BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307C07
Chromosome16 (Build37)
Map Location 25,493,819 - 25,621,493
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLpp, A730098P11Rik, 5430420C16Rik
Downstream geneTrp63, LOC100043571, Leprel1, Cldn1, Cldn16, LOC100043057, Il1rap
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307C07.bB6Ng01-307C07.g
ACCGA099990GA099991
length1,064961
definitionB6Ng01-307C07.b B6Ng01-307C07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,620,435 - 25,621,493)(25,493,819 - 25,494,777)
sequence
gaattcaatactatataatgtacatatgaattgaaccaccatgtggtatg
ccattaataaatataaattatatgtttttatgcataagtgaataaaacaa
atttaatttcgaaacaaaaagcttctcaagatcactgatcccttttgaga
gttaagagcccaattttggttagcatcacagatatgatctttcctttgct
taactctgggcacttgcctgctgttgagccaatgcatagcttttagctct
gtgagaatgtccgtttgagtcatgcgcattttgtccccaactaaaactaa
ctgtgaagcttcatgaagctgcctaggatgtcagcactttgtttagtggc
aagtgatttctaatggaggtggtcactgtgcaacacaaagatattcatat
tcatattcatctccatattgtttgtctcaggctttcttgagcagacatca
agaactgttaaccaggcctctatctagcctcacatttcagctccttgcct
caaattttcttccacatgaaagatgtcataatggtttttagtcaggtcca
tacactgagaatccttctcttctgatgtcttctaggttatcattgactaa
aacatcatatatttggggcttgtacttaaaaatcaagtcattcctgtgat
tcaccaagatgagttggtacagtacccaagggggtctcccttttaccaga
gcagaagcagggagaggattggggagggcccatgtgtgggggagactaac
aggaaaggtgggtatgagaatgtaacatgaataaataataaattattgga
aaaaatcaaatcactccacttataatccacttgagtgtttaattatattt
cagatctttctattgtcatagatgcagccagaggtgcgatggatggtgtg
agagtttgggctacatattcatacagtatgccattcctggcccatgctca
agtctggcttccaaaggctaccatgttctcattgtgttctcagcctcaag
ttatctccttgcatctcataatgaacactagcaaaggcctattggggtcc
gtctggacactatt

gaattcctctatactggggcgtagaaccttcacaggaccaagggcctctc
ctcccattgatgaccgactaggccatcctctgctacatatgcagctagag
ccatgagtcccaccatgtgttttctttgattggtggtttagcctcaggga
gcactgggggtaatggttagttcatattgttgttcctcctctggggctgc
aaagcccttcagcttccaagtatatttctaaagaaacataatgttatatg
gtcagagagctctcagagcattgtttactatccatgttcactaccgttaa
ggcttaaggcatggttttagactttaattattaaatgccacaacactgaa
gaattctgacaattacctccaggacttctaagcatgcagcatgaacaaca
ccaagtaatagaaattcactgtggatggatagactgccttcagtctcaag
gtcctagctgaaaacaatctatctgtgttgctctgaaaggatagggccaa
ctgcatcacaagcttcatgaaatgatctgagaaacgaagcttagaaacca
cagggacttcttggaaagctggtgaaaagcccagcttccccaaagtccag
ccactagtttccattccagctataacagttgtaatgcaaaaaaaaaaaaa
aaaaaaaagtaactggtctgtcactgaaaatatttctgctaaggtccagg
acacctaagcacctgtcctgaagttgtacaggttatgaaaatgtgtttgt
caatgttctctacaagcacggtgcaagctcaagctagaccaaatcccagc
acggacaggggagatgatcatgagaatgaagtcacactcctagctgagaa
tctattggcatttgacagttgctgggagagggagagtaagttgaccatag
agtagaagaatccatgaatagaacaaactttgacttaggtgggtaggggg
gcggggaacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr16_25620435_25621493
seq2: B6Ng01-307C07.b_47_1110 (reverse)

seq1  AATAGTGT-CAGAAGGACCCC-ATAG--CCTTGCTAGTTGTTCATTATGA  46
      |||||||| |||| ||||||| ||||  | ||||||| ||||||||||||
seq2  AATAGTGTCCAGACGGACCCCAATAGGCCTTTGCTAG-TGTTCATTATGA  49

seq1  GATGCAA-GAGAT-ACTTGAGGCTGAGAACACAATGAGAACATGGTAGCC  94
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAAGGAGATAACTTGAGGCTGAGAACACAATGAGAACATGGTAGCC  99

seq1  TTTGGAAGCCAGACTTGAGCATGGGCCAGGAATGGCATACTGTATGAATA  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAGCCAGACTTGAGCATGGGCCAGGAATGGCATACTGTATGAATA  149

seq1  TGTAGCCCAAACTCTCACACCATCCATCGCACCTCTGGCTGCATCTATGA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCCAAACTCTCACACCATCCATCGCACCTCTGGCTGCATCTATGA  199

seq1  CAATAGAAAGATCTGAAATATAATTAAACACTCAAGTGGATTATAAGTGG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGAAAGATCTGAAATATAATTAAACACTCAAGTGGATTATAAGTGG  249

seq1  AGTGATTTGATTTTTTCCAATAATTTATTATTTATTCATGTTACATTCTC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTTGATTTTTTCCAATAATTTATTATTTATTCATGTTACATTCTC  299

seq1  ATACCCACCTTTCCTGTTAGTCTCCCCCACACATGGGCCCTCCCCAATCC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCACCTTTCCTGTTAGTCTCCCCCACACATGGGCCCTCCCCAATCC  349

seq1  TCTCCCTGCTTCTGCTCTGGTAAAAGGGAGACCCCCTTGGGTACTGTACC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTGCTTCTGCTCTGGTAAAAGGGAGACCCCCTTGGGTACTGTACC  399

seq1  AACTCATCTTGGTGAATCACAGGAATGACTTGATTTTTAAGTACAAGCCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATCTTGGTGAATCACAGGAATGACTTGATTTTTAAGTACAAGCCC  449

seq1  CAAATATATGATGTTTTAGTCAATGATAACCTAGAAGACATCAGAAGAGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATATGATGTTTTAGTCAATGATAACCTAGAAGACATCAGAAGAGA  499

seq1  AGGATTCTCAGTGTATGGACCTGACTAAAAACCATTATGACATCTTTCAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTCTCAGTGTATGGACCTGACTAAAAACCATTATGACATCTTTCAT  549

seq1  GTGGAAGAAAATTTGAGGCAAGGAGCTGAAATGTGAGGCTAGATAGAGGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGAAAATTTGAGGCAAGGAGCTGAAATGTGAGGCTAGATAGAGGC  599

seq1  CTGGTTAACAGTTCTTGATGTCTGCTCAAGAAAGCCTGAGACAAACAATA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTAACAGTTCTTGATGTCTGCTCAAGAAAGCCTGAGACAAACAATA  649

seq1  TGGAGATGAATATGAATATGAATATCTTTGTGTTGCACAGTGACCACCTC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGATGAATATGAATATGAATATCTTTGTGTTGCACAGTGACCACCTC  699

seq1  CATTAGAAATCACTTGCCACTAAACAAAGTGCTGACATCCTAGGCAGCTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGAAATCACTTGCCACTAAACAAAGTGCTGACATCCTAGGCAGCTT  749

seq1  CATGAAGCTTCACAGTTAGTTTTAGTTGGGGACAAAATGCGCATGACTCA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGCTTCACAGTTAGTTTTAGTTGGGGACAAAATGCGCATGACTCA  799

seq1  AACGGACATTCTCACAGAGCTAAAAGCTATGCATTGGCTCAACAGCAGGC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGACATTCTCACAGAGCTAAAAGCTATGCATTGGCTCAACAGCAGGC  849

seq1  AAGTGCCCAGAGTTAAGCAAAGGAAAGATCATATCTGTGATGCTAACCAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCCCAGAGTTAAGCAAAGGAAAGATCATATCTGTGATGCTAACCAA  899

seq1  AATTGGGCTCTTAACTCTCAAAAGGGATCAGTGATCTTGAGAAGCTTTTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGCTCTTAACTCTCAAAAGGGATCAGTGATCTTGAGAAGCTTTTT  949

seq1  GTTTCGAAATTAAATTTGTTTTATTCACTTATGCATAAAAACATATAATT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCGAAATTAAATTTGTTTTATTCACTTATGCATAAAAACATATAATT  999

seq1  TATATTTATTAATGGCATACCACATGGTGGTTCAATTCATATGTACATTA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTATTAATGGCATACCACATGGTGGTTCAATTCATATGTACATTA  1049

seq1  TATAGTATTGAATTC  1059
      |||||||||||||||
seq2  TATAGTATTGAATTC  1064


seq1: chr16_25493819_25494777
seq2: B6Ng01-307C07.g_63_1022

seq1  GAATTCCTCTATACTGGGGCGTAGAACCTTCACAGGACCAAGGGCCTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTATACTGGGGCGTAGAACCTTCACAGGACCAAGGGCCTCTC  50

seq1  CTCCCATTGATGACCGACTAGGCCATCCTCTGCTACATATGCAGCTAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATTGATGACCGACTAGGCCATCCTCTGCTACATATGCAGCTAGAG  100

seq1  CCATGAGTCCCACCATGTGTTTTCTTTGATTGGTGGTTTAGCCTCAGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGTCCCACCATGTGTTTTCTTTGATTGGTGGTTTAGCCTCAGGGA  150

seq1  GCACTGGGGGTAATGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCTCCTCTGGGGCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGGGGTAATGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCTCCTCTGGGGCTGC  200

seq1  AAAGCCCTTCAGCTTCCAAGTATATTTCTAAAGAAACATAATGTTATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCCTTCAGCTTCCAAGTATATTTCTAAAGAAACATAATGTTATATG  250

seq1  GTCAGAGAGCTCTCAGAGCATTGTTTACTATCCATGTTCACTACCGTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGAGCTCTCAGAGCATTGTTTACTATCCATGTTCACTACCGTTAA  300

seq1  GGCTTAAGGCATGGTTTTAGACTTTAATTATTAAATGCCACAACACTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAAGGCATGGTTTTAGACTTTAATTATTAAATGCCACAACACTGAA  350

seq1  GAATTCTGACAATTACCTCCAGGACTTCTAAGCATGCAGCATGAACAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGACAATTACCTCCAGGACTTCTAAGCATGCAGCATGAACAACA  400

seq1  CCAAGTAATAGAAATTCACTGTGGATGGATAGACTGCCTTCAGTCTCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTAATAGAAATTCACTGTGGATGGATAGACTGCCTTCAGTCTCAAG  450

seq1  GTCCTAGCTGAAAACAATCTATCTGTGTTGCTCTGAAAGGATAGGGCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAGCTGAAAACAATCTATCTGTGTTGCTCTGAAAGGATAGGGCCAA  500

seq1  CTGCATCACAAGCTTCATGAAATGATCTGAGAAACGAAGCTTAGAAACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCACAAGCTTCATGAAATGATCTGAGAAACGAAGCTTAGAAACCA  550

seq1  CAGGGACTTCTTGGAAAGCTGGTGAAAAGCCCAGCTTCCCCAAAGTCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGACTTCTTGGAAAGCTGGTGAAAAGCCCAGCTTCCCCAAAGTCCAG  600

seq1  CCACTAGTTTCCATTCCAGCTATAACAGTTGTAATGCAAAAAAAAAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAGTTTCCATTCCAGCTATAACAGTTGTAATGCAAAAAAAAAAAAA  650

seq1  AAAAAAAAGTAACTGGTCTGTCACTGAAAATATTTCTGCTAAGGTCCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAGTAACTGGTCTGTCACTGAAAATATTTCTGCTAAGGTCCAGG  700

seq1  ACACCTAAGCACCTGTCCTGAAGTTGTACAGGTTATGAAAATGTGTTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTAAGCACCTGTCCTGAAGTTGTACAGGTTATGAAAATGTGTTTGT  750

seq1  CAATGTTCTCTACAAGCACGGTGCAAGCTCAAGCTAGACCAAATCCCAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTTCTCTACAAGCACGGTGCAAGCTCAAGCTAGACCAAATCCCAGC  800

seq1  ACGGACAGGGGAGATGATCATGAGAATGAAGTCACACTCCTAGCTGAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGACAGGGGAGATGATCATGAGAATGAAGTCACACTCCTAGCTGAGAA  850

seq1  TCTATTGGCATTTGACAGTTGCTGGGAGAGGGAGAGTAAGTTGACCATAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGGCATTTGACAGTTGCTGGGAGAGGGAGAGTAAGTTGACCATAG  900

seq1  AGTAGAAGAATCCATGAATAGAACAAAC-TTGACTTAGGTGGGTAGGGGG  949
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAAGAATCCATGAATAGAACAAACTTTGACTTAGGTGGGTAGGGGG  950

seq1  GCGGGGAACA  959
      ||||||||||
seq2  GCGGGGAACA  960


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |