BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305L03
Chromosome16 (Build37)
Map Location 52,730,153 - 52,849,413
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCblb, Alcam
Downstream geneLOC100043430, LOC667895
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305L03.bB6Ng01-305L03.g
ACCGA098922GA098923
length1,1881,142
definitionB6Ng01-305L03.b B6Ng01-305L03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,730,153 - 52,731,345)(52,848,262 - 52,849,413)
sequence
gaattcttttacacttgaagctcatcattggtgtctatgcacaccagatc
aaatgagtgtatcaaccctgactttgtagcttcatacatgtgacaagagt
tgcctttgactctgctgctcccactatcaaagtggcctgcttctctcctc
tgtctccccaatgtgcatccatttttgcattaccagagaaatgctgagca
gtagaaattaatagcatcggatgctgatgccaagtcttatttcaaagaaa
tttgcaacattttttaagtgctatttgcagcatttcttagcactatgaag
ttgtgtaagtgactccagttgccttcccttgtatcacaggtgcttaaaat
tatggatagcaccaaatcattcctatgtctgtgtatatattgttatgtac
gctagatatctaaatgaaatttgatattaggcatatgtttacatgacttt
gccagatagcataattagtattcatatcagattgaaagggcagttacagt
cgaaagaaaatgtagacaagcctagtggacaactgagtttctttggcaca
aaatataggattattggtgtctcagagaactttatgacataaaaggccac
tccaggttgagtgacaatgtctgaaacttgttttcactagagtttcttgt
gcaactgtcaggcagtttcactaaagagtctcccatgaggcaattgttta
ctgcctacatagccttgaggtgaattccccgagtcatggtgtctcaggct
tcctaactcttgcaggtttcttgtgaatgctgagtctcttgaaaccctaa
gaggaaatgttttgattatgaggaaacagatacaaaatagcatagtgagt
aattaataacaacaactaaaattaaaatgtgacaattacaacaaaattct
acaatgaagttataaatttagcatgttctcaatatgtttatatcttttaa
atcagaggaaacactgtggcatatgatgagagtatatgaattaagtgcat
tgatataatcttccaagacactattaagcagatgagggttacttcacacc
agcactgctagaccataccataacaatgacccaataacgggagaacagct
gctaggtgatgcatgaacaggtagcaaaactgataagtgggattaattca
tgtcttggccaatggaaaggattgtaatcattctctct
gaattcatgaacacctataaaaaaaaaaaaaacagtgtctttatgtaaca
acttcatgaataaaatgaaacccattttcagctatgttttctgcctgtga
gcttcatgctcatttcaatctgtagggaattaatttctttattctgctgt
acaataaaaaagtggcactaaagtatggctcttcaaattaaaaaggagga
gataaaagttatgactttcaaatcaaaatgacttattcggtgactgtact
atcatatgtcaaaatataccaaatgaaagatagagatatgtctttgaatt
ttaaatgatcttgaaataaaagataataaaaatcttcaaatgagccgatg
atggaaactgcagtgcattagtactaaatatttttttcatctcatctaaa
aatactatacagtaaatttattcatgctggaatcattggttttcatgcat
ttctgtccttatttttgccataaatcttataatatttttccaataatata
ctacccttttgctgggtgattcatgatttgttttttattataattataga
ctttgcaagctccagctgttttctatccttgcttcaggtctgcctttaaa
gtcagctgaacgttgcccagctgagagcaggtcaattaaataccattact
aaggtttggcgagagaataacagagaaacaagaaaatctttgggaaaaat
gagaaaaagtaaatgaataagttattctgtagcataatttgagataagat
attgggggggtcattcacagaggctgcagcaagaggactgtgtcccaacc
aagttcaagtcagatgggatttagtgctaagaaagaaagtggacatgggg
cccaaattctatccaagaagctatctctaattgtcatctatttgcaaaaa
aacatttagttttctctaagagagtcccactagataatacaaagaacact
taaaggtaggcccatgttcagcagtagatgacaacacaaaatgcactgaa
tagtattttgtagatgtttgtttgagttatttgtcatactcgtcttatct
gtgtaatagttctgatttatagtttatgattaggtttgatgcatgtccta
tgtagtttggcatgggcgtgccatatgtggcgtgcgttgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_52730153_52731345
seq2: B6Ng01-305L03.b_44_1231

seq1  GAATTCTTTTACACTTGAAGCTCATCATTGGTGTCTATGCACACCAGATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTACACTTGAAGCTCATCATTGGTGTCTATGCACACCAGATC  50

seq1  AAATGAGTGTATCAACCCTGACTTTGTAGCTTCATACATGTGACAAGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGTGTATCAACCCTGACTTTGTAGCTTCATACATGTGACAAGAGT  100

seq1  TGCCTTTGACTCTGCTGCTCCCACTATCAAAGTGGCCTGCTTCTCTCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTGACTCTGCTGCTCCCACTATCAAAGTGGCCTGCTTCTCTCCTC  150

seq1  TGTCTCCCCAATGTGCATCCATTTTTGCATTACCAGAGAAATGCTGAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCCCAATGTGCATCCATTTTTGCATTACCAGAGAAATGCTGAGCA  200

seq1  GTAGAAATTAATAGCATCGGATGCTGATGCCAAGTCTTATTTCAAAGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAATTAATAGCATCGGATGCTGATGCCAAGTCTTATTTCAAAGAAA  250

seq1  TTTGCAACATTTTTTAAGTGCTATTTGCAGCATTTCTTAGCACTATGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAACATTTTTTAAGTGCTATTTGCAGCATTTCTTAGCACTATGAAG  300

seq1  TTGTGTAAGTGACTCCAGTTGCCTTCCCTTGTATCACAGGTGCTTAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAAGTGACTCCAGTTGCCTTCCCTTGTATCACAGGTGCTTAAAAT  350

seq1  TATGGATAGCACCAAATCATTCCTATGTCTGTGTATATATTGTTATGTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGATAGCACCAAATCATTCCTATGTCTGTGTATATATTGTTATGTAC  400

seq1  GCTAGATATCTAAATGAAATTTGATATTAGGCATATGTTTACATGACTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGATATCTAAATGAAATTTGATATTAGGCATATGTTTACATGACTTT  450

seq1  GCCAGATAGCATAATTAGTATTCATATCAGATTGAAAGGGCAGTTACAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGATAGCATAATTAGTATTCATATCAGATTGAAAGGGCAGTTACAGT  500

seq1  CGAAAGAAAATGTAGACAAGCCTAGTGGACAACTGAGTTTCTTTGGCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAAGAAAATGTAGACAAGCCTAGTGGACAACTGAGTTTCTTTGGCACA  550

seq1  AAATATAGGATTATTGGTGTCTCAGAGAACTTTATGACATAAAAGGCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAGGATTATTGGTGTCTCAGAGAACTTTATGACATAAAAGGCCAC  600

seq1  TCCAGGTTGAGTGACAATGTCTGAAACTTGTTTTCACTAGAGTTTCTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTTGAGTGACAATGTCTGAAACTTGTTTTCACTAGAGTTTCTTGT  650

seq1  GCAACTGTCAGGCAGTTTCACTAAAGAGTCTCCCATGAGGCAATTGTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTGTCAGGCAGTTTCACTAAAGAGTCTCCCATGAGGCAATTGTTTA  700

seq1  CTGCCTACATAGCCTTGAGGTGAATTCCCCGAGTCATGGTGTCTCAGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTACATAGCCTTGAGGTGAATTCCCCGAGTCATGGTGTCTCAGGCT  750

seq1  TCCTAACTCTTGCAGGTTTCTTGTGAATGCTGAGTCTCTTGAAACCCTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAACTCTTGCAGGTTTCTTGTGAATGCTGAGTCTCTTGAAACCCTAA  800

seq1  GAGGAAATGTTTTGATTATGAGGAAACAGATACAAAATAGCATAGTGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAATGTTTTGATTATGAGGAAACAGATACAAAATAGCATAGTGAGT  850

seq1  AATTAATAACAACAACTAAAATTAAAATGTGACAATTACAACAAAATTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATAACAACAACTAAAATTAAAATGTGACAATTACAACAAAATTCT  900

seq1  ACAATGAAGTTATAAATTTAGCATGTTCTCAATATGTTTATATCTTTTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGAAGTTATAAATTTAGCATGTTCTCAATATGTTTATATCTTTTAA  950

seq1  ATCAGAGGAAACACTGTGGCATATGATGAGAGTATATGAATTAAGTGCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGGAAACACTGTGGCATATGATGAGAGTATATGAATTAAGTGCAT  1000

seq1  TGATATTAATCTTCCAAGACACTATTAAGCAAGATGAGGGTTACTTCAAC  1050
      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  TGATA-TAATCTTCCAAGACACTATTAAGC-AGATGAGGGTTACTTC-AC  1047

seq1  ACCAGCACTGCTAGACCAATACCATAACAATGACCCAATAAC-GGAG-AC  1098
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  ACCAGCACTGCTAGACC-ATACCATAACAATGACCCAATAACGGGAGAAC  1096

seq1  AGCTGCTAGGTGATGCATGAACAGGTAGCAAAACTGGATAGTGGGA-TAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||
seq2  AGCTGCTAGGTGATGCATGAACAGGTAGCAAAACTGATAAGTGGGATTAA  1146

seq1  TTCATGTCTTGGGCCAGATGGAGAGGGATGGTAAATCATTCTCTCT  1193
      |||||||||| ||||| ||||| | |||| || |||||||||||||
seq2  TTCATGTCTT-GGCCA-ATGGA-AAGGATTGT-AATCATTCTCTCT  1188

seq1: chr16_52848262_52849413
seq2: B6Ng01-305L03.g_66_1207 (reverse)

seq1  ACACACACGCACG-CACATAT-GCACGCACATGCAAAACTACATAGGACA  48
      ||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  ACACA-ACGCACGCCACATATGGCACGCCCATGCCAAACTACATAGGACA  49

seq1  TGCATACAAACTAAATCCATAAAACTATAAATCAGAAACTATTACCAACA  98
      ||||| |||||  ||| ||| |||||||||||||| |||||||||  || 
seq2  TGCAT-CAAACCTAAT-CAT-AAACTATAAATCAG-AACTATTAC--AC-  92

seq1  AGATAAAGACGAGTATGACAAAATAACTCAAACAAAACATCTACAAAAAT  148
      |||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  AGAT-AAGACGAGTATGAC-AAATAACTCAAAC-AAACATCTAC-AAAAT  138

seq1  ACTATTCAGTGCATTTTGTGTTGGTCATCTACTGCTGAACATGGGCCTAC  198
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTCAGTGCATTTTGTGTT-GTCATCTACTGCTGAACATGGGCCTAC  187

seq1  CTTTAAGTGTTCTTTGTA-TATCTAGTGGGACTCTCTTAGAGAAAACTAA  247
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGTGTTCTTTGTATTATCTAGTGGGACTCTCTTAGAGAAAACTAA  237

seq1  ATTGTTTTTTGCAAATAGATGACAATTAGAGATAGCTTCTTGGATAGAAT  297
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTTTTGCAAATAGATGACAATTAGAGATAGCTTCTTGGATAGAAT  287

seq1  TTGGGCCCCATGTCCACTTTCTTTCTTAGCACTAAATCCCATCTGACTTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCCCCATGTCCACTTTCTTTCTTAGCACTAAATCCCATCTGACTTG  337

seq1  AACTTGGTTGGGACACAGTCCTCTTGCTGCAGCCTCTGTGAATGACCCCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGGTTGGGACACAGTCCTCTTGCTGCAGCCTCTGTGAATGACCCCC  387

seq1  CCAATATCTTATCTCAAATTATGCTACAGAATAACTTATTCATTTACTTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATCTTATCTCAAATTATGCTACAGAATAACTTATTCATTTACTTT  437

seq1  TTCTCATTTTTCCCAAAGATTTTCTTGTTTCTCTGTTATTCTCTCGCCAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATTTTTCCCAAAGATTTTCTTGTTTCTCTGTTATTCTCTCGCCAA  487

seq1  ACCTTAGTAATGGTATTTAATTGACCTGCTCTCAGCTGGGCAACGTTCAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAGTAATGGTATTTAATTGACCTGCTCTCAGCTGGGCAACGTTCAG  537

seq1  CTGACTTTAAAGGCAGACCTGAAGCAAGGATAGAAAACAGCTGGAGCTTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTTAAAGGCAGACCTGAAGCAAGGATAGAAAACAGCTGGAGCTTG  587

seq1  CAAAGTCTATAATTATAATAAAAAACAAATCATGAATCACCCAGCAAAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCTATAATTATAATAAAAAACAAATCATGAATCACCCAGCAAAAG  637

seq1  GGTAGTATATTATTGGAAAAATATTATAAGATTTATGGCAAAAATAAGGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTATATTATTGGAAAAATATTATAAGATTTATGGCAAAAATAAGGA  687

seq1  CAGAAATGCATGAAAACCAATGATTCCAGCATGAATAAATTTACTGTATA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATGCATGAAAACCAATGATTCCAGCATGAATAAATTTACTGTATA  737

seq1  GTATTTTTAGATGAGATGAAAAAAATATTTAGTACTAATGCACTGCAGTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTTAGATGAGATGAAAAAAATATTTAGTACTAATGCACTGCAGTT  787

seq1  TCCATCATCGGCTCATTTGAAGATTTTTATTATCTTTTATTTCAAGATCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCATCGGCTCATTTGAAGATTTTTATTATCTTTTATTTCAAGATCA  837

seq1  TTTAAAATTCAAAGACATATCTCTATCTTTCATTTGGTATATTTTGACAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATTCAAAGACATATCTCTATCTTTCATTTGGTATATTTTGACAT  887

seq1  ATGATAGTACAGTCACCGAATAAGTCATTTTGATTTGAAAGTCATAACTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAGTACAGTCACCGAATAAGTCATTTTGATTTGAAAGTCATAACTT  937

seq1  TTATCTCCTCCTTTTTAATTTGAAGAGCCATACTTTAGTGCCACTTTTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCCTCCTTTTTAATTTGAAGAGCCATACTTTAGTGCCACTTTTTT  987

seq1  ATTGTACAGCAGAATAAAGAAATTAATTCCCTACAGATTGAAATGAGCAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTACAGCAGAATAAAGAAATTAATTCCCTACAGATTGAAATGAGCAT  1037

seq1  GAAGCTCACAGGCAGAAAACATAGCTGAAAATGGGTTTCATTTTATTCAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCACAGGCAGAAAACATAGCTGAAAATGGGTTTCATTTTATTCAT  1087

seq1  GAAGTTGTTACATAAAGACACTGTTTTTTTTTTTTTTATAGGTGTTCATG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTGTTACATAAAGACACTGTTTTTTTTTTTTTTATAGGTGTTCATG  1137

seq1  AATTC  1152
      |||||
seq2  AATTC  1142