATATAGGACCTTATAG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCATTGACTCTAGAGAAGATCACACTAATGATATAGGACCTTATAG  544

seq1  ACAACCTACACTCAGACAATTAAAGGCAGGAAAGAGGAAAACCCATCATT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCTACACTCAGACAATTAAAGGCAGGAAAGAGGAAAACCCATCATT  594

seq1  TCTCTGTGGATTGTGGAAAATGGATATGTCCTTTCAACAAAGCACATACT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGGATTGTGGAAAATGGATATGTCCTTTCAACAAAGCACATACT  644

seq1  CACACACAGGGACACAAATTCAAGAACATAAACTCAGACATGTGAATTGC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACAGGGACACAAATTCAAGAACATAAACTCAGACATGTGAATTGC  694

seq1  ACTTACTATAGCAGATCCTATAAAATTTTGGGGAACTGAGTAACTGCCAT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTATAGCAGATCCTATAAAATTTTGGGGAACTGAGTAACTGCCAT  744

seq1  ATGATGACTTTTAAATGTTTAAATTTTGGATGCATGATATAAAACATTGT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGACTTTTAAATGTTTAAATTTTGGATGCATGATATAAAACATTGT  794

seq1  TTTCAATAAGTGGAAAGACAAATGAACTTTTTGTATGGGGAAATTATAAT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATAAGTGGAAAGACAAATGAACTTTTTGTATGGGGAAATTATAAT  844

seq1  AAAATATTAATGCTTTGAAATGAATGTGTGGGCTTCTTCAACATTACTCA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTAATGCTTTGAAATGAATGTGTGGGCTTCTTCAACATTACTCA  894

seq1  GTATTTCAGATGTGTATTATAGAACTACAAAAGTTGTCTTAAAAATTTGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCAGATGTGTATTATAGAACTACAAAAGTTGTCTTAAAAATTTGA  944

seq1  GTATATTTTATATATTGTTCATATAACATATAATAAGATATAACCATAAA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATTTTATATATTGTTCATATAACATATAATAAGATATAACCATAAA  994

seq1  CATGATATAACCATATAATTATATAAACTAGTTACTTTGAATTATTTTGT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATATAACCATATAATTATATAAACTAGTTACTTTGAATTATTTTGT  1044

seq1  AAAGATAAATAAATGACATATATATAAAATGTAAAATCCAAATTATTGTG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATAAATAAATGACATATATATAAAATGTAAAATCCAAATTATTGTG  1094

seq1  TTGTCCATGTGACATACATAGATGAATCTATAGGAAGAACAAATAATAAT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCATGTGACATACATAGATGAATCTATAGGAAGAACAAATAATAAT  1144

seq1  CTAGAATTC  1150
      |||||||||
seq2  CTAGAATTC  1153


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |